明代对官吏的考核制度有“京察”和“外察”两种。“京察”考察京官，6年一次，以地支逢巳、亥的年份举行；“外察”考核地方官吏，3年一次，每逢辰、戌、丑、未之年，趁外官赴京师朝觐之机加以考察。在京察中，根据官员的政绩、品行，分别给予升任或罢官降调等奖惩。凡是在京察中被罢官的，终身不复起用。由于考核的结果决定官员的升迁，故而深受朝野上下的瞩目。万历二十一年（1593年），顾宪成不满于浙党阁臣的倒行逆施，借京察的机会，操纵吏部罢黜与阁臣过从甚密的一些官僚，引起了王锡爵等人的强烈不满。平心而论，此次京察的主持者——吏部尚书孙铣、考功郎中赵南星和左都御史李世达等人，都是比较正直的官吏。在这次京察中，他们基本上还是做到了秉公澄汰、无所徇私。例如，文选员外郎吕胤昌是孙铣的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，两人均因考评不佳被斥黜。由于主持京察者得罪了内阁权臣和被黜官吏的亲朋师友，万历二十一年的京察，也就成了门户党争的重要一幕。特别是在此后门户党争日趋激烈的情况下，在京察中提拔贤能、降邪黜恶的可能性越来越小，而结党营私、打击异己、扶植同党的色彩却日趋加重。万历后期，东林党与浙党双方的争斗愈演愈烈，口头论争已不能发泄怨恨，故而双方均殚精竭虑地排斥异己。不遗余力地借京察逐罢对方在朝的官员，也就成了党争的重要内容。万历三十三年（1605年），东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔主持京察，浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人均受贬谪。万历三十九年（1611年），东林党人再次借考察京官之机，联合吏部尚书孙丕扬逐斥浙党诸人。与此同时，南京的京察却为齐、楚、浙党主持，因此，在那里的东林党人便大受斥逐。不久，浙党方从哲入阁成为辅臣，浙党乘机反扑，将号称“清流”的东林党人驱逐殆尽。到万历四十五年（1617年）丁巳京察时，方从哲又当上了首辅，浙党势力愈益膨胀，对东林党人更是极尽打击迫害之能事。光宗去世后，杨涟、左光斗与刘一燝和周嘉谟等人拥立光宗的长子朱由校即位，此即“熹宗”，翌年（1621年）改元“天启”。当时，浙党首领方从哲因“红丸”诸案被迫辞归，东林党人暂居上风。天启初年，东林党人叶向高复出，担任首辅，邹元标、赵南星和高攀龙等人也纷纷跻身于大僚之列，左光斗、魏大中、黄尊素等人又控制了言路。于是，内阁、都察院、吏部、礼部等要职均为东林党人所把持。一时间，东林党人的势力空前发展。这时的东林党人，早已为朋党门户的倾轧冲昏了头脑，他们一旦大权在握，政治上并没有多少建树，却不遗余力地对政敌加以排斥和大肆报复，甚至凡是与东林党人意见相左的，均被他们视作“邪党”而遭逐斥。天启三年（1623年），东林党人赵南星出掌吏部，更是培植私人，大事报复，任意黜免与他们政见不合的朝官，这就使得非东林党官僚不得不另找靠山，纠集力量重新与东林党人较量。当时，权阉魏忠贤为司礼监秉笔太监，并提督东厂，麾下爪牙有“五彪”、“十狗”、“十孩儿”和“四十孙”等。自内阁、六部、四方总督、巡抚，到处都有他的死党。特别是浙、齐、楚、宣、昆党中的一部分人与之结成联盟，更壮大了他的力量，从而形成了与东林党人相抗衡的阉党。譬如，《东林点将录》的作者王绍徽本是齐党的首领，《三朝要典》的总裁系昆党的骨干顾秉谦，而阉党的内阁首辅冯铨与东林党有世仇，“五彪”之崔呈秀、魏广微等人，亦均为遭东林党排斥和结怨的仇人。魏忠贤有了这批人做心腹和智囊，如虎添翼。可以说，天启年间魏忠贤为首的阉党势力之膨胀，固然有着多方面的原因，但东林党人在政治上的失策，无疑也难辞其咎。
