回顾自1949年国民党政府迁台以来台湾海峡的安全形势的变迁，大致可分为三个时期，即两岸军事冲突频发时期（1949～1978）、和平对峙时期（1979～1987）和民间交往与台湾海峡危机并存时期（1987至今）。50年来，台湾海峡的安全形势不仅与国际大格局的演变有着密切的关系，而且与两岸的政策决策有着直接的关系。在军事对峙时期，台湾海峡安全形势紧张的性质属中国统一过程中军事斗争的延续，并与反对美国制造“两个中国”有关。从1979年起两岸开始进入以和平统一代替武力解决的和平对峙时期。虽然两岸仍处于隔绝状态，但台湾海峡形势已趋缓和，没有发生重大安全危机。自1987年台湾当局相继宣布解除台湾澎湖地区的戒严令和开放到大陆探亲之后，台湾海峡两岸的民间经济文化交流和人员交往逐渐扩大，两岸的相互依存也进一步加深。这是对于缓和两岸紧张对峙，最终促进祖国和平统一有利的一个方面。但在另一方面，1988年1月13日蒋经国去世，李登辉上台主政以后，台湾极力追求扩大国际空间，制造“一中一台”、“两个中国”，破坏一个中国的原则，因而不断导致台海两岸关系紧张，引发台湾海峡的安全危机。台湾海峡安全形势的紧张与台湾当局推行分裂与“台独”政策有着直接的关系。
一、军事对峙时期的台湾海峡安全形势
（一）台湾海峡安全问题的由来
台湾海峡的安全问题是中国统一过程中的遗留问题。1945年8月中国抗战赢得了最后的胜利。为消灭中国共产党，建立国民党独裁的一统天下，蒋介石政府于1946年6月发动了对解放区的进攻，中国内战爆发。1948～1949年初，中国人民解放军先后取得辽沈、平津、淮海三大决战的胜利，使国民党政府陷于战略守势。1949年4月23日解放南京后，解放军以风扫残云之势，解放华东、华南、西南各地。
败局已定的国民党政府开始营建台湾，把大批黄金储备、文物、军政技术人员、政府机关相继运迁台湾。1949年12月8日～12日国民党政府的“行政院”、国民党中央党部迁址台北。到1950年年底，除台湾及周边岛屿之外，中国大部分版图已获得解放，中国统一几近完成。1950年初，刚刚成立的中华人民共和国政府在努力巩固政权和恢复发展经济的同时，积极布置，准备解放台湾完成国家统一。当时的国际国内形势非常有利于中国人民解放军解放台湾完成祖国统一。首先是一败再败的国民党军队已不堪再战；其次是在国际上，蒋介石政府的主要支持者美国已对其深感失望，而且有意与新中国建立某种关系，阻止中国倒向苏联一边。美国对华政策正处于观望阶段，有可能对解放台湾听之任之。但朝鲜战争的爆发，促使美国的政策发生巨大转变，台湾被纳入了美国的全球冷战轨道，使中国武力解放台湾的机会不复存在。
1950年6月27日美国总统杜鲁门在宣布美国介入朝鲜战争的同时，宣布派遣第七舰队进入台湾海峡，以武力阻挠中国统一，冻结台湾海峡两岸的现状。中国统一的进程就这样被阻于台湾海峡，成为未竟之业。从此在亚太地区也就有了台湾海峡的安全问题。
（二）1950年台湾海峡的军事较量
1949年10月1日中华人民共和国宣告成立，中国人民解放军总司令朱德发布命令，命令解放军指战员迅速肃清国民党残余势力，解放全国领土，立即结束内战，完成国家统一。退守台湾的蒋介石则极力鼓吹建设台湾反攻大陆，重新建立三民主义国家。在此期间，国共双方在沿海地区展开了激烈的军事争夺战。1950年4月16日海南岛战役开始，到5月1日战役结束，海南岛全部解放，岛上国民党余部撤往台湾。5月18日国民党从舟山群岛撤退，舟山群岛也获得解放。七八月间，人民解放军相继又解放了广东省的外伶仃岛和南鹏岛等岛屿。至此，国共双方岛屿争夺战即告一段落。
