方法该技术又分直接染色法、间接染色法和抗体补体染色法。
直接染色法：将标记的特异荧光抗体直接加在抗原标本上，经一定温度和时间的染色，洗去未参加反应的多余荧光抗体，在荧光显微镜下便可见到被检抗原与荧光抗体形成的特异性结合物而发出的荧光。直接染色法的优点是：特异性高，操作简便快速。缺点是：一种标记抗体只能检查一种抗原，敏感性较差。直接法应设阴、阳性标本对照，抑制试验对照。
间接染色法：如果检查未知抗原，先用已知未标记的特异抗体（第一抗体）与抗原标本进行反应，作用一定时间后，洗去未反应的抗体，再用标记的抗抗体即抗球蛋白抗体（第二抗体）与抗原标本反应，如果第一步中的抗原抗体互相发生了反应，则抗体被固定或与荧光素标记的抗抗体结合，形成抗原-抗体-抗抗体复合物，再洗去未反应的标记抗抗体，在荧光显微镜下可见荧光。在间接染色法中，第一步使用的未用荧光素标记的抗体起着双重作用，对抗原来说起抗体的作用，对第二步的抗抗体又起抗原作用。如果检查未知抗体则抗原标本为已知的待检血清为第一抗体，基他步骤和检查抗原相同。
由于免疫球蛋白有种属特异性，因此标记的抗球蛋白抗体必须用第一抗体同种的动物血清球蛋白免疫其他动物来制备。
间接染色法的优点是既能检查未知抗原，也能检查求知抗体；用一种标记的抗球蛋白抗体，能与在种属上相同的所有动物的抗体结合，检查各种未知抗原或抗体，敏感性高。缺点是：由于参加反应的因素较多，受干扰的可能性也较大，判定结果有时较难，操作繁琐，对照较多，时间长。间接法应设阴、阳性标本对照，还应设有中间层对照（即中间层加阴性血清代替阳性血清）。
抗补体染色法：抗补体染色法简称补体法，是间接染色法的一种改良法，首先由Goldwasser等建立。本法利用补体结合反应的原理，用荧光素标记抗补体抗体，鉴定未知抗原或未知抗体（待检血清）。染色程序也分二步：先将未标记的抗体和补体加在抗原标本上，使其发生反应，水洗，然后再加标记的抗补体抗体。如果第一步中抗原抗体发生反应，形成复合物，则补体便被抗原抗体复合物结合，第二步加入的荧光素标记的抗补体抗体便与补体发生特异性反应，使之形成抗原-抗体-补体-抗补体抗体复合物，发出荧光。
抗补体染色法具有和间接法相同的优点，此外，还有其独特的优点：即只需要一种标记抗补体抗体，便能检测各种抗原-抗体系统。因为补体的作用没有特异性，它可以与任何哺乳动物的抗原-抗体系统发生反应。它的缺点是参与反应的成分多，染色程序较复杂，比较麻烦。
除上述三种方法外，还有在此基础上演变出的一些方法，如双层法、夹心法、混合法、三层法、抗体-抗补体法等等。
1.荧光抗体的制备
1.1免疫血清的制备及免疫球蛋白的提纯： 制备高效价的特异性抗血清是免疫荧光技术成功的前提。为此，用于免疫的抗原必须高度提纯，尽可能不含其他非特异性的抗抗原物质，血清的效价与特异性是矛盾的，通常以高效价的免疫血清为好，因为用这种血清制备荧光抗体，即使其中含有少量非特异抗体，也可以通过稀释法将其除去。为提高血清效价，在制备免疫原时，通常采用大剂量加佐剂，长程免疫，其中以弗氏不完全佐剂最常用。即按抗原1份，无水羊毛脂1份，液体石蜡2份混合，待充分乳化后，免疫动物，即可能获得高效价的免疫血清。用于荧光素标记的免疫血清，需提纯后使用，这样不但可以提高抗体的效价，而且还可以排除γ球蛋白以外的蛋白质，减少非特异性荧光的出现。从免疫血清中将特异性抗体提纯于荧光素标记是免疫荧光技术的关键一环。在免疫荧光技术中所应用的特异性抗体，主要是IgG类，其提纯方法很多，但以饱和硫酸铵盐析法比较简便，也可用分子筛层析法（即葡聚糖凝胶过滤），以及离子交换层析法等，或先用盐析法精提，然后再经过层析柱进一步纯化。
