7月18日，胡乔木到邓小平处，邓小平即告诉他，《论十大关系》整理稿毛主席已经看过两次，作了批示，并告知批示的内容。胡乔木向邓小平讲了有关编辑《毛泽东选集》的一些设想。
7月22日晚，邓小平在人民大会堂主持政治局会议，读《论十大关系》。江青等认为稿子整理得还不大够，提出一些枝节问题。邓小平即回答道：主席已看过两次，有什么问题，待最后付印时再请示。第二天，邓小平到西四院同胡乔木谈了昨天晚上政治局阅读讨论《论十大关系》的情况。胡乔木向邓小平谈了关于《毛选》五卷编辑工作的计划。这时康生病重不能问事，《毛选》编辑工作在邓小平领导下完全由胡乔木具体负责。胡乔木在整理毛泽东文稿方面倾注了大量心血。在《论十大关系》后，他继续领导整理了《关于正确处理人民内部矛盾的问题》《同音乐工作者的谈话》等。《毛选》第五卷中的重点文章，基本上整理完工。毛泽东对胡乔木所做的编辑加工是满意的。
中共十三大后，胡乔木退居二线，又具体地指导了《毛泽东选集》一至四卷的修订工作，从修订方针到具体的修订意见，都是在胡乔木悉心指导下确定的。在整个修订过程中，文献研究室有问题请示，胡乔木即使在医院治病，也随时接见，给他们明确而周详的解答。
例如：1988年10月11日，逄先知就《毛选》第四卷中一篇文章的起草者问题致信胡乔木：“《蒋介石在挑动内战》一文，是周恩来为新华社写的一篇社论，毛泽东作了许多重要修改。此文后来作为毛泽东着作收入《毛选》第四卷，并在注解里说‘这是毛泽东同志为新华社写的评论’。为了保持历史文献的真实情况，《周恩来传》和《周恩来年谱》在提到这篇评论时，准备写明‘这是周恩来起草，经毛泽东修改的新华社评论’，《毛泽东年谱》大体也沿用这个写法。将来毛选再版时，可在题解里作一说明。以上意见妥否，请批示。”10月17日，胡乔木批示同意。
再如：《毛选》第一卷中的《中国革命战争的战略问题》一文，有一个关于团的注释。为了审定这条注释，胡乔木几次向逄先知要有关团的材料。1989年8月8日，逄先知致信胡乔木：“送上原征委会整理的有关团的材料，供参阅。”8月21日，逄再次致信胡乔木：“您要的毛主席谈团和富田的材料，我们只查到三处，但都未涉及富田事变。总理在1972年6月批林整风汇报会上的讲话中有一段专门讲富田事变的特复印一并送上，供参阅。”
中央文献研究室凡属重要问题向中央写的报告，都是先送胡乔木审阅修改，再由胡乔木批转中央。1990年4月25日，文献研究室正式作出关于《毛泽东选集》出版第二版的报告。逄先知在给胡乔木的信中说：“关于明年‘七一’出版《毛选》（1-4卷）第二版，我们给中央写了一个报告。报告稿先送您审阅修改，如同意，我们再正式报送中央，也是先送您，由您批转中央。”信中所说报告稿是文献研究室于4月24日起草、拟送杨尚昆、胡乔木、薄一波并报中央政治局常委的。报告稿中说：“修订再版《毛泽东选集》，尽量保持它的历史原貌。《毛选》（1-4卷），是毛泽东同志亲自主持编辑的权威版本，在国内外已经发生广泛的影响。我们考虑，第二版现只增补非常珍贵的《反对本本主义》这一篇文章。这篇文章在建国初编辑《毛选》时没有找到，一九六四年收入《毛泽东着作选读》甲种本和乙种本时，他亲自作了修改。将这篇重要的马克思主义着作补选入《毛选》第二版，是必要的和适当的。这次修订，以一九六六年七月人民出版社出版的《毛选》横排本为依据，‘文革’中所作的十多处不适当的删改，全部照这一版本恢复。这次修订，以修订注释为主。”“《毛选》中有的正文和题解，存在一些史实方面的问题，正文中还有极少量的错字和不规范用字，有的引文也不够准确。这次修订时，将分别情况加以订正，有的准备直接改正，有的准备加注说明。修订中涉及政治性的重要修改和其他需要请示的问题，我们将另报胡乔木同志审定。”胡乔木在4月25日批示：“拟同意，注释中有重大问题当另行请示，请审批。”