早在1949年6月中央军委就开始考虑武力解放台湾的计划。随着解放战争的顺利进行，在荡清沿海国民党势力之后，中国人民解放军开始积极进行解放台湾的军事部署。1950年6月25日朝鲜战争的爆发引发亚太政治格局发生根本的转变，亚太局势的发展已被纳入美国全球冷战的战略轨道之内。美国政府认定中国共产党的胜利和北朝鲜的进攻都是共产主义全球扩张战略的组成部分直接威胁到美国在亚太地区的战略利益，必须以各种手段加以遏制。因此，美国政府派遣第七舰队进入台湾海峡，阻止中国解放台湾。中国统一的进程被阻于台湾海峡。此后，在大陆要解放台湾和台湾国民党当局反攻大陆的宣传声浪之下，双方在沿海地区的军事冲突连续不断，而且国民党军队凭借其掌握制空权制海权的优势，不断袭击沿海地区，或袭扰大陆海上船只。对此，人民解放军一次又一次粉碎了台湾军队的袭扰破坏活动。这种军事斗争实际上成为中国内战延续的一种特殊形式。这些军事行动对于因美国的军事介入而形成的台海两岸隔海对峙的大格局，没有根本性的影响。
（三）第一次台海危机
中美在朝鲜的军事对抗，使得中美在亚太地区的冷战仇视进一步加深。在朝鲜战争期间，美国派遣第七舰队进驻台湾海峡以军事手段阻止中国统一。不仅如此，美国政府在台湾建立海空军事基地，向台湾派遣大批军事顾问，帮助训练国民党军队。美国从冷战的角度出发，加强对台湾国民党当局的军事政治经济支持，使中国武力统一的难度加大，久拖不决。这一形势给中国政府造成巨大的政治压力。
此外，在美国的支持下，国民党部队对大陆沿海地区的军事骚扰愈演愈烈。台湾方面不断派遣特务到大陆从事破坏活动，对中国大陆港口实行封锁禁运，拦截外国商船，严重影响了大陆的对外经济活动。所有这一切终于引发了第一次台湾海峡危机。为反击美国的侵略政策和蒋介石集团的武装挑衅，中国政府采取了一系列坚决的政治军事行动。1954年7月23日《人民日报》发表题为《一定要解放台湾》的社论，向全世界宣布：一定要解放台湾。周恩来总理在8月11日的中央人民政府第33次会议上指出，台湾是中国领土，不容外国侵略，解放台湾是中国的内政不容外国干涉。只有消灭蒋介石集团，把台湾从蒋介石集团的统治下解放出来，才能实现祖国的伟大统一。明确表达了中国人民解放台湾的决心。面对中国强大的政治攻势，美国总统艾森豪威尔在8月17日答记者问时声明，美国决心防卫台湾。如果大陆军队进攻台湾，美国第七舰队将介入。
美国的军事恐吓和威胁激起中国做出强烈反应。为显示中国人民坚决反对侵略、统一祖国的决心并惩罚对大陆进行骚扰的国民党军队。1954年9月3日中国人民解放军开始采取军事行动，猛烈炮轰盘踞在金门、马祖两岛上的国民党军队，并与国民党空军发生激烈的交战。在美国的支持下，9月17日台湾国民党出动大规模海空军力量对福建、浙江、广东沿海地区和岛屿进行骚扰。从9月3日到11月3日解放军炮兵部队轰击大、小金门，福建前线击落国民党空军飞机21架。此外，11月1日中国人民解放军空军出动轰炸机，猛烈轰炸上、下大陈岛，重创国民党空军。
12月2日美台在美国首都华盛顿正式签署了《共同防御条约》。为反击这一条约，1955年1月18日中国人民解放军首次以三军协同作战的方式解放了大陈岛的外围据点——江山岛，并积极准备解放大陈岛。为阻止中国进一步解放台湾的军事行动，美国总统艾森豪威尔声明：“关于这种武装攻击如果继续下去将会严重威胁到亚太地区特别是福摩萨和澎湖列岛的和平与安全。”因此，艾森豪威尔要求国会授权美国总统“在他认为必须为了确保和保护福摩萨和澎湖列岛免受武装进攻的特别目的，可以使用美国武装部队”。1月26、28日，所谓《台湾决议案》分别在美国众参两院通过。之后，美国总统及其他军政要员向中国发出战争与核威胁，推行战争边缘政策。台湾海峡危机引起了世界各国的关注与不安。
美国在对中国进行战争威胁的同时，为避免危机事态的扩大，迫使蒋介石同意从大陈岛撤军。2月13日中国人民解放军登上大陈岛，2月26日解放南麂山列岛。至此，浙江沿海岛屿全部解放。第一次台湾海峡危机渐告平息。
第一次台湾海峡危机显示出新中国解放台湾、反对美国分裂中国的坚定政治决心。在此次危机中正式出台的《共同防御条约》实际上使台海两岸隔海对峙的架构进一步稳定下来。
（四）第二次台海危机（金门炮战）
