林兆恩所受的道教思想影响主要是集中于内丹学，这从林兆恩著作中所引用的道教文献中也可以得到说明，“林兆恩对道教的所有理解集中在性命双修的内丹仙道上，如其引用道教经典，能叫出名称的没有几部，如《梓橦化书》、《常清静经》、《阴符经》、《黄庭经》、《灵枢经》、《参同契》、《天宝金镜灵枢神景内经》、《西升经》等部，其他都仅称‘道书’或‘道经’，又其三教会编所介绍的道教人物也以修金丹者为多。故林兆恩所谓的道教往往是狭义的内丹道门。”他的这种内丹学思想最终形成了三一教独特的修炼心法——九序心法，九序心法就是主要建立在道教内丹学基础之上的，如第五序“采取天地，以收药物”所言“亥子之间，天地一阳来复，而吾身之天地亦然；巳午之间，天地一阴来姤，而吾身之天地亦然。故亥子之间虽以采取吾身之阳，亦以采取天地之阳；夫既采取天地之阳矣，则天地之阳有不悉归于我之身乎？巳午之间，虽以采取吾身之阴，亦以采取天地之阴，夫既采取天地之阴矣，则天地之阴有不悉归于我之身乎？……天地非远也，而阴阳之气常与吾身相为流通；吾身非近也，而阴阳之气常与天地相为联属，故天地虽甚广，然亦不过取之吾身而有余矣”，第六序“凝神气穴，以媾阳丹”所言“两肾之间，名为气穴，窍中之窍，玄之又玄。……若能以心脐之间之所凝结者，而下藏之气穴焉，送归土釜，以牢封固，盖以俟夫真阳之丹至外而来也。然神即丹也，移丹于土釜，即凝神于气穴也”等等，这里所说的修炼方法实际上都是采用了道教内丹学的性命双修的方法，详细可以参考前文对于九序心法的论述。
第三节 林兆恩思想与佛教
如同林兆恩所熟悉的（换句话说，所采用的）道教仅仅是道教内丹学的理论和实践，在其三教合一体系中，佛教的情形也相类似，“如林兆恩对于佛教的了解也仅限于禅宗一门，取其‘明心见性’以心传心的教法”。如同内丹学成为林兆恩所理解的道教一样，禅宗也成为林兆恩对佛教理解的核心，“释之一大枝复分为五小枝，临济也、沩仰也、云门也、曹洞也、法眼也”。很明显，在林兆恩这里，禅宗就成为了佛教的代名词，直接将禅宗的“五家”——临济、沩仰、云门、曹洞、法眼视为佛教的五大派。而林兆恩对于佛教思想的基本理解，“林兆恩所能叫出佛经名字，除了引用《金刚经》、《心经》、《六祖坛经》外，尚有《圆觉经》、《大慧语录》、《维摩诘经》、《庄严经》等，其他则泛称‘释氏’、‘释书’、‘佛书’等。足见林兆恩在佛学的素养上相当浅薄，其能完整地叫出禅宗五家分派的名称，反映其与禅宗的传灯传统较为接近。”对于禅宗的两部主要经典《金刚经》和《心经》，林兆恩都作了相应的解读，著有《金刚经概论》、《心经概论》以及《心经释略》，对两者予以相当多的关注。
在对其所作缘由的论述中，林氏表达了其之所以重视《金刚经》和《心经》的原因：概论也者，概而论之。以余之疏浅，不能句释而字训之，故特言其概尔。或问何者谓之金刚？“佛性”是也。又问何者谓之佛性？“如如”是也。“佛性如如”，是我真经。而亘天亘地亘古亘今，不可得而变，不可得而坏也，故曰《金刚经》。余尝览《金刚经》，乃是释迦如来所为作也。其言婉而微，其意叠而复，惟冀以发明佛性之如如、不变不坏之实义也。岂非老婆心切，欲以尽灭度无量无数无边众生，以共荷担此如来也。后世之释之者甚众，惟有六祖直指乃得《金刚经》实义。余或剿拾套语，以为证据，而使释迦如来之秘旨反晦而不明，故为撰《金刚经概论》。
夫“概论”也者，盖以《心经》之第一义不可得而言之者，概而论之尔。余初作《概论》以示之善知识者，则甚喜，乃请余分章释之。余尝以六祖而下，佛法不明，而于所谓最上一乘，而为现成之一大公案者，鲜有知之。以故苦空顽空、避尘枯坐，而以断灭为寂灭者，比比皆是也。遂使释迦之至教不明于天下万世，而每为儒流之所非者，余窃悲之，故复撰《心经释略》与此《概论》别作二帙。
《金刚经》，全称《能断金刚般若波罗蜜经》，又称《金刚般若波罗蜜经》，最早由后秦鸠摩罗什于弘始四年（402）译出。此经以一实相之理为体，以无住为宗，以断疑为用，以大乘为教相，认为万法缘起性空，无固定不变的自性，卷末四句偈文：“一切有为法，如梦幻泡影，如露亦如电，应作如是观”，被称为一经之精髓。认为世界上一切事物都是空幻不实，“实相者则是非相”，认为应“远离一切诸相”而“无所住”，即对现实世界不执着或留恋。这里是用金刚为喻，以象征般若智慧如金刚锐利，可以去除众生的一切烦恼。在林兆恩的解释中，金刚就是佛性，佛性就是如如，如如实际上就是真如本性。
