1996年对纯如来说有些头绪众多。她得尽快完成《南京大屠杀》的写作，因为该书计划于1997年出版。还要忙于为1995年11月刚出版的《蚕丝》一书作宣传。与此同时，纯如也在积极地修改关于“生物钟”的下一本书的图书选题计划。但最激动人心的事还是那年春天约翰·拉贝日记的发现——这是纯如职业生涯中的一个巨大突破。它极大地帮助了纯如完成对南京大屠杀这段历史的圆满叙述，当时，由于纯如分心于生物钟一书的选题计划，南京大屠杀一书几乎被搁浅。
1995年1月，在耶鲁大学收集关于南京大屠杀的资料时，纯如第一次听说约翰·拉贝其人。在大屠杀期间留在南京的传教士的日记和书信中，拉贝的名字频频被提及。
1937年12月12日，日军攻占南京后，在6~8周的时间里，日本军人就屠杀了26万~35万中国平民，并极其残忍地强奸了２万~8万名中国女性。在这场屠杀中，一群西方人——来自欧洲和美国的传教士、学者和医生选择留下来，在南京设立了一个2平方英里的安全区，保护了大约25万名难民。安全区的负责人是一个德国商人约翰·拉贝，他也是纳粹党驻南京分部的头目。
纯如告诉我们，她一直对约翰·拉贝这个人充满好奇。美国的抗日战争史实维护活动家和中国的历史学家都跟她说，自从1938年2月返回德国之后，拉贝这个人就销声匿迹了。他现在在什么地方？是不是还活着？如果他去世了，还有后人留下吗？拉贝回到德国后发生了些什么？在好奇心驱使之下，纯如动手搜集了更多关于拉贝的资料。
1995年夏天，纯如从台湾回来时，从国史馆带回了一些关于南京大屠杀的档案，里面是德国政府关于南京屠杀一事的一堆外交报告。因为这些报告都是用德语写的，纯如需要一个既懂德语也懂英语的人帮忙翻译。她的一个朋友把会说5种语言且德语流利、人也住在圣巴巴拉的巴巴拉·玛欣（Barbara Masin）介绍给了她。
1995年12月，巴巴拉对着录音机口头将文件翻译出来，纯如则在一旁记笔记。“当她开口讲述的时候，客厅里回荡着数以百计的种种罪行。”纯如从报告中得知，约翰·拉贝在自己南京家中的院子里收留了两三百名妇女，让她们住在暂时搭建的棚子里。关于他保护难民免遭日本士兵强奸和杀害的事例在报告中数不胜数。拉贝走遍了南京城内城外，记录下大屠杀的规模。报告中还记录了他于1938年2月动身返回德国的事。拉贝对他的中国朋友承诺，一定会告知德国政府发生在南京的一切。他准备向戈林和希特勒呈交一份关于南京暴行的报告和纪录片。（纪录片出自传教士马骥之手，其中一份后来被偷偷带到美国，《生活》杂志著名的关于南京大屠杀的照片即来自其中。）南京人祈盼拉贝的陈情或可令纳粹掌权者向日本政府施压，阻止暴行。纯如非常好奇：纪录片和报告最终被送到希特勒手上了吗？在递交了纪录片和报告之后，拉贝又有怎样的遭遇？
根据停留在安全区中的美国传教士的日记和信件，拉贝是个不知疲倦的守护者。他一次又一次地给日本官方写信，要求停止暴行。因为他的纳粹身份，日本士兵在他在场时总是忌惮三分。在中国难民的眼中，拉贝简直就是救世主——南京的辛德勒。
纯如告诉我们，她收集的资料越多，就越想知道拉贝离开中国后的命运。毕竟，与曾和他在安全区中并肩作战的其他西方人不同，拉贝没有在远东国际军事法庭上指证日本人的罪行。在他返回欧洲后，人们也再没听到过他的音信。纯如联系了一些学者、政治活动家和南京安全区委员会（Nanking Safety Zone Committee）成员的后人，但没人知道拉贝身上到底发生了些什么事。于是，纯如决定一边写书，一边寻找拉贝。