在经历了1954年第一次台湾海峡危机之后，台湾海峡地区的紧张局势虽然有所缓和，但引起台湾海峡危机的根源仍然存在。美国仍大力加强对台湾的军事经济政治支持，并极力在国际上制造“两个中国”，阻止中国进入联合国，将台湾海峡两岸分裂的状况固定化。不甘心失败的台湾国民党当局，公开声明要反攻大陆并不断对大陆沿海进行挑衅。就大陆方面来说，美国支持台湾国民党，在国际上制造“两个中国”并使台海两岸分裂固定化是对中国统一的最大的威胁。1950年代国际形势尤其是广大亚非拉国家民族解放运动的胜利，以及社会主义阵营实力的壮大，促使毛泽东提出了东风压倒西风的战略论断。认为东西方之间的战略力量对比已发生了变化，帝国主义阵营正处在被动防御状态。在此种战略思想的指导下，中国政府决心用军事手段打破台湾海峡两岸的僵持状态，防止台湾问题固定化，借机打乱美国在远东地区的战略阵脚。
1958年5月黎巴嫩发生反对本国亲美政权的起义。7月15日美国出兵黎巴嫩引起世界的关注。这为在远东地区的中国实施打破台湾海峡僵局的战略提供了有利的机会。7月中旬中国人民解放军在福建前线完成各项战前准备工作。在此期间，美国宣布其驻远东地区的陆海空军进入戒备状态。台湾当局也宣布金门、马祖处于紧急状态。台湾海峡局势骤然紧张。
1958年8月17日中共中央在北戴河政治局会议上做出炮击金门的最后决定。8月23日震撼远东的金门炮战开始，是为第二次台湾海峡危机。台湾海峡的局势再一次成为全球瞩目的焦点。8月27日，美国总统艾森豪威尔在记者招待会上警告说，共产党不得占领金门、马祖。美国不会放弃对台湾的责任。并命令美国军队协防金马。此外，美国从日本、菲律宾、夏威夷等地向台湾海峡地区调集军队。到9月4日为止，美国在台湾海峡地区集结了7艘航母、3艘重型巡洋舰和40艘驱逐舰。9月4日中国政府发表关于领海问题的声明，规定中国的领海宽度为12海里。同时宣布任何外国飞机和军用船舶未经中华人民共和国政府的许可不得进入中国的领海和领土！中华人民共和国有权采取适当办法在适当的时候收复台湾澎湖地区，这是中国的内政不容外国干涉。同时，根据9月3日毛泽东暂停炮击三天的命令，从9月4日起，中国人民解放军停止炮击金门。领海宽度的宣布和暂停炮击，意在观察各方反应，尤其是摸清美国的反应以及美国在台湾海峡问题上的介入程度及战略意图。9月4日美国国务院发言人称美国只承认3海里的领海范围，不承认关于12海里领海的要求。9月7日美国军舰为驶往金门的国民党船队护航，9月8日中国人民解放军再次猛轰金门及国民党船队，不打美舰。而美国也在避免直接与中国发生军事冲突。
金门炮战关键在于打破了台湾问题上的固定化趋势，重串了中国解放台湾的决心。为缓和台海地区的紧张局势，中国总理周恩来于9月6日明确指出中国人民解放自己的领土和中美两国在台湾海峡地区的争端是性质不同的两回事，如果美国干涉中国解放台湾，就必须对此承担一切责任，并建议恢复中美两国大使级会谈。美国政府立即接受了中国的建议。9月15日中美在华沙恢复了大使级会谈。
第二次台湾海峡危机爆发后，美国采取的一系列强硬的措施在国际上引起强烈的批评。9月7日苏联领导人赫鲁晓夫写信给艾森豪威尔，认为美国舰队在台湾海峡的行动是公开的挑衅，并称“对中华人民共和国的进攻也是对苏联的进攻”。美国在远东调兵遣将的强硬姿态，也引起了它的盟国的反对。英国政府还特别声明说“在远东局势方面英国没有对美国承诺过任何义务，希望中美通过谈判解决争端”。在美国国内，美国参议院外交委员会主席格林9月29日写信给总统，警告说：“美国采取军事行动来保卫金门不会得到美国人民的支持。”
中美大使级谈判于9月15日在华沙恢复之后，美国与台湾方面的矛盾也逐步激化起来。9月16日蒋介石在接见美记者分析金门局势时指出，共军炮轰金门，为犯台序幕，国军对克敌制胜，具有绝对信心。9月19日台湾国民党“外交部长”黄少谷表示“中华民国‘政府对任何（美、共）有损害’中华民国权益的谈判，决不予以承认”。到9月底美国政府在金门问题的立场开始有所转变。9月30日杜勒斯就台湾海峡局势发表谈话表示，如果能在该地区实现可靠的停火，在金门、马祖继续留驻大军并不是明智的，也不是谨慎的。并含蓄地表示美国可以劝告蒋军撤出金、马。其目的是要在台湾海峡划一条永久停火线，冻结台湾的局势。杜勒斯的讲话引起蒋介石的强烈不满。鉴于此，中国政府及时调整了部署，决定让金、马继续留在台湾当局手中，配合蒋介石反击美国制造“两个中国”的图谋。10月6日中国国防部长彭德怀发表《告台湾同胞书》指出：“金门战斗属于惩罚性质。你们的领导人过去长时间太猖狂了，因此打一些炮引起你们的注意”，并宣布停止炮击7天。10月13日中国国防部发布命令宣告对金门炮击再停两星期，使金门军民得到充分补给。
