事前，石亨曾至景泰帝病榻前探视，看到景泰帝并无康复希望，又风闻王直等重臣有复立朱见深之意，便与张杌、杨善及太监曹吉祥等人密议，认为复立东宫不如使太上皇（朱祁镇）复位，可邀功赏。他们将此议谋于太常卿许彬，许彬深表赞同，并推荐“善奇策”的徐有贞。徐有贞得知此事后，要求石亨等人必先取得朱祁镇本人的同意，至正月十六日，石亨等人又找到徐有贞，告知已得到太上皇的首肯，徐有贞在观看天象之后，决定当夜动手。
景泰帝早已决定十七日上朝，于谦、王直等朝臣也联合写好奏疏，请复立朱见深为太子。就在此时，石亨、徐有贞等人抢先一步，采取了行动。他们率家兵混在守御军士之中，趁暮色进入大内，到南宫门外，门锢不开，便指挥兵丁悬巨木毁墙而入，用辇将朱祁镇抬至东华门，守门者拒而不纳，朱祁镇宣言道：“我太上皇也。”守门者畏惧，开门放行。徐有贞等人进入奉天殿之后，鸣鼓开门。当时，等待早朝的百官正在班房等候，忽闻殿上大乱，震愕不已，徐有贞大声宣布：“太上皇复位矣！”令百官朝贺。朱祁镇也宣谕群臣各就其位如故。徐有贞被命入内阁，参与机务。
“夺门之变”后，于谦成为首当其冲的受害者。其实于谦并没有公开反对英宗复位，但是英宗复出自然要小试牛刀，杀一儆百，以重现往日的威严，策划“夺门之变”的几个人既为了证明自己行动的正当，也为了震慑文武百官的不满情绪，于是，于谦就成为不可避免的牺牲者。这次“夺门之变”的主要策划者徐有贞。就是在“土木之变”爆发后倡言迁都的翰林侍讲徐理，这一建议遭到以于谦为首的文武大臣的一致痛斥，并当场被太监金英等赶出朝堂。这莫大的羞辱使得他万分难堪，恼羞成怒，对于谦等人怀有切齿的仇恨。景泰帝对徐理也十分鄙薄，这自然就影响了徐理本人的升迁。一次，徐理极想得到祭酒的官位，景泰帝审阅卷宗时说道：“此人就是那位主议南迁的徐理吗！朕看此人为人奸诈，包藏祸心，以其为祭酒，将败坏诸生的心术。”予以断然拒绝。而当时景泰帝特重于谦，尤其在官员的任免选拔上更是言听计从，徐理以为是于谦从中作梗，对于谦的怨恨与日俱增。尔后，徐理巴结大臣陈循，陈循劝其更名以瞒过景泰帝，徐理便改名为徐有贞，果然瞒过了景泰帝，方得到擢用。“夺门之变”后大权在握的徐有贞为雪耻报仇，自然首先拿于谦开刀。
“夺门之变”的另一个主要人物——石亨，本是于谦一手提拔起来的将领，于谦对其有知遇之恩，按理说，他对于谦应知恩图报，但因于谦性格过于刚直无私，与石亨的关系也相当紧张。如在北京保卫战胜利后，石亨被封武清侯，总制京师兵马；而于谦居功第一，只是官加少保，由二品进至一品。石亨不免心中有愧，便有意推荐于谦之子于冕为官，于谦坚决拒绝。他说：“国家正值多事之秋，臣子不能顾及私恩。石亨虽位至大将，但没有为国家举荐人才，而单独推荐臣之子，必遭非议。臣对于军功力避侥幸，绝不敢对亲子滥行功赏。”“纵然臣想为子求官，也应亲自向圣上求情，何必假石亨之手。”于谦的这些话义正辞严，掷地有声，但石亨听后却极为恼怒，因为于谦不仅不领情，却反过来在景泰帝面前揭他的老底与不良用心。石亨本人虽为武将，但禀性贪鄙，于谦并非不知，只是国家用人之日，不好求全责备，且于谦素来功过分明，不树私恩。后石亨侄子石彪贪暴不法，于谦上奏弹劾，石彪被斥谪守大同，石亨更加恼怒不已，早欲伺机报复。
于谦忧国忘家，特别是在瓦剌大军南侵之时。常常以朝房为寓舍，不回家休息。他曾与太监曹吉祥等同掌军务要事，明知曹吉祥等在宫中的势力，却丝毫不为所屈，傲骨铮铮，直言不讳，对心术不正之徒多有冲撞。因此，同朝大臣及太监忌恨于谦者并不在少数，曹吉祥与张杌等人都受到过于谦的弹劾，积怨心中已久。“夺门之变”后，于谦成为众矢之的，难逃厄运。于谦忠心报国，以江山社稷为重，也自知积怨甚多，日后必遭小人报复，但依旧以天下为己任，无怨无悔。他常感叹道：“此一腔热血，竟洒何地！”语意之悲凉，实令人黯然神伤。