经过半年多的紧张工作，《毛选》修订工作基本完成。1990年12月15日，文献研究室致信胡乔木：“送上毛选第二版出版说明稿，第三卷正文、题解、注释部分修订意见，请审定。”“另将对第一卷正文的修订补充意见报告如下，请予审阅。”第一卷正文的修订补充意见包括：1．《中国社会各阶级的分析》一文的发表时间，拟据此文最早发表时间（1925年12月1日出版的《革命》半月刊（国民革命军第二军主办）第四期），改为“1925年12月1日”。2．《井冈山的斗争》一文中提到的“茶、油”，经进一步考订，“油茶”是一样东西，并非“油”和“茶”，故将顿号删去。3．遵照胡乔木的意见，《井冈山的斗争》一文中的“红军再度到宁冈、新城、古城、砻市一带时”一句，将“宁冈”后面的顿号删去，改为“的”；“第三次袁德生又来”一句，在“又来”前不加“去而”二字。4．上次报胡乔木准备修改的几处正文，又经过反复研究，并请教吕叔湘同志和国家语委语法专家龚千炎教授，决定不改了。5．另有两处准备修改。以上几下变动，均见附件。报告说：“总之，还是坚持那条原则，能不改的就不改，把正文的文字修改（包括标点符号）压缩到最低限度，只改动那些非改不可的。”12月19日，胡乔木批示：“同意对第一卷正文修订补充的意见”。并指出“实质性改动应加注”。
1991年1月7日，逄先知、金冲及又就某些改动及处理意见致函胡乔木请示：“关于‘想象’一词的‘象’该不该恢复为‘像’，冯蕙同志询问了有关专家（包括语委的），他们都倾向不恢复。人民出版社的同志提出，现在第一卷已临近打纸型付印，来不及研究，我们也觉得以不恢复为妥。另外，鄜县改富县，葭县改佳县，寻邬改为寻乌等，不属于订正范围，似不宜列入订正表，准备在出版说明里作一总的交代。以上意见当否，请批示。”1月9日，胡乔木批示同意。
1月12日，逄先知致信胡乔木：“毛选第二卷《斯大林是中国人民的朋友》一文中，‘没有一个国家把它们在中国的特权废除过’一句的‘它们’二字，拟根据吕叔湘同志的意见，改正为‘它’字。请审定。”1月13日，胡乔木在此信上批示同意。
《毛泽东选集》（一至四卷）第二版即将在1991年6月出版。逄先知把写的评介文章送请胡乔木阅正。他在5月26日致胡乔木的信中说：“我写了一篇介绍毛选第二版的文章，题名《〈毛泽东选集〉（一至四卷）第二版出版的意义》，准备同上次送给您的那批材料合在一起，出一个小册子。文中说到‘这次《毛选》修订工作是在胡乔木的领导下进行的。’现将文章送上，请审阅。人民日报约我写一篇介绍毛选二版的文章，我就准备在这篇专文的基础上改写成一篇七八千字的东西，供他们使用。不知是否妥当，请一并示知。”胡乔木立即认真地审阅了。
6月4日，文献研究室给胡乔木报告：根据总书记江泽民、政治局常委宋平的意见，“代中央起草了一个学习《毛选》一至四卷的通知稿，送上请审阅。待定稿后报中央审定。”次日，胡乔木在此信上批示：“请注意高校是否把毛选列入正式课程请与国家教委商定妥当方法，以免引起不良效果。”6月18日，文献研究室正式报送为新华社代拟的毛选第二版出版消息稿，请胡乔木审阅。20日，胡乔木批示：“已阅。稍有改动，妥否请酌。”《毛选》一至四卷第二版即由人民出版社出版，从7月1日起在全国新华书店发行。
