林兆恩非非三教的对象是孔、老、释迦之后的儒、道、释三教。他在《非三教篇》的序中明确写道：“‘非三教’也者，非以非三教也，以非三教之流者非也”，即针对三教的流弊而言。非非三教的理论前提是道一教三说。在林兆恩看来，儒释道三教都是从同一本源派生出来的：“盖我之道，未有儒、未有道、未有释之先之道也。……譬之树然，夫树一也，分而为三大枝，曰儒、曰道、曰释。”这里所说的“道”实际上指的是“心”，他多次说道：“道也者，心也。心也者，道也。”把“道”与“心”完全等同起来。他认为：“三代以上，教出于一，故道术明，而天下所由以治。”“唐虞三代之时，有儒乎？否也；有道乎？否也；有释乎？否也。”在林兆恩看来，孔、老、释迦之时，虽然他们都是从各自得角度出发设科以教人，但“孔子之教，未尝曰我儒也；……黄帝老子之教，未尝曰我道也；……释迦之教未尝曰我释也”，无论是孔、老，还是释迦，都没有刻意地去分别三教。然而，到了孔、老、释迦去世之后，后世的学者“不知根本之学，不悟心性之原，徒以小慧私知揣度而臆逆之，以各趋邪径，以各相雄杰也”，从而分裂出相互对立的儒、道、释三教。尔后，三教内部又分裂出许多不同宗派。教派之间纷争不断，莫衷一是。到了林兆恩所生活的明代，这个问题变得更加严重，三教末流的学者完全偏离了孔、老、释迦之道，“若世之所谓释流者，以断灭为宗，入于幻焉，而非释也；道流则以迂怪为高，入于诞焉，而非道也；儒流则以习威仪腾口说为事，入于辟焉，而非儒也”，这种流弊造成了道术不明于世，人心不古，乃至于天下大乱。
基于上述认识，林兆恩不遗余力地抨击三教的种种弊端。首先，他从孔子之教乃心性之学的价值取向来非难儒学，认为后世儒学者热衷于威仪文辞是违背孔教的宗旨，即所谓“世之儒者，专事于威仪文辞之际，而不知根本功夫、真实学问，此其所以博而寡要，劳而鲜功也”，“世之儒者，徒知周旋进退之文，而不知天然自有之礼”，“今儒者流，知尊孔子，而不知所以尊、遂使孔子之道不着”，“儒者终日口说孔子，不识自性孔子；终日纷争辩论，不知心上功夫”。其次，林兆恩从纲常人伦的角度批评道释二教脱离五伦，不娶妻生子，不士农工商。他认为，“黄帝老子释迦之教，亦有君臣夫妇之伦焉，不知有君臣父子夫妇之伦者，二氏者流也”，同时列举出大量史实论证黄、老、释迦之教未曾遗弃人伦，他在《拟撰道释人伦疏稿》中写道：“黄帝老子人伦之大，载之史书可考已，臣请得而详言之；黄帝四妃二十五子，得姓者十四人，为十二姓，……是黄帝未尝遗人伦也；老子之子宗，宗为魏相，封于叚干，宗子注，注子宫，宫玄孙假，假仕于孝文帝，假之子解，为胶西王印太傅，是老子未尝遗人伦也。至于释氏，臣亦尝考其典故矣。
若释迦为释氏之宗，曾娶耶输氏多罗，生子罗睺罗，夫妇之别，父子之恩，释迦亦兼而有之，是释迦亦未尝遗人伦耶。……臣窃惟今之真人府，张道陵之后也。道陵汉和帝时人，孙子传至于今不绝。……鸠摩罗什已证大乘，乃生二男，自是不住僧房，别立廨舍。……夫上观之黄帝老子释迦，下观之张道陵、鸠摩罗什，皆有人伦如此，竟不知今之道释者流，所学者谁之学也，所道者谁之道也。”
三教之弊端，概而言之，“以坐禅之病释也，运气之病玄也，支高之病儒也”。在这里，林兆恩将批判的矛头指向的是三教在现实操作中追求表面化、形式化而背离了作为根本的“道”（实际上也就是林氏所谓的心身性命之学）的流弊。在林兆恩看来，三教在本质上都是作为本体的“道”的体现，之所以在现实中有三教之别乃是出于现实功用的考虑。但是，由于世人不能够认识到三教原本为一的道理，对三教作了片面的、错误的理解，并且固执己见，从而造成了种种流弊。这种情况之下，只能使三教越来越背离“道”，背离孔、老、释迦的立教之旨，而三教也在相背离的道路上渐行渐远，这显然是林氏所无法接受的，要改变这种现实，就必须倡导三教合一。因此，对于林兆恩来说，三教合一不仅是理论上的必然，更是现实的必需。
第四节 三教合一
林兆恩在阐明道一教三说、三教一致说，并且对于三教的现实弊端作出批判的基础之上，提出三教合一说是一种必然的结果。他坚定不移地认为，要恢复唐虞三代那样的盛世，唯一的途径就是把已经分裂了的、互相对立的儒释道三教合而为一。
关于三教的本体，林兆恩有许多不同的表述，诸如“道”、“未始儒、未始道、未始释之先之道”、“中”、“一”、“心”等等。由于他深受阳明心学的影响，这些不同的表述实质上都是指先天存在的精神观念意义上的“心”。他认为，心不但是宇宙万物的本源，也是儒释道三教的本源，心一道一，道一教三，三教均“以心为宗”。林兆恩所说的“心”，是至高至尊的，它既是宇宙万物的本体，也是三教的本体，同时也是三教经典的源泉所在。他认为，有了正觉之真心，才衍生出三教经典。他强调，至高至尊的心并不是孔老释迦这样的大圣人独自独有，而是天下万世人都具备的，“圣人之道，人人具足”，无论古往今来、贫贵富贱、男女老幼、士农工商、智愚贤不肖，每个人的心都与孔老释迦一样。
既然“圣人之道，人人具足”，那么为什么自古以来圣人寥寥无几呢？林兆恩认为根本原因在于“常人屈于物欲而不识心也，学者溺于所闻而不识心也”。也就是说一般人受到外界“物欲”或“所闻”的昏蔽，而失去了能成为圣人的心之虚明的本体。因此，林兆恩强调要希贤希圣希天，关键在于去掉昏蔽心之虚明本体的“物欲”和“所闻”，发明本心。
那么，怎样才能去掉“物欲”和“所闻”，以恢复心之虚明的本体？林兆恩一方面反对程朱的格物致知说，另一方面也反对王学末流空谈心性的弊病。他认为，要恢复心之虚明的本体，单纯依靠三教中任何一教的内心修养方法都是无法实现的，唯一的途径就是要打破门户之见，把三教之道混于一身之内，互相贯通，融为一体。为此，他阐述了自己的三教合一说，“今以余之教言之，始之以立本，以明人伦也；既明人伦以立本矣，则必继之以入门，以明心法也；既明心法以入门矣，则必终之以极则，以体太虚也。故人伦未明，而曰我能明心法者，未也；心法未明，而曰我能体太虚者，未也；故教之所当先者先之，而先其所不得不先也；教之所当后者后之，而后其所不得不后也。本来兼统以无遗，始终条理而不紊乱。昔统之而一者，既已分之而三；今分之而三者，乃复统之而一，三教既一，风俗自同，不矫不异，无是无非，太初太朴，浑浑熙熙，此余三教之大都，合一之本旨也”。