攻打小方庄的是陈玉成麾下旅帅杨有功，小方庄距长丰县城墙只有两里，这里有五个大地堡，二十一个小地堡，守在此军是淮军的一个哨三百多人。杨有功在领受攻击任务时，陈玉成亲自交代说，这个据点是淮军在长丰城外的一颗钉子，不拔下来将会影响全局。战斗将是十分艰苦的，对这个据点的攻击不亚于破城攻坚战。
杨有功是陈玉成麾下最能打硬战的战将之一，他领了任务之后战斗准备得很充分：先组了一支敢死队把五百公斤炸药捆成大小不一的炸药包，陈玉成还给他们补充了一千五百发子弹。十四日午后，攻击开始。在杨有功的指挥下，敢死队连续八次爆破，架梯队在火炮的掩护下在外壕内架起梯子，冲锋队首先登上壕沟，占领了西南大地堡和一段围墙。敢死队士兵张树培炸掉东南大地堡后，冲锋队冲进了小方庄。但是，后续部队遭到淮军炮火的猛烈拦截，率领冲锋队的卒长刘培德牺牲在外壕里，两司马申天明率领预备组冲上来，守军的反击开始了，申天明身负重伤，全卒官兵只剩下二十多人，除了申天明之外，卒、两军官部全部阵亡。
杨有功立即组织增援。但是，在小方庄右侧不足三百米的地方，有一个大地堡群，二里外的城墙上又有淮军的炮火支援。增援小方庙的卒长刘希珍牺牲在冲击的路上。向小方庄反击的淮军越来越多，原来这里有一条暗道通往城内。两司马王德江站了出来，当敌人再次冲上来的时候，王德江高喊着：“不能退！上帝在天上看着我们！”在王德江的指挥下，士兵们将一包包的炸药扔了出去。王德江等在此艰守半个多小时，让淮军付出死伤近两百人的代价，为部队增援赢得了时间。
陈玉成见到小方庄的淮军越来越多而垒保众多，强攻伤亡巨大就让炮兵把火炮推进到离小方庄三百米地方开炮。大量的炮弹倒在小方庄不到一里的范围内，基本上把小方庄的每一寸土地都被炸过，然后组织了两个旅帅突击才把小方庄拿下。但由于火炮推的离长丰城太近，淮军在炮兵在城墙上对太平军的炮兵反击把一些火炮炸毁。
十四日夜，曾国荃让人送来一封信。让李鸿章在“退出淮南”、“死守待援”和“不能守”中选择其一。不久，曾国荃就收到的回信，内容是：死守待援。曾国荃立即命令其下的七营八千多人南下增援李鸿章并派人去六安要左宗棠让川军增援淮南。
战争的代价首先是官兵的鲜血和生命。
位于淮南与长丰之间的孔店村，是个只有百十户人家的小村子。这里东临高塘湖，一条无名的小河从村中流过，一条路从湖边经过，村里的小河架有一座石桥。
捻军见马园村又来许多淮军的援兵，想从马园通过将损失巨大因此张乐行就让人从高塘西岸登船想绕过马园从长丰的北面突袭长丰县城。
布防孔店村的命令是突然到达的：捻军已渡湖的总黑旗旗主侯士维率黑旗白旗渡湖的五千多人统一归侯士维指挥，阻击从淮南增援长丰的湘军。
侯士维确定的孔店村防御部署是：以黑旗位于孔店村从石桥两侧沿小河铺开的五里正面，担任主要防御任务，其中以石桥为重点防御地段；以白旗位于孔店村以西的几座小山驻守辅助防御；并让已渡河的五百多骑兵位于孔店附近，积极牵制敌人。
李鸿章听到捻匪已渡湖到长丰的北面大为吃惊，想派人出兵与湘军夹击捻匪可陈玉成攻的太猛自己的兵力都吃紧而且捻匪正源源不断渡湖而来，自己出兵可能最后只能不断的向北面增兵把自已拖在孔店。李鸿章身在长丰县城可他看着北面，不放心的却是孔店村。增援的川军距离长丰还远，至少暂时无法接替湘军守淮南；但是，北面方向的增援之敌却离长丰近在咫尺却被挡孔店村。李鸿章不敢出兵孔店却派人偷偷潜出高塘湖焚烧了捻军的大部船只。
九月十六日，大雨倾盆。防御孔店村的捻军官兵们开始冒雨抢修防御工事。张乐行还是放心不下捻军虽然人数不少可地处北方为自发的反清武器非常落后。全个捻军没有一门西洋火炮就是火枪也不多，多为从战场上缴获的而多为鸟统、抬枪，渡湖捻军装备多为大刀长矛还有一些弓箭。他担忧孔店亲自渡湖，举正反两例告诫黑白两旗：无论困难多大，只要有死战的决心和勇气，必能克敌制胜：
春季的淮南作战中黑白两旗表现战斗作风甚差武器甚是落后，经过蚌埠休整后，他们两旗奋发努力，军纪士气有所改善，就张乐行离开后战斗就在孔店打响，湘军四个营，配合六门火炮向他们进攻。湘军先是一阵炮火轰击，接着就步兵攻击一开始就显出一举突破的态势，整队、整哨，甚至整营的冲锋阵形，密密麻麻，层层叠叠，向孔店村的小河冲过来。
湘军分成数股先试探性攻击，然后逐渐加大兵力。捻军防守石桥在卒长姜万和的指挥下，连续打退湘军的四次攻击。湘军又增加了两个哨，在两门火炮的火力支援下，分成两个梯队开始了第五次攻击。进攻的湘军前面的倒下，后面的补上，其顽强为捻军与清军作战中前所未见。在抗击湘军第六次冲锋的时候，防守石桥的捻军已伤亡过半，全卒只剩下两百七十多人。卒长姜万和带头发动反击，在火炮的轰击中，姜万各被埋在土里，十数名士兵被震昏。侧翼阵地上的一卒长肖玉盛没等旗主的命令迅速组织增援，在两司马朱贵的带领下，捻军的士兵冲过石桥把姜万和从土里扒出来，把进攻的湘军压了下去。
从湘军猛烈的炮火准备一开始，正面的捻军伤亡便严重。在炮火支援下，湘军冲锋阵形不断发起攻击，黑旗和白旗的接合部一度失守，侯士维投入预备队后才把敌人反击下去。战斗持续到下午十五时停止。
第一天战斗，湘军伤亡五百人多，捻军就伤亡一千三百多人。