纳林布洛等人的政治攻势、领土要求和劫掠村寨的种种活动，都加剧了他们与努尔哈赤之间的紧张关系，战争的阴影出现了。为了一举歼灭新兴的建州势力，他们积极联合女真各部，其中主要的一支是乌拉部的满泰、布占泰兄弟。平素，乌拉部与建州、与叶赫都有贸易关系，友好相处。但是两者比较起来，对叶赫部更亲密一些。因为在经济上都受到来自建州的巨大冲击和压力。近几年来，努尔哈赤在统一建州本部的同时，在经济方面已开始向海西四部伸手，并施加强大的压力。那些马匹、貂皮、参、松、榛、蘑菇等都是女真各部贵重的物产，原先在明代的关东贸易中，都以开原为贸易地；而关内各省的手工业产品，也通过开原再输往东北各地。在货货中转期间，乌拉、辉发等部因为居于各路的沿途，可以从中取利。尤其是叶赫、哈达两部，稳享开原贸易利益。努尔哈赤起兵以后，掐断开原与北方各部的通道，使货物直接通过清河市，造成开原南北两关生计“贫落”，经济萧条。叶赫、哈达两部无利可取，大为不满。同时，努尔哈赤在抚顺市压价收购北来货物，抬价后再输入清河、辽阳各地，从中大获其利，使乌拉、辉发，蒙古的锡伯、科尔沁、扎鲁特，以至于东海各部的货物，得不到原先的平价，也不能及时得到乌拉的布匹。因此，他们一致怨恨努尔哈赤。海西四部、蒙古各部、东海女真与建州的矛盾，逐渐激化起来，双方发生较大规模的冲突，已经不可避免。
万历二十一年（1593年）六月的一天，叶赫部纳林布洛纠合了哈达、乌拉和辉发的四部兵马五百人，突然袭击了建州的湖十察寨。正当纳林布洛在寨内乱砍乱杀、抢劫财物、焚烧房屋之时，努尔哈赤闻讯后，亲自统兵五百人，前去追杀。纳林布洛等听到努尔哈赤来了，急忙带兵逃走。努尔哈赤带着五百兵马一直追到哈达部富尔佳齐寨。由于寨门紧闭，纳林布洛又不出战，努尔哈赤只好回军。为了引诱敌人进入埋伏圈内，努尔哈赤施展“引蛇出洞”战术，让步兵、骑兵先行，独自一人殿后，以引诱敌人追来。纳林布洛果然中计，他见努尔哈赤一人在部队最后边，便带领轻骑士兵五十人猛追过来。这时候，努尔哈赤回头一看，追兵飞驰而来。跑在最前面的那个人，向努尔哈赤举刀猛砍。他看来人快到近前，回身便是一箭，正中那个人的马腹。只见那马一跃而起，骑者翻身落马，慌忙逃窜。另外三人联骑举刀杀来，突然努尔哈赤的坐骑因受惊吓，长啸一声，一下子跳起来，差一点将努尔哈赤掀下马来。那三个人一见努尔哈赤战马受惊，即将摔下来的一刹那之间，并力带马向前，正当这万分危急时刻，安费扬古纵马迎了上去，飞快挥刀，将三人全砍于马下，使努尔哈赤脱离了危险。努尔哈赤凭着熟练的骑技，依靠右脚扳鞍的技巧，重新上马。他发现纳林布洛正在不远处，准备向他发射的时候，他急忙抢先发射，纳林布洛的战马中箭倒地。这时候，纳林布洛的仆从，慌忙将自己的战马让给主人，使纳林布洛得以逃窜。
努尔哈赤化险为夷以后，又率领马兵三人，步兵二十人，杀向敌群中。纳林布洛逃跑以后，敌人慌乱起来。努尔哈赤乘势猛砍猛杀，杀得敌人落荒而逃。这一仗，建州兵取得完全胜利。共杀敌十二人，获盔甲六副，马十八匹。这一场富尔佳齐的追击战，吹响了古勒山大战的螺号，揭开了建州与叶赫等九部联军之间的战争序幕。
且说努尔哈赤与军师张一化、大将额亦都等商量，仗是越打越大了，现有的兵器、盔甲、马匹、粮草等，均供不应求，急需补充，这是刻不容缓的事情。他们研究决定，把原先的兵器场扩大十倍，派吴天明场长广招技术人才，增加设备，提高质量，迅速打造出一批兵器，盔甲等。马匹、粮草的购买，将士服装的制做，全由洛寒负责操办。军队的扩编与训练，由额亦都与安费扬古两位大将负责。为了提高警戒，加强保卫，马上组建侍卫队，由费英东任侍卫队长，并负责组建。为了战争的需要，要加强对敌人的侦探工作，成立侦探队，由何矮人任队长，并负责组建。为了接受以叶赫为首的海西四部的挑战，努尔哈赤殚精竭虑，调动一切积极因素，率领五十余名战将，在佛阿拉厉兵抹马，严阵以待，这且不表。
