（四）人体是肝心脾肺肾五大系统的协调统一体
《黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。以心为例：心居胸中，为阳中之太阳，通于夏气，主神明，主血脉，心合小肠，生血、荣色，其华在面，藏脉、舍神、开窍于舌，在志为喜。在谈心的生理、病理时，至少要从以上诸方面系统地加以考虑才不至于失之片面。因此可以说每一脏都是一大系统，五大系统通过经络气血联系在一起，构成一个统一体。这五大系统又按五行生克制化规律相互协调、资生和抑制，在相对稳态的情况下，各系统按其固有的规律从事各种生命活动。
（五）《黄帝内经》的生命观
《黄帝内经》否定超自然、超物质的上帝的存在，认识到生命现象来源于生命体自身的矛盾运动。认为阴阳二气是万物的胎始。《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，万物之能（读如胎）始也。”对整个生物界，则曰：天地气交，万物华实；又曰：天地合气，命之曰人。阴阳二气是永恒运动的，其基本方式就是升降出入。《素问·六微旨大论说：“出入废则神机化灭，升降息则气立孤危。故非出入则无以生长壮老已，非升降则无以生长化收藏。是以生降出入，无器不有。”《黄帝内经》把精看成是构成生命体的基本物质，也是生命的原动力。《灵枢·本神》说：“生之来谓之精，两精相搏谓之神。”在《灵枢·经脉》还描绘了胚胎生命的发展过程：“人始生，先成精，精成而脑髓生。骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长。”这种对生命物质属性和胚胎发育的认识是基本正确的。
（六）《黄帝内经》的形神统一观
《黄帝内经》指出精神统一于形体，精神是由形体产生出来的生命运动。如《灵枢·邪气脏腑病形》说：“十二经脉、三百六十五络，其气血皆上于面而走空窍。其精阳气上走于目而为晴（视），其别气走于耳而为听，其宗气上出于鼻而为臭，其浊气出于胃走唇舌而为味。”这就将视听嗅味等感觉认为是由于气血津液注于各孔窍而产生的生理功能。对于高级神经中枢支配的思维活动也做出了唯物主义解释。《灵枢·本神》说：“故生之来谓之精，两精相搏谓之神，随神往来者谓之魂，并精出入者谓之魄。所以任物者谓之心，心之所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。”如此描写人的思维活动基本上是正确的。在先秦诸子中对神以及形神关系的认识，没有哪一家比《黄帝内经》的认识更清楚、更接近科学。关于形神必须统一、必须相得的论述颇多，如《灵枢·天年》：“神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”又《素问·上古天真论》：“形与神俱而尽终其天年。”如果形神不统一、不相得，人就得死。如《素问·汤液醪醴》：“形弊血尽……神不使也。”又《素问·逆调论》：“人身与志不相有，曰死。”这种形神统一观点对我国古代哲学是有很大贡献的。
六、《黄帝内经》的理论体系
历代医家用分类法对《黄帝内经》进行研究。其中分类最繁的是杨上善，分做十八类；最简的是沈又彭，分做四卷。各家的认识较为一致的是脏象（包括经络）、病机、诊法和治则四大学说。这四大学说是《黄帝内经》理论体系的主要内容。现分述如下：
（一）脏象学说
脏象学说是研究人体脏腑组织和经络系统的生理功能、相互之间的联系以及在外的表象乃至与外部环境的联系等等之学说。
脏象学说是以五脏六腑十二经脉为物质基础的。《灵枢·经水》说：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之。其死，可解剖而视之，其脏之坚脆、腑之大小、谷之多少、脉之长短、血之清浊、气之多少、十二经之多血少气，与其少血多气，与其皆多血气，与其皆少血气，皆有大数。”当然有关解剖学之内容还远不止此，但更重要的还是通过大量的医疗实践，不断认识、反复论证而使此学说逐渐丰富起来的，最终达到了指导临床的高度。《黄帝内经》充分认识到“有诸内必形诸外”的辩证法则，使脏象学说系统而完善。正如《灵枢·本脏》说：“视其外应，以知其内脏，则知所病也。”
脏象学说主要包括脏腑、经络和精气神三部分。脏腑又由五脏、六腑和奇恒之腑组成。五脏，即肝、心、脾、肺、肾。《素问·五脏别论》指出：“所谓五脏者，藏精气而不泻也，故满而不能实。”《灵枢·本脏》说：“五脏者，所以藏精、神、血、气、魂、魄者也。”六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。《素问·五脏别论》说：“六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也。”奇恒之腑也属于腑，但又异于常。系指脑、髓、骨、脉、胆和女子胞。胆即是大腑之一，又属于奇恒之腑。《素问·五脏别论》说：“脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者地气之所生也，皆藏于阴而象于地，故藏而不泻，名曰奇恒之腑。”脏腑虽因形态功能之不同而有所分，但它们之间却不是孤立的，而是相互合作、相互为用的。如《素问·五脏生成篇》说：“心之合脉也，其荣色也，其主肾也；肺之合皮也，其荣毛也，其主心也；肝之合筋也，其荣爪也，其主肺也；脾之合肉也，其荣唇也，其主肝也；肾之合骨也，其荣发也，其主脾也。”又如《灵枢·本输》说：“肺合大肠，大肠者传导之腑；心合小肠，小肠者受盛之腑；肝合胆，胆者中精之腑；脾合胃，胃者五谷之腑；肾合膀胱，膀胱者津液之腑；……三焦者中渎之腑也，水道出焉，属膀胱，是孤之腑也，是六腑之所与合者。”
