石山孜遗址位于濉溪县城东南75公里的石山孜村（现属烈山区）北面，1984年文物普查时发现。遗址紧傍石山西北，地势略高于四周，由于历年黄河泛滥，表面覆盖沙土层厚约1米。普查中发现文化层和红烧土，手制陶纺轮，大量锥形鼎足及陶片。安徽省文物考古研究所曾进行重点调查。1987年会同淮北市、濉溪县文物部门进行了首次试掘。除出土大量陶片、器足外，还出土了陶拍、陶饼、陶质器座、器底、器耳、器把、石斧、石折、石器坯料、角椎、角叉、蚌刀、骨质靴形器等。可辨别的陶器有钵、鼎、罐、盒、杯、盅等，其中有一完整炊器。陶质多为夹砂红褐陶和泥质红皮陶，少量黑陶及宽带纹彩陶，陶器纹饰多为附加堆纹（用泥系盘贴法），其次为划纹、戳纹、刺点纹、手掐纹、凹弦纹、指甲纹等。陶器最显著特点为手制，器形不规整，器壁较厚、较粗糙，甚至当时制作时留下的手纹尚清晰可辨。该遗址文化层厚，面积大，时代早，内涵较为丰富，受中原和长江流域诸文化因素影响较小，有其自身显著特点；石山孜遗址作为皖北区域新石器早期文化的代表，对深入研究皖北地区早期文明的起源具有特别重要的价值。
遗址的最早年代距今约７２００年，是安徽淮北地区新石器早中期重要文化遗存之一。石山孜遗址面积大，堆积厚，文化内涵丰富，出土文物颇有特色，对探讨淮北地区原始文化面貌具有重要的价值。
2013年5月，被国务院核定公布为第七批全国重点文物保护单位。