其次，既然没有明确的犯罪事实，即兴大狱，广事株连就更加背离了法律的公正，大有独断专横、滥发淫威的意味。将各级衙门主印者一概诛杀，佐吏也同时受杖发配，牵连人员达数千人之多，朱元璋的处理可谓不公。显然，虽不能说这些被惩官吏均为清白无辜，但其中蒙受不白之冤者必定大有人在。而且这些人一概被剥夺了申辩的权利，其他朝廷官员畏于朱元璋的淫威，也不敢上言，就连以死上谏的郑士利也被同坐。朱元璋出于对天下贪官污吏的切齿仇恨，决意诛除民害，其本意似无可非议，然而这种一味猜疑、蛮横专断的做法本身就是对王朝法令的破坏，其量刑定罪完全出于皇帝的臆断，将国法置于一边，其结果并没使人有为国除奸、大快人心的喜悦，相反却令人产生“伴君如伴虎”的畏惧。
如果说对“空印案”的处理有草营人命之嫌，那么对“郭桓贪污案”的惩治就更让人感到“醉翁之意不在酒”的意味了。《明史·刑法志》在记载郭桓案起因时，曰：“帝（即朱元璋）疑北平二司官吏李或、赵德利等与郭桓为奸利。”可见，这件涉及全国的重大案件的发案仅仅是出于朱元璋本人的怀疑，然后又依据这些疑犯的交待，广事株连。试想“欲加之罪，何患无辞”，重刑之下，焉有不诬？朱元璋并不追究这些人所述的真伪，便大开杀戒。礼部、刑部、兵部、工部等的官吏，不问青红皂白，“举部伏诛”。
可以想象，“郭桓案”事发后，一时间偌大的官僚机构尽被诛杀一空，其惨况已是不堪入目了，但六部官吏必须与地方官吏携手方能盗卖官粮，因此，天下各级衙门中与钱粮之事有涉者均在劫难逃。朱元璋概不留情，“死徙数万人”，真是血流漂杵，惨不忍睹！显然，这并不像在惩治一起贪污案，而似乎是对天下官吏的一次有预谋的大屠杀。朱元璋还郑重其事地追究被盗卖的官粮，其依据同样是被拘官吏的交待，结果“寄染遍天下”，各地中豪之家皆被牵连，无不倾家荡产，这似乎又是朱元璋对天下富民的一次有预谋的搜刮。
朱元璋对“郭桓案”的审理与处置，不仅罪名“莫须有”，而且与王朝法律条文背道而驰，不可避免地激起了天下民众的不满与愤怒，参与弹劾的御史全敏、丁廷举等人成了朝野谴责的众矢之的，这使得蛮横专断的朱元璋也慌了手脚。为了平息天下人的怨气与不平，他连忙着手挽回局面。他一方面亲自下诏公布郭桓等人的罪状，另一方面将负责审理此案的吴庸等人处以极刑，并宣言道：“朕下诏责令有司诛除奸恶，没想到他们竞做出这等奸扰百姓之事，今后凡有此事发生，遇赦不宥。”他将郭桓一案产生的负面效应完全归咎于办案官吏，其实这一切的主使皆为朱元璋本人。
与朱元璋本人立言与行动自相矛盾一样，有明一代所制订的法律体系也形成自相矛盾的双轨制，一是所谓《大明律》系统，一是所谓《大诰》系统。朱元璋在建国之初，就召集重臣依据唐朝律令制订王朝的新法律，经过反复修订，直到洪武三十年（1397年）才最后正式颁布。《大明律》系统基本反映了朱元璋一贯倡导的“法贵简当、使民寡过”的立法思想。而在《大明律》制订的同时，朱元璋本人亲自审决了大批的案件，包括明初四大案，《大诰》就汇集了朱元璋对这些案件处置过程的详细记录。“颁之臣民，永以为训”，即作为日后官吏量刑定罪的范例，《大诰》于洪武十八年（1385年）颁行，次年又颁布了《大诰续编》、《三编》。朱元璋处置的案件大多涉及贪渎，正如同对待“空印案”与郭桓贪污案一样，朱元璋一概从严惩处。据不完全统计，以凌迟、枭首、族诛等处置的就有几千个案件，弃市以下判决的更多达一万多起。
另外，朱元璋在审理过程中所使用的酷刑更是名目繁多，令人心惊胆战。不寒而栗。如断手、剁指、挑筋、刖足、黥面、枷死、剥皮实草等等，不一而足。除了在文章开始引用的赵翼《廿二史札记》所记载的情形外，明人李默在所著《孤树裒谈》中对朱元璋发明的多种酷刑作了相当细致的描述：
国朝初年喜用重刑，凌迟处死之外，有“洗刷”，即将裸体置于铁床之上，浇以沸水；有“铁帚”，以铁制扫帚扫去皮肉；有“枭令”，以铁钩钩住犯人后脊悬吊；有“称竿”，即把犯人缚在竿杪之上，似半悬而称之；有“抽肠”，也是把人挂在架上，以钩钩入谷道而出；有“剥皮”，剥赃官贪吏之皮，置公座之侧，令代者见而知儆惩之意。