1.2荧光色素的标记： 能够产生明显荧光并能作为染料使用的有机化合物称为荧光色素或荧光染料。用于标记抗体的荧光色素，必须具有化学上的活性基因，能与蛋白质稳定结合，且不影响标记抗体的生物活性及抗原抗体的特异性结合。适于标记蛋白的荧光色素主要有异硫氰酸荧光黄（fluorescein isothiocyanate，FITC），四乙基罗达明（rho-damine B200，RB200）和四甲基异硫氰基罗达明（tetramethyl rhodamine isotheynate，TMRITC）。实际上目前应用最多的只有异硫氰酸荧光黄一种。
1.2.1FITC标记：FITC为黄色结晶形粉末，分子量为389，易溶于水和酒精等溶剂中，溶解后呈黄绿色荧光，最大吸收光谱为490-495nm，FITC的溶液不稳定，易因水解或迭聚而变质，故需在配好后2h内应用。FITC含有异硫氰基，在碱性条件下能与IgG的自由氨基（主要是赖氨酸的ε-氨基）结合，形成荧光抗体结合物。一个分子的IgG有86个赖氨酸残基，但一般最多只能标记15-20个。
直接标记法：取抗体球蛋白溶液10ml，碳酸盐缓冲液3ml，生理盐水17ml，混合，在4℃电磁搅拌下加FITC3mg（先溶解在3ml缓冲液中），在4℃继续搅拌4-6h，将结合物通过已平衡好的Sephadex G25柱，以除去未结合的游离荧光素。
透析标记法：将抗体球蛋白溶液用碳酸盐缓冲液（0.25mol/L，pH9.0调动1%（W/V ），并装入透析袋中，按蛋白质量的1/20称取FITC溶于10倍抗体溶液量的碳酸盐缓冲液中，将透析袋浸没于FITC液中，于4℃搅拌16-18h取出透析袋于0.01mol/L，pH7.2PBS中透析4h，将结合物通过已平衡好的Sephadex G25柱，去除游离荧光素。
1.2.2RB200标记：本品为无定形褐红色粉末，不溶于水，易溶于酒精和丙酮，性质稳定，可长期保存，分子量为580，最大吸收光谱为570nm，呈明亮的橙色荧光，因与FITC的黄绿色有明显区别，故被广泛用于对比染色或用于两种不同颜色的荧光抗体的双重染色。方法为：取1g RB200及五氯化磷（PCL5）2g放乳钵中研磨5min（在毒气操作橱中），加10ml无水丙酮，放置5min，随时搅拌，过滤，用所得溶液进行结合。将每亳升血清用1ml生理盐水及1ml碳酸盐缓冲液（0.5mol/L，pH9.5）稀释，逐滴加入0.1ml RB200溶液，随加随搅拌，在0-4℃继续搅拌12-18h。
1.2.3TMRITC标记：TMRITC为紫红色粉末，性能比较稳定，分子量为443，最大吸收光谱为550nm，呈橙红色荧光。其结合方法与FITC的直接标记法相同，只是所加色素量为蛋白质量的1/30-1/40，结合时间持续16-18h。
1.2.4影响标记的主要因素：温度、时间、酸碱度和标记量4个因素。温度低，标记时间长，温度高，标记时间应短。FITC 0-4℃以6-12h为宜，20-25℃以1-2h为宜，37℃30-45min为宜。pH低时，标记较慢，pH值偏高（大于10），抗体易变性，pH值9.0-9.5最为适宜。抗体蛋白含量低，标记慢，以每毫升含20-25mg蛋白为宜。至于标记方法，各有特点，但均不能去除非特异荧光染色因素。透析法适用于小体积的标记。
1.3标记抗体的纯化：抗体标记以后，应立即进行纯化处理，以消除或降低非特异性染色和特异交叉染色。其步骤如下：
标记抗体溶液
↓透析或凝胶过滤
去除游离荧光色素
（粗制荧光抗体）
↓DEAE-纤维素层析
去除过度标记的蛋白分子
（精制荧光抗体）
↓抗原交叉吸收或组织制剂吸收
去除特异交叉反应的标记杭体
（免疫纯荧光抗体）
根据免疫荧光试剂的具体用途，纯化的方法可以不同，并不是每一种荧光试剂都须经过以上全部过程。对于某些细菌诊断试剂，只要除去游离荧光素就可以，检测病毒抗原的荧光抗体一般要求下述处理：
1.3.1游离荧光素的去除： 去除标记过程中未与蛋白质结合的游离荧光素，是纯化标记试剂的最基本要求，不经过这一步处理，任何免疫荧光试剂都不能应用。
