我常认为夜晚与白天相比更有活力，色彩更加丰富。
——文森特·凡·高
1961年夏天，获得芝加哥大学颁发的学士学位之后，何塞接到美国征兵局的通知要求他去那里进行参军前的强制体检。没有办法，他将应征入伍，唯一使他被军队完全拒绝的出路就是获得4-F等级（4-F等级就是因为身体有严重的精神疾病而不能参军的级别）评定结果。
艾琳娜的流产和被大学开除的事情给他留下了难以磨灭的影响，何塞觉得自己的精力已经耗尽，现在他需要过一种稳定的生活。因此他与艾琳娜达成了一份协议，如果他能争取到4-F等级评定，他们就结婚。
体检前一天的晚上，何塞与他身为芝加哥大学爵士乐手的朋友克莱德·弗莱瓦斯一起想出了一个办法，他们认为一定会使体检官员对他们特别反感。从孩童时代起就一直被有关战争的毁灭性新闻所包围，广岛、长崎被炸的景象还历历在目，何塞觉得战争以及军事行动，并不是解决问题的人道主义方式。为此他感叹不已，他和克莱德研究决定熬夜不睡觉，喝啤酒，吃豆子。第二天早上，经历了一个不眠之夜和宿醉之后，他们二人前去接受体检。何塞面容憔悴，满嘴酒气，所有重要问题都一一肯定回答：“是的，他是一位同性恋者。是的，他有过同性恋经验。是的，他吸毒。”
体检结束后，何塞被叫到办公室去见精神科医生，医生告诉他患有严重的精神疾病，因此被列为4-F等级，医生强烈要求他马上进行治疗。何塞心中清楚自己的状况，不由得心中暗暗高兴，因为自己的非暴力行为、非军事行动的目标已经实现。
当年的11月11日，22岁的何塞与21岁的艾琳娜举行了传统的婚礼，婚礼是在芝加哥大学一个名叫“邦德”的哥特式的小教堂里举行的。婚后，何塞在离家不远的“克罗赫的和布伦塔诺”书店找了一份电话接线员的工作。何塞喜欢在书的陪伴下工作，但是那儿的工作并不令人满意。所以他认为自己唯一的生存希望就是报考研究生院，他把研究生院看成是进行学术“游戏”的地方，但是他觉得为了掌握必要的技能及获得世人的认可，他也必须参加这个游戏，有了这些技能及认可，他就可以去自己想去的地方，做自己想做的事情，尽管他还不清楚要做什么，到那时他还十分肯定自己不会走上现代艺术家的道路。他对研究艺术及文化价值观更感兴趣，以便能够解开现代艺术的困惑，一想到这些，他便知道自己该如何去做了。
1962年秋，何塞被芝加哥大学研究生院录取攻读艺术史硕士学位，那是美国最优秀的研究生院之一，于是，他和艾琳娜搬到海德公园附近地区的一个三室公寓居住。艾琳娜辍学并在芝加哥大学历史系找了一份专职秘书的工作，以全力资助何塞攻读研究生学位。因为本科阶段表现不佳，很多教授都担心他能否专心学业，但是他很快就证明了自己是个用心的学生。业余时间里，他还钻研古墨西哥的知识，由于不开设这方面的课程，他就把其他文化方面的知识应用到古墨西哥历史的分析理解上来。
他敏锐地意识到，随着个人主义重视程度的不断增加，人们对神秘事物的了解越来越多。这时候，他对那些深奥的词还不太熟悉，这对他而言还是极其神秘的。
虽然何塞非常感激艾琳娜的支持，可是他并不满足于传统的、循规蹈矩的生活。有一阵子，婚姻提供了他们似乎都需要的稳定生活；然而，随着何塞富有远见的视野开始飙升，他很快就觉得自己正在沉溺于暗淡、冷静和遗忘之中。熊熊之火正在自己心中燃烧，他想或许他不是一个合格的丈夫。
