拖雷摄政
在远征中亚之前，在远征的途中，帖木真考虑继承人的问题，就请蒙古巫师、长老、书记、贵族与军将们讨论太子事。会上帖木真提议长子赤术为太子，但是二儿子察合台持有异议，认为术赤的血统有疑问，关于术赤是否是帖木真亲生儿子，这事的确有疑问，不能确定。术赤受辱，由此要与察合台决斗，旁边的人劝住。察合台提出由帖木真三儿子窝阔台为太子，帖木真问术赤的意见，术赤没有正面回答，问窝阔台的意见，窝阔台表示同意，问幼子拖雷的意见，拖雷表示三个哥哥任何一人作太子，他都没意见，他愿意听从哥哥们的指挥，最后帖木真确定三儿子窝阔台为太子。
按欧亚草原传统，幼子守家，继承家业，对王室来说，是第一继承人，当由拖雷为太子。但是这个传统与原则是要服从草原贵族分封原则，贵族分封是草原政治传统与基石，蒙古第一政治原则。按贵族分封的原则，王室男性成员都是选侯，有选举权与被选举权，这就会引起王室成员的斗争，这是草原政治没有办法克服的弱点，中国地区历代王朝与罗马帝国，特别是东罗马帝国利用了这种弱点，但是草原人明知是这样，仍是没有办法克服，这是贵族分封所固有的，蒙古帝国与匈奴帝国、突厥帝国一样，其王室内战与贵族内争导致其分裂与没落，概莫例外。
这种原则当然有优点，即能够择善而立，选举王室成员中最好的人。同时又极大地限制王权，草原帝国实际只是部落集团联盟而已，其可汗无独裁权力。帖木真立太子，完全按草原传统来办，在四个儿子中选择最好的立为太子，同时又分封国家为四个部分，四个儿子都有独立的国家与军队，又按传统重申，凡立可汗，必须得到蒙古议会的承认与通过，没有议会的承认与通过，就不是可汗。用这两条来限制可汗的权力，同时消除太子之重。但是帖木真选择窝阔台真的是择善而立吗？从以后来看，窝阔台可能不是四个儿子中最善的。蒙古秘史中有太多的不解之谜，帖木真为什么立窝阔台？
太子之争给蒙古帝国的前途打上了阴影，实际以后蒙古联盟不到五十年就分裂了，蒙古帝国四大子帝国与子联盟之间的战争，决定了蒙古帝国的命运与帝国扩张的成败，帝国精锐消耗在这些分裂与战争中。这四大子帝国中，术赤系与拖雷系关系好，窝阔台系与察合台系关系好，由此四系分裂成两派，以后这两派内也分裂了，这后话。
帖木真去世后，按其遗嘱窝阔台当继位，但必须由蒙古议会通过与确认。议会在两年后才通过了窝阔台为可汗的议案。其间由拖雷监国摄政。在这两年时间里，帝国四个子系之间的斗争与协议我们不得而知，如果按实力，按在蒙古议会的力量，拖雷要取代窝阔台成为可汗并不费力气，但是政治从来不是按实力的，按实力的政治已不是政治了。当时窝阔台也假意请拖雷为可汗，但拖雷拒绝。关于拖雷的性格，特别是对诚信的过分追求，在结尾我们会谈到。
在有关可汗选举的问题中，耶律楚材的行为颇令人困惑。耶律楚材劝拖雷早立窝阔台，耶律楚材是不了解蒙古政治制度，要立可汗，必须要在议会上取得通过，必须要在议会上取得妥协，不是拖雷想立窝阔台就行了，就是帖木真指定窝阔台为可汗继承人，也得要议会的确认与通过。另外在窝阔台作了可汗之后，耶律楚材要求察合台跪拜窝阔台，这也不合乎蒙古传统，察合台很是恼火，察合台道：“我是哥哥，我向他下跪，世界上哪有这样的道理。”
耶律楚材在帖木真时代不受重用，帖木真把他当作巫师，窝阔台时代，耶律楚材成为书记，参与政治，他的行为也是让人觉得不安。窝阔台有一件事作得不对，耶律楚材向窝阔台提意见，当时耶律楚材很是愤怒，窝阔台见耶律楚材的样子，以为耶律楚材要与他决斗打架，便挽起袖子。帖木真不重用耶律楚材是有原因的，耶律楚材的那套政治理论是中原集权制度，这与草原的分封制度离得太远，几乎相反，一句话，中原是官员社会，草原是贵族社会，大不相同。
主持征金西面军
1229年窝阔台上台后即着手南下消灭金国，但是在1229年到1330年间，蒙古人未能越过黄河，双方在关陕地区处于拉锯战，甚至可以说是蒙古人失败了。1231年春拖雷领西路军联得进展，西路军包围关陕重地凤翔，以前蒙古人多次围攻凤翔失败，拖雷采用长期围城的办法，屯军城下不攻城，只围城打援。这个办法颇为有效。在潼关的金军主力不敢出关，即使出关也只是佯动，其他地区的金军更是不敢出。凤翔守军绝望，由是向拖雷军投降。凤翔一破，截断了中原与关西地区的联系。金军两行省长官完颜合达与移刺蒲阿放弃长安，移兵民到潼关以内。以后拖雷帐下著名军将速不台千户破小潼关及其附近地区，自此金国失去了潼关以西。
1231年5月，蒙古贵族与军将们在官山九十九泉水地方举行忽里勒台议会，议会决意灭亡金国。窝阔台定下具体战略，即分兵三路，由窝阔台领蒙军主力出山西南越过黄河，攻占河中府，过洛阳，指向金国首都开封。由按陈那颜带左翼军出济南，过徐州，指向开封。由大那颜拖雷带右路军由凤翔，绕道南宋境内，沿汉水到邓、唐地区，再东进开封。三路约定在1232年春，会师开封地区。
这个具体战略最关键的是西路军的行为，以西路军绕道南宋境内，到邓、唐地区，这就是说绕到潼关的背后，拍在潼关金军主力的背，这就是著名的假道灭金的计划，传说是帖木真死前定下的灭金战略，这事没有具体的证据，只是窝阔台个人所说，其他人都没有听见，并且窝阔台个人的诚信有问题。相反这个计划可能是金人李昌国所说。拖雷攻下凤翔后，李昌国向拖雷献灭金之计，即绕道宋境，直下邓、唐，威胁金国首都开封，调金军主力南下，金军数百里行军必然疲惫，同时潼关与黄河防线兵力空虚，由此南北夹攻，可灭金国。这个计划显然关键在西路军，但是窝阔台只给西路军四万人的兵力，其中大半是汉军与其他各族军，蒙古军只有一万多人。以后我们知道这个计划极为凶险。西路军多次面临灭亡的境地。