1944年7月，在中太平洋盟军攻占马里亚纳群岛后，两支钳形反攻的盟军部队，即尼米兹的中太平洋战区部队和从新几内亚岛北上的麦克阿瑟的西南太平洋战区部队，将在菲律宾群岛前会合一处。由于两支盟军部队在太平洋战区的反攻速度比预定的作战计划大大提前，因此，美国参谋长联席会议在这一新的形势面前，并未能及时明确太平洋盟军的下一步具体行动方向。
最后，罗斯福总统接受了麦克阿瑟的建议，决定首先进行菲律宾战役。
根据会议确立的菲律宾战役计划，战役初期由麦克阿瑟负责夺取群岛最南端的棉兰老岛，尼米兹则负责攻占雅浦岛，然后两人联合作战夺取莱特岛。接着，麦克阿瑟和尼米兹指挥各自的部队，分别进攻吕宋岛、硫磺岛和冲绳岛。
根据罗斯福总统的指示，麦克阿瑟制定了代号为“雷诺”的菲律宾战役计划。该计划将棉兰老岛选为首要战术目标，进攻部队将从新几内亚的基地出发，在第3舰队的全力支持下，预定于11月15日在棉兰老岛南部上陆，12月20日在莱特湾获得最初的立足点。此前，为获取前进基地，麦克阿瑟和尼米兹将于9月15日分别派部队夺占菲律宾群岛外围的摩罗泰和佩莱利乌岛。
为支援摩罗泰—佩莱利乌岛的作战行动，9月6日，哈尔西率领第3舰队的航空母舰攻击了雅浦岛、乌利亚岛和帛硫群岛，旨在孤立这些岛屿上及其附近的日军基地，削弱日军防御力量。9月9日、10日，哈尔西的舰载机又空袭了棉兰老岛，作战中意外发现日军的空中防御十分薄弱，几乎没有日机迎战，同时还证明此前由新几内亚机场出发的盟军岸基轰炸机已严重破坏了日军的空军设施。9月12日、13日，哈尔西的航空母舰编队袭击了比萨扬群岛，日本空军再一次表现出惊人的软弱无力。这一发现使哈尔西异常兴奋，他向尼米兹和麦克阿瑟建议，取消在棉兰老岛和雅浦岛这一中间阶段的登陆作战，而直接攻占莱特岛。尼米兹和麦克阿瑟立即同意了哈尔西的这一新建议，并提交正在魁北克开会的美参谋长联席会议讨论。很快，参谋长联席会议回电，同意直接攻打莱特岛的新作战计划，并指示尼米兹在战役期间将其第3两栖编队和第24军暂归麦克阿瑟指挥，登陆作战的日期由原定的12月20日提前到10月20日，比原计划整整提前了2个月。
根据美国参谋长联席会议批示，麦克阿瑟重新修订了“雷诺”战役计划。在新的作战计划中，盟军的登陆地点选在莱特岛东北部沿岸的平原地带。此次作战的首要目标是占领莱特岛沿岸杜拉格与圣何塞之间近30公里的地区，旨在尽快攻克重要的塔克洛班飞机场，进而占领并使用正在发展中的杜拉格飞机场网。这样一来，登陆盟军就能够控制圣胡安海峡，将进攻部队放在南部的帕纳昂海峡攻击距离之内。
1944年9月15日，麦克阿瑟所部的一支分遣队在摩罗泰岛登陆，只遇到日军的轻微抵抗。美军上岛后，很快建立了一个空军前进基地，到10月4日，已有美军飞机在此起落。在9月15日，尼米兹的中太平洋部队也突击了帛硫群岛中的佩莱利乌岛。由海军少将罗伊·盖格斯率领的第3陆海军战师一部在该岛同日军展开了为期两个半月的血战。最终，美军经过逐个山洞、逐个山脊、一寸一寸地向前推进，到11月25日才肃清了守敌。由于情报失误，使这次登陆突袭行动演变成为太平洋战场最残酷的岛屿争夺战之一。此战击毙日军1万余人，美军亡2000余人，伤数千人。此间，威尔金森的第3两栖编队还于9月17～20日攻占了恩盖屋岛，23日未遇抵抗占领了位于雅浦岛以西约160公里的乌利西环礁岛，从而使该环礁岛优良的港口成为哈尔西第3舰队的一个前进基础。
