绿色食品加工、贮运是绿色食品生产的重要环节，在场地和设备、人员及管理、原料选择、加工工艺和贮藏运输上都有其严格的标准要求。
发展绿色食品加工业的意义
绿色食品加工就是利用绿色农、畜等产品为原料进行的食品加工过程。动植物初级产品虽然有些可被人们直接食用，但其中大部分都需经过加工处理后才能被食用或提高其利用价值，它直接关系到农、畜产品资源的充分利用和增值，是实现农业增效、农民增收的有效途径，对改善食物营养结构，促进我国食品工业的发展具有重要意义。
1.发展绿色食品加工业是提高农、畜产品资源利用率及经济效益的重要途径。
2.发展绿色食品加工业是改善城乡人民食物营养结构的客观要求。
3.绿色食品加工业必将促进我国食品工业的发展，绿色食品加工业是我国今后食品工业发展的重点领域，已有许多食品加工企业开始进入绿色食品行业中来。由于绿色食品加工产品对生产的标准化要求很高，使用的设备先进，管理水平较高，产品质量好，品质有保证，因此，通过发展绿色食品加工业又可大大促进食品工业的发展。
绿色食品加工的基本原则
绿色食品加工时应本着节约能源和物质再循环利用的原则，注意产品加工的综合利用。以苹果为例，用苹果制果汁，制汁后的剩余皮渣采用固态发酵生产乙醇，余渣通过微生物发酵生产柠檬酸，再从剩下的发酵物中提取纤维素，生产粉状苹果纤维食品，作为固态食品中非营养性填充物，其余的剩下的废物经厌气性细菌分解产生沼气。这样，既提高了经济效益，又可减少加工中副产品的产生。
绿色食品加工过程中，应保存食品的天然营养特性，必须采取一系列特殊加工工艺，防止或尽量减少加工中营养物质的流失、氧化、降解，最大限度地保留其营养价值。
食品加工过程中，原料的污染、不良的卫生状况、有害的洗涤液、添加剂的使用、机械设备材料的污染和生产人员的操作不当等都有可能造成最终产品的污染。因此，在食品加工过程中，所需原、辅料必须是经过中国绿色食品发展中心认证的绿色食品；加工区环境卫生和加工用水必须符合有机食品的生产要求，加工所用的设备及包装材料都要具备安全无污染，对人体无害；工艺必须科学合理；生产人员有较强的责任心，系统掌握绿色食品生产知识，在操作中避免人为的污染，以保证食品安全。
绿色食品加工企业在生产中须考虑对环境的影响，应避免对环境造成污染。畜禽加工厂要远离居民区并有“三废”净化处理装置，加工企业对加工后产生的废水、废气、废渣等都须经过无害化处理，既对生产的产品也对外界环境负责。
绿色食品加工对企业管理的要求
绿色食品加工企业应具有完善的管理系统，要借鉴发达国家的经验，从原料开始对各个生产环节实行监控，有完善的生产规程，健全的规章制度，有条件的企业还应争取通过ISO14000环境管理体系认证。
绿色食品加工企业必须具有完整的生产记录，便于质量控制和追踪管理。企业编制绿色食品加工的生产记录应包括下列内容：原料来源（外购物资）包括供货单位名称、地址、绿色食品产品编号、进货日期、产品种类和数量，原料批号及标签（生产日期及储存方法等）；加工过程包括加工产品数量（生产数量）、加工损耗数量、加工原料配比、生产情况及生产批量、批号、仓储等。销售记录包括买主单位名称、地址、是否做绿色食品原料或出口、专柜销售等，卖出产品的数量、批号、代码等内容。
绿色食品加工对场地的要求
绿色食品加工场地一般要求厂址远离重工业区，必须在重工业区选址时，要根据污染范围设500～1000米防护林带。在居民区选址时，25米内不得有排放尘、毒作业场所及暴露的垃圾堆、坑或露天厕所，500米内不得有粪场和传染病医院，厂址还应根据常年主导风向选在污染源的上风向。
一些食品企业排放的污水、污物可能带有致病菌或化学污染，因此屠宰厂、禽类加工厂等加工企业一般应远离居民区。其间隔距离可根据企业性质、规模大小按《工业企业设计卫生标准》的规定执行，最好在1000米以上。其位置应于居民区主导风向的下风向和饮用水水源的下游，同时具备“三废”净化处理装置。
地势应高燥，水质良好并符合国家饮用水标准，土壤清洁，绿化条件好，交通方便等。
食品加工车间组成及布局要求所需的原料处理、加工、包装、贮存场所及配套用房，要根据生产工艺顺序，按原料、半成品到成品保持连续性，避免原料和成品、清洁食品和污物交叉污染。锅炉房应建在生产车间的下风向，厕所应为便冲式且远离生产车间。
绿色食品加工对卫生设备的要求
1.有通风换气设备，保证空气新鲜。
2.有足够的照明设备，自然照明要求采光门窗与地面比例为1∶5，人工照明强度一般为50勒克司。
3.有防尘、防蝇、防鼠设备，车间门窗要严密。
4.有卫生通过设备，工人上班前在生产卫生室内完成个人卫生处理后再进入生产车间。
5.有与加工产品数量、品种相适应的工具、容器洗刷消毒间，并有浸泡、刷剔、冲洗、消毒的设备。
6.有污水、垃圾和废弃物排放处理设备，下水管直径不小于10厘米。
7.地面由耐水、耐热、耐腐蚀的材料铺成，并设有排水沟，墙面用浅色、不渗水、不吸水的材料，使墙壁平整光滑，并在离地2米以下部分铺砌白色瓷砖，便于清洗。
一般来讲，不锈钢、尼龙、玻璃、食品加工专用塑料等材料制成的设备都可用于绿色食品加工。在选择设备时，应首先考虑选用不锈钢材料的设备，在一些常温、常压和pH值中性条件下使用的器皿、管道、阀门等，可采用玻璃、铝制品、聚乙烯或其他无毒的塑料制品代替。加工设备的轴承、枢纽部分所用的润滑油部位应实行全封闭，并尽可能用食用油润滑。所有设备应尽量做到专用，不能专用时应在批量加工绿色食品后再加工常规食品，加工后对设备进行必要的清洗。
绿色食品加工对加工人员的要求
绿色食品生产者每年至少进行一次健康体检，接触食品的生产者必须体检合格才能从事该项工作。绿色食品生产人员及管理人员必须经过相应知识的系统培训，对绿色食品标准和操作规范有一定的理解和掌握，才能从事绿色食品加工生产。
绿色食品加工对加工原料的要求
绿色食品加工的原料应有明确的产地、生产企业或供应商的情况。主要原料成分都应是已经认证的绿色食品，最好有自己固定的原料基地，选用的辅料，如食盐等应有固定的供应渠道，并应出具按绿色食品标准检验的权威性检验报告。非主要原料若尚无已认证的产品，可以使用经中国绿色食品发展中心批准、有固定来源并已经检验的原料。
绿色食品加工原料应具备下列条件：
1.适合人食用的食品级质量，不能对人的健康有任何危害。
2.因加工工艺的要求以及最终产品的不同，各类食品对其原料的具体质量、技术指标要求也不同，但都应以生产出的食品具有最好的品质为原则。只有选择适合加工工艺的品质的原料，才能保证绿色食品加工产品的质量。
3.严禁用辐射、微波等方法将不宜食用的原料转化成可食用的食物作为加工原料。