亚勃特率“马塞多尼”号及“供应”号舰艇于7月11日在巨大的风暴中抵达台湾基隆港。除了关于失踪人员的命运之调查工作毫无收获外，佩里所交代的“勘察台湾地区煤况”的任务，他们完成得相当顺利。“由于琼士牧师之无懈的对煤矿的搜寻，他已经发现了8个或10个极其广大和富有价值的煤区，各该区的煤都显得很纯净优良”。亚勃特在向佩里报告台湾的煤产时称：“关于台湾的煤矿，我们所已知的矿区，是很广大而且有价值的，在这些矿区附近可能还有其他蕴藏，连本地的人们都不知道。我们还有充分理由相信，该岛其他地区的煤藏也很多……单就我们所已见到的煤矿来说，如果归一个美国的矿产公司掌握，其价值将不可限量；我相信，我们是可以用些小的金钱来买到这煤矿的。这些煤矿的位置如此优良，使煤的转运费用极微小，我们只要利用斜面的坑道和用费不多就可以建筑起来的短距离铁道，煤即可直接从车厢倾入船舰或小舟之内。离基隆约3哩的地方有一个很好的小港，离附近海岸上的一个矿区很近，该港几乎完全为陆地所环抱，绝对受不到东北风的袭击……”而且，琼士牧师还就台湾的煤矿及相关事项提交了科学方面及地质方面的详细报告。
佩里在一篇关于扩大美国在东方的商业意见书中，明确阐述了其欲将台湾变为美国的殖民地，变为美国侵略中国及亚洲的军事基地的昭然企图。他认为，“这个富丽的岛屿（指台湾——引者注），虽然名义上隶属中国版图，实际是独立的。帝国政府在岛上维持的薄弱武装力量，零碎地散在各处。岛上的居民可分为两个部分：一个部分包括那些目前服从中国统治的土着民族和中国人，另一部分……仍然处于未被征服的原始的状态之中”。于是，他指出：“无疑的，只要付给普通的购买费，我们就可以在岛上获得土地及重要特权的让与，包括煤矿的开采权利在内。不需要华盛顿政府的其他保护，只要驻泊在中国及日本海的美国舰队之一二船舰不时在岛上出现，一个兴旺的美国居留地就可以很快地建立起来，这样的一个美国居留地，对于美国在中国及日本海的商业，将予以很大的便利。”
佩里所率舰队在基隆港停泊约10日，搜索所谓在台失踪之水兵，并进行基隆近郊煤矿蕴藏及开采的调查。回国后，他向美国政府报告称，“台湾适于作为美国远东转口贸易基地，有如围绕佛罗里达半岛及犹堪他半岛，制御墨西哥湾古巴的存在”，并极力主张占领该岛。佩里此次的侵台主张虽然最终未能实现，但其报告却“引起欧洲列强的注意，对台湾的关心顿时升高”。
二、伯驾侵台主张的具体行动
伯驾对于台湾的关注，由来已久。早于1851年，作为驻华代办的伯驾就因“美国公民羁留台岛、被役为奴”的传闻，而应在华美侨之要求，主张派兵前往台湾搜寻、勘察，初步表示出对台湾的垂涎。1856年底至1857年初，他又逐步向美国政府提出“暂时占领台湾”、“把台湾变成独立殖民地”等对台政策，并采取了一系列具体的侵台行动。
（一）借搜寻失踪美国公民觊觎台湾
中、英鸦片战争以降，曾有多艘欧美船只在台湾岛屿附近遇险，据传包括美国在内的若干西方白人可能流落至台湾、澎湖列岛，被拘为奴或辗转贩售。1851年5月，几名前此失踪的侥幸者于台湾海域被救并带回香港。他们不仅证实了一些传闻，而且还推定仍有为数甚众的白人流落于台湾各地。时任美国驻华代办的伯驾获悉相关情况后，颇为重视，乃于6月19日致函美国驻香港领事布什（F．T．Bush），建议美国东印度舰队派舰前往搜寻。翌日，他又在发给国务卿韦伯斯特（Danielwebster）的报告中阐明，台湾位于中国沿海航线的中心，而其居民，尤其是东部沿海之居民生性野蛮。近年来欧美船只在台湾附近失事频仍，受害者及相关人士一致认为，西方各国政府应义不容辞地承担保护之责，因而特别吁请美国国务院予以关注。
然而，真正促使伯驾对台湾产生强烈反应的是侨居广州的美国商人赖伊（GideonNye）。赖伊的兄弟1848年随英国商船“水鬼号”（Kelpie）在台湾海峡失踪，通过5月被救回香港的几名幸存者的信息，赖伊判定其兄弟仍生存于台岛。于是，他当面要求伯驾将此事件通知中国钦差大臣，请求中国立即设法释放所有被拘役于台湾岛上的欧美公民。同时，他还要求伯驾运用其驻华代办之权能，商请泊驻中国海域的美国舰队指挥官，尽速派员率领兵舰前赴台湾，借重领港及通译人员的协助，审慎从事探寻，以免影响被拘役者的生命安全。6月23日，赖伊又致函伯驾，重申其口头上的要求，并声明如果美国政府不便负担经费，他愿自掏雇请通译人员的费用。