对何塞而言，梦想实验室打开了一扇通往神秘王国的秘密之窗。这与自己的现实生活形成鲜明的对比，一向有些单调的正常生活让勤劳的身为研究生丈夫的何塞感到很困惑。在梦中，他记得自己正在19世纪的希腊海滩上散步，谈论着工业化对艺术家造成的影响，但很快他意识到这根本就不是一个梦想，而是一个鲜明的对过去生活的回忆。当那个声音呼唤他去说出自己的梦想时，他听到了可是却不能说话。他感觉自己好像在一个漫长的时间陀螺上旅行，花费一生的时间终于返回到梦想之床来报告所谓的梦想。那一刻，何塞想起14岁从特奥蒂瓦坎回来时所经历过的那个先知之梦。不知何故，他觉得这两次经历是密切相关的。
在研究中，何塞发现了，他对与特奥蒂瓦坎古城相关的神秘事物更加感兴趣，他知道他的目的不仅仅是获得艺术史的硕士和博士学位。正像他从18世纪与19世纪欧洲艺术中发现的那样，特奥蒂瓦坎城的经历与画室里的经历有很大的关联。尽管他非常喜欢研究印度、中国以及日本的艺术，因为它代表了整个神圣的东西。但他知道他必须把重点放在现代欧洲浪漫主义艺术上，以便更加深入地了解他的生存困惑。
在这个过程中，他的导师和监护人约书亚·泰勒一直指导他。泰勒是现代艺术的教授，对何塞来说是个名副其实的父亲般的长者，一贯倡导他的积极事业，反对那些思想保守的教授，没有泰勒的帮助和指导，何塞根本不可能被研究生院录取。
泰勒是一名勤奋好学的单身汉，他在墨西哥的塔斯科有一个度假屋，作为一名意大利“未来主义”运动方面的专家而名声在外，后来成为史密森学院的艺术馆馆长。
基于何塞的兴趣，泰勒认真指导他朝浪漫主义方向发展，研究浪漫主义理论，通读浪漫主义作品。何塞逐渐明白，在19世纪初期工业化的欧洲，浪漫主义艺术家们就已经在研究，在他们的世界中那些神圣思想为什么会慢慢消失。
在阅读浪漫主义艺术家以及他们的理论时，何塞逐渐认同他们的事业。关于硕士论文，何塞写了一篇关于鲜为人知的英国远见画家塞缪尔·帕尔默的文章。在19世纪20年代，当时帕尔默是威廉·布莱克的弟子，他创造了一个微小奇特的发光风景地貌。何塞探讨了帕尔默古怪景象的性质和意义，揭示了帕尔默企图探寻中世纪早期艺术风格的想法。然而，何塞发现帕尔默生活中的一种模式被很多现代艺术家不断重复演绎。对青年人的鼓励，但不能持久。何塞认为帕尔默的后期作品十分普通而且资产阶级意识浓厚，他创造了伦敦中上层阶级所欣赏的舒适的景观。看到艺术家们普遍存在这种自我破坏模式，这给何塞留下了深刻的印象。不知道他能否维持自己的想法，他决心不屈服于社会的压力。
1963年6月，何塞获得艺术史的硕士学位，并同时获得了他在博士课程学习第一年的全额奖学金。这个时候，他和艾琳娜前往纽约参加伊凡和玛利拉·卡尔霍恩·艾尔达的婚礼，艾尔达是伊凡在芝加哥大学遇到的一名偏爱艺术的南方女子，婚礼在纽约市曼哈顿岛的上西区举行，有点波西米亚传统。在婚礼上，何塞明显感觉自己和弟弟现在差距极大。自己过的是正常的追求学业的生活，而伊凡过的是相对反常的生活，与自己的比特尼克年代的生活十分相似，伊凡仍然在找寻自我。最后，他成为一名图书管理员并开始了诗人的职业生涯。