沼气发酵通常以人畜粪便为主，但目前随着养殖业集约化水平的提高，农村散养户相对减少，农户沼气发展由于缺乏发酵原料而陷入了困境，不少以前建成的沼气池因此而停用，而农民在粮食生产时，却把大量的稻草在田间晒干后就地焚烧，既浪费资源又污染环境。
农作物秸秆做沼气发酵原料主要分为全秸秆沼气发酵、秸秆与人畜粪便混合沼气发酵两种。不同的发酵原料，其预处理、添加菌种等入池前的操作方法也不尽相同。现介绍复合菌预处理稻草生产沼气的操作方法如下：（1）粉碎。将稻草铡短或粉碎到6厘米以下的段，每立方米沼气池需稻草45～50千克。
（2）润湿。将经铡短的稻草和水按1∶1的比例润湿，操作时边加水边翻料，润湿要求均匀。润湿时间为15～24小时，使稻草充分吸水。
（3）拌料。稻草、菌剂、碳氨按40∶0.1∶0.5的比例要求，将菌剂和碳氨混溶于水中后，边翻边泼在已润湿好的稻草上，将它们混合均匀。使稻草含水率在65%～70%，手抓紧有间接水滴下为宜。
（4）堆垛。将搅拌好的稻草按1.2～1.5米宽，0.6～1.5米高的标准堆成垛。在垛四周及颈部间隔30～50厘米扎孔若干，严禁拍打压实，用薄膜将垛四周及颈部盖上，底部留10厘米缝隙通气，进行堆沤。夏季3～4天，冬季4～6天，沤到稻草上有一层白色菌丝时即可。
（5）入池。将堆沤好的稻草趁热从天窗口直接倒入池内，同时将碳氨、接种物均匀加入沼气池中，并加水至零压水位处，最后在原料中打孔若干，以利甲烷产出。接种物一般为沼气池容积的10%～30%，稻草和碳氨的比例为40∶1。
（6）封池。排放2天废气后即可封池试火。
（7）换料。半年后，随着稻草的分解，此时需大换原料。出料时打开天窗盖（活动盖），做好必要的防护措施，用抓爪或四齿耙直接出料。