党争不已使得明代后期缺乏起码的政治是非标准，许多朝廷纷争只是出于朋党的私利。在不少问题上，党争双方都是将朋党的利益置于国家、社会和民族的大义之上。浙党党魁王锡爵就曾对东林党领袖顾宪成说：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之。”“庙堂”是指朝廷。他的意思是说——当今最奇怪的一点是，凡是朝廷赞成的，东林党人控制的舆论就必定要反对。对此，顾宪成则反唇相讥：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳。”确实，凡是东林党人赞成或反对的，把持朝政的浙党一定要反其道而行之。关于这一点，东林党人及其政敌聚讼纷纭的“卫国本”，便是极为明显的一例。万历十四年（1586年）。朝廷群臣为了册立皇太子之事发生了激烈的论争。明神宗的皇后没有生儿子，而妃嫔之中，王恭妃生有一子（朱常洛），郑贵妃生有一子（朱常洵）。朱常洛年纪为长，按照封建传统惯例理应成为太子。但明神宗因对郑贵妃情有独钟，一直想立朱常洵为太子。这种念头一经流露，就遭到了朝臣们的激烈反对。明神宗无奈之余，干脆一拖再拖，就是不立太子。万历二十一年（1593年），明神宗又耍了个花招，下诏要并封朱常洛、朱常洵为王，藉口是要等皇后嫡子出生以后再定储位。此事在朝臣中掀起了轩然大波，大家纷纷反对。神宗迫于众议，不情愿地在万历二十九年（1601年）册立朱常洛为皇太子，分封朱常洵为福王。但福王仍然迟迟不赴封地就藩，以至于朝臣疑虑纷纷，这就是持续时间长达二十多年的“国本”之争。这一事件本身原本并不足道，但它却成为晚明党争的开始。稽之史籍，浙党与东林党人在这一问题上其实并没有什么分歧，他们都一致要求神宗早日册封皇太子。但双方却借题发挥，相互攻讦不已，聚讼纷纷。又如，万历年间矿监税使的肆虐，不仅引起了东林党人的极大愤慨，浙党及其他与东林党人不和的官僚，也不乏反对的意见。首辅沈一贯、左都御史温纯、户部尚书赵世卿和司礼监王义等人，都进行过罢除矿监税使的活动。但东林党人却故意视而不见，因此在他们谴责矿监税使横行的呼声中，就常常挟带着攻击执政异己的党争利益，从而因朋党门户的私利，削弱了“为民请命”的社会正义感。
晚明的朋党纷争加速了政治上的腐败，也使得原本已十分复杂的政治形势更趋严峻。随着党派纷争愈演愈烈，到崇祯年间，对于日益严重的社会危机，东林党人越来越显得束手无策，他们整日袖手空谈，交章攻讦，汲汲于毫无原则的门户党争。当时，全国各地的农民造反呈星火燎原之势，东北的女真族势力也咄咄逼人。东林党人对于政局虽然喋喋不休，但往往持论甚高，筹边制寇却并无实招。激烈的党争，使得原已衰败不堪的国家机器难以正常运转。天启年间，明廷任命著名将领熊廷弼为辽东经略，并以刚愎自用的王化贞为巡抚。熊廷弼创立“三方布置法”，主张采取稳固防御的策略，在广宁驻扎步、骑军，在天津及登莱一带驻扎水军，并在辽河沿线实施防御。这一策略，在当时的形势下无疑是正确的。然而，只知纸上谈兵的王化贞却不以为然，他不顾辽东的实际情况，一意鼓吹进攻，并处处阻挠熊廷弼的防御计划。当时正值天启初年东林党人得势时期，内阁首辅是叶向高，而王化贞则是他的得意门生。东林党人出于朋党利益，对之事事加以袒护。而熊廷弼则因早年隶属于东林党的政敌之一——楚党，并在御史任内曾经排斥过东林党人，故而深受后者的忌恨。因此，不仅他的稳固防御计划多所掣肘，而且，就连在兵力配置方面也得不到多少支持。天启二年（1622年），努尔哈赤率军围攻西平，在广宁拥兵14万的王化贞派遣军队前去救援，结果是一触即溃。广宁随即失陷，王化贞匆匆出逃。熊廷弼只好下令坚壁清野，保护溃兵溃民退入山海关。广宁失守后，辽东的形势更趋吃紧。