经络系统可以分经脉、络脉和腧穴三部分。《灵枢·本脏》说：“经脉者，所以行血气而营阴阳、濡筋骨、利关节者也。”经脉有正经十二：手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少阴心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经。十二经脉首尾相联如环无端，经气流行其中周而复始。另有别于正经的奇经八脉：督脉、任脉、冲脉、带脉、阴跷脉、阳跷脉、阴维脉、阳维脉。（需要说明的是“奇经八脉”一名始于《难经·二十七难》）经脉之间相交通联络的称络脉。其小者为孙络不计其数；其大者有十五，称十五络脉。《灵枢·经脉》言之甚详，这里仅摘其要：手太阴之别，名曰列缺；手少阴之别，名曰通里；手心主之别，名曰内关；手太阳之别，名曰支正；手阳明之别，名曰偏历；手少阳之别，名曰外关；足太阳之别，名曰飞阳；足少阳之别，名曰光明；足阳明之别，名曰丰隆；足太阴之别，名曰公孙；足少阴之别，名曰大钟；足厥阴之别，名曰蠡沟；任脉之别，名曰尾翳；督脉之别，名曰长强；脾之大络，名曰大包。
腧穴为经气游行出入之所，有如运输，是以名之。《黄帝内经》言腧穴者，首见《素问·气穴论》，再见于《素问·气府论》，两论皆言三百六十五穴。实际《气穴论》载穴三百四十二，《气府论》载穴三百八十六。
精气神为人身三宝。精，包括精、血、津、液；气，指宗气、荣气、卫气；神，指神、魂、魄、意、志。《灵枢·本脏》说：“人之血气精神者，所以奉生而周于性命者也。”精和气是构成人体的基本物质，气和神又是人体的复杂的功能，也可以认为气为精之御，精为神之宅，神为精气之用。
（二）病机学说
研究疾病发生、发展、转归及变化等等之内在机理的学说称病机学说。《黄帝内经》所说“审察病机，无失气宜”、“谨守病机，各司其属”（《素问·至真要大论》）皆为此学说之内容。现从病因、发病和病变三方面加以叙述：
1．病因：引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。《素问·调经论》：说：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒”。风雨寒暑实为“六淫”的概括；阴阳喜怒乃“七情”的概括；饮食居处即“饮食劳倦”。可以认为这就是后世三因说之滥觞。
2．发病：正邪双方力量的对比，决定着疾病的发生与发展。《灵枢·百病始生》说：“风雨寒热，不得虚，邪不能独伤人，卒然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚。故邪不能独伤人，此必因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃克其形。”这就是“正气存内，邪不可干”之意。《素问·上古天真论》所说“精神内守，病安从来”，《素问·评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚”等，都论证了这一点。
3．病变：疾病的变化是复杂的，《黄帝内经》概括病变也是多方面的，有从阴阳来概括的，如《素问·阴阳应象大论》：“阳受风气，阴受湿气”；“阳病者上行极而下，阴病者下行极而上”；“阴胜则阳病，阳胜则阴病。阳胜则热，阴胜则寒”；“阳受之则入六腑，阴受之则入五脏”。《素问·宣明五气篇》亦有“邪入于阳则狂，邪入于阴则痹；搏阳则为癫疾，搏阴则为喑；阳入之阴则静，阴出之阳则怒”。
用表里中外归纳的，如《素问·玉机真脏论》：“其气来实而强，此谓太过，病在外；其气来不实而微，此谓不及，病在中。”又如《素问·至真要大论》有“从内之外”、“从外之内”、“从内之外而盛于外”、“从外之内而盛于内”及“中外不相及”等病变规律。
用寒热归纳的，如《灵枢·刺节真邪》：“阳盛者则为热，阴盛者则为寒。”又如《素问·调经论》：“阳虚则外寒，阴虚则内热，阳盛则外热，阴盛则内寒。”
从虚实而论者，如《素问·通评虚实论》：“邪气盛则实，精气夺则虚。”又如《素问·调经论》：“气之所并为血虚，血之所并为气虚。”实指邪气盛，虚指正气衰。有正虚而邪实者，有邪实而正不虚者，有正虚而无实邪者，有正不虚而邪不实者。
（三）诊法学说
望闻问切四诊源于《黄帝内经》，如《素问·阴阳应象大论》说：“善诊者察色按脉，先别阴阳，审清浊而知部分，视喘息、听音声而知所苦，观权衡规矩而知病所主，按尺寸、观浮沉滑涩而知病所生。以治无过，以诊则不失矣。”又如《灵枢·邪气脏腑病形》说：“见其色知其病，命曰明；按其脉知其病，命曰神；问其病知其处，命曰工。”《黄帝内经》论诊法者甚多，谨按望闻问切之序列举如下：