种种刑罚无奇不有，惨无人道，令人发指。《大明律》明确废除了历代相承的黥、刺、劓、阉等酷刑，而朱元璋发明使用的酷刑要比这些刑罚残虐百倍。大讲“礼法为国之纲纪”的朱元璋，自己的所作所为却率先破坏了国家的法律。以“空印案”与郭桓案为例，朱元璋名义上以惩治贪污为理由，却以证据严重不足的罪责擅兴大狱。拷讯成招，广事株连，不问真伪，充斥着蛮横与强暴，没有丝毫的公正平允可言。
在这样滥施淫威的君主统治下，各级官吏无不战战兢兢。如履薄冰般地度日如年。这种滥施刑罚的恐怖主义的统治方式使绝大多数官员噤若寒蝉，惟恐招来杀身之祸。根据明人笔记的说法，朝堂之上，朱元璋是否下决心大批杀人。是很容易看得出来的。要是这天他揿玉带在肚皮底下，便是大风暴的信号，准有大批官员被杀，满朝官员吓得面无人色，个个发抖；要是这一天，他的玉带高高地贴在胸前，大概杀人就不会多。朱元璋真可谓将中国历史上专制帝王的淫威表现得淋漓尽致，他似乎已不像一位统治天下的君王，倒像一位十足的丧失人性的屠夫，而那些大臣都成为可以任意屠戮的羔羊。偌大的殿堂也就顺理成章地成了血流满地的屠宰场。
当时有人为朱元璋这种滥施酷刑的做法辩护，说宋元中叶统治者专事姑息，赏罚无章，导致了国家最后败亡，因此朱元璋为痛惩其弊，才制定严刑峻法。官任平遥训导的叶伯巨指出：“开基之主垂范百世，一举一动都要使子孙有规可守，况且刑者为民之司命，不可不慎。”而正是在朱元璋这种“刑罚己出”的错误导向下，明初案件审理出现特别反常的现象：“用刑之际，多裁自圣衷，遂使治狱之吏务趋求意旨，深刻者多功，平反者得罪，欲求狱之平，岂易得哉？”也就是说，正是由于朱元璋不顾具体犯罪事实，对司法审判过多干预，独断专行，致使各级官僚在断案之时一意揣度朱元璋的意旨，务求严苛，以求得朱元璋的欢心而根本不顾是非曲直。如有官吏根据事实平反冤狱，却往往科以“结党营私”的罪名，这怎能保证司法的公正呢？
明初，对朱元璋的酷刑政治最具代表性的评价要算解缙的上疏了。在这篇长达数千言的上疏中，解缙慷慨陈词道：
窃臣曾听到过“令数改则民疑，刑太繁则民玩”的古训。我朝开国至今，将近二十载，没有几时不变之法，也没有一日无过之人。
接着，解缙还深入剖析了朱元璋专求苛厉的态度对明朝官吏作风的影响：近年以来，朝廷纲纪不肃，专以审断囚犯多寡为勋劳，根本无助于培养清廉公正的风气。御史纠弹，都是遵承皇帝的密旨，每当听说皇上要有赦宥之令，则必故意争执。以为如此，就更能体现皇恩厚重，这都是小人趋媚效劳之细术。“陛下何不肝胆而镜照之哉？”为了迎合朱元璋严刑厉法的意志，明朝众官都以多拘囚犯作为自己政绩的表现。御史弹劾朝官，都是密承朱元璋的私意。甚至在朱元璋有心宽宥天下罪犯之时，这些官吏百般阻挠，试图以此显出朱元璋的恩德，博取朱元璋的欢心。长此以往，必然导致“天下官员毫无贤愚之分，只须多拘囚犯即可：犯人进入刑部就无枉直之判，必得从严惩处”的结局，朱元璋的意旨就是国家大法，任喜怒为生杀，官吏专以苛迫为己任，毫无忠奸之辨。
洪武以后，许多后世的士大夫似乎对朱元璋严刑厉法颇多赞许之词，如方孝孺曾描述当时情形云：“郡县之官虽然远在穷山绝塞之地，距离京师万余里外，都悚心震胆，犹如皇帝之神明亲临其庭，不敢稍加放肆。如犯有毫发出乎法度、悖于礼义之事，朝廷定会朝夕之间予以惩办，注重名实辩否，真是前古所未有也。”就连被誉为清官的海瑞也对朱元璋的政绩推崇备至，他曾说：“我太祖高皇帝爱民如子，秉承《周礼》护保黎民如赤子之意旨，对于毫发侵渔百姓者立加惨刑，数十年天下民得安生乐业，可谓千载一时之盛也。”《明史》撰写者们也对当时吏治颇有称道之语：“一时间，天下守令畏惧触犯科条，洁己爱民，吏治焕然大变也！”
