这个时候李鸿章名声如日中天，但阴云迅速从地平线上聚拢，随后会遮蔽他前程的阳光。想一下，当一个有才智的人看到李鸿章在一片赞扬声和感恩声中从自己巨大成功的手工艺展归来时，就不得不惊讶这位老人自欺欺人的地步有多深，究竟在多大程度上对这个虚幻的辉煌构造有所认同。他周围的那些人，有的在轮船甲板上，有的在衙门的办事处，他们都是他亲自任命的狡诈的贪婪之徒，这些人迫不及待地出卖了国家的安全，急着把钱揣入腰包。
比如，在迫使琅威理舰长及其下属的英国指挥官辞职的三个福建船长策划的阴谋中，随后导致了舰队的迅速腐化，李鸿章在多大程度上参与了此事？在多大程度上是因为体力不佳而默许了这个阴谋？
公正地考察这个事实，我们得出了以下结论：李鸿章在这次事件中负有主要责任。李总督一般情况下不愿意把实权授予哪怕是最好的外国顾问，所以在修订协议的时候，他得知琅威理坚持要求得到和丁提督一同管理舰队的权力时，便口是心非了。当丁提督暂时不在舰队时，琅威理发现自己只是个空头衔。总兵刘步蟾是三个阴谋策划者之一，他的目的就是把琅威理从位子上拉下来，所以坚持要求管理整个舰队事务，李鸿章支持了他。这样摆脱外国人之后，三位舰长（林泰曾、刘步蟾和方伯谦，全都是福建人）便开始把海军作为自己盈利的商业机构。其结果是灾难性的、直接性的。脱离了忠实的监管和纪律后，各个供给部门迅速腐化了。阴谋策划者把备战放在了舰队的末尾；相反他们依靠李鸿章的和平外交来维持和平状态，同时从“虚假”的军队中分享利益。要完成一个彻底瓦解的过程四年就足够了，日本人完全明白了这一点。
广东人林文庆是改良派的领导人康有为的朋友，他在1900年所写的文章中说，了解了琅威理辞职的原因也就知道了为什么中国几乎所有的新计划都会失败。他还说，外国专家和国内无知的高级军官之间相互妒忌，学生和军官的薪酬太低，裙带关系和错误的政策，都是中国采用欧洲海军和陆军体制落得失败的原因。无疑，林文庆没有把官员的不诚实列在导致灾难的原因中。
因朝鲜而发生的战争危机到来的时候，李鸿章大肆夸耀的海军几乎没有起任何作用，它们就像京城墙上画着中世纪的枪炮一样。李鸿章认识到这个情况了吗？我们觉得他意识到了，因为朝廷和总理衙门催促他派舰队为沉没的“高升”号复仇时，他却尽量地拖延时间，把舰队小心地藏在海湾里。如果报告所言属实，那么正是在这个关键点上他给慈禧太后递交了一份奏折，暗示说如果皇太后没有坚持把用于海军建设的资金挪用到重建和修饰她的颐和园上，那么海军不会这样惨败。可是总理衙门不理会任何借口，御史们一致地发出谴责和嘲讽声，李鸿章被迫派出他的舰队，让它们去黄海海战中碰碰运气。
天津机器局的每个欧洲人都很清楚，丁提督手下的舰长们胆小懦弱，再加上舰只数量不够，这都意味着灾难。这位勇猛却无能的司令官也明白这一点，在他的建议下，李鸿章匆匆忙忙地让在中国政府里工作的勇敢而忠诚的外国人作为他的人力资源。没有冯·汉纳根先生、泰勒上校、麦吉芬上校、麦克卢尔上校和其他欧洲人的指挥就不可能对敌人形成有效的对抗，而就只会是一场可耻的彻底失败了。
冯·汉纳根先生在“高升”号沉船中侥幸逃生（7月25日）之后，被任命为丁提督的参谋长和顾问。8月，他从威海卫向李总督报告说，舰队缺炮弹，因此建议李总督下令天津机器局全速运送充足的炮弹来。但是炮弹没有现货，而斯图阿特先生和外国工作人员都没法提供所需的炮弹。9月，当舰队前进时平均每炮只有14颗炮弹，而里面装的都是练习时用的轻型的炸药。臭名昭着的张佩纶，也就是李鸿章的女婿，衙门里第一号“捞钱王”，这时正主管军械的供应部门。中国海军的失败主要是因为他的巨额贪污，部分是因为那些纵容他贪污并分享赃物的军官们的贪生怕死。
