然而，到16世纪600年代，一些儒士就复兴了这个术语，并且用它来设想三教之中规模更大的整合。因此在这个时代，著名的学者何良俊，对佛教在中国人生活中的地位进行了适当的辩护，抱怨“儒者尝欲合而轧之”[41]。尽管何良俊有抱怨，但饶有兴趣的是，如何把它们融合在一起的困惑并没有产生我们所称为的宗教融和（syncretism），即不同宗教的成分融合成一体化的世界观。[42]相反，它们的合一与三教被判断追求共同目的有关。儒佛之间的关系的一个典型意象，就是意识到各自都有力量，却不试图取消它们的差别，这表现于1570年出版的一部《吴中人物志》的集子中。该集子的作者写道，儒与佛“如舟车均于致远，而有川陆之节。若谓其致既均，其法可换者，车可涉川、舟可行陆乎？昔人谓孔、老、释迦，其人或同；观方设教，其道必异，信矣”[43]。万历时代的大学士于慎行用“体用两分”表达了同样的观念，他说：“二氏之教与吾道源流本不相远，特各立门户，作用不同耳。”[44]这种相对保守的概念———三教在理论上相近，但实践上有重大不同———在儒家思想中大为流行，他们乐意认识到儒、佛没有在不能克服的冲突中互相隔离，但是他们并不愿意接受对它们的共同性的更加激进的看法。
更具创造性的泰州学派思想家热衷于建立更大程度的融合理论。无人论证三教同一，但许多人都坚持认为三教教义的基本内容至少要比之车与舟更具有相似性。例如，屠隆把三教看成是“殊途同域”；焦竑用了众川归大海这样的形象比喻。洪应明是万历中期一位不甚重要的折中主义学者，他把佛教和儒教的教义称为并排平行的“渡海津梁”，这使人联想到佛教的人生意象是必须超度而到达觉悟的“彼岸”的苦海。[45]所有这些比喻都承认其教义有不同的组织，但是它们所做的事基本上是同一的，它们做事的方式在风格上的差别多于实质的差别。这种信念引导许多泰州学派思想家把佛教和儒家的概念配对，以表明它们基本的相似性，显示了一种回到佛教初传时代适应中国的取向。例如，洪应明把取自战国哲学家荀况的词语“抠耳”──王阳明在《传习录》中用这个词语批评浅薄的儒士──用来和佛教所称的“空寂”的概念相对应。或者，洪又用非常大胆的比对，把佛教的“随缘”观念等同于儒家的“顺事”，向儒教的等级制度提出一个深刻的挑战。[46]
王阳明曾经告诉一位询问者，“子无求其异同于儒释，求其是者而学焉可矣。”[47]然而他的门徒仍然喜欢前一种研究（寻找异同）。王阳明对非儒家传统的有容乃大的态度为佛教能融于儒教的观念形式开辟了道路，许多人都试图概述融合这样的概念。王畿认为其师王阳明的创新在于开创融合三教的风气。王畿转用良知来融合三教，讲道：“良知之学，乃三教之灵枢。”[48]在晚年（1570年），他写道：三教在本体上是统一的，不可分割的；三教创始人死后逐渐形成的传统之差别表现了对三教原始意义的武断偏离。他甚至指出那些严厉批评佛教和道教是异端的保守的儒士自己就是异端。他说，这些人不能觉察三教根本统一的根源在于他们的狭隘的认识。一旦他们突破他们从自身圈子获得的思想传统，他们就会发现三教中每一家都同样能够揭示人的内在心性。[49]李贽将王畿冠之以“三教宗师。”[50]
对许多支持佛教和儒教统一的人来说，“绊脚石”就在于儒家对佛教“出世”的指责，这正好和儒家思想的“经世”的责任感或“入世”相反。按照佛教的观点，进入僧侣阶层就意味着“出家”。但是正如赞辅佛教的护法者乐于争辩的那样，专心佛教教义并不必然意味着背离他们生活的这个世界。事实上大乘佛教鼓励这种（入世的）怀抱，不只是为个人的开悟，而是为普度芸芸众生，这是一种自唐代以前就已经产生的对公共服务和善良行为的关怀。然而，士人们浸润在儒家经世的传统中，认为佛教鼓励士大夫逃避义不容辞的社会责任，因此道德上应受谴责。为回应这种指责———这种对士绅普遍参与佛教尤其是三教合一的概念的指责，泰州学派思想家如屠隆坚持认为儒家在经世和出世之间设立的冲突是人为的。简单地说，儒、佛两家获取觉悟的方法虽然不同，但可以互补。屠隆主张儒家本不应该将它们视为冲突的，因为“三家之旨将无不同，在世出世各阐道扬”。屠隆继续提出儒、释、道的专长化分工：
