我国的行政问责制度虽然还缺乏国家层面的法律或原则性政府规章，但毫无疑问是经由中央政府为主导予以推进的，地方各级政府和行政部门积极响应配合。在我国党管干部的体制下，公务员队伍呈现多样性。从横向来看，包括了党务公务员、行政公务员、司法系统公务员和企业编制、事业编制等；从纵向看，包括上自国家领导人、下至一般工作人员的各级公务员人员。在目前的行政问责实践中，通过行政问责处理了一批公务员，但主要是以行政公务员为主；在行政公务员中，又以行政首长为主，部分地方制定的行政问责制度就以“行政首长问责制”为名称。
温家宝在2008年3月国务院第一次廉政工作会议上强调：“加快实行以行政首长为重点的行政问责和绩效管理制度。”我们透过公共行政的视角，就可以理解为什么行政首长问责制成为近年来行政问责制度建设的重中之重。从公共行政实践过程来看，一般是从权力制衡视角将行政问责视为一种行政控制方式，行政问责就是要求“政府就公共资金的使用给予责任回应，政治家和公务员就政府权力的使用给予责任回应，行政首长就公众的需求和参与意识给予责任回应”。我们国家的行政体制被认为是一种典型的官僚制体系，行政首长被认为是公共部门中首先必须直面公众、维持政府公信力、承担责任的对象，因此我们不难看到实践中部分重大事故，行政问责的首要任务就是使行政长官引咎辞职或承担责任，以此维持政府的公信力。
在实际工作中，行政首长掌握着一定的行政决策权，由其承担行政责任符合权责相一致原则。但同时我们还应当看到，这种“权责一致”原则不可避免地和我国执政党采取集体领导的委员会体制存在一定的矛盾，有可能使行政首长的“责”大于“权”。在实际工作中，行政首长的范围被扩大到“主要领导人、正职负责人、直接负责的主管人员”的做法更为普遍。重庆市彭水县副县长在代管生产安全工作期间，该县接连发生两起重大车祸而引咎辞职的案例就是负有直接领导责任的行政长官也需要承担责任的典型代表。从行政问责制度立法的角度来说，应该进一步确定行政问责制度的问责对象，使其范围明确化，便于责任的追溯。
就现行的行政问责制度来看，各地的行政问责制度所确定的问责对象差异比较明显。某些地方行政问责制度将问责对象范围仅仅确定为“行政首长”，这就有可能使行政首长承担不应承担的行政责任；某些地方行政问责制度又将问责对象范围扩大为“各类各级别领导”，这就可能出现责任推诿等一系列问题。因此，行政问责制度的问责对象范围应该是合理的、可操作的，问责对象的范围太狭小或是太宽泛均不合适。
（4）行政问责发起。问责发起是指问责发起主体发现问责对象的行政行为存在失职渎职现象，向问责启动主体提出问责启动申告。问责发起是问责启动的前提，是整个行政问责程序机制的起点。问责发起的两个重要因素是问责发起主体和问责发起程序。
各地现行行政问责制度对问责发起主体的规定稍有不同，但基本上都沿袭了行政内部启动问责、社会启动问责、司法机关启动问责、人大政协启动问责等模式，同时有些地方还附加了“其他相关途径”这样的条款。问责发起主体主要包括：①公民、法人和其他组织署名的举报和申诉；②上级领导机关的指示、批示；③人大代表、政协委员提出的问责建议；④省人民政府常务会议其他组成人员提出的问责建议；⑤司法机关提出的问责建议；⑥行政执法和执法监督机关提出的问责建议；⑦新闻媒体曝光的材料；⑧其他问责信息来源。
通过分析各地行政问责制度我们可以发现，现行制度在问责发起主体安排方面已经比较完善，但问责发起最大的缺陷在于问责发起程序方面的制度设计。现行各地行政问责制度普遍缺乏对问责发起程序的规定，这直接导致问责发起缺乏制度规定进行操作，不管是由体制内部发起的问责还是体制外部发起的问责。
