一
司马元显年少得志，非常想有所作为。他面临的困境是志向远大，实力却很薄弱。司马元显和朝廷面临着上游三刺史的重兵压迫，而能指挥的生力军只有倒戈而来的北府军。司马元显想要建立一支嫡系部队，动起了征兵练兵的念头来。
建康朝廷表面上拥有秦岭淮河以南的广袤地区，实际能够控制的领土少得可怜。中原各郡县和北伐拉锯，控制不了；中游的荆州、湘州和江州长期被荆州军盘踞；四川和两广地区远水解不了近渴，剩下来就只有长江下游的扬州了。所以我们看到，权臣要控制朝廷往往兼任扬州刺史。司马元显为了把扬州刺史抓到手里，还不惜暗算他父亲司马道子。实际上，扬州也不是全境都受朝廷控制，建康政令只能施行在东方的会稽（治山阴，浙江绍兴）、临海（治章安，浙江临海）、永嘉（治永宁，浙江永嘉）、东阳（治长山，浙江金华）、新安（治始新，浙江淳安）、吴（治吴，江苏吴县）、吴兴（治乌程，浙江吴兴县）、义兴（治阳羡，江苏宜兴县）八郡。这八郡也是众多的世族大家集中之处，他们控制着众多的土地、人口，免赋逃税。朝廷的赋税、兵役只能加在八郡的普通百姓头上。
司马元显知道八郡百姓已被压榨得疲于奔命了，从中招募不了多少军队，他把目光转移到了世族大家们控制的人口身上。这些人口，既包括没有人身自由的奴隶，也包括依附世族大家的门生故旧、食客、佃农和家丁家将。司马睿时期的征西将军戴渊，其部下就有戴家控制人口改编的一万军队。戴家只是江南的世家大族之一，他们能控制这么多人口，其他家也不逊色。399年，司马元显下命令：征发江南诸郡免奴为客者（已经脱离奴隶身份却还依附他人的人口）当兵，号称“乐属”。征兵令激起了普遍不满。世族大家们不满，因为朝廷要征发他们的依附人口；被征发的老百姓更加不满，因为他们被强迫去当兵当炮灰。结果司马元显兵没有征发来多少，把江南的百姓都给得罪了。
民心骚动。野心家乘虚而起。江南民间盛行五斗米教，信众很多。去年王恭起兵的时候，五斗米教首领孙泰以反王恭之名，聚拢信众起义。孙泰起义规模很小，被朝廷镇压了，孙泰父子全部被杀。孙泰的侄子孙恩侥幸逃脱，躲藏在海岛上，继任为五斗米教的首领。果然在海岛上躲藏了一年，孙恩见民怨沸腾，于399年从海岛率徒党百余人攻破上虞县，在柴火堆上点燃了第一把火。
对征兵令不满的百姓和五斗米教的信众纷纷参加孙恩的队伍。八郡遭受朝廷的剥削最重，一般百姓也积累着反朝廷同情起义的情绪。孙恩进展顺利，很快攻破会稽郡。会稽是江南重镇，王谢等世族大家的根据地。会稽被攻破，震动了天下大局，东晋地方官心惊胆寒。百姓奔走相告，各地都有攻杀官吏、响应孙恩的起义。没几天，孙恩的部队超过了10万。
警报传到建康，司马道子惊慌失措，终日在庙中祈祷。司马元显慌忙派遣谢琰、刘牢之率领北府军南下镇压。
孙恩起义，缺乏周密的组织，成功具有很强的偶然性。孙恩作为领袖，个人素质实在令人不敢恭维。《晋书》说孙恩家族是八王之乱时赵王爪牙孙秀的族人，在讲究门第出身的东晋，这样的出身在政坛上实在难以启齿，加上南渡又比较晚，所以在朝廷中没有占据重要位置，还遭到大族的歧视。估计孙家人长期被排斥在体制外，积累了强烈的造反精神。所以，孙泰、孙恩叔侄转而借重五斗米教，有报复大族、为己牟利的目的在。这样的人煽动不满群众造反，能量就相当可观了。孙恩短期内就兵强马壮，又占领重镇会稽，没有扩大战果，而是率领党徒在诸郡烧杀抢掠，毁房屋，塞水井，砍林木，掳掠妇女，只知破坏不知建设。东晋朝廷从初期的惊慌中反应过来后，从北向南压迫起义军。孙恩没有组织北方各地的百姓反抗晋军，谢琰收复义兴、吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，兵锋抵达浙江岸边。起义百姓纷纷逃往会稽。
孙恩显示出了可笑的短视。旗开得胜时，他向信徒们承诺“我们马上要到建康坐天下了”；听说北府兵来了，孙恩立即收缩了大目标，说：“就算我只割据浙东，总也能做勾践第二！”北府兵渡过浙江后，孙恩就说：“我并不觉得逃跑是丢人的事情。”谢琰、刘牢之兵临会稽城下，孙恩根本不作抵抗，掳掠男女20余万人逃往海岛。