再说海西四部在富尔佳齐一战，又告失败，更加恼怒起来。以叶赫部布寨、纳林布洛为首，纠集哈达部长孟格布禄、乌拉部长满泰之弟布占泰、辉发部长拜音达里四部；蒙古科尔沁部的翁阿岱、莽古斯、明安部长，还有锡伯部、卦勒察部；长白山朱舍里部的裕楞额、纳殷部的搜稳、塞克什。共九部，结成联盟，合兵三万，分作三路，向建州佛阿尔拉，摇山震岳而来。这支由叶赫部统帅的九部联军，他们没有从对建州政治失算和军事受挫中汲取教训，想以九部联军的强大兵力，制服建州的努尔哈赤，来实现其称雄女真的目的。
努尔哈赤听说以叶赫为首的九个部落组成联合大军，将要进攻建州，心里有些吃惊。便召集军师张一化、大将额亦都、安费扬古等，认真商讨对策，积极作好战前准备。一天夜里，哨探兀里堪急忙跑来报告说：“九部联军于傍晚时分，自扎喀尖（今辽宁省新宾县上夹河乡五龙村西南山上）东进，入夜以后已抵达浑河北岸。那里到处是密集的营火，多得好像天上的繁星。他们埋锅做饭时，炊烟四起，缭绕于空中。现在敌军已吃过饭，继续行军，浩浩荡荡，遮天蔽日，气势甚大。估计现在已越过沙济岭，正向古勒山而来。预计敌军将在明日拂晓前到达咱的边境。”努尔哈赤听了，命他继续去探听消息，然后又急忙召集军师张一化、大将额亦都、安费扬古等人，努尔哈赤向众人说：“从表面看来，当前的形势比较严重，似乎对咱们不利。其实，看问题应该从实际出发。俺倒认为，目前的形势对俺十分有利。第一，明朝皇帝正忙于朝鲜事务，无暇考虑咱们这边；第二，叶赫、哈达又屡遭重创，元气已大伤，还未能得以恢复；第三，这天然的地形对俺十分有利。兵法上说：“夫地形者，兵之助也。”这良好的地利，咱们不用，实在可惜。”努尔哈赤说罢，便拿出军用地图来，指着古勒山的位置，向大家介绍说：“这古勒山位于苏克素浒河南岸，扎克关西南、图伦城东南，在治城（今新宾满族自治县）城西一百里古楼村界内，苏子河贴其背下流，水势至此甚大，山路纵横，四面断崖峭壁，中间一条狭路。”努尔哈赤根据古勒山的险隘地形，进行了军事部署：在敌兵来路上，道旁埋伏精兵；在高阳崖岭上，安放滚木擂石；在沿河狭路上，设置横木障碍。部置就绪后，待天明率军出战。他让大家回去休息，自己也就寝酣睡起来。他的福晋富察氏见他酣睡，十分惊慌起来，忙把努尔哈赤推醒，又埋怨又心疼地说：“起先，你听说九部发兵攻俺时，你终日心神不宁；如今，已经大军压境，你竟然睡起大觉来了。你是昏庸了，还是吓傻了！”
努尔哈赤听了富察氏的话，勉强睁开眼睛，笑着说：“害怕的人还能如此安睡？前日，敌兵来与不来，难以料定，所以当时俺心神不定。现在俺已得到确实消息，他们又能把俺怎么办？凭心而论，俺若有对不起叶赫部的事，老天爷一定讨厌俺，俺心里也不踏实，就会害怕的；现在俺按照老天爷的指示，去安定疆土，他们不高兴俺，反纠集九部的兵马，来谋害俺这个无错的人，俺相信：老天爷不会保佑他们的！”努尔哈赤说完之后，又呼呼入睡了。不难看出，镇定、沉着，大智大勇，是努尔哈赤身临险境时的一项宝贵的修养，是政治家、军事家所必须具备的优良品德与风度，这并不是一般人所能有的。努尔哈赤所说的“天”不佑海西，而佑建州，自然是个天命主义者，这是历史的局限。如果抛弃“天命”的外壳，那么“沉着、镇定”的内核却蕴含着对形势的观察，敌我的分析，军力的计算，胜负的判断。这些都使努尔哈赤深信：即将降临的古勒山恶战——对建州可能是喜剧，而对海西必然是悲剧。