10月27日杜勒斯出访台湾。为给蒋介石顶住美国压力，固守金门制造有益的气氛，解放军在这一天破例恢复对金门炮击，打乱了美国迫使蒋介石从金门、马祖撤军，造成划峡而治的计划。10月25日彭德怀发表《再告台湾同胞书》宣告对金门单日打炮，逢双日不打炮。台湾方面事实上也接受了这种象征性战争的安排，仅在逢单日发炮还击。从1959年年初开始，双方炮弹都打向海边无人地带，此后国民党军队骚扰大陆的活动也基本停止。美国也于1958年12月10日宣布从台湾海峡撤出部分海空部队。第二次台湾海峡危机逐渐结束。
从东西方冷战的大格局看，第二次台湾海峡危机中的金门炮战主要是一项政治行动，中国政府发动金门炮战，起初意在打乱美国在远东的冷战部署，防止台湾问题固定化，使台湾问题再次引起全世界的注意，表明实现中国统一的决心。随着事态的发展，台海两岸通过金门炮战默契配合，反击美国划峡而治，制造“两个中国”的图谋。金门炮战完全演化成一场政治斗争。金门炮战从1961年12月已停止实弹射击，只打宣传弹。国民党方面也照此办理，台海两岸这种象征性炮战一直持续到1978年12月。
这20年金门炮战的炮声不时地在昭告世人，中国的内战还未结束，中国还未统一，台湾及金澎都是中国的一部分。抱战从客观上使美国制造“两个中国”的图谋遭到彻底失败，这正是金门炮战的意义所在。
（五）20世纪六七十年代的台湾海峡安全形势
从1959年起，海峡两岸大规模军事对抗已基本结束，逐步让位于局部军事冲突。1967年以后除象征性的金门炮战继续进行外，两岸军事冲突基本停止，海峡两岸关系进入隔海冷战与国际外交争夺战时期。1950年代末1960年代初中国国内国际形势发生巨大逆转，1958到1960年中国陷入严重的经济灾难中人民生活极度困难。在国际上，由于中苏在国家利益上的矛盾以及在两党关系上的冲突，中苏关系急剧恶化。1960年7月苏联决定从中国撤走全部苏联专家，单方面中止两国间的合同，使处于严重困难时期的中国雪上加霜。
中国大陆不利的国内国际环境被海峡彼岸的国民党当局认为是反攻大陆的天赐良机。1961年1月，蒋介石在其新年文告中称台澎金马是亚洲反共阵营的中流砥柱，大陆的危机就是台湾的机运。从1962年2月起，台湾当局就开始进行反攻大陆的战争动员和军事部署，采取提前征集兵员人伍，延长现役士兵服役期限等措施。此外，台湾当局反攻大陆的计划得到了美国军方一些要员的支持。1962年3月13日，美国太平洋战区司令费尔特访问台湾，为蒋介石反攻大陆撑腰。在美军的参与配合之下，台湾的国民党军队频频进行登陆演习和对大陆沿海地区进行骚扰。针对台湾方面积极准备反攻大陆的态势，中国政府也加强向福建前线集结军队，时刻准备反击。这样，在1962年5～6月间台湾海峡的局势再度陷入紧张。6月23日在华沙参加大使级会谈的美方代表卡伯特明确地告诉中方代表王炳南：“在目前情况下美国决不会支持蒋介石发动对中国大陆的进攻，蒋介石对美国承担了义务，未经美国同意蒋介石不得对中国大陆发动进攻。”6月27日美国总统肯尼迪就台湾海峡紧张局势阐明美国政府立场，肯尼迪表示，“台湾海峡地区局势是美国政府所严重关注的一件事情”，“我们的立场一直就是我们反对在这一地区使用武力”，“我重申美国在这一地区的目标是和平的和防御性的”。没有美国的支持，蒋介石当然也没有能力实现其以武力大规模反攻大陆的计划。尽管如此，台湾方面仍然向大陆沿海等地发起了有限的进攻，派出大批人员前往大陆从事游击活动。据中国公安部的统计，仅在1962年10月至1993年12月，在沿海地区就有24股入侵的国民党武装登陆人员被歼灭。从1963年7～10月，台湾当局还派遣6股武装人员从越南北方登陆，企图潜入广西山区，被越南共和国歼灭。