东晋朝廷在形式上收复了全部失地。海岛上的孙恩保有不可小觑的军力，不断骚扰浙东各郡县。
二
400年，孙恩在海岛上窥伺时机。获胜的谢琰镇守会稽。谢琰自负在淝水大破苻坚大军的战功，将孙恩视为“小贼”不放在心上，会稽守备松懈。孙恩登陆突袭，连破余姚、上虞等县，进攻会稽。谢琰草率领兵迎战，兵败后被部下所杀。谢琰的死，从微观上来看是朝廷和孙恩力量角逐的一次反复，从宏观上来看则标志着门阀士族力量从此丧失了军队实权：谢琰死后，再也没有世族子弟担任重要的军事职位。一来是世族子弟不屑于领兵打仗这种“俗事”，二来是长期养尊处优的世族子弟们也没能力领兵打仗——这点从王恭骑不了马就能看出来。
世族子弟不行了，朝廷只能依靠寒门人士了。当年年底，刘牢之负责东征孙恩，率领北府兵寻找孙恩决战。孙恩不敢接战，再次主动退入海岛。刘牢之就屯兵上虞等处，监视孙恩。
朝廷镇压孙恩的军事行动，让一个中年军官开始为人瞩目。他就是刘牢之派去卫戍句章城（今浙江宁波南鄞江南岸）的刘裕。刘裕是刘牢之的部将，曾受命率数十人侦察义军的行动。侦察途中，刘裕遭遇起义军数千人的包围。他没有丝毫胆怯与犹豫，勇敢地率领侦察小分队投入战斗。结果所有随从都战死了，刘裕也坠落到水中。部分起义军到岸边，想下去捉拿刘裕，刘裕挥舞长刀砍杀了好几个人，重新登岸大叫着与人决斗。最后，起义军不再与他纠缠，过路而去了。刘裕奇迹般地生还，并报告了起义军的动向。刘裕作战勇猛，披坚执锐，冲锋陷阵，让同伴和长官刮目相看。刘裕不仅勇猛凶悍，而且带兵有方，在部队的声望越来越高。句章城很小，刘裕部下战士只有数百人。刘裕身先士卒，经常被坚执锐冲锋在前，每战都摧锋陷阵，能击破敌军，使得小小的句章城成了朝廷在沿海的坚固堡垒。东征的其他官军毫无军纪，到处劫掠，涂炭百姓，只有刘裕治军整肃，法纪严明。百姓们都喜欢投奔刘裕的军队寻求保护。因为讨乱有功和刘牢之的赏识，刘裕战后被朝廷封为建武将军，领下邳太守。
401年二月，孙恩第三次登录掠战。他率大军进攻句章，攻不下来，反而遭到刘牢之率军反击，不得不退走入海。三月，孙恩攻海盐，依然攻不下来。这回是刘裕带兵来救援海盐，孙恩主动退兵，北上进攻沪渎（今上海）。沪渎被孙恩攻克，包括吴国内史袁崧在内的4000官兵被杀。孙恩部队士气大振，六月乘胜逆长江而上，又成功攻克丹徒。至此，孙恩部队再次迅速膨胀，拥众10余万，楼船千余艘，军旗遮天蔽日。
丹徒离建康很近。朝廷守卫建康的兵力薄弱。司马元显一边戒严，一边急调在浙江的北府兵遣将入卫京师。停驻海盐的刘裕，率不满千人的小部队长途驰援建康。短视的孙恩这时又犯了一个致命错误：他没有抓住建康空虚的良机，派出轻兵进攻建康，而是坐在高高的楼船上，指挥十几万人的大部队一起进军。那楼船几层楼高，非常笨重，又是逆江而上，行进速度非常缓慢，很快就被刘裕的部队在镇江追上。孙恩仗着人多势众，这回敢和刘裕正面交战了。他率部队登陆，抢占镇江的蒜山，阻击刘裕。刘裕所部不顾劳累，毅然猛攻蒜山。孙恩起义军为乌合之众，很快溃散。孙恩退至船上，放弃陆路，全力从水路进逼建康。刘裕在岸上随行监视。起义军的楼船实在太慢了，又花了好几天才到达建康郊外的白石垒。眼看建康就在眼前了，可惜刘牢之率领的大部队也赶到了。孙恩毕竟心虚，不敢主力决战，放弃攻打建康，分兵袭取北岸的广陵（今江苏扬州），再率主力北上进攻郁洲（今江苏云台山），打败高雅之率领的晋军。不过，这只是孙恩起义军的回光返照而已，之后再次退入大海。
孙恩从海上南下，402年入寇临海郡。海上毕竟生活不便，依赖陆地补充给养，所以孙恩盘踞海上一段时间后总得登陆劫掠。不想临海的晋军勇敢迎战，击败了孙恩。孙恩穷困不堪，对前途丧失信心，投海自杀。
三
孙恩死后，余众推孙恩的妹夫卢循为首领，盘踞在浙江东南沿海。
卢循也出身世族，因为门第不高，南渡较晚，在东晋遭到排挤。他起兵同样带有浓厚的私心。朝廷就对卢循施以怀柔，任命他为永嘉（今浙江温州）太守，希望招安起义军的余部。卢循接受了任命，可依然率领部队在现在浙江金华、温州一带劫掠。朝廷痛下决心，派刘裕南征，力求斩草除根。卢循在流域的追击下，泛海而逃。