儒者之于（佛、老）二氏日寻干戈，此殆非祖师初意。三家之旨将无不同，在世出世各阐道扬。教人伦实际则儒者是宗，超脱清虚则二氏为妙。要之，皆不出一心。儒者将心体事以就其实，事尽而累遣，何实非虚？二氏屏事证心以还其虚，慧生而境见，何虚非实？[51]通过禅家的言语，屠隆表现出经世和出世是走向大道的相辅相成的方法。屠隆在另一篇文章中再次论证说，经世和出世之间的冲突是虚假的冲突。在那篇文章里他又进一步论证两者的统一，指责“俗儒”不仅仅看不见佛教和他们自己的儒教的相同性，而且不能认识到佛教的弘扬实际有助于儒教处理世间事务的活动。他指出，儒教若没有佛教很可能被大大削弱。“夫儒可废释，则生人以来所经，明圣豪杰，非一手一足矣。”[52]
林兆恩论证三教完美的互补性，在逻辑上走到极致。林兆恩是一个受人欢迎的教育家，他寻求融合三教成一体以作为人生的指导。在他的论证和指导方法中，佛教都被置于崇高的地位。然而林兆恩接受的是儒家的训练，他在地方的捐助和教育工程中，证明对士绅的公共服务之理想的坚持。林兆恩超越了那种认为三教传授同样真理的简单融合的观念，然而他又主张如果不损害传道的使命，那么一方可以代替另一方。他坚持说，三教“盖欲将以斯世斯人，而悉归于道化之中，儒而孔子之，道而老子之，释而释迦之。而又不名儒，而又不名道，而又不名释，合而一之，浑浑然以复还太古之初者。此余之教，余之心也”[53]。佛教只不过是获取觉悟的许多道路中的一种，实际上与其他教门没有两样，其差别仅仅与指导的语境相关。因为当时所有的这类哲学思潮都来源于王阳明，所以林兆恩以王阳明的超越之心的概念为基础建构他的论点。为了领会“孔老释迦之道之本一也”[54]，并取得完全的融合，心提供了超越不同的宗教或哲学传统的现象学根据。在这点上，万历时代的士人当中，林兆恩最为接近于真正的融合论。
包括林兆恩在内的大多数士绅尽管热情支持佛教和儒教融为一体，但他们也都承认晚明时代的三教合一必须建立在对儒教坚固的效忠之上。李贽表示赞成这个方向，他在16世纪900年代支持“三教归儒说”[55]。然而无论他多么喜欢在他的著作中采用佛教概念，他仍然认为纯正的原始儒学是最接近真理的最佳路径。即使对已经穿上佛教袈裟的人来说，其他两教（佛、老）的主要作用也是要帮助克服围绕儒家真理观滋生的误解。杰出的泰州派学者焦竑表示了同样的终极信念，他宣称：“释氏诸经即孔孟之义疏也。”[56]
林兆恩甚至在他的《三教合一大旨》中也显示出一种儒家信念，他说他使用三教合一的概念是要“以群道释者流而儒之，以广儒门之教而大之也”；或者又如他进一步所说的，“引道归于儒也，释归于儒也。”[57]这些把儒教放在第一位的表白可能是一种文饰的手段，意在争取受过儒家教育的读者的支持，尽管这有可能把太多的狡黠移植于那种基本上是讲学笔记的文集中。由此更有理由断定，在晚明确认三教共同统治的努力主要是理学家的一项探险事业。
一些晚明士人纳释入儒的希望与努力是16世纪最后十几年中国思想的一个独有的特征。王阳明在16世纪早期就宣称知行合一，在哲学上开始解决儒、佛分歧的计划。不过，由王阳明发始、他的泰州派弟子们继承的儒、佛合一的探索，不止是一种哲学上的难题，它取决于晚明士绅此刻所处的二元的社会政治情境：即参与和退出公共事务这种“入世”和“出世”的两难。儒家理论坚持受教育的人的责任是只要有可能就从事公共事务，但同时也认可臣子可能会谢绝效忠一个无道的君主。在另外一端，佛教也主张不参与世俗事务。在明代后半叶，政治气氛使那些有原则的人越来越感到公共服务没有吸引力，甚至不安全。1380年，宰相制度的废除有效地剥夺了明王朝一个运转得当的政治体制，之后的皇帝为此付出了高昂的代价，因为没有一个代表权威和解决政治冲突的预测机制，皇帝不得不事必躬亲处理每一个呈交朝廷的问题。从15世纪中叶起，缺乏协调不同利益集团的机制意味着政治冲突既可导致个人的灾难，又可引发党争。皇帝不得不努力控御其臣僚，到了阻碍了有效的行政管理的程度；朝廷的政治能量很大程度上站在皇帝一边以维护皇室的权威，或者站在官员一边变成操纵或者抵制皇室的法令。[58]在1506年正德统治开始时，这个政权逐渐变得独断专制，而且毫无章法，政治决策不是转移到宦官，就是转移到一群大学士手里，宦官与大学士的竞争加剧了整个官僚系统的结党营私。16世纪和17世纪要从事公共服务，即使不招致灭顶之灾，也要面对严重的压抑。