如果说体制内部发起问责还有体制内部的工作文件或行政惯例作为依据，那么社会发起问责、司法机关发起问责、人大政协发起问责等异体问责（或称体制外问责）的具体程序就更加缺乏制度设定，没有制度性的程序安排增加了体制外主体获取有效信息和发起问责的难度，而在实际工作中确实已经证明了体制外启动问责的数量是极其有限的。
（5）行政问责启动。问责启动是指经由问责发起主体的问责启动申告，问责启动主体经过法定程序，做出启动问责程序的指令，否则问责将不能开始。问责启动同样也包括问责启动主体和问责启动程序。
各地现行行政问责对于问责启动的规定有所不同，但基本上将启动问责的核准主体即问责主体设置为该地区最高行政长官，即省长或市长，有的也将监察厅（局）、办公厅（局）等作为问责启动主体之一，协助工作。
单从制度文本对现行行政问责制度的问责启动进行分析，现行制度还是比较合理的。但如果关注实践中的行政问责启动机制，我们就会发现问责启动方面制度设计的根本问题在于，无论是问责启动主体的设置或是问责启动程序，均没有党务部门的参与，这样的设置将造成一定困惑，即作为“正职”的党委书记如果和作为“副职”的政府首长对于是否核准启动问责产生冲突时将如何解决。同时，组织部门作为党务部门之一，拥有对行政公务员的人事任免权力，也被排除在问责启动程序之外。
（6）行政问责内容。各地行政问责制度都尽可能详尽地规定了各种可问责内容，虽然略有不同，但基本都包括：①违反依法决策、科学决策和民主决策要求，发生决策失误的责任；②违法行政的责任；③对国家法律法规或者上级国家机关的决策和部署执行不力、效能低下的责任；④对群体性事件、公共突发事件，重大公共安全、生产安全隐患不认真履行管理职责，防范不力、处置失当的责任等。
以上提到的省市所制定的行政问责制度基本上都是各地原则性行政问责制度，制度设计都尽可能详细地设置了可问责内容，这样的制度设计实际上弊大于利。原则性行政问责制度只需要划定可问责内容的范围，对于一些具体的内容可以由特殊性行政问责制度详加规定。从立法的角度来说，原则性行政问责制度中难以清楚描述每一个具体问题的内容，容易出现遗漏或不足。
原则性行政问责制度划定太宽泛的可问责范围或制定过细，都有可能导致行政问责程序机制的效用下降。
（7）行政问责主体。当前行政问责在制度设计方面充分体现了行政内部主导的特点，行政内部主导带来的直接作用就是现行各地行政问责制度在问责主体等核心要素方面的制度化推进速度较慢。由于我国政府行政内部已经形成一套行政工作惯例，因此从一定程度上行政内部排斥或至少不主动接受制度化的束缚。
目前仅有《莱芜市人民政府行政问责办法（试行）》等少数行政问责制度对每个问责主体的具体职责进行了详细规定，一部分行政问责制度规定了问责主体为政府、政府办公厅（室）、监察厅（局）或由他们组成的调查组，同时也赋予了政府常务会议或者省（市）长办公会拥有一定决定权，但仍有部分地方行政问责制度没有明确规定问责主体，更缺乏工作职责划分，仅用“有关部门”代替。
这种制度设计将直接导致实际问责工作中的分工缺乏制度规定，有可能导致推诿塞责行为的发生。
同时，问责主体的设置和问责启动主体的设置有着类似的问题，就是将党委书记排除在问责主体之外是否合适值得讨论。一方面，行政法中认为当前需要解决的一个重要问题就是必须将行政监督和党的监督明确区分开来。如何将党的相关纪律条例和行政监察法区分开来，以保证法律的权威和行政监察机关的独立性是一个重要的问题。另一方面，行政问责的领导干部基本上都是共产党员，在实际操作中“地方党委书记不过问问责”的假设是不成立的。各地行政问责制在问责主体方面的设置都存在着类似的情况。也正是由于面临着这样的困境，行政问责制度在问责主体方面的制度设计明显是模糊不清的。
