根据福建省科研工作者的调查和广东、广西、台湾等省（自治区）的报道，龙眼病害约有20余种，从严重程度来看，各地的龙眼病害以鬼帚病为最主要，次要的病害有叶斑病类、煤病类、果腐、地衣、苔藓、藻斑病和种子寄生等。
一、龙眼鬼帚病
又名丛枝病、秃枝病、扫帚病、胡芽、麻风病、虎穗和哑吧等，分布于福建、广东、广西、浙江和台湾等省（自治区），本病在福建为害严重。在广东、广西为害较福建轻。病树的花穗、枝梢生长畸形，发病枝梢上的花穗不能结实，病树树势衰弱，产量逐年下降，常年减产20％～30％，严重时全无收成，终致全树死亡。
（1）症状：主要为害春梢及花穗，嫩梢受害，幼叶狭窄，淡绿色，叶缘卷曲，不能展开，严重的全叶呈线状扭曲。发病严重的植株，嫩梢顶部的畸形叶常全部秃落成秃枝，秃枝节间缩短，所生的侧枝节间亦缩短，成丛生、扫帚状的褐色无叶枝群，果农称之为扫帚病、鬼帚病和胡芽。
花器受害，常因节间缩短，花穗呈丛生短簇状，质柔软而稍臃肿，花畸形膨大，不正常地密集在一起，故有虎穗或哑吧、鬼穗之称。一般不开花，不结果，或开花结果但是果实发育不良，果小，果肉淡而无味，无食用价值，发病花穗褐色干枯，经久不落。
（2）病原：本病原为龙眼丛枝病毒。为一种线状质粒，只存在于寄主筛管内，多数是许多质粒聚在一起，很少是单个独自存在的。
（3）侵染循环：本病的初侵染主要借带病苗木、接穗和种子传播，亦可通过嫁接传染。用2年生砧木进行嫁接传病，潜伏期需7～8个月之久，田间自然传播，媒介尚未明确，根据调查可能与荔枝蝽象、白蛾蜡蝉、角颊木虱等刺吸式口器昆虫有关。
（4）防治方法：本病主要通过繁殖材料传播，因此在防治上应采取以培育无病苗木为主的综合防治措施。
①严格实行检疫，禁止病苗、病接穗和带病种子传入新区（无病区）和新果园。
②培育无病苗木，用无病、品质优良的母本树的种子或接穗育苗，严禁从病树上取接穗。
③无病区和新建果园，要选用抗耐病品种。
④结合修剪、疏花疏果等作业，剪除病枝，病穗，拨除病苗，集中烧毁，可以在一定程度上抑制病势的扩展，延长结果年限。
⑤及时防治木虱、荔蝽、白蛾蜡蝉等害虫。
⑥加强栽培管理，发现零星发病的植株，应立即砍伐烧毁，在龙眼生长期中，注意适时适量施肥，使树体健壮，提高抗病力，采果前后在施用氮肥的同时，合理施用磷、钾肥。
促使秋梢及时萌发、充实，增强抗寒力，可减少秋梢发病。
二、龙眼叶斑病类
（1）龙眼叶斑病有3种：即龙眼白星病、褐斑病和灰斑病等。此类病害分布于我国龙眼各产区，一般不严重，对生产无甚影响，但严重时导致早期落叶，影响树势。
1）龙眼白星病：为害成叶，初于叶面生出针头大小、圆形、褐色小斑点，扩大后叶面病斑呈圆形，灰白色斑点，病斑周围具有明显褐色边缘，直径1～2毫米，多数为2～3毫米，其上着生数个黑色小粒点（分生孢子器），叶背病斑灰褐色，边缘不明显，有时病斑周围有黄晕。病原属半知菌亚纲，对点霉属。
2）褐斑病：危害成叶和老叶。初于叶面生圆形或不规则形褐色小斑点，扩大后叶面病斑中央灰白色或淡褐色，病斑周围具有明显褐色边缘，背面病斑淡褐色，边缘不明显，其后于斑上生出黑色小点（分生孢子器）。病斑常愈合成不规则形大斑，蔓延至叶基，引起落叶，严重时全株脱落，树势衰弱，产量下降。病原属半知菌亚纲，壳二孢属。
3）灰斑病：常发生于成叶或老叶上，病斑常自叶尖向叶缘扩展。初于叶上生赤褐色圆形、椭圆形病斑，后逐渐扩大成不规则形，常数斑愈合成不规则形大斑，后期病斑成灰白色，病斑两面散生黑色粒点，老熟后破裂外露出黑色粉末状物（即分生孢子及分生孢子梗）。病原属半知菌亚纲，盘多毛孢属。
（2）龙眼叶斑病的侵染循环：对叶斑病类的越冬场所与发病条件研究目前还很少。据初步观察，大约是以分生孢子器、分生孢子或菌丝体在病叶或落叶上越冬。分生孢子是初侵染和辗转传播的主要来源，借风雨传播，萌发后侵入为害成叶或老叶。自春季至初冬均能发病，而以夏、秋雨季发病最盛，严重时常造成早期落叶，影响树势。
凡是栽培管理粗放、荫蔽潮湿、排水不良、害虫多、树势衰弱的果园发病较重。
防治方法：①加强栽培管理，增强树势，可以减少病害的发生。
②注意果园清洁卫生，清除枯枝落叶并烧毁，以减少菌源。
③发病严重的果园或老株，可于发病期连续喷药1～2次，每次间隔期10～15天。喷射05％波尔多液或70％甲基托布津800～1000倍液均可有效防治。
（3）地衣和苔藓龙眼：地衣和苔藓是老龙眼树枝干上常见的附生植物，在潮湿的衰老果园中普遍发生，特别是一些管理粗放的果园更为严重。被地衣、苔藓大量附生后，影响新梢的萌发，并使树势削弱，容易早衰，降低产量和品质，而且还是害虫和病菌繁殖生存及匿藏的场所。
防治方法：①加强栽培管理：如施肥、培土、中耕除草及修剪病虫、枯枝等项工作，必须及时进行，可以增强树势，减少或避免危害。
②喷药防治地衣和苔藓发生严重的果园，最好于春季雨后，用“C”形竹片刮除地衣、苔藓后，再进行喷药防治，效果则更显著。刮除的地衣、苔藓必须收集烧毁，以免继续传播为害。常用的药剂有：10％～15％石灰乳涂抹；6％～8％烧碱水喷射；1％～115％硫酸亚铁喷射；1％波尔多液喷射；或新鲜纯水牛尿洗刷树干或枝条。