《心经》，全称《般若波罗蜜多心经》，唐玄奘所译，全经260字，阐述五蕴、三科、四谛、十二因缘等皆空的佛教义理，最后归于“无所得”（不可得），认为般若能度一切苦，得究竟涅槃，证得菩提果。这两种经文在佛教都属于般若部，所谓般若，本义为智慧，佛教中则是指通达真如本性的无上智慧。这种智慧，在佛教看来是内在于一切众生的本心。
也正是在此基础之上，禅宗强调直指人心，明心见性，通过发现自己的本心，来体悟到真如本性。这个观念对于林兆恩的影响非常大，林兆恩在其作品中多次表达了相类似的观点，“真心是性，真性是心”，“何以谓之须得言下，识自本心，见自本性邪？不曰心，而曰本心；不曰性，而曰本性。岂所谓本心、本性，乃真心、真性邪？”此外，从所引的林兆恩对于作《金刚经概论》、《心经概论》以及《心经释略》的缘由的述说中，我们可以发现同样一层意思——即对于禅宗六祖惠能的推崇，“六祖的明心见性，重视简易直截的顿悟工夫，其自性与本来面目的理论系统对宋明以来的心学有很大的启发，彼此即是在心性修养之学上相互折衷调和，林兆恩在宋明心学的文化传统之下，又能上溯到六祖德理论系统，承继其大乘般若思想的智慧，作为心性工夫的禅定基础”。林兆恩对于惠能明心见性的顿悟工夫的推崇，其本意可能不在于顿悟本身，而在于惠能对于本心的强调，林兆恩也正是在本心的基础上阐发其理论的（当然林兆恩的本心不是佛教所言的本心，他说的本心就是本性，就是善性，依循的是人性本善的基本思路）。
而惠能在《坛经》中的论述，无疑为林兆恩提供了深厚的思想资源。林兆恩还专门著有《坛经讯释》，其中引用《坛经》中大量关于本心、本性、自性、自心的论述，从这里我们也可以对林兆恩佛教思想倾向有一个比较清晰的了解。
从以上对于林兆恩思想与儒、道、释三教的关系而言，林兆恩的思想强调三教合一，其基本的意旨是要归儒宗孔。亦即要将道、释二教归到以孔子之儒为标准的儒家（在林兆恩这里实际上也就是心学），在这个过程中，对于道、释二教的思想也是有所吸收的，道教思想在林兆恩这里主要是内丹学，佛教思想则主要是禅宗的明心见性。在下面的引文中，林兆恩三教思想的倾向实际上已经表现得非常明显：癸丑之秋，闽中诸生从先生游者数十人。先生之所以与诸生言者，心性之外，不过明三教之同，俗学之病，天地圣人之所以合一者。言释则曰坐禅之非也，言道则曰运气之敝也，言儒则曰支离之陋也。与子言以孝，与弟言以悌，与臣言以忠。
《平心论》尝曰：“儒以正设教，道以尊设教，佛以大设教。”余则以为正而未有不尊，尊而未有不大者也。宋孝宗《原道辨》曰：“以佛治心，以道治身，以儒治世。”余则以为治世而未有不本于治身，治身而未有不本于治心者也。若李士谦之所谓佛、日也，道、月也，儒、五星也。张商英之所谓儒疗皮肤，道疗血脉，佛疗骨髓，亦岂知三教之道同归而一致哉？近世有好持论自奇者，谓一日间能寂灭者佛也，能虚无者道也，能事事者儒也。岂不以三教之道合于一人之身，随时而为儒，随时而为道，随时而为释？余则以为三教之道混于一身之内，无适而非儒，无适而非道，无适而非释。盖能寂灭，便能虚无；能虚无，便能事事也。
这里对于林兆恩的三教合一思想作了比较详细的说明。第一段文字是林兆恩最早的弟子之一黄大本在林兆恩《林子》一文的序言中所述的，从这段文字来看，对于林兆恩的思想来说，最为重要的是心性，这在林兆恩看来是三教所共通的。在这个意义上说林氏之学就是心性之学，而且其心性之学则表现为儒家道德伦理的实践。第二段文字是林兆恩通过其《三教会编》考察了儒、道、释三教历史发展之后做的总结性论述，在这里林兆恩认为三教均是以心为本的，所谓的三教合一是就其本心来讲的，而并不是从其功能或者形式上去评判。这样，林兆恩也就确定了以心作为其三教合一的基础，既然以心为基础，同时强调儒家的纲常伦理，那么心也就是人的善的本性，这一点从林兆恩对韩愈的批评中可以看出，“然退之之学，最为谬戾者，以不知性善之旨，而有三品说焉”。三教以心为本，而心则是本善的，那么以此本心去融合其余二教的时候，对于道教选择内丹学，对于佛教选择禅宗，也是很自然的事情了，“释氏曰：‘明心了性。’儒者亦曰：‘尽心知性。’道家曰：‘性命双修。’儒者亦曰：‘尽心至命。’曰心曰性曰命之既同，则天下之道原于一矣。释氏之归一，道家之得一，儒者之贯一，盖谓此也。”无论是内丹学还是禅宗都是与心性相关，这是三教一致的地方。所以，准确地说，林兆恩所谓的三教合一思想其实是在儒家心学基础之上，融合道教内丹学和佛教禅宗。融合不等于糅合，三者地位是有所不同的。心为本，而心则是善的，那么自然其基本的倾向应当是儒家的。而在此基础上，林兆恩将内丹学和禅宗融合在了一起，形成了其自身的思想体系。