（一）推进农村综合改革是一项长期而艰巨的任务
农村综合改革不仅涉及经济领域的改革，而且涉及政治、社会、文化等领域的改革，是一次重大的制度创新和社会变革。农村综合改革需要解决好基层政府职能转变、机构精简、富余人员出路等问题；需要调整国民收入分配格局和城乡利益关系，促进公共资源在城乡之间合理配置；需要农村干部转变旧的工作方式，处理好与农民群众的关系，善于在发展市场经济和民主政治的条件下与农民打交道。这些问题涉及面广，政策性强，需要做深入细致的工作。我国农村情况千差万别，经济发展水平不同，面临的矛盾和问题很多，改革必须从实际出发，分类指导，逐步推进。各地区、各部门一定要从全局和战略的高度，充分认识农村综合改革的长期性和艰巨性，统一思想认识，切实加强领导，把这件事关全局和长远的大事抓紧抓好。
（二）全面把握农村综合改革的目标和主要任务
“十二五”时期，是完善社会主义市场经济体制的关键时期，也是加快推进农村改革的重要时期。农村综合改革的目标是，按照巩固农村税费改革成果和完善社会主义市场经济体制的要求，推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制、覆盖城乡的公共财政制度、政府保障的农村义务教育体制，促进农民减负增收和农村公益事业发展，全面推进社会主义新农村建设。
农村综合改革要在试点基础上全面推进。有条件的地方要在全省范围内开展试点，暂不具备条件的省份要进一步扩大市、县试点范围，力争五年或更长一点的时间基本完成乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制这三项改革任务。把这三项改革作为农村综合改革的主要任务，基于三点考虑：一是抓好这三项改革有利于从根本上巩固农村税费改革成果；二是这三项改革都涉及农村经济体制和上层建筑的一些关键问题；三是改革的内容相对集中一些，有利于重点突破，带动农村的各项改革。
1.以转变政府职能为重点，推进乡镇机构改革。近年来，各地对乡镇机构改革进行了积极探索。在改革试点地区，乡镇政府职能有所转变，人员编制膨胀的趋势得到有效遏制，行政效率不断提高，工作作风进一步转变，为农服务得到加强。乡镇政府是我国政权结构中的基础层级。乡镇机构改革在农村综合改革中处于关键的位。这次乡镇机构改革的总体要求是，转变政府职能，精简机构人员，提高行政效率，建立行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的基层行政管理体制和运行机制。
乡镇机构改革的核心是转变政府职能。现在，我们对乡镇政府转变职能的认识和实践都还没有跟上形势的发展，乡镇政府存在着职能越位、错位和缺位的情况。各地在试点中普遍感到减人、减支都比较难，深层次的原因是对乡镇政府的职能界定不清，事减不下来。考虑乡镇政府职能问题，要从农村工作的现实状况出发，从农民群众的愿望出发，从社会主义市场经济条件下建立公共行政管理体制的要求出发。重点强化三个方面的职能：一是为农村经济发展创造环境，包括稳定农村基本经营制度，维护农民的市场主体地位和权益，加强对农村市场的监管，组织农村基础设施建设，完善农村社会化服务体系。二是为农民提供更多的公共服务，加快农村教育、卫生、文化、体育、环境保护等社会事业发展。三是为农村构建和谐社会创造条件，加强社会管理中的薄弱环节，开展农村扶贫和社会救助，化解农村社会矛盾，保持农村社会稳定。推动农村民主政治建设和村民自治，提高基层自治能力。在履行好政府职能的同时，要把不应该由政府承担的经济和社会事务交给市场、中介组织和村民自治组织。
要以乡镇机构改革为契机，创新农村工作机制。最关键的是两条：一是坚持依法行政。乡镇政府直接面对广大农民群众，经常处理的是与人民群众生产生活密切相关的具体事务。要规范乡镇政府行政行为，办事情要于法有据，工作程序、工作手段要合法合规，依法维护农村秩序和保护农民权益。二是搞好为农服务。要为农民提供高质量、高效率、低成本的服务，促进农业发展和农民增收，把服务作为联系群众的一条重要纽带。这两个方面长期坚持下去，就能提高农村工作水平，密切党和政府同农民群众的关系。
