废除了丞相制。君权与相权之间的矛盾得以基本解决。君权空前膨胀，这对于大明朱氏江山的稳固。自然是极为有利的。揆诸史实，有明一代将近300年的历史中，前后在位的皇帝多达十数名，其中，有好几位是在童年时代便成为九五至尊的，有好几位则多年避居深宫，倦于理事。但尽管如此，君权还是极为牢固，并不曾出现过权倾一朝、觊觎皇位的人物。个中的主要原因，自然与丞相制的废除有着莫大的关系。与君权的空前膨胀相比，阁臣的作为则相形见绌。明代的阁臣绝大多数是由进士而翰林，然后再拜命入阁。这些人的人生道路往往是靠书本铺砌的，一生久在翰苑，舞文弄墨。从总体上看，缺少长袖善舞的政治实践经验。像仁、宣年间的“三杨”和万历朝张居正那样的权臣，毕竟是凤毛麟角。在张居正当朝的时期，内阁权威曾发展到了顶峰，但这个“震主”的权臣却最终祸发身后，惨遭抄家之祸。其他的内阁辅臣大多庸庸碌碌，只知恪守皇明旧章，而极少勇于任事、敢言直谏者。于是，有明一代关于阁辅，出现了许许多多的绰号，如“纸糊三阁老”、“万岁阁老”、“刘棉花”、“伴食中书”、“青词阁老”、“土木偶”、“魏家阁老”、“门生宰相”和“清客宰相”等等。譬如，“纸糊三阁老”之谣，是指成化中后期同值内阁的万安、刘吉和刘翊3人。万安是当时的首辅，他是靠巴结宦官养子得以举荐入内阁的。入阁之后，不学无术，日事请托，整日忙于交结诸阉作为内援。成化七年（1471年），出现彗星，群臣多言此乃君臣之情不通所致，强烈要求宪宗及时召见大臣议政。宪宗畏天命，无奈之余只得面见大学士彭时、商辂和万安诸人。刚刚没说几句话，万安就顿首呼“万岁”欲退出。彭时、商辂不得已，也只好叩头而退。对此，中官戏朝臣日：“你们这些人一直说皇上不召见，等到见面了，却只知高呼万岁罢了。”后人有《万岁阁老》诗曰：
紫微垣旁彗星见，
群臣请对文华殿。
群臣乃受阉宦欺，
情意未洽休尽辞。
一言不合叩头退，
若辈只知呼万岁。
噫吁嘻！
传言绝倒万岁阁老，
安小人不足言，
彭公、商公何草草。
万安诸人见到皇帝，只知高呼万岁。朝野上下一时传为笑谈，谓之“万岁阁老”。万安的同党刘吉，也是锐于营私的小人。此人时常为言路所讦，但却从未倒台。居内阁18年，人称“刘棉花”。像这样平庸奸险的小人执政，内阁自然无从发挥应有的作用。万历四十三年（1615年），神宗皇帝召见大学士方德清和吴崇仁。当时，方德清只是叩首唯唯，并无他言，而吴崇仁更是噤若寒蝉。御史刘光复越次进言，万历皇帝勃然大怒，厉声喝令拿下，众太监一拥而上，哄聚殴打刘光复。此事变仓猝，吴崇仁惊怖不已，竟至吓得僵卧在地，口吐白沫，便液流溢。万历皇帝回宫后，当数位皂隶将吴崇仁扶起时，却发现这位大学士犹如木偶像，完全失去了知觉。直到几天之后，才恢复了视听感觉。吴崇仁的胆怯，自然是一个极端的例子，但从中我们也可看出内阁大臣对于专制皇帝权威的恐惧。在明代，大多数辅臣虽然还没到吴崇仁那样的地步，但许多人却与另一个大学士方德清的作为颇相类似——见了皇帝只知唯唯诺诺，叩头高呼万岁，成为尸位素餐的“万岁阁老”。更有甚者，则整天迎合帝意，撰写斋醮词文，歌颂天人感应，成为名副其实的“青词宰相”。特别是嘉靖年间，由于皇帝迷信道教，许多阁臣都是以善写青词而得入阁，而入阁后也是专门只写青词，不干别的。清人万斯同有一首《青词相》这样写道：