由于没有美国的支持，蒋介石放弃了以大规模军事手段反攻大陆的计划。台湾海峡大规模军事冲突最终没有发生，随后台湾海峡的紧张局势也就渐渐缓和下来。此后，虽然台海两岸的小规模军事冲突不断，但都未引起台湾海峡局势的严重紧张。
1964年10月中国成功爆炸第一颗原子弹。虽然台湾方面称台湾不会因为大陆爆炸原子弹改变“反共复国”的政策。台湾的国民党“行政院”院长严家淦还声称要在大陆核武器完善以前完成反攻大陆的任务。但原子弹的现实威慑力使台湾方面以军事手段反攻大陆的可能一去不复返了，这也给台湾海峡局势的稳定创造了条件。在军事冲突方面，1965年5月1日在福建东部海面，8月6日在福建东山岛和广东南澳岛附近海面，11月14日在福建崇武附近，海峡两岸海军相继发生了三次激烈的海上战斗。此后两岸间的局部军事冲突未再发生，海峡进入军事上的冷战对峙状态。
进入1970年代后，尤其是随着中美关系的发展与改善，中国的国际环境再次发生重大变化。为给即将开始的现代化和改革开放事业创造一个良好的国际国内环境，中国大陆对台方针政策由武力统一转变为和平统一。和平统一方针政策的提出和实施使台湾海峡的安全形势发生了根本性的转折。
1979年1月1日中国国防部部长徐向前命令福建前线部队停止对大小金门等岛屿的炮击。这标志着自1949年开始的台湾海峡两岸的军事对峙由于大陆方面的主动停战而宣告结束。
二、海峡两岸的和平对峙与过渡时期（1979～1987）
从1979年到1987年是海峡两岸的和平对峙时期，也是两岸从冷战对峙向相耳交往的过渡时期，这一时期在大陆“和平统一，一国两制”基本方针的推动下，台湾海峡的安全形势是自1949年以来最平静最稳定的时期。形成这一稳定局面的基础是祖国大陆和蒋经国领导下的台湾当局都坚持一个中国的政策。虽然台湾方面对大陆“和平统一，一国两制”回应以“三不”政策，但在实际上也逐渐放弃了“反共复国”、“三民主义统一中国”的政策，这为台湾海峡的安定创造了最基本的条件。
1978年12月中国共产党十一届三中全会决定在中国实施改革开放政策，同时也决定了和平统一祖国的战略方针。1979年1月1日，既是中国社会发展的转折点也是台海两岸关系史上的一个转折点。中国人大常委会发表《告台湾同胞书》，提出通过中华人民共和国政府和台湾当局之间的谈判结束双方在台湾海峡的军事对峙状态，并希望台海两岸尽快实现通航、通邮、通商，以利两岸交流和相互了解，这标志着中国政府对台湾政策的一个新的起点——开始推行和平统一政策。同一天中国人民解放军停止炮击金门，这也是中国政府决心实施和平统一政策，停止敌对军事行动的具体措施之一。这一切都有利于海峡局势的缓和与稳定。
1979年1月如日，在美国访问的邓小平重申希望以和平的方式解决台湾问题。他指出只要台湾回归祖国，我们尊重那里的规定和现行制度。1983年6月26日邓小平在会见美国新泽西大学教授杨力宇时指出，“和平统一不是大陆把台湾吃掉，当然也不是台湾把大陆吃掉。要实现统一就要有个适当的方式，所以我们建议举行两党平等会谈——而不是中央与地方谈判”。讲话再次凸显了一国两制、平等谈判的原则，大陆和平统一政策的形成与宣示为推动台湾海峡形势进一步缓和发挥了重要的作用。
就台湾方面对大陆和平统一政策的回应而言，台湾当局最初的政策不仅消极而且僵硬。以“三民主义统一中国”和“三不”政策固步自封，继续维持两岸间相互隔绝冷战对峙局面。但是在大陆和平统一政策出台后，台湾方面也采取了一些相应的措施，两岸的军事对峙状态明显降低，和平对峙成为这一时期台湾海峡安全形势的主要特点。随着中国政府“和平统一，一国两制”对台方针政策架构的进一步明确，台湾国民党当局在国际及岛内舆论的压力下，其大陆政策也不得不作相应的调整。1984年台湾方面宣布在国际学术、科技、体育、文化等方面的会议和活动中，对大陆采取不回避、不退让、不畏缩的原则，即默认台海两岸的科技体育文化界人士在参加国际交流期间相互接触。3月1日台湾方面宣布对1000多种大陆货物开放进口贸易，两岸间接贸易逐渐扩大。在通邮和探亲等问题上台湾方面政策也进一步松动。面对两岸民众要求自由往来的强烈愿望，台湾地区领导人蒋经国决定进一步调整其对大陆政策。1987年7月15日蒋经国签署文告，宣布从7月15日零时起解除实施了长达38年的戒严令。7月16日，台湾“行政院”宣布解除民众观光旅游赴港澳地区的限制。10月14日国民党中常会通过赴大陆探亲原则，11月2日正式开放台湾民众赴大陆探亲。中国政府对国民党开放探亲之举表示欢迎，保证台胞来去自由，并提供方便。台湾国民党当局大陆政策的调整，顺应了大陆对台工作方针政策及时代的潮流，打开了两岸民间交流的大门，同时也进一步促进了海峡两岸关系的缓和。