徐有贞等唆使言官弹劾于谦、王文等人，理由是阴谋拥立其他亲王为东宫太子，王文据理力争，辞气俱壮，徐有贞理屈词穷，诡辩道：“虽无显迹，意欲有之。”三法司官员为迎合徐有贞、石亨等新贵，最后竞以“意欲”之罪定刑处斩。面对这莫大的冤枉，王文等人更加愤慨，惟独于谦坦然笑道：“抗辩能得生耶？于事无补，彼等就是欲置我于死地，根本不管事证如何。”卷疏上报英宗，英宗也觉处置太过，说道：“于谦实有大功于国家。”徐有贞迫不及待地上前言道：“不杀于谦，今日之事无名。”闻听此言，英宗顿时语塞。
这句话深深地刺痛了英宗的心，这位重新复位的君王登时回想起“土木之变”后自己亲身经历的种种不堪回首的日子。同时自然不会忘记于谦那“社稷为重，君为轻”的主张，英宗没有将由宠任王振而使百姓惨遭涂炭的责任揽在自己身上，却把自己所受的磨难归咎于谦。按这种逻辑，身为万乘之尊的朱祁镇马上变得一钱不值，曾一度将他视为无价之宝的也先后来甚至以他为赘物，将其送回以讨好明朝。这种冷落与屈辱在英宗的心中不可抹灭，想起这一切，英宗对于谦的仇视是可想而知的。于谦是不欢迎他朱祁镇做皇帝的，“夺门之变”可以说是名不正言不顺，如不横下一条心，这皇帝宝座怎么坐得下去呢？于是，英宗杀机顿起，命将于谦等人在东市处斩。
面对莫须有的诬陷与栽赃，面对无耻之徒的挟私报复，于谦并不是不想抗辩与申诉，但他内心里明白，自己是逃不过英宗这一关的。同样，满朝文武大臣也十分清楚这一点，他们之中也不乏良知未泯之士，但谁也不敢在此时抗颜强辩，为于谦鸣不平，根本原因就是他们与于谦一起拥立景泰帝，在对待英宗的态度上也是模棱两可，他们同样害怕英宗进行追究。因此，于谦之死，从根本上说是有关皇帝废立的政治问题，拥立并忠于景泰帝的于谦在英宗复位之后，只有死路一条，这恐怕也是素称“刚烈忠义”的于谦无奈的结局。他保全了社稷，却无法保全自己的性命。
徐有贞、石亨等人实为野心勃勃的政治投机家，得志之后自然忘乎所以，擅作威福，横行一时。但好景不长，为争权利，互相倾轧，徐有贞被贬流放边地，曹、石等人均因图谋不轨，先后败露而不得善终。同时，也有人开始对不光彩的“夺门之变”作了重新评判。如大臣李贤上言道：“这个事件可以称为‘迎驾’，而不能名为‘夺门’，皇位本是陛下固有，‘夺’就有僭越之意，徐有贞等人侥幸成功，万一事机泄露，石亨等人生死固不足惜，而将置陛下于何地？若景泰帝沉疴不起，群臣必表请圣上复位。石亨等人虽欲升赏，以何为功？社稷老臣不至于被杀戮降黜：石亨等人也无从招权纳贿。国家太平气象，如今被此辈奸人损削过半。”英宗深表赞同，命今后不得用“夺门”之字，罢黜由徐、石等人滥封官位之人，但对昭雪于谦之事，只字不提，可见其内心积怨未消。
明人于慎行在《谷山笔麈》中云：“秦桧杀害岳飞，世人都以为是秦桧为遵守与金人达成的协议，然综观事实，并非如此，杀害岳飞乃高宗之意，高宗不愿迎回徽、钦二帝，秦桧知其意也。”这一分析是相当透彻的。同样，明景泰帝不愿英宗回銮，也是司马昭之心，路人皆知的。于谦以江山社稷及黎民百姓为重，拥立新帝，击溃强虏，奇功卓著，但却因此面临更加艰难的抉择。如果没有于谦力挽狂澜，英勇反击，也许大明江山将丧失大半；如果没有于谦“社稷为重，君为轻”的严正宣言，蒙古人也不会轻易将英宗放回。
应该承认的是，在奉迎英宗的问题上，于谦确实犹豫再三，同样着眼于江山社稷，在选择的天平上，于谦是倾向于景泰帝一边的，他对英宗的昏庸与妄为不可能没有自己的评价和看法，也就在这一点上，于谦为自己设下了危险的陷阱。在封建王朝中，只有专制帝王对其臣子有生杀予夺的大权。而不存在臣下选择帝王的自由，否则就是大逆不道。这就是于谦悲惨结局的症结所在！