战争爆发前两年，冯·汉纳根先生催促李鸿章批准订购克虏伯公司大量的重型炮弹，以期给“镇远”号和“定远”号两艘铁甲舰配备10英寸的大炮。但是订单从未被实行过，因为张佩纶不赞同在爆炸弹药上花钱，而他的朋友林泰曾、刘步蟾、方伯谦三个舰长都同意他的观点（如果我们能弄清楚李鸿章对这种“节约”行为究竟是否知情，以及他在多大程度上赞同将是非常有趣的事情）。
于是中国的两艘铁甲舰于9月17日前去参加黄海海战了，两艘舰总共才只有三颗重型炮弹。在这三颗炮弹中，一颗由（克虏伯公司的）炮手指导员赫克夏发射，击中并且几乎是摧毁了日本的“松岛”号旗舰。如果能为这些重炮提供充足的炮弹，那么黄海海战的结果或许是有利于中国的，毕竟丁提督是一个斗士，他的大多数部下都是可靠的。但是战舰的大炮没有发挥一点作用，因为张佩纶的节约思想迫使他们在战斗结束的时候在小炮上使用那种不会爆炸的钢弹。因此我们可以精准地说黄海海战失败的原因是李鸿章女婿张佩纶的贪污腐败所致。
由于张佩纶在李鸿章的衙门里做事，李鸿章本人是推卸不了责任的。
他不能假装不知道亲戚的坏名声，因为御史们的奏折里经常提到这个情况，但是李鸿章一直保护着他。四个月后，张佩纶因被控和一个日本特务有腐败交易，遭到了革职流放。
在为战舰重炮订购弹药之前，黄海海战已经结束了一个月。炮弹被运送到中国的威海卫时已经为时已晚，因为舰队已经被敌人封锁，正在做着最后的抵抗。此外，这个据说是无敌的堡垒中，勇敢的丁提督发现由于总督的供给部门的无能和腐败，所以无论在海上还是陆地上都无法完成防御任务。麦克卢尔上将和泰勒上校手下的几个忠实的欧洲人坚定地支持了他，但命运对他如此残酷，从日军包围海港的那天起就注定了灾难的结局。
在这个要塞里，104发炮弹中只有4发是填满了东西的，而其中只有1发填了火药，其他都是沙子。8英寸立体的阿姆斯特朗的观测镜被人偷去了，后膛也出了毛病。整个要塞乱成一团，山东巡抚急着要把自己的过失推到别人身上，所以和丁提督作对起来，而不是合作。这次围攻的一个特点就是要塞里出现了许多个日军收买的叛徒；也许是一个或多个叛徒控告了丁提督，所以他在12月份时被迫交出指挥权，进京接受进一步的处罚。这个命令后来通过李鸿章的影响和丁汝昌手下所有的外国军官的强烈抗议而被取消了，这足以让这位勇敢的将领在应该得到鼓励和帮助时感到失望。
2月12日，丁汝昌的弹药用光时，他把炮台和港口交给了日军海军司令伊东上将，自己便在当日舍身成仁了。和他一起自杀的还有刘公岛的指挥官，即李鸿章的亲戚张将军。在停止抵抗的前一天，丁汝昌还希望能从山东巡抚那里寻求援助，但希望破灭了。不仅如此，李鸿章还下令让丁提督在必要时刻放弃要塞，但要把他的舰队开往另一个港口。这个命令可能是由张佩纶或者总督衙门里的一个无赖草拟的，以期让这些好人的战败和死亡来填充他们的腰包。
李鸿章十分欣赏丁汝昌（他是一个和蔼忠诚的人），对于他的死而感到万分悲伤。李鸿章十分敬佩这位将领，说腐败和属下的背叛动摇了一切却动摇不了他坚定的心。伊东上将以他日本武士般的勇气和情感也十分欣赏这位不幸的对手，并把丁提督的尸体好好运到烟台。伊东遵照了东方人的习俗，在要塞被占领之前，不下一次地劝说丁提督放弃自己心里也十分清楚的毫无希望的事业，但他被礼貌性地拒绝了。
由于威海卫的沦陷和丁提督的自杀，战争实际上已经结束了，因为李鸿章的陆军和海军已经不存在了。朝廷开始处置李鸿章的许多将领，因为这些将领表现地十分无能和怯弱。同时为了防止获胜的日本人进军京城，朝廷准备逃亡西安。李鸿章在灾难降临的时候总是沉着冷静的，他安排自己的可动资产从天津转移到安徽老家，并承担起新的任务，担任全权大使和谈判者前往日本去了。