天子锐意求长年，深居秘殿祠神仙。
一时臣僚争献媚，西苑供奉何荣贵。
撰得青词文句工，富贵即时超侪辈。
君不见夏相当年充西市，颇由青词失帝旨。
又不见严相当年擅国权，实由青词邀帝欢。
神仙之事诚有无，君兮相兮乃争趋。
天下未得神仙力，群公实赖神仙扶。
试观前后诸公辅，谁不由兹登政府？
君臣论相只青词，庙堂衮职更谁补。
噫吁嘻！庙堂衮职更谁补。
诗中的“夏相”、“严相”，即嘉靖朝先后以青词而入阁的夏言和严嵩。由此可见，在这种皇权登峰造极的形势下，失去了丞相的辅弼和制约，政治上欲求清明无从谈起。故而明代的皇帝也大多碌碌无为，除了太祖、成祖外，只有宣宗和孝宗，稍为后世所称许，其余的不过是些昏愦无道之主。
“票拟”是内阁的最大权力，而票拟能否被批准，则取决于皇帝的“批朱”。所谓“批朱”，也叫“批红”，是指皇帝根据阁臣的票拟文件，用朱笔批具意见，或是认可，或是批驳，或是指出另外的做法，交回阁中，命其照拟。换言之，票拟只是提出方法和意见，而批朱则是皇帝对内阁所拟意见的裁决，故而处理政务的大权，实际上仍然牢牢地掌握在皇帝的手里。正因为如此，即使是二十余年不视朝的明世宗，也能“张弛操纵，威柄不移”。万历年间范守己就曾说过，他曾在大学士徐阶处看到嘉靖皇帝的谕札和改定的旨草，发现大学士票拟的文件，全都经过嘉靖皇帝的省览改定，有时整个文件甚至被批得体无完肤。即使所拟完全符合帝王的心意，嘉靖也一定要更易数字，以表示自己的“明断”。倘若有不符皇帝旨意的，则驳回再拟。再有不符，则必加申斥，所以内阁辅臣拟旨之后，无不惴惴不安。由此，范守己得出结论说：以往人们认为辅臣拟旨，几乎是执擅国柄，事实则远非如此。
事实上，执笔批朱的往往不是皇帝本人，而是司礼监大太监。内阁在票拟皇帝诏谕时，要依据皇帝口授的命令，即批朱。批朱是由宦官中的秉笔太监，将皇帝口头指示用朱笔记录下来的，因此秉笔太监的权力很大。“口含天宪”的司礼监秉笔太监，根据皇帝的旨意批答臣僚奏章，传谕诏书，在一定程度上成为皇帝的代笔和代言人，这就为宦官借皇权操纵政务提供了方便。与司礼监的这种决策权相比，内阁的票拟不过是供他们参考的建议权。特别是明代中叶以后，皇帝往往深居内宫，不大临朝问政，而将宦官视作心腹，委以重任，故而曾几度出现宦官擅权的局面。内阁票拟也就形同虚设，诏令敕文几乎完全出于内宦之手。宦官专权，是皇帝极端专制独裁的产物。而它之所以专权，是因为其中的司礼监掌管内外奏章文书，并照阁票“批朱”。他们往往倚权仗势，擅自批答和篡改票旨。司礼监有了“批朱”权，便能代替皇帝批示内阁呈进的拟旨，这使得辅臣与司礼监内臣，实际上对立于皇帝宝座的两侧，形成了宫廷与内阁相互制约的局面。司礼监代行“批红”，与其说是让太监代为处理国政，还不如说是利用宦官势力牵制内阁，代表皇权监督和控制内阁的施政活动，以确保皇权不受损害和侵犯。而司礼监抓到了“批朱”权，其权力便延伸到了外廷，影响到了阁臣的职权范围。司礼监往往藉此专权乱政，操纵内阁，为所欲为，使自己的特权位居内阁之上。对此，清人赵翼曾评论说：“明代首辅权力虽重，而司礼监之权力又在首辅之上。”阁臣为了保官晋秩，往往必须交结太监。例如嘉靖朝“奸相”严嵩的得宠，就与其善交内侍有关。