约在三千万年以前，人类处于超古代文明时期，守护人类的巨人们发生内战，原是地球最强的黑暗战士迪迦在受幽怜的感动后选择成为光之战士，使其黑暗力量长眠。奇杰拉花朵盛开，人们全部都陷入了因奇杰拉的花粉而产生的幻觉，认为已不再需要巨人。光之巨人不能干涉人类的选择，于是巨人把自己战斗的躯体隐藏在金字塔后，化作光离开了地球。邪神加坦杰厄带着毁灭的黑暗降临，超古代文明毁灭。
在5000万年前的战士，戴迦，在3000万年前，由于刚苏醒过来，自身力量过弱，只得眼睁睁的看着加坦杰厄毁灭超古代，在26万年前，从沉睡中恢复，发现地球上空无一人，便飞离了地球，四处探寻。。在3年后，戴迦发现了一个和地球差不多的星球，是M78星云，戴迦发现M78的太阳，拥有比太阳系太阳更强的力量，和自己体内的黑暗力量不相上下，戴迦起了贪心，吸收了M78太阳中的能量，两股力量相互混杂，戴迦忍着剧痛，回到了地球，再次陷入沉睡.
21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军（UNDF）也因此完成了历史使命，TPC（地球和平联合组织）成立，人类迎来了新的时代。
但是，如超古代警卫团团长幽怜所预言：“哥尔赞“及“美尔巴“出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了3座巨大的石像。2座巨石像被怪兽摧毁了！在这紧要关头，因为继承了超古代战士的基因，因此可以和金字塔的迪迦石像结合在一起的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的石像内——迪迦·奥特曼苏醒了。此时的戴迦，也是被这场异变，从沉睡中苏醒.