除修订《毛选》外，胡乔木还亲自主持、精心编辑了《毛泽东诗词选》新编本。他认为毛主席好的诗词比他的文章更有生命力，更易留传后世。
胡乔木在患病期间，还提出要编辑出版多卷本《毛泽东文集》的计划。他对文集的编辑设计作了反复比较，拟定了一个方案。他充满感情地说：“如果不编出这部文集，我对不起毛主席。”在他的提议下，经中央批准，这部重要文献的编辑出版被列为毛泽东诞辰一百周年的纪念项目。1993年，《毛泽东文集》共八集出齐。
三、精心编辑出版《邓小平文选》
胡乔木任中央文献研究室主任期间，花费精力最多的是编辑出版《邓小平文选（1975-1982）》和邓小平的《建设有中国特色的社会主义》等着作集。
《邓小平文选（1975-1982）》收入了邓小平1975年至1982年9月这段时间内的重要讲话、谈话，共47篇。邓小平1975年的言论，反映了他在同“四人帮”进行针锋相对的斗争中，狠抓各项工作的整顿，为消除“文化大革命”的动乱、为促进安定团结和国民经济发展所进行的巨大努力。邓小平1977年以后的言论，反映了他在推动和指导全党进行拨乱反正、改革开放，实现伟大历史转变的过程中，在根据马克思列宁主义、毛泽东思想的基本观点和我国国情确定社会主义现代化建设的正确道路和方针政策的过程中，发挥的决策作用和做出的卓越贡献。邓小平的论着是建设中国特色社会主义理论的集中代表。不但具有不可磨灭的历史意义，而且对我国开辟改革开放的历史新时期，对胜利走上建设社会主义现代化强国的新道路，具有重大的现实意义和深远的指导意义。从协助邓小平起草许多重要讲话，到编辑、整理、注释邓小平的着作，胡乔木发挥了马克思主义理论家的作用。
在《邓小平文选》的编辑过程中，胡乔木作了许多具体细致的指导。
例如：编入《邓选》第一卷的邓小平1962年7月7日接见共青团三届七中全会全体同志时讲话的部分内容，原拟题为《调整农村生产关系，恢复和发展农业生产》，胡乔木改为《怎样恢复农业生产》。正文引用名言“黄猫、黑猫，捉住老鼠就是好猫。这是说打仗。我们之所以能够打败蒋介石，就是不讲老规矩，不按老路子打，一切看情况，打赢算数。”紧接着，编者又按胡乔木的要求查了当时记录，补入紧扣讲话主题的十分重要的一段话：“现在要恢复农业生产，也要看情况，就是在生产关系上不能完全采取一种固定不变的形式，要看哪种形式能够调动群众的积极性就采用哪种形式。现在看来，不论工业还是农业，非退一步不能前进。”
再如：编入《邓小平文选》第一卷的《共产党要接受监督》一文准备在1989年8月22日的《人民日报》登载。胡乔木建议中央文献研究室为文中的“大民主”、“小民主”、“匈牙利的大民主”、“波兰的大民主”作注。并亲自修改了“大民主”和“小民主”的注释。中央文献研究室做的注释，据毛泽东1956年在中共八届二中全会上的讲话，用了一句概括性的话：“‘大民主’、‘小民主’是一种形象化的说法。”胡乔木认为不妥。因为在汉语里“大”常常是褒义，“小”往往带贬义。这样解释，没有说清楚性质，容易引起误解。同毛泽东、邓小平的原意不符。胡乔木当时也没有想好该怎样解释才贴切。三天后，他才确定把“形象化的说法”改为“讽刺性的用语”；说毛泽东在八届二中全会上的讲话中“也用大民主来表示大规模的群众斗争和闹事”，邓小平此文中的“大民主”的含义“是指大规模的风潮和闹事”。在解释“大民主”的含义时，胡乔木对“群众运动”、“群众斗争”、“群众风波”等词作了精心挑选。