根据相关讯息号情报，伯驾亦断定台湾岛上仍有美国公民流落。他原本打算与中国官员交涉，但又考虑到如果中国官员不肯轻易照办，可能反致弄巧成拙，于是，他采纳一位中国朋友的建议，实施“预备步骤”。所谓“预备步骤”，就是在厦门和福州一带雇请从事对台贸易的商人，前赴台湾调查，设法与可能发现的任何欧美白人联系，取回他们的亲笔函件作为凭证，以便商请中国当局饬令释放。当然，这种调查只能秘密进行，以免台湾居民获悉而先行隐藏被拘留者，致使往后搜寻难度更大。同时，伯驾又自认为，台湾地方半属独立，不属中国管辖，且居民生性野蛮，所以，实施单纯的“预备步骤”仍嫌脆弱。因而，他汇集相关资料，于6月27日函送美国东印度舰队指挥官哇克（W．S．walker），请求迅速派出兵舰前赴台湾环岛勘察，查明究竟有无美国公民在台湾沿岸遇难，并将幸免于难者予以救回。伯驾还指出，探寻的结果即使不尽如人意，但因此而获得有关台湾沿岸的航路及台湾民情的情报，今后必有其用。7月7日，伯驾再次致函哇克，就台湾航线领港及通译人员的物色与雇用，从澎湖至台湾环岛勘探路线的安排，勘探人员对待台湾居民的原则等等，均予以详细计划。他还特别强调，此次派舰赴台，除执行搜寻失踪美国公民的任务之外，对于可能附带获得的任何情报，亦不容忽视。诸如所到之处的人口数目、当地居民的性格容态、各处港口的粗略图貌、澎台岛屿的物产贸易，以及港口附近的煤矿资源等等，都应密切关注，详加搜集。当然，对于这些附带任务，勘探人员尤须慎为保密，切勿轻易外露，以免引致当地居民的怀疑。同日，伯驾还就即将实施的“预备步骤”函告美国驻厦门领事俾列利（Charlesw．Bradley），令其在厦门或福州物色从事对台贸易的可靠商人，前赴台湾各口岸或深入山区打探，在不引起福建和台湾当局注意的前提下，用明断而稳健的办法确定有无美国公民羁留该地。如果能够获取任何被拘美国公民的信件，可给予300至500元银洋的报酬。哇克及俾列利均对伯驾的搜寻流落台湾美国公民的计划表示赞同，并不同程度地配合伯驾的“步骤”，展开具体行动，然而其结果却是徒劳无益。
伯驾在急不可待地实施自己的“预备步骤”之时，亦不断地向美国政府报告发生在台湾岛屿附近的事情，并引致华盛顿对可能有美国公民羁留台湾传闻的高度重视。1852-1853年间，美国海军司令部曾3次训令东印度舰队司令，命其派舰前赴台湾，查明事实真相。虽然美国兵舰相继远征台岛，但根本没有查获任何白人的踪迹。最终，“所谓美国人员羁留台湾岛上的传疑，至此又依旧保持其止于传疑的状态”。
从伯驾致其他美国官员的信函我们不难看出，他反复强调并指令相关人员秘密收集台湾的各种情报，了解台岛的地理环境，毫不掩饰地暴露出其对台湾的窥视。比如1854年7月，美国东印度舰队“马其顿号”（Maceclonian）曾抵达台湾鸡笼（今基隆——引者注）。伯驾对其所勘查之有关鸡笼煤矿的报告即表现出特别的兴趣。另外，通过那些年发生在台湾附近的一些海难事件，伯驾开始深感台湾海峡及台岛居民对西方人士构成的威胁，同时亦充分认识到台澎列岛对美国东亚扩张政策的极高价值。自此，一种将台湾纳入美国势力范围的构想在伯驾心中渐渐滋生。
（二）假清廷拒修条约口实占领台湾
1856年夏，时任美国驻华公使的伯驾，因两广总督叶名琛拒绝会商修约而经海道北上。途经厦门时，伯驾获知台湾煤炭售价低廉，且可大量代应；美国商人已在台湾及汕头等地进行巨额贸易等情况，尤为兴奋。他嘱咐驻厦门领事密切关注台湾煤产动态，随时提供最新信息，以备美国采取行动。伯驾曾向美国东印度舰队司令奄师大郎（JamesArmstrong，亦译阿姆斯特朗）提议，美国政府的最佳策略是以占领台湾作为对清廷拒绝修约的报复，但未获对方的明确表态。