三、1987年以来的台湾海峽安全形势
1987年11月台湾当局开放民众赴大陆探亲，两岸民间的人员和经贸往来开始恢复，两岸关系开始进入民间交流时期。进入1990年代后两岸民间交流的范围规模逐年扩大，交流项目从最早的探亲扩大到经贸、体育、学术、文化交流等方面。据不完全统计，截止到1998年年底，台湾民众来大陆探亲、旅游、经商或从事文化体育交流的人数已接近1460万人次。从1987年到1998年两岸贸易额从15.2亿美元增加到205亿美元，祖国大陆已成为台湾第二大出口市场，也是台湾主要的外汇顺差来源地和台湾岛外最大的投资场所。两岸的民间交流有力地促进了两岸关系的发展，成为联结台海两岸关系的重要纽带，两岸民间交流发展到今天已呈不可逆转之势。
坚持一个中国原则是维护两岸关系稳定和中国和平统一的根本基础。1980年代台湾海峡的安全与稳定正是由于蒋经国领导下的台湾当局同中国政府一样坚持一个中国的原则。然而自从；1988年李登辉在台湾主政以后，台湾当局逐渐放弃了一个中国的原则，推行“一中一台”、“两个中国”政策。在国际上以所谓务实外交，努力扩大制造“两个中国”的国际空间。李登辉挑战一个中国原则的言行严重破坏了中国和平统一的根本基础，进而危及台湾海峡的安全形势，不时引发台湾海峡安全危机。因此，自1987年以来台海两岸关系实际上是民间交往与两岸安全福机交替并存的时期。
（一）第三次台湾海峡危机
1995年6月～1996年3月由于李登辉访美引发了台海两岸自1958年以来最严重的一次台海危机。这次危机对台海两岸关系、亚太地区安全格局乃至整个国际社会都产生了强烈震动。而这次危机的根源就是由于李登辉上台后推行“一中一台”、“两个中国”政策，严重威胁维系台湾海峡安全与稳定的基础——个中国原则而造成的。这次台海安全危机是中国政府坚决反对台湾当局“两个中国”、“一中一台”政策的一次严正宣示，表达了中国政府不允许台湾当局进一步分裂中国的坚定政治决心。
1988年蒋经国去世之前，一个中国的原则是海峡两岸的共识，也是国际社会所普遍承认的。1988年2月23日李登辉主政后在第一次记者招待会上明确表示，只有一个中国政策，而没有“两个中国”的政策。但进入1990年代，即在1990年5月李登辉就任第八届所谓“总统”之后，他就开始背离一个中国的原则，声称一个国家两个政府这是现实。1991年2月台湾当局制定的“国统纲领”则以“一个中国，两个对等的政治实体”为两岸关系定位。1993年李登辉通过改组“行政院”，排斥异己完全掌握了台湾的党政军大权，这一年也是李登辉从表面上承认一个中国实质上走上追求“两个中国”、“一中一台”政策的转折点，此后，台湾当局否定一个中国原则的态度更加明确具体。1993年11月在李登辉的授意下，台湾“经济部长”江丙坤在参加亚太经济合作会议期间公开提出“台湾的政策是以一个中国为指向的”两个中国“政策，中华民国和中华人民共和国是两个互不隶属的主权国家”。在政策的具体实施方面，主要体现为在国际上以务实外交追求扩大台湾的国际生存空间。
台湾当局除积极鼓动重返联合国以外，还大肆进行所谓“元首”外交、过境外交、校友外交、体育外交等，极力推动台湾问题的国际化。从1994初到1995年4月李登辉先后访问了东南亚的印尼、菲律宾、泰国，中美洲两小国尼加拉瓜、哥斯达黎加和非洲的南非、斯威士兰，西亚的阿联酋和约旦。台湾当局利用“元首”外交，在国际社会中与大陆进行较量，严重破坏了维系两岸关系稳定的基础——个中国原则，在“两个中国”和“一中一台”的分裂道路上越走越远。1995年6月李费辉获准访问美国，终于触发了使台海安全处于极度紧张状态的第三次台湾海峡危机。