此后，熊廷弼和王化贞两人都被逮捕并追究责任。东林党人偏袒王化贞，不顾熊、王二人责任的轻重，力主一并处死。特别是邹元标、魏大中等人，对于熊廷弼更是恨之入骨，必欲置之死地而后快。熊廷弼无奈之余，只得乞救于与东林党对立的阉党。他先是让人说自己愿意贿赂内廷4万金祈缓，继而因无银可贿，又得罪了阉党。而东林党人看到熊廷弼为阉党所忌恨，马上又纷纷改变初衷，上疏申救其冤。这又让阉党以为熊廷弼与东林党人早有瓜葛，于是更加紧了对他的迫害。阉党诬陷熊廷弼贿赂东林党人，犯了失守封疆的大罪。天启五年（1625年），熊廷弼终于被杀，他的头颅被传送到九边示众。对此，后人吟咏道：“长城自坏不知惜，九边传首血凝碧。”其实，因党争而受祸的边防将领，又何止熊廷弼一人！稍后于熊廷弼的大学士孙承宗，是功高权重的资深朝臣，他素来与首辅叶向高等人关系密切。尽管阉党头目魏忠贤多次拉拢，但他始终不为所动。天启三年（1623年），孙承宗出镇山海关，他继承熊廷弼“以守为攻”的战略方针，取得了相当的成效。但由于魏忠贤对其拥兵关外深怀忧忌。遂想方设法陷害他，不久，孙承宗也就成了党争的牺牲品。天启五年（1625年）十月，阉党借柳河明军小败，极力参劾孙承宗，孙承宗被迫去职归里。再如，袁崇焕的冤死。也与明廷内部的树朋结党有关。
从万历中后期起到崇祯年间为止，朋党混争愈演愈烈。从朋党双方的构成来看，一般说来，东林党人多是一些比较有抱负、关心国计民生、头脑比较清醒、政治态度比较开明、个人品质也较为正直廉洁的士大夫。他们不尚空谈，主张躬行实践，过问政治，以求经世致用。他们认为“自古未有关门闭户自做成的圣贤，自古圣贤未有绝类离群孤立无与的学问”，要求士大夫走出书斋，进行救世的活动。特别是早期的东林党人，更具有一定的社会正义感和政治改革的主张，其中不乏真正的忧国忧民之士。他们曾积极支持市民的反税监斗争，不仅经常上疏弹劾税监，为商民请命，而且还直接参与民间反对矿监税使的斗争。例如，苏州织工领袖葛成为反税监而死，东林党人文震孟为之题写碑文，朱国桢为他撰写墓志铭。天启年间，一些东林党人更是不畏强暴，与阉党势力展开了殊死的斗争。天启六年（1626年），魏忠贤派缇骑到江南等地逮捕东林党人周顺昌，曾激起民众的强烈反抗。当时，苏州居民聚众达数万人，群趋殴打缇骑，当场击毙缇骑一人。巡抚报告“吴人尽反”，并逮捕了为首的颜佩韦、周文元、杨念如、沈扬和马杰等5人。这一事件说明，东林党人反对宦官阉党的正义行动，得到了当时城市居民的普遍支持和同情。对于日益隳弊的官僚机构，东林党人也力图严肃吏治，这也符合下层民众对清明政治的愿望。不过，由于门户之见，激烈的政争牵住了东林党人大部分的心力，不少人变得傲慢、偏狭和难以容人，逐渐丧失了过去力图整饬朝政的壮志，他们与其他党派在政见上的差别日见其微，澄清吏治的愿望不仅没有收到实际效果，而且还使得晚明的政治形势更为腐败。东林党人当政后，一是起用了一大批被贬的党人，让他们控制军政、监察和人事大权；二是排斥异己，打击宿敌齐、楚、浙、宣、昆党，利用“京察”的机会，不遗余力地将自己的政敌逐出朝廷。在这种情况下，吏治就成了谋取私利、排斥异己的手段，不仅使得他们在政治上无所建树，而且也给晚明的社会、经济和军事等诸方面带来了严重的后果。以军事方面为例，由于朝中各朋党借“辽事”（辽东的战事）互相攻讦，朝廷之中，整天是吵嚷混争的一片喧闹，君臣上下，对于辽东战局束手无策。从明末的军事形势来看，自辽、沈、广宁失守到熊廷弼、袁崇焕诸人被杀，可以说完全是当时政治腐败的结果，著名的将领熊廷弼等人成了东林党人和阉党相互攻击的牺牲品。风雨飘摇中的大明王朝，自毁长城，使得辽东的边防日益窳坏。否则，至少可以暂时阻遏女真族的迅速扩张，从而延缓明朝灭亡的速度。