合理调整乡镇政府机构，改革和整合乡镇事业站所，精简富余人员，是乡镇机构改革的重要内容，必须积极稳妥地推进。中央提出五年内乡镇机构编制只减不增是必须坚守的一条底线，否则就控制不住收费养人，税费改革就会前功尽弃。要根据职能定编定岗定员，按照公开公正公平的原则竞争上岗。在人员精简过程中，要关心爱护乡镇干部，妥善安置分流人员，充分发挥他们的特长和积极性，不能简单推向社会。上级部门要大力支持基层改革，不得以机构“上下对口”，或用项目安排、资金分配、年终考核等手段，干预乡镇机构设置和人员配备，为基层改革创造好的环境。这一点中央部门要带头做到。省、市、县党委和政府要切实加强对乡镇机构改革工作的领导，根据本地实际情况，制订规划，掌握政策，精心组织，稳步推进。尤其是县级党委、政府要加强具体指导，多为乡镇解决实际问题。努力做到既要如期实现改革目标，又要保证乡镇政府正常运转和基层干部队伍思想稳定。
2.以落实教育经费保障机制为重点，推进农村义务教育改革。教育是为了明天的事业。农村的未来和农村孩子的希望都在于教育。教育公平是最基本的公平。发展教育是政府义不容辞的职责。义务教育是农村最大的公共事业。由于历史原因，农村义务教育发展水平远远落后于城市，全面普及九年制义务教育，关键在农村。要贯彻把义务教育工作的重点放在农村的方针，通过改革农村义务教育体制，保障办学经费，提高教育质量，促进教育公平，加快农村义务教育发展，实现让每一个农村孩子都有学上、都能上得起学的目标。当前，推进农村义务教育改革要从两个方面展开：
一是全面推进农村义务教育经费保障机制改革。农村税费改革以来，中央对农村义务教育体制进行了调整，逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围。这项改革既明显减轻了农民的负担，又有效保证了学校的正常运转，为农村义务教育注入了新的活力，从制度上保障了农村孩子都享有接受义务教育的机会。2006年西部地区农村义务教育阶段中小学全部免除学杂费，其中家庭贫困学生继续享受免费教科书和寄宿生活费补助的政策，共有近4900万农村中小学生受益。据测算，平均每个小学生减负140元，初中生减负180元。2007年中部和东部地区农村义务教育阶段中小学也全部免除学杂费，这样全国近1.5亿农村中小学生受益。免除义务教育学杂费具有划时代的意义，标志着我们在农村真正实行了义务教育。为此，必须建立和完善政府投入办学、各级责任明确、财政分级负担、经费稳定增长的农村义务教育经费保障机制。各级财政都要增加对农村义务教育的投入，不断提高农村义务教育经费保障水平。保障农村义务教育经费要约法三章：不准减少本级政府对农村义务教育应承担的经费投入；不准挪用学校公用经费发放教师津贴；不准再乱收费加重学生的经济负担。教师工资必须列入财政预算，切实予以保证。
二是加快教育部门自身改革。现在全社会对子女教育都非常重视，对学校期望很高。我们在增加教育投入的同时，更要重视提高办学水平和教育质量。第一，深化教育人事制度改革，切实加强农村教师队伍建设。
教师素质和教学水平事关农村义务教育改革的成败。要严格教师准入制度，创新教师补充机制，建立教育教学质量监测考证制度，促进农村教师提高素质。第二，合理配置城乡教育资源，逐步缩小城乡之间义务教育发展差距。各级政府都要调整教育经费支出结构，向农村倾斜。开展城乡学校对口支援，鼓励城市教师到农村任教，建设农村中小学现代远程教育体系，让农村孩子也能享受到优质教育资源。第三，合理调整农村中小学布局，提高农村义务教育办学质量。要从当地实际出发，按照方便学生上学、不增加学生经济负担、保证教学质量的原则，调整学校布局，改善办学条件，加强教学管理，提高教育资源利用效率。