美国和日本国内的一些反华势力历来是台湾“两个中国”、“一中一台”政策和“台独”势力的主要支持者，李登辉谋求到日本、美国去访问也是突破一个中国原则，抬升台湾在国际社会中地位的一个重要手段。1994年台湾当局就曾企图在日本广岛举行第十三届亚运会之际，利用应邀参加开幕式形式实现李登辉访日，由于中国政府的强烈反对，李登辉访日未能成行。此后李登辉便加紧在美国国会与舆论界、工商界的活动，争取实现李登辉对其母校美国康奈尔大学的私人访问。在台湾当局的重金游说和美国国会亲台势力的鼓噪之下，1995年5月29日美国众参两院相继通过邀请李登辉访美的决议。在美国国会的巨大压力之下，1995年5月22日美国政府决定同意李登辉以私人身份于1995年6月参加康奈尔大学的校友会。6月7～12日李登辉对美国进行了6天私人访问，他分裂祖国的行动也达到了一个新的阶段。
鉴于李登辉在国际上进行分裂中国的活动严重破坏了两岸关系稳定的基础，为反击台湾当局的分裂行径，让台湾当局明白中国政府维护一个中国原则的决心，中国政府决定在台湾海峡举行一系列军事演习。1995年7月18日新华社发布公告：中国人民解放军将于7月21至28日在东海海域进行地对地导弹发射训练演习，区域位于台湾岛东北方向的北纬26°20‘、东经122°10’，半径为10海里的圆型海域内。7月21～24日中国人民解放军先后发射6枚M9地对地导弹，准确击中预定目标。
中国军队进行导弹发射演习训练的公告一宣布，作为台海两岸关系晴雨表的台湾股市闻声重挫，台海两岸关系也进入极度紧张状态。在7月导弹演习后的8月15～25日，人民解放军在台湾以北90海里的东海海域进行了导弹火炮实弹演习。10月中旬中国海军舰艇和飞行部队在黄海海域举行诸兵种合成演习。江泽民观看了这次海上演习并强调要把海军建设提到重要地位，加快海军现代化建设步伐，确保我国海防安全，促进祖国统大一业的完成。11月下旬，人民解放军南京战区陆海空部队在闽南沿海东山岛地区举行三军联合作战演习。东山岛是明末郑成功和清初施瑕将军誓师东渡收复台湾的出发地。此次演习首次使用南京战区用语，时机地点的选择对台湾来说极具敏感性，台海安全危机进一步升级。1996年台湾也进行了一系列以大陆为假想敌人的军事演习。1月28日台湾海军举行了为期三天代号为“渔鲨行动”的反潜作战演习。此后，台湾又在花莲外海进行了一次展示海军反潜防空能力的“战斗巡弋”演习。
为给分裂祖国的活动披上合法的外衣，1996年3月20日台湾举行了所谓“总统”直选。随着选举时间的紧迫，李登辉对台湾民众声称只有他自己才“最有策略、信心和胆识与中共打交道，台北有十八套剧本对付中共演习”。因其过于张狂，进一步恶化了两岸气氛。为再次威慑“台独”势力，正告台湾当局，中国人民解放军于3月8～25日又举行了一系列军事演习。3月8日夜，中国人民解放军二炮导弹部队分别向台湾岛北方距基隆港20海里的海域与台湾海峡南部海域发射4枚导弹。3月12～18日，人民解放军在东海和南海举行第二次海空实弹军事演习，3月18～25日，在福建平潭举行第三次海陆空三军联合作战的强行登陆作战演习。这一系列军事演习区域均环绕台湾附近水域，导弹着弹区域距台湾本岛最近只有20海里，展现了解放军在未来战争中夺取制空权、实施海上封锁、强行登陆作战的强大实力。针对大陆的军事演习，台湾也全面加强战备。当3月5日新华社正式发布中国人民解放军将在3月8～15日在台湾岛南北水域发射导弹的公告后，3月6日台湾各空军基地进入战备状态，海军舰队加强备战并进行海上巡弋，同时加强战备物资的储备。3月8日大陆发射导弹时，台湾加强军事戒备，外岛升高战备层次，至此台海两岸几乎已进入准战争状态。3月25日大陆在台湾海峡的军事演习结束，第二天台湾军方就在靠近大陆的马祖岛进行了火炮射击演习，并计划于4月在马祖附近继续进行两次军事演习，但被美国劝阻。这样，第三次台湾海峡危机随着两岸一系列军事演习的结束而趋缓。