半透膜透析法： 利用荧光色素分子可以通过半透膜，而蛋白分子则因分子量大不能通过的原理，逐步将游离色素除去。先将标记好的抗体溶液装于透析袋或玻璃纸袋内，注意使液面上留有一定空间，扎紧袋口，先用流动自来水透析5min，再转入PBS （0.01mol/L，pH7.2）或生理盐水中继续透析，外液量至少大于内液量100倍，透析应在低温（0-4℃）下进行，每天换液3-4次，整个透析时间约需1周左右，时间过长容易造成蛋白质变性，影响荧光抗体的质量。取透析液（外液）以紫外线灯检查，若无荧光出现，即可停止透析。
凝胶过滤法： 利用荧光色素分子和蛋白质分子量的悬殊差别，通过分子筛除去游离荧光素，一般1h以内即能完成操作，但最好与透析法结合进行。先将标记抗体溶液透析4h，除去大部分游离荧光素和其他小分子物质以后，再进行凝胶过滤，这样有利于保护凝胶柱，延长使用时间。凝胶柱sephadex G25和G50装好后，以洗脱液（0.001mol/L或0.005mol/L PBS，pH7.0-7.2）平衡，然后加入样品，样品与柱床容积的比例1：2以下皆可。样品全部进入柱床后，即可进行洗脱。应用此法可使游离荧光素完全除去，同时荧光抗体可以100%回收。
1.3.2未标记上的和过度标记的蛋白分子的去除： 去除游离荧光素后，结合物中存在的未标记的和过度标记的蛋白质，是降低染色效价和出现非特异性染色的主要因素。常用的方法是DEAE-纤维素或DEAD-葡聚糖凝胶层析，结合物通过层析柱后，过度标记的部分（易出现非特异性）被吸附，过低标记的或未标记的部分（易降低敏感性）自由流出，从而可以得到荧光素与蛋白质结合比最适的部分。DEAD-纤维柱用PBS平衡后，柱上端放一大小合适的滤纸片，打开下口，调解流速至每分钟10-20滴左右，待柱上液面剩一薄层PBS时，用吸管滴加标记样品，样品进入柱床尚离一薄层时，用适量PBS冲洗管壁，然后用大量0.01mol/L，pH7.2PBS洗脱，用20%磺基水杨酸液试测洗脱液。待蛋白出现阳性反应时即可收集，蛋白反应阴转时停止收集，该洗脱液即为纯化的标记抗体。
1.3.3特异交叉或额外性标记抗体的去除： 某些免疫原（如病毒、组织内酶抗原）是用组织制备的，其中组织细胞成分难以完全清除，在免疫是可出现相应的抗体。为去除特异交叉或额外性标记抗体，常用与染色标本同种的同样脏器或其他脏器（如肝）的干粉吸收法进行处理。，这一步处理对标记的抗体来说，损失是很大的，一般可省去这一步。
1.4标记抗体的鉴定： 经过以上各种程序所获得的精制荧光抗体，使用前须做特异性测定、敏感性鉴定以及纯度测定后，才可正式用于荧光抗体染色。
1.4.1理化特性鉴定：主要有荧光色素量（F）和总蛋白量（P）的比值，这反映着标记率的高低。通过对结合物中荧光素和蛋白质含量测定，即可计算出F/P的比值。病毒抗原定位时，F/P比值以1.0—1.5为宜。
1.4.2染色滴度测定：以倍比稀释的荧光抗体与对应抗原标本片作系列染色，出现荧光强度最大的稀释度，即为该结合物的特异性染色滴度。同时以不含抗原的阴性对照测定非特异性染色滴度。实际应用时应取低于特异性染色滴度的稀释度高于非特异性染色滴度的稀释度。如特异性滴度为1：64，非特异性滴度为1：8，则用时可做1：32稀释。
1.4.3染色特异性鉴定：通常以吸收试验和抑制试验鉴定其特异性。吸收试验是在荧光抗体中加入过量的对应抗原，然后以此染阳性标本，应无明显荧光。抑制试验是将标本先用未标记的抗血清作预处理，再用荧光抗体染色，特异性荧光应受到明显抑制，荧光强度降低或消失。
2.荧光抗体染色
2.1标本的制备：染色标本的制备方法依材料类型而异，如细菌培养，感染动物的组织或血液、浓汁、粪便、尿沉渣等，可制成涂片或压印片。病变的组织器官可采用冰冻切片或低温石蜡切片。也可将生长在盖玻片上的单层细胞培养作标本。