这样，由于内部的腐败和混乱，这个曾让李总督感到自豪并成为其名声之源的海军以耻辱为结局，一切都化为泡影了。他多年来的努力就和在沙子上建造的大厦一样，在第一波的冲击下就倒塌了，因为这一切都没有以忠诚和爱国为坚定的基础。
中国陆军的溃败甚至更加彻底、更加迅速，但陆军的威望从来就没有赶得上海军。确实作为一支作战力量，它的无所作为几乎是社会接受的事情，所以对李鸿章和中国政府来说这种失败并不十分出人意料。李鸿章的外国雇佣军供应充足，薪饷很高，但它只是皇家的卫队，是给大家参观的仪仗队，只能用于宫廷的政变，或者刺激一下记者和外交官的想象力，让人留下中国认真备战的印象，实际上却是一种异国风情的结果，给人一种纯粹的地方性和非典型性的舞台印象。在重组军队方面，李鸿章和其他总督所做的断断续续的努力，就好像是在穿破了的旧衣服上反复打补丁。密吉先生曾有幸看到了李总督管理机构的运作情况，对此他做了一番描述：
“军事设施一成不变。正规军没有组编，只是组建了一系列的地方军队，而且这些军队毫无凝聚力可言，也不受中央调配，外国教官的权力被限定在教学范围之内，并且要听命于他们的学生，他们自己没有一点权力。他们可以训练士兵，但大部分的军官却不去参加阅兵场上单调乏味的训练。少数一些已经获得欧洲军事教育的军官和外国教官一样，都无法说服他们完全无知的领导。所以那些最荒唐可笑的陋习不是慢慢影响，而是迅速地涌进了每个营房、每个学校，把科学的教学变成为空虚的滑稽剧。”
关于陆军武器和弹药的供给情况，也和海军一样存在着官员无能和不忠的现象。地方当局都在各出各的牌，直隶省也是一样，只想获得合同的好处和利益，根本不在乎材料和设备的配套供给。既没有制度也没有中央的监管，所以地方当局甚至下属的官员们在购置任何一种武器和弹药时都相互竞争。同样地，各省兵工厂购买的机械设备和材料都成了主管官员谋求发财的途径，而且用不着和其他兵工厂和京城方面沟通；所以最后买来了大量根本没有用处的弹药，结果给那些从来没有受过训练却使用这些弹药的人带来了危险，因为当局从来没指望有人会使用这些东西。
在天津，就如同根据条约对外开放的主要港口一样，主管军事供给的官员只顾及如何从军火合同中获得巨额回扣；到处都有德国的、奥地利的和日本的代理商给他们提供过时的武器和填了沙子的炮弹，价格方面当然会让双方感到满意。这种腐败情况在1894年暴露之后还没有得到改变。相反，由于战争赔款而使得官员们常规的财源减少了，他们更是不计后果地我行我素，军火交易随着他们的需求和贪欲的增加而繁盛起来。直隶和往常一样，走在各省之前用国家越来越少的信誉作为抵押，大量购买不同种类的大炮和步枪。所以仅仅在天津制造局的西局，联军就在1900年发现并查封了大约200万两银子的、且还未使用的战争物资，这些东西被买来不是为了军队的需要，而是为了官员们从中捞到好处。
与法国交战时，李鸿章扮演的角色更多是政治家和外交家，而不是军事家。在讨论这件事情和其结果时，李鸿章总体而言是让人知道，法国的胜利主要是依靠广西巡抚对战争技术的一无所知，也即是在暗示自己管理下的开明地区和那里是完全不一样的状况。无疑他在这个问题上的看法在某种程度上是受到他精心策划的政策的启发，这个政策就是如果不能获得一个有效的防御系统，那么就制造出强大的感觉。
1884年5月，李鸿章在天津和《泰晤士报》的记者讨论当时的形势和自己的计划时，反复说到自己希望欧洲不要受到中法战争的误导而觉得中国不能够成功抵抗侵略。他暗示说，自己信任中国士兵的素质，所需要的就是组织、操练和优秀的军官。所有导致中国弊端的主要原因是地方自治体制，由于这个体制，总督甚至是巡抚都是半独立状态，同时他们对军事一无所知。