（8）行政问责的责任划分和责任标准。责任划分是行政问责制度设计的难点之一，责任划分“一是党政之间，即党务系统和政务系统之间的职责划分。一起问责事件，到底应该由书记负责还是由行政首长负责，目前并没有透明合理的判断依据；二是责任具体到人，即在党政领导正副职、上下级官员之间的责任该如何分配”。行政问责的责任划分应当遵循行政过错责任原则，行政过错责任分为直接责任、主要领导责任和重要领导责任。我国政府强调“集体决策”的重要性，这一方面使决策的错误可能性降低，但另一方面当发生决策错误时责任追究的难度就加大了。
相比于直接责任、主要领导责任和重要领导责任的责任划分，责任标准的制定就显得更加困难。现行各地行政问责制度对于责任标准的相关规定几乎是空白。无论何种类型的行政问责案件，都应当有合理的处理标准，在这方面行政问责制度应当多参照《刑法》对于责任标准方面的规定。如何时从重、从轻、减轻，在怎样的范围内自由裁量。问责主体对于责任标准的判断固然有自由裁量的空间，但也应当制定相应的规范，否则相同情况问责的标准不一将影响行政问责制度的公正性。
（9）行政问责程序。行政问责制度的实体制度和程序制度应当同步发展，问责程序的制度设计关系到行政问责制度中实体权利的实现能否得到有效保证。问责程序需要确定相关问责主体在问责程序中所担负的职责和相互之间的关系，从而确保行政问责程序流程的每一个环节都有制度的约束。
在实践中，大部分地方行政问责制度都没有完整规定具体操作流程，常常用“市政府常务会议决定启动问责程序的，应当根据问责情形责成监察、审计或政府法制机构会同有关部门”等类似语句带过，这给问责实践留下诸多问题。通过对现行各地行政问责制度的剖析，我们发现现行行政问责制度中关于问责程序的规定普遍给予了问责主体较大的自由裁量权，因此，建立严密的问责程序，规范问责过程，约束问责主体的自由裁量权就需要高度重视。
（10）行政问责制度的追究方式。尽管现行各地行政问责制度中都罗列了各种行政问责追究方式，但行政问责制度的追究也面临两方面的困境：一方面，现行公务员体制中“能上不能下”的机制虽然已经有所改善，但仍未完全革除。《党政领导干部辞职暂行规定》是中共中央于2004年颁布施行的，被认为是各地制定行政问责制的示范性规定之一，但这份规定中对被问责官员辞职的去向并没有做出明确的规定，这就从一定程度上造成更多的情况是人走责免、一辞百咎，而他们的政治和物质待遇基本保持不变，甚至刚刚“辞职以谢天下”，就很快又另有任用。另一方面，在重大安全事故等公众和媒体十分关注的问责事件中，会发生追究偏重的情况，有时候将行政首长免职以安抚公众和媒体的情绪。
行政问责的追究方式不确定性甚至可能将责任追究演变为政治斗争的工具。
为了保证行政责任追究的公正、准确，行政问责制度中的追究方式还应当保证不同的行政责任种类和幅度之间的对接以及行政责任与刑事责任、民事责任、道义责任之间的衔接，以便解决现行行政问责制度规定不周全、不严格、不匹配问题。建立行政问责制度体系，就是为了将行政问责、引咎辞职等一系列规定衔接起来，实现从责任确认到责任追究的完整体制。
（11）行政问责制度的问责救济。目前大部分地方行政问责制度中缺乏问责救济的规定，即使有问责救济的实体条文也缺乏问责救济的程序，这就给问责救济在实践中的实施带来了很大困难。问责救济应当充分贯彻《公务员法》第57条、第103条的相关规定，赋予受到责任追究的行政机关或是公务人员必要的救济权利。现行行政问责制度在时间期限以及问责救济主体方面进行了少量规定，但缺乏完善的内部申诉和控诉制度，未将公务员权利救济程序司法化，部分地方行政问责制度中直接援引《公务员法》作为问责救济的模式，如《郑州市人民政府行政首长问责办法（试行）》第二十三条直接规定：“被问责的行政首长对问责决定不服的，可以按照《中华人民共和国公务员法》规定的程序进行申诉。”但实际操作中，被问责人无论在问责内容、问责程序等诸多方面均有《公务员法》没有涵盖的特殊内容，条例这样规定显然存在问题。