这次台海危机再次表明中国维护主权领土完整和国家统一，反对“台独”的态度和立场是坚定的。正如中国外长钱其琢所说：“我们这场斗争告诉台湾当局和台湾人民，‘台独’这条路是不能走的，也是走不通的。”虽然李登辉在台湾大选前后多次宣称要再走几个国家给中共看看，他要首先访问日本，还要再一次访问美国。但随着国际形势的变化和中国综合实力的不断壮大，以及中国在国际上加强了反对台湾制造“两个中国”的斗争，进一步强化了一个中国原则，台湾的所谓国际生存空间越来越小。台湾重返联合国的行动连年受挫，提升与美国的实质关系也不断碰壁。1996年南非宣布一年后与台湾断交，与中华人民共和国建交，重挫了台湾当局的务实外交。1998年6月美国总统克林顿访华，公开申明美国对台湾问题的“三不”政策，再次重创台湾的务实外交，促使台湾当局恢复两岸对话。
（二）1999年李登辉提出“两国论”引发的两岸关系再度紧张
1998年10月14～19日，台湾海峡交流基金会董事长辜振甫率团来大陆参访，标志着历时3年多的紧张僵持的两岸关系开始有了明显改善。两岸实质上的政治对话开始启动，两岸关系得到平稳发展。事实表明，中国改革开放的深化，中国经济的迅速发展、综合实力的进一步提高，以及中国在国际社会地位的上升，使两岸关系正在越来越朝着有利于统一的方向发展。时间的推移对于推行“两个中国”，倾向于“台独”的台湾当局来说越来越不利。为抗拒统一这一历史大趋势的发展，维持两岸政治僵局的现状，提高与大陆谈判的政治砝码并为制造“两个中国”创造条件，1999年7月9日李登辉在接受德国记者采访时称，台湾已将两岸关系定位在“国家与国家，至少是特殊的国与国关系”。台湾海峡交流基金会董事长辜振甫也随之附和，称两岸关系已从两个对等实体，走到两个国家，两岸会谈就是国与国会谈等。再一次暴露李登辉违背一个中国原则制造分裂的政治本质，再度引发两岸关系紧张。“两国论”出台，引起大陆的强烈批判，开展了一场反对“两国论”的斗争。7月18日江泽民在与美国总统克林顿就台湾问题的电话交谈中严正指出，“在台湾问题上我们不承诺放弃使用武力。原因很清楚，台湾岛内和国际上都有一股企图把台湾从祖国分裂出去的势力，如果出现搞台湾独立和外国干涉的情况，我们决不会坐视不管。”一个中国的原则是两岸关系发展的前提和基础，是中国实现和平统一的前提和基础，李登辉“两国论”的实质是彻底否定一个中国原则。8月4日中共中央台办指出“李登辉坚持4两国论\诡称特殊‘两国论’、就是挑战中国的主权和领土完整，挑战亚太地区的和平与稳定。”尽管“两国论”在国际社会和台湾岛内外引起强烈批评并再度引发台海两岸关系紧张，但李登辉仍顽固坚持“两国论”，声称就是为了引起国际社会对台湾问题的注意。不仅如此，他还打算通过“修宪”把“两国论”对台湾海峡两岸关系的定位写进“宪法”。
50年来台湾海峡安全形势的演变表明，台湾海峡的安全问题是中国统一过程中的遗留问题，是由于美国的插手阻挠造成的。50年来台湾海峡历次安全危机始终与统一与分裂，反对制造“两个中国”、“一中一台”或“台独”的斗争有着直接的关系。20世纪五六十年代台湾海峡发生的安全危机是中国内战的延续，也是台海两岸共同反对美国企图制造“一中一台”、“两个中国”斗争的一种形式，主要是反对外国势力制造“一中一台”、“两个中国”、分裂中国的企图。在台海两岸的坚决反对之下，美国的这一图谋没有得逞。到1970年代末1980年代初，国际政治格局的演变与中国国家战略的重点转移到以经济建设为中心上来，使得台海两岸在共同坚持一个中国的前提下，两岸关系从军事对峙走向缓和交流。进入1990年代后由于台湾当局逐步背弃了一个中国原则，极力在国际上制造“两个中国”、“一中一台”，纵容“台独”势力的发展，因而屡次引发台湾海峡安全危机。台湾岛内的分裂势力制造“两个中国”的图谋与台湾海峡安全危机的产生有着直接的关系。纵观50年来台湾海峡安全形势的演变可以认定，中国一日不统一，台湾海峡的安全就会由于国际上或台湾岛内的分裂势力制造“两个中国”、“一中一台”、“台湾独立”而发生危机。实现大陆与台湾的统一是最终消除台湾海峡安全危机根源的根本的办法。