从保护天下平民百姓的权益出发，明初严惩贪官污吏种种举措，无可非议，因为它是以维护黎民百姓的利益为出发点的。朱元璋出身贫苦，曾深刻体验到官吏贪暴对百姓的生计与王朝政治的危害，元末农民战争的亲身经历更使他不能坐视官吏的营私舞弊。他万分担心大明王朝的命运，千方百计避免重蹈历史的覆辙，因此他毫不犹豫地打击欺上瞒下的行为，同时为了杀一儆百，不惜施用重刑酷法。总的来说，朱元璋惩治贪官污吏，属于官僚统治阶级集团内部的调整与斗争，对于普通百姓的损害并不十分明显，甚至应该说，具有相当大的积极意义。贪官污吏的收敛无疑是百姓的福音，对贪官污吏财产的剥夺，在一定程度上可以缓解国家财政收支的困窘，减少了对无辜百姓的摊派。
但是，在朱元璋惩治贪污的行动中，矫枉过正的消极影响也是非常严重的。不能否认，朱元璋严刑厉法，大开杀戒，无论对贪官还是清官，震慑力是可想而知的。功高望重的公侯尚且避之犹恐不及，一般官吏更是整日惶恐不安，不知何时大祸临头。表面上看起来，各级官吏都努力廉洁自守，但这种局面是极不正常的，各位官吏每日只担心自己的身家性命，哪还有心思顾及其他？而且动辄得咎，并无申辩的权利，每日生活于恐怖之中，只想到苟延残喘，哪还有心思忠君爱民追求政绩呢？因此，后世士大夫在脱离当时具体环境之后，出于对贪官污吏的痛恨，对朱元璋大加褒美，不免带有强烈的理想色彩。一国之君应倡导各级官吏遵守国家法令，违法者必究，而不能让所有官吏无端受戮，生活于恐怖之中。即使这种恐怖统治可以在一段时间内使国内政治清明平静，但这种清明平静是虚假而可悲的，也是无法长期维持的。
更有甚者，朱元璋在惩治贪污的过程中，往往是亲自审理，对于犯罪事实的判别并不是依据法律条文及事实真相，往往臆度专断，同时随意施以惨刑，其结果屈打成招，广事株连，“锻炼”成狱。这种真伪不分、忠奸不辨的惩办只能使天下百姓对当朝政权感到失望，“法度严而民玩”，“法网密而民不从”，正是说明了这种情况。这又给了那些阿谀奉迎的官吏以随意诬陷、挟仇报复的可乘之机。
由于广事株连，官员动辄得咎，到朱元璋统治后期出现了“才能之士，数年来幸存者百无一二”的局面，也就是说，大批官员被戮，直接影响到国家机器的正常运转。对此，相传刘基等人也婉言上谏“严冬过后，必有阳春”，“诛戮太甚，恐伤和气”，朱元璋本人也明确意识到了这一点，故而在洪武二十八年（1395年）下令道：
朕自起兵至今四十余年，亲理天下庶务，人情善恶真伪，无不涉历。对于奸顽刁诈之徒、情犯深重灼然无疑者，特令法外加刑，意在使人知所警惧，不敢轻易犯法。不过此为力挫奸顽的权宜之计，并非守成之君所用长法。以后嗣君统理天下，谨守《大明律》与《大诰》，不许使用黥、剌、刖、劓、阉割之刑。
“始作俑者，其无后乎？”朱元璋虽然一再告诫后世子孙不得再用惨刑，然而后世君王似乎在他的行为中悟到了更多的东西，这也就是法律条文不过是一种可以任意摆弄的玩偶，惨刑是一种加强淫威的有力手段。可以说，朱元璋的示范作用确实拉开了明朝法制史上滥施惨刑的序幕。如“剥皮实草”的惩治方式就在明朝历史上屡见不鲜，这不能不说是朱元璋首开恶例。明成祖朱棣便是在朱元璋诸子中最能得其父衣钵的一位，他发动“靖难之役”，夺取了其侄建文帝的皇位，弄得建文帝下落不明，一批誓死忠于建文帝的大臣不免成为朱棣屠戮的对象。如景清被捕后，傲然挺立，破口大骂朱棣，朱棣命卫士拔其齿，景清且拔且骂，含血直喷到朱棣的衣袍之上。朱棣大怒，命“剥其皮，以草填充，悬挂于长安门之上，碎割其骨肉”。另外一名大臣胡闰也因大骂朱棣，朱棣命手下将他勒死，以灰蠡水浸脱其皮，剥下后，以草填充，悬挂于武功坊。明末魏忠贤专政之时，是宦官擅权，特务政治最为黑暗的时期，魏忠贤为压制天下的不满，同样滥施惨刑。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒戮，甚至剥皮断舌，所杀不可胜数”。看来，朱元璋不仅没有成功地解决官吏贪污问题，却为后代树立了滥施惨刑的榜样，更为那些图谋帝王之位的奸恶之徒提供了“宝贵”的经验。