是年11月，伯驾因孤军北上对华修改《望厦第约》失败而自上海颓丧返抵香港。他已经知道，美国对华修约的光荣使命肯定要旁落他人，自己驻留中国的日子亦屈指可数。此际，恰逢英国借口“亚罗号事件”（ArrowAffair），法国借口“马神甫事件”（PereAugustechapedelaineAffair），齐向清廷驻粤大使发起挑衅之际。也就在此时，在台湾从事商业贸易的美国人拉毕雷与赖伊提出，“如果能获得美国政府的核准和保护，他们非常愿意在台湾成立一个独立政府。”伯驾对此建议极力赞同。同时，他认为“这正是一个成大功、立大业的机会”。于是，伯驾在12月12日致函国务卿马西（williamLearnedMarcy）纵论美国在东亚全局事务时指出，要与中国谈判修约，最好是来年夏天选择在北京或其附近地点举行。为确保谈判成功，伯驾特别向美国政府提出如下建议：第一，增强美国在中国海域的海军实力，授权美国代表及美国舰队司令视实际需要临时雇用船只采取行动。第二，美国与英、法两国需要修约的处境相同，三国联合一致，同时应付。第三，美国政府应会同英、法政府分别授权三国代表，允准必要时采取国际法许可的措施，作为其交涉的最后手段。具体而言，“如英、法、美三国代表亲临北河，而未被迎接至北京，则法国即可占领朝鲜，英国再行占有舟山，美国占据台湾，直到中国能使各国对过去获得满足，对将来有正确的谅解为止。但是，一旦三国如愿以偿，上述各地应立即归还中国，交涉当不致再生波折，各关系国最有利及最理想的结果也必可获得”。当然伯驾亦承认，其所提出的这种新的计划只能作为迫使清廷同意谈判修约的“最后手段”。
1857年2月10日，已任美国驻澳门副领事的赖伊受《中国之友报》（FriendofChina）所载一则前几年美国船只在台湾南端海域失事消息的触动，再次致函伯驾，历陈数艘美国船只在台湾岛附近失踪及相关调查情况时，明确指出：“台湾的东岸及其南角……为中国与加里佛尼亚及日本、上海与广州之间的商业航路必经之地，是应该由美国来保护的”；“我认为在这个时候我们开始这一工作，可能没有任何其他国家会出面反对的”。伯驾当日即复函赖伊：
……我对你所供给的消息及所提出的意见，是十分感兴趣而且注意的。
关于台湾问题，我很久以来就对你在本信件内所提意见……具有深刻同感……我相信，这一个问题，一定可以得到在华的文武官员及华盛顿政府之睿智的考虑……
关天台湾及其附近岛屿的居民、工业、矿产及农业产品的任何情报，你可以供给本使馆，将为本使馆所欢迎，也将有助于美国政府。
2月12日，深受赖伊信函刺激的伯驾，在未获对其提议美国“暂时”占领台湾主张回复的情况下，又急匆匆地再度报告国务院，转呈赖伊的原函，并吁请美国政府即时对台湾采取行动。伯驾说：
台湾问题已经成为我国许多有事业心的同胞寄以很大兴趣的问题之一，同时也应该受到西方各大商业国比以往更多的重视。甚盼美国政府在事关台湾的行动上，应基于人道、文明、航行和商业的利益，不可惧缩迟疑。特别是对于目前成为野蛮族群聚居之所的台湾东南部，我们很有理由相信，许多欧洲人，其中有我们的朋友和我们的同胞，都已经成为他们荼毒残虐之下的牺牲品。
伯驾在此函中还请国务院重视他迄今尚未收到复示的上年12月12日的报告，并且恳请总统予以认真的考虑。他“对于台湾问题考虑得越多，就越想入非非”。
台湾问题发展至此，已成为伯驾日思夜想、焦头烂额的重大问题。更为紧迫的是，伯驾发现，这个矿藏富厚、物产繁盛的岛屿当时也正受到其他列强的密切关注，如若美国不及时采取行动，就会错过时机。于是，他2月24日紧急致函正在香港的远东舰队司令奄师大郎，恳切希望对方速至澳门面晤，共商美国占领台湾之“要事”。他在信函中称：“我深深地相信，如果美国要采取行动，就应该赶快，机会稍纵即逝。”奄师大郎旋即于27日抵达澳门，与伯驾进行有关“在台湾土地上升起美国国旗的策略及法律问题”的秘密会谈。据伯驾所记的会谈记录：“我们对下面的观点，意见完全一致：（1）这样的措置（指占领台湾——引者注）是合乎公认之国际法原则的。（2）美国目前对中国的许多要求都未获致解决，使我们有理由对中国采取报复手段。（3）台湾是最有价值的岛屿，对美国的价值最大。（4）在目前美国海军实力的情况下，立即采取此项措置，是不切实的，因为，如果中国政府由于我方的此一措置，而对居留于中国五个通商口岸内的美国人采取敌对行动，我们将无力保护他们……”
3月2日，美商拉毕雷遵照伯驾前此的要求，呈送一份详述有关台湾方方面面情况的考察报告，并介绍了美商代表与台湾道签订贸易协约并取得台湾贸易特权的经过，以及双方贸易进展的实况。其后，拉毕雷又将其与台湾道签订之贸易协定的译文抄送伯驾。3月10日，伯驾将半月来有关台湾问题的往来文件，全部呈报美国政府，并再次迫不及待地发给国务院一封秘密报告，重申其前此提及的由美国占领台湾的建议。其报告内容如下：
马西国务卿先生：