纯如告诉我们，她先是写信给德国西门子公司的总部。拉贝曾经是该公司的员工。西门子公司的档案管理人员回信说，他们的确有关于拉贝的文件，但遗憾的是，关于他的最后一条信息是他于1931年被调往西门子驻南京的办公室。档案管理人员表示，没有任何关于拉贝1938年以后行踪的信息。不过，文件显示，在1900年到1903年间，拉贝曾经在汉堡的一位商人那里当学徒。纯如于是开始尝试从那里找起。她认为，拉贝或许与汉堡有某些瓜葛。
纯如告诉我们，她准备在汉堡当地的报纸上登广告寻找拉贝。与此同时，她也找到了约翰·泰勒，华盛顿美国国家档案馆的档案管理员。在纯如为《蚕丝》和《南京大屠杀》两本书收集资料时，泰勒帮了她很大的忙。泰勒人脉很广，似乎认识世界上每一个历史学家。泰勒建议纯如联系一位身在加州的德国历史专家，这个人又把纯如介绍给了一位对汉堡城市历史十分了解的德国女士。1996年4月26日，这位女士写信告知纯如，她已经找到了约翰·拉贝的外孙女乌尔苏拉·莱恩哈特（Ursula Reinhardt）。所有关于如何找到拉贝后人的细节都被写在了《南京大屠杀》一书的第9章“幸存者的命运”中。
纯如把她的每一点进展和每一个发现都与我们分享。每当有大的发现时，她都会立即给我们打电话，有时甚至是在深夜。纯如找到乌尔苏拉·莱恩哈特后与她保持了密切的书信往来。纯如和乌尔苏拉之间的信经常长达数十页。5月的一天，纯如兴奋地给我们打来电话，她说乌尔苏拉告诉她，拉贝在南京大屠杀期间写了日记！据纯如说，乌尔苏拉是拉贝最宠爱的外孙女。她的妈妈在拉贝去世后将拉贝的日记和其他一些文件转交给了乌尔苏拉。乌尔苏拉小心地保存着外公的文件、日记和照片，其中就有极其宝贵的南京大屠杀的纪录文献。乌尔苏拉非常慷慨。在写给纯如的信中，她将拉贝最后的几篇日记翻译成了英文。乌尔苏拉可以讲英语，纯如经常给她打电话，还在电话里采访了她。有时候直到加州时间凌晨3点，纯如还在跟乌尔苏拉通电话。纯如还寄给我们一封乌尔苏拉的信，分享她的兴奋。
我们意识到，约翰·拉贝的日记以及与他相关的报告和文献都极其重要珍贵。日本右翼政客否认南京大屠杀真实发生过，而拉贝日记是驳斥这一主张的最强有力的证据。就如何处理这份日记的问题，纯如和我讨论了很多次。纯如的书将于1997年出版，但那是一年半之后的事。我们都认为，将拉贝日记被发现的事情以及他的事迹公之于众的时间最好和纯如的书的出版时间离得越近越好。然而，直觉告诉我，我们或许没办法将这个新闻掩盖那么久。我们一直担心日记发现的消息可能外泄。我一直是那种小心谨慎的人，因此为纯如担心。
纯如从图书馆和档案馆中找到了大量与南京大屠杀相关的史实材料。在写《蚕丝》那本书的时候，纯如有一次跟我们说起，她希望可以拿到更多关于钱学森的资料。但在写《南京大屠杀》的时候，她却感觉自己被大量材料淹没了。她说，信息太多和信息太少都是问题。她手头有美国传教士的书信和日记，美国情报部门的战时报告，远东国际军事法庭的审讯记录，中国目击证人的证词，日本士兵的忏悔，如此等等。此外，她还有众多中文、日文和德文的相关纪录文献及专著。另外，纯如还有亲自采访南京大屠杀幸存者的录音。
在此期间，纯如总是夜里工作，可以不受打扰地专注于写作。布瑞特白天上班，朝九晚五，而纯如直到中午才起床，下午先做些家务才坐下来工作，直到布瑞特回家。晚饭后，纯如和布瑞特一起外出散一会儿步，等布瑞特上床睡觉后她继续写作。这是一个十分孤独的日程安排。有时候纯如一直写到早上四五点钟，上床睡觉之前给我们打个电话。因为伊利诺伊时间比加州时间早两个小时，当她于加州时间早上5点打电话的时候，我们都已经起床了。有时候纯如还会在我们晚上12点钟睡觉前打来电话，那时候正是她创作的高峰时间。