士绅文化对晚明这种社会政治情境的回应，反映在他们是为公共权威服务还是从国家的公共生活中退隐下来的争论之中。渐渐地，好像只有极端化才行得通：要么尽心“经世”以致自我毁灭，要么以佛教隐士僧的方式完全“出世”。这种极端的倾向不允许士绅选择儒与佛的融合，似乎不存在中间的立场。与这种情境并联的思想问题，以及这个时期清醒的思想家必须全力对付的问题，即是如何重新联结起这两端，这成为晚明思想家的当务之急[59]，尽管试图论证“入世”与“出世”的互补（如屠隆所说）仅仅是这种紧张所表现的许多形式之一。更广泛地说，它表现在晚明思想重建统一的许多探索中———无论是知行合一（如王阳明的探索），还是心物合一（仍是王阳明的探索）。它也激励了泰州学派的思想家想把儒、佛融合成一体。[60]然而，在思想层次上，这种融合的目标仍然是难以如愿的。三教合一似乎只是以各种新的尝试打破分离。
三、理学家的回应
儒家和佛教的普遍融和气氛在17世纪头几十年很快就松散下来。尤其是在17世纪中叶满洲人毁灭他们所效忠的王朝时，作为亡明遗民的一部分士人完全选择了隐退的佛家生活。然而，大多数士人选择了大约保守的态度来回应晚明的忧虑：他们拒绝放弃公共服务道义上的正当性及其相连的哲学意义，主张“回归”到拒绝王阳明的创新甚至不适时机地开始怀疑朱熹信条的前明儒学。
士绅文化内部对佛教影响的保守反应甚至在呼吁三教融合的起步之时就形成了。早在1587年春，李贽落发披缁前一年，万历皇帝收到分别来自礼部和南京刑部的官员的奏折。这两份奏折表示担心，士子们虽花多年心血在理学教育上，但是在他们的考试卷子中却用了佛道经典作参考。礼部的奏章指出考生藐视禁止他们使用非儒家术语的规定。“弊至此极，今揭晓之。后即将中试朱卷尽解参阅，有犯前项禁约，即指名查处。”第二份奏章，用同样不满的口气抱怨道：“浅学之士多为时刻所惑。”[61]
在16世纪和17世纪之交，士绅知识分子对佛教影响的保守反应达到大规模批判的程度。在政治领域，礼科都给事中张问达对李贽的疏劾，以及紧接着后者1602年在北京狱中的自杀，都鲜明地标志了这一点。[62]张问达指控违背儒家传统的道德堕落和异端思想冲击着人们的心灵。批评李贽的人认为，他的自杀就是承认了犯罪。之后十年，在东林书院的旗帜下形成了万历朝廷腐败世界中的政治反对派，礼科都给事中张问达即是其中一个著名的成员。这时泰州派折中思想的权威因之滑落。像焦竑这样的泰州派学者仍然推行他们的主张，只是相当微弱地坚持：“学者与其拒之，莫若其兼存之，节取所长，而不蹈其弊。”[63]
焦竑作为17世纪头20年南京学术界富有影响的人物，仍然在那里将佛教作为思想议程。[64]然而，在北京，反佛教的潮流与反清谈的潮流一起席卷而来，而且批评家们将之和他们这一代政治上的无能联系起来。当袁宏道于1606—1609年在北京为官时，他受到自16世纪90年代他青少年时代以来已经变化很多的气氛的冲击。当时袁的同乡僧人度门，是一位著名的布道法师。袁文记述道：“今再入京都，（讲僧的）法筵灰冷，求如度门者与语，遂不可能……瑞云寺亦度门说法之所，余过而询之，颓落已甚。追思少年横放，而今亦与之俱衰，为之感叹。”[65]这表明许多人在他们的判断里趋于默认：泰州派学者倡导的所谓“狂禅”要为他们生活的这个时代的衰落负责。在接下来的三十年中，保守派儒家拥集在东林书院和复社的改革旗帜之下，痛诋佛教并严厉批评前代，认为他们在道德上未能恪守儒家信念的最高理想，以及拒绝佛教的影响。[66]