卢循率众向南逃亡，越过福建，来到了广东沿海。404年，卢循攻陷番禺（今广州），酿成大乱。东晋朝廷考虑广州偏远，鞭长莫及，并在第二年（405年，义熙元年）顺水推舟提升卢循做广州刺史。卢循和起义军能够在南海一隅安定下来，不作乱，尊奉朝廷，未尝不是解决问题的一个方法。卢循也有这个意思。他自己做了广州刺史，成了一方藩镇，又任命姐夫徐道覆做始兴（今广东韶关）相，扼守南岭，大有关起门来安居岭南的意思。
可是徐道覆却不甘寂寞，一心要卷土重来。在广东的五六年时间里，徐道覆暗中操练兵马、打造军械，怂恿卢循北伐。相对应的是，北方的东晋实权逐渐落入刘裕的手中。刘裕掌权后的主要精力在北方，发动了多次北伐。徐道覆见刘裕远征在外，大军一时难以返回，觉得是东山再起的良机，便不征求卢循意见，在义熙六年（410年）二月从始兴北伐。卢循阻止不及，不得不参与行动。卢徐兵分两路，卢循攻长沙，徐道覆进入江西。
卢循的部队是“三吴旧贼，百战余勇”，在广东新招募的“始兴溪子，拳捷善斗”，战斗力很强，加上休养操练多年，北伐后势如破竹。东晋地方官闻风逃窜。江州刺史何无忌领兵迎敌，阵亡。卢循和徐道覆联军，逼近建康。建康人心惶惶。刘裕正在北伐南燕的前线，闻讯担心建康有失，只带几十名随从轻装返回建康指挥御敌。
刘裕赶到建康后，考虑到北伐的将士尚未返回而且刚刚经历大战，劳顿多病，因此主张消极防守。镇守姑孰的豫州刺史刘毅本是刘裕创业期的盟友，后来地位落在了刘裕的后面，渐渐与之不睦。他力主出兵迎击卢徐，企图借战功压过刘裕，进而夺权。刘裕从大局出发写信劝阻，又派人去面劝他暂缓出兵。刘毅铁了心要出兵，带上两万精兵和全副家当迎敌，结果在桑落洲一战被卢循杀得落花流水。几百艘大船和堆积如山的辎重都成了起义军的战利品。他本人历尽艰辛，才逃回建康。
刘毅这一败，大大损耗了东晋的有生力量。剩下建康的几千守军，要对抗十几万起义军。形势危如累卵。刘裕悬出重赏，招募建康百姓当兵，又动员民众修治石头城，集中兵力扼守石头城。敌我力量对比依然悬殊。
当年五月中旬，起义军包围建康，秦淮河入江口都出现了卢循的士兵。徐道覆主张烧毁舟舰，登陆猛攻建康各个城门，以示有进无退的决心。起义军占有优势，再破釜沉舟，也不失为鼓舞士气的妙计。如此重要关头，卢循还对前途没有信心，怕烧了船再战败了就无路可逃了，留着船还能留条后路。他主张暂缓攻城，采取围城的方式，寄希望于建康主动投降。卢循借口说：“从大势看来，建康不日自会溃乱。”他分兵攻掠周边各县。徐道覆无可奈何，悲叹道：“我终为卢公所误，大事将不成；我若能为英雄效劳，天下可定也！”起义军没有集中兵力对建康城发动猛烈攻势，零星的挑战都被刘裕遏制了。刘裕也勒令部将不准出城挑战，凡是违令出战失利的都被他斩首。建康城最终守住了。而卢循在建康周边的攻掠收获不大。相持到七月，起义军士气疲乏，卢循主动退到浔阳休整。
刘裕并没有追击卢循，还是派沈田子等带兵数千，从海路南下偷袭起义军的老巢广州。卢循北伐倾巢而出，留守广州的兵力微乎其微，很快被消灭。沈田子的数千晋军竟然攻占了广州，让起义军无家可归。消息传到长江前线，起义军军心动摇了。战争形势大变。
十月中旬，刘裕从建康出师，主动与起义军决战。卢循接连失利，徐道覆企图西进占领荆州，又在江陵为荆州刺史刘道规所败。年末，卢循、徐道覆带着几千残部退回岭南。
411年，刘裕派兵平定岭南。二月，徐道覆在始兴战败被杀。卢循反攻广州又为沈田子所败，逃往交州，在今天的越南河内附近被东晋的交州守军打败。卢循走投无路，毒死家人，然后学孙恩那样投水而死。他的死，标志着孙恩起义的最终结束。
孙恩首义的江南农民起义跨越了10多年，纵横半个中国，席卷数十万百姓，是魏晋南北朝时期规模最大的农民起义。起义重创了本已衰微的东晋朝廷，为实权人物的上台铺设了基础。这里说的实权人物，除了上文说的刘牢之、刘裕，还有作为长江三刺史联盟盟主的桓玄。