我们一直欢迎纯如的来电，愿意听她说话，不管到底是几点。纯如之所以愿意跟我们分享她的内心感受，还有一个原因就是她找不到时间跟布瑞特讲这些。布瑞特的工作也非常忙，此外，纯如说，他也听烦了一个又一个关于暴行的恐怖故事。两人之间亦有文化上的差异。纯如发现我们更能理解她的痛苦，因为我们都是中国人，发生的悲剧与我们息息相关。
纯如告诉我们，最困难的事要数阅读一桩又一桩的日军暴行记录。1937年到1938年间，日本军人在南京对无辜的男女老幼残忍地加以奸淫、折磨和杀害。她读到上百桩这样的案例。一段时间之后，她甚至感到麻木了。她告诉我们，她有时必须起身远离那些文件，深吸一口气。她觉得痛苦万分，几乎要窒息。
1996年3月的一天，纯如看到的一份文件中描述了一位年仅9岁的女孩，她尖叫着被日本军人拖进卧室加以强奸。纯如义愤填膺，怒不可遏。
4月的一个晚上，纯如打电话来说，她最近总是睡不着觉。她经常做噩梦，体重也减轻许多。洗澡的时候，她的头发一掉就是一大团。听到这些后我很担心忧虑。作为纯如的母亲，她的健康在我来看最为重要。我问她，是不是真的还想继续写这本书。纯如说，“是的，妈妈。我现在所承受的这些与在大屠杀中死去的那些遇难者的遭遇完全无法比拟。”她还说，“作为一名作家，我要将这些遇难者从遗忘中拯救出来，替那些喑哑无言者呼号。”
我深深为纯如的决心和毅力所感动，但另一方面，我也担心她的身体和精神会受到影响。我提醒她应当更多休息，让自己放松一下。我还建议她尽快完成这本书，干点儿别的。这本书初稿的截稿日期是1997年1月，但纯如说她可能会提前交稿。
1996年5月25日，纯如和我在纽约我母亲的公寓里见面。纯如对她的外婆进行了一次深入采访。纯如跟外婆详细询问了1937年11月战乱中外公外婆几乎失散的各个细节。尽管我们跟纯如多次讲过这个故事，这一次她却在笔记本上记下了所有经过。纯如还采访了我的姐姐菱舲，向她了解日军飞机轰炸时的恐怖感受和对战争的记忆。我的母亲很惊讶地发表意见说，她从来没见过一个年轻的美国华人对中日战争的历史如此感兴趣。事实上，她至为感动。
纯如一直保持着同乌尔苏拉·莱恩哈特的书信联系，并逐渐了解到她外祖父约翰·拉贝的全部故事。拉贝日记极其珍贵，我们担心它的安全问题。我们和纯如商量了很长时间，最终决定在可能发生任何事之前，最好也是最安全的办法就是请莱恩哈特尽快向耶鲁大学神学院图书馆捐赠日记的副本，让全世界知道这件事。或许我们有些过于谨慎，但我们不想冒任何风险，以免这份日记被窃或被销毁。9月23日，莱恩哈特最终决定捐赠。我们还提醒纯如，她应该请求莱恩哈特再捐赠一份给南京的侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。
纯如和乌尔苏拉互相写了不计其数的信，还经常通电话，但纯如从来没有机会去德国和她见上一面。后来，1999年夏天，纯如应邀前往瑞士开会，但她抽不出时间顺便去德国见乌尔苏拉。她后来告诉我，这是她最后悔的一件事。
1996年9月的最后一周，纯如写了一篇3 000字的文章，讲述她如何寻找约翰·拉贝，如何最终找到拉贝的外孙女乌尔苏拉·莱恩哈特，后者如何保留了一份拉贝关于南京大屠杀的日记。纯如还为这一发现写了一篇短新闻稿。她将文章和新闻稿发给我们征求意见。绍进和我读过文章后，都被拉贝的故事感动了。除了纯如和拉贝的家人，我们是世界上第一个知道他的故事的人。在文章中，纯如摘录了拉贝日记的最后几条，内容是关于他1946年战后在柏林的艰难生活（莱恩哈特帮忙翻译成英文）。拉贝这样写道：