第二天拂晓，吃过早饭，努尔哈赤率领诸王、大臣，来到内城东面的大礼堂祭奠天地。努尔哈赤拜过以后祝愿说：“皇天后土，上下神祗，努尔哈赤与叶赫部，本无衅端，守境安居，彼来构怨，纠合兵众，侵凌无辜，天其鉴之。”拜过之后又祝愿说：“愿敌人垂首，我军奋扬，人不遗鞭，马无颠踬，惟祈默佑，助我戎行。”这是努尔哈赤在借助天神的威灵，发布临战的檄文，以求鼓舞军队的士气。然后披挂整齐，统帅兵马出征。
不久，派出去的侦骑兀里堪回来报告：“俺抓住叶赫部的一名小头目，经过审讯，他供出了九部联军的一些情况：叶赫部的布寨、纳林布洛部长共率领一万兵。哈达部的孟格布洛部长、乌拉部的布占泰部长、辉发部的拜音达里部长，三部兵马合在一起一万。蒙古科尔沁部翁阿岱、莽古斯、明安，锡伯部、卦勒察部和长白山部的纳殷、朱舍里部的兵马合在一起一万人。三路九部兵马，合在一起共三万大军。”听到兀里堪的报告，将士们吓得脸都变了颜色。
努尔哈赤看出了将士们的心思，这时候，他的耳畔马上响起了兵法书上的名言：“合军聚众，务在激元；临境强敌，务在厉气。”这就是说：在统帅军队，迎击敌人的临战之前，一定要激励将士的士气，鼓舞他们的斗志。经历了十多年战争考验的努尔哈赤，他是深知强敌逼境、将士畏怯之时，作为一个统帅，要不失时机地去激励他们的斗志，让他们对眼前的战斗抱有必胜的信念，光靠祈祷神灵保佑是不够的。更为重要的，是要向将士们分析军事形势，以增强其必胜的信心。于是努尔哈赤大声说道：“你们不必担忧！俺的军队将不同他们苦战，俺们将以守险待战，诱敌深入。他若来战，俺必迎头痛击；他若不来，俺将分兵袭击他们。”接着，努尔哈赤又提醒将士们，不要被所谓九路兵马的其势汹汹所吓倒，他继续说下去：“敌军首领很多，指挥不一，都是一些乌合之众。临战必将退缩不前，各部会互相观望、互相推诿。那领兵在前的，必定是头目。咱们的原则，是先伤其头目，敌兵必然溃散。俺们的军队虽然少一些，但集中全力，出其不意，攻其不备，必能大获全胜。”
努尔哈赤向将士们分析了己之所长：立险扼要，以逸待劳。敌之所短：头目甚多，乌合之众。他又制定了战术原则：据险诱敌，伤其头目，集中兵力，奋勇合击。这样一讲，就安定了军心，激励了士气。最后，努尔哈赤传下命令：“建州的所有将士：口衔枚，马勒口，准备迎接一场血战。”
努尔哈赤统率军队向西急驰，行进到扎克城以东郊野。这时候，扎克城守将鼐护山坦前来报告说：“叶赫兵于辰时已经来到，大批敌军包围了扎克城。由于地势险峻，不能一时攻下来。又去攻赫济格城，仍然受挫，敌人伤亡不少人马。”哨探郎特里也来报告说：“敌兵已在扎立营寨，开始搬运粮草了。”努尔哈赤听后，下令安营扎寨。此时，双方对阵，九部联军打前阵的，是北关叶赫兵，其攻击方向是浑河北岸，决战于扎克城至古勒山一带。
从两方投注的兵力看，九部联军要实现一举“荡灭”建州的计划，必须先在古勒山决战，并取得胜利，才能向建州都城佛阿拉进击。可是九部联军在战略上尽管兵力占优势，但临战则处于情况不明，盲目进战的状况。这样一来，努尔哈赤就初步掌握了战场上的主动权。
次日早晨，双方交战一开始，建州兵没有全部参战。叶赫部的主帅布寨、纳林布洛只率兵围攻黑济格城，整整攻了一天，却毫无进展。布寨和纳林布洛求进图胜心切，由于进攻两城都未拿下，大军受阻，急烦难捺。第二天又进行更激烈地攻击，建州守城将士损失较多，战局不妙。