为确保挺进菲律宾的战役首战告捷，盟军空军部队自10月7日起对日空军和日防御部队进行了航空火力准备。哈尔西第3舰队的舰载机一马当先，猛轰了战区内的日空军基地，力图一举瘫痪日本空军。
与此同时，驻守新几内亚的美第5航空队和驻守马里亚纳群岛的美第7航空队也分别攻击了其航程内的所有日军基地。
10月9日～10日，米切尔的第38航空母舰特混编队北上袭击了位于冲绳岛的日本军舰及其防御设施。
10月11日，第38航空母舰特混编队南下，再次袭击了吕宋岛北端的阿帕里地区，随后又返回台湾近海。
12日，米切尔出动舰载机约600架袭击了台湾南部。同一天，驻印度加尔各答的第20航空队也出动了100架B—29重型轰炸机经中国成都加油后奔袭台湾。这两次空袭使日本在台湾的空军部队遭到严重打击，另有2艘日驱逐舰也被击成重伤。
由于被舰船炮火和许多被击落日机火焰的误导，日无线电台声称取得了一次伟大的海战胜利。
哈尔西希望借此机会诱出日联合舰队，于是留下1支巡洋舰编队欺骗日军，同时命令第38航空母舰特混编队向东驶入菲律宾海规避、坐等。日本本土的丰田副武果真上当，吃下为他设下的诱饵。他调动了600架航空母舰上的舰载机增援台湾，企图歼灭美航空母舰编队，但却扑空。就在此时，哈尔西令第38舰空母舰特混编队突然杀出，将增援日机半数摧毁。
此役美军前后共毁日机650架，击伤多架，还摧毁了日军在台湾构筑的许多岸防设施。美军的损失较轻微，只有2艘驱逐舰被击成重伤，其它几艘舰船轻度受伤，另外损失75架飞机。由于在这次战斗中日军航空母舰舰载机飞行员损失严重，因此在相当程度上影响了随后进行的莱特湾海战。
10月14日，由威尔金森率领的美第3两栖编队和巴比率领的美第7两栖编队，分别在马里亚纳海域和新几内亚的荷兰迪亚附近海域集结，搭载登陆部队后向莱特湾进发。10月16日，两支两栖编队在莱特湾外海域会合。17日晨，编成一个庞大舰队的登陆部队，开始向莱特岛启航。途中，担负水面护航任务的是美第7舰队的海上火力支援群，由奥尔登多夫海军少将率领，包括6艘战列舰、5艘重型巡洋舰、4艘轻型巡洋舰和66艘驱逐舰；担负空中护航任务的是第7舰队的空中火力支援编队，由托马斯·斯普拉格少将指挥，辖16艘护航航空母舰、9艘驱逐舰和1艘护航驱逐舰。在该舰队的翼侧远方，哈尔西的第3舰队正严阵以待，随时准备拦截从任何方向出现的日本海军联合舰队。这是一支机动性和战斗力都很强大的舰队，其中由米切尔率领的第38航空母舰特混编队为第3舰队主力，它包括8艘重型航空母舰、8艘轻型航空母舰、6艘新建造的快速战列舰、6艘重型巡洋舰、9艘轻型巡洋舰和58艘驱逐舰，拥有舰载机1000余架。此外，还有4艘潜艇为第3舰队担任警戒任务。
10月20日晨，经过严密的侦察和猛烈的火力准备，盟军拉开了莱特湾地区地面作战第二阶段的战役序幕。美第6集团军编成内的美第10军和第24军的4个师分别在圣何塞和杜拉格附近滩头同时登陆。由于日第16师未做好抗登陆准备，因此美军在登陆初期只遇到轻微抵抗。到深夜，已有13.2万名美军和近20万吨物资装备上陆。此间，日军唯一一次有威胁的反扑是出动了一小批鱼雷轰炸机重创了美重型巡洋舰“檀香山”号。10月21日，美军开始向岛上的塔克洛班推进，守军仍只出动小股部队进行抵抗，意在保存力量固守莱特岛首府后面的山头。10月22日下午2时，麦克阿瑟在菲律宾总统塞西奥·奥斯梅纳的陪同下从登陆艇上涉水上岸。