随着明朝政治的日益腐败，皇权与阁权的矛盾冲突日益尖锐，宦官的权力也急剧膨胀起来。在内阁与宦官的矛盾斗争中，皇帝往往更多地偏袒于后者。明武宗就曾明确指责内阁大臣说：“天下事哪里都是内官闹砸的？你们阁臣办坏事的十常六七，先生辈应当有自知之明才是。”崇祯皇帝更是多次对阁臣表示：“如果各位大臣都能殚心竭虑地为国家尽力，朕怎么要倚靠内臣呢？”由于皇帝的心理天平严重地向宦官倾斜，显然直接导致了后者对内阁辅臣的蔑视。嘉靖年间，一个内侍不无炫耀地说：“昔张先生（璁）进朝，我们要打恭；后夏先生（言），我们平眼看他；今严先生（嵩），与我们拱手始进去。”从嘉靖朝三任首辅对宦官的态度变化中。人们不难看出宦官势力的如日中天和阁臣权势之式微。隆庆至万历初年，徐阶、高拱、张居正等人先后辅政。当时虽说是阁权较重的时期，但徐阶却因为得罪了中官而被迫退位；另一辅臣高拱企图赶走司礼太监冯保，结果自己反遭放逐。而张居正则正是因为密结了冯保。才得以取代前者而为首辅。执政后，冯保贪财好货，张居正就不遗余力地设法满足他的奢欲。至于后来在魏忠贤专权的时期，有的辅臣甚至不惜卖身投靠，成为“魏家阁老”，阁臣的权位更是为内监所操纵。当时，凡是内阁补用的大臣，大都要取决于魏忠贤。而中官与阁臣的勾结，又必然引发党派纷争。于慎行认为：“国朝既罢丞相，大臣体轻，以故政归宦竖，士鲜廉节。”这确实道出了当时的真实情状。
明太祖朱元璋在《大明律》中规定：“若在朝官员交结朋党、紊乱朝政者，皆斩，妻子为奴，财产人官；凡诸衙门官吏，若与内官及近侍人员互相交结，泄漏机密、夤缘作弊者，皆斩，妻子流放三千里安置。”显然，朱元璋对朋党及内外官员勾结的打击不可谓之不严，但明代党争的激烈程度，却远远超过了以往历史上的任何一个王朝。明代内阁中的首辅，因其具有拟旨特权，以及品位尊崇、接近皇帝和裁决机宜等特点，故而成为阁臣们竞逐、觊觎的目标。纵观有明一代，阁臣间的争夺排挤，明争暗斗，呈愈来愈激烈的态势，他们往往朋党台谏，纷争不休，拉帮结派，互相吹捧或攻讦倾轧，形成朋党势力，手段也越来越狠毒，常是必欲置之死地而后快。特别是从嘉靖初年张璁以议礼入阁以后，阁臣问的争夺倾轧更为激烈，到了夏言与严嵩、张居正与高拱之间的倾轧争夺，则达到了高潮。阁臣间拉帮结派，拉拢言官，攻讦不已，进而形成了后来的门户之争。客观上来看，这种阁臣间的纷争，对于皇室的统治是相当有利的。因为阁臣间的纷争，以及阁臣与宦官之间的争斗，使得他们彼此相互制约，皇帝高高在上，更便于平衡处置，统治起来便更加安全、省力，皇位自然也更牢固。明王朝之所以能够维持近300年的统治，与此不无关系。但从社会发展的角度来看，阁臣间无休无止的倾轧纷争，对于整个社会经济的发展却是极为不利的。悬想事势，遥度人情，朱元璋从巩固皇权统治的目的出发，意欲建立相互牵制、内外相维的官僚体制，却没有想到后世竟因此造成了朋党迭兴、党争激烈的局面，并最终导致明王朝国政的日趋荒废，以至走向衰亡。特别是明朝后期，整个朝廷坐视国是日非而振作乏术，终至内外交困，以至亡矣。故此，晚明杰出的思想家黄宗羲认为：“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始也。”