光绪二十四年（1898）四月二十七这一天，是翁同龢的生日，他是道光九年生人，整整六十九岁了。按照中国人“过九不过十”的习俗，几个月前，他的众多门生就张罗为他办七十大寿，而翁同龢私心里，还盼着由皇帝赐寿，像六十大寿那样风光。十年来，翁同和以“帝师”的身份参与朝政，声望和权力渐至顶峰。自四月十一日恭王薨逝后，翁同龢在枢廷就成了“一把抓”，内外大小事务径自处断，真正实现了“翁氏当国”。两天前，礼部上了一道折子，以恭忠亲王丧礼，大臣百官不宜素服出席庆典为由，奏请传胪改期，让他给驳回去了。大比之年的四月二十五日，例为国家的传胪之日，自乾隆九年以来，一百五十年间无有变动，怎么能因为恭王大丧，就坏了规矩？皇帝深以为然，当即口传一道谕旨：素服至二十四日止，传胪照常进行！
上谕尚未宣示完毕，荣禄就当廷咆哮，大骂翁同龢目无皇太后，罪大恶极。所谓“目无皇太后”，是指恭王薨逝之日，慈禧太后面谕：“辍朝加二日，皇帝素服十五日”。按这个谕旨，素服应到二十五日止。现在不是垂帘听政的时候了，翁同龢睬都不睬他。二十五日一早，皇帝御临太和殿，百官朝服侍立，檀香袅袅，鼓乐齐鸣，传胪庆典照常举行。这一科奇就奇在，状元是与翁同龢同名的夏同龢，令皇帝有一种意外之喜。
夏同龢字用卿，贵州麻哈人，点元之前，渺无文名。这是自科考以来，千年未有之事，翁同龢自己也颇为得意。自四月二十三日，奉命草拟《定国是诏》以来，翁同龢一直处在一种极度亢奋之中，却不知大祸已经悄悄降临。二十七日这天，军机“叫起”，御前太监独独拦住了他，接着便有一道上谕：
协办大学士户部尚书翁同龢，近来办事都未允洽，以致众情不服，屡经有人参奏，且每于召对时，咨询之事，任意可否，喜怒无常，词色渐露，实属狂妄任性，断难胜枢机之任。本应查明究办，予以重罚；姑念其在毓庆宫行走有年，不加重谴，翁同龢着即开缺回籍，以示保全，特谕！
这道上谕，是皇帝在召见军机前就已拟好的“朱谕”，这让翁同和甚感吃惊。昨日傍晚，宫门临下钥前，他还见过皇帝，当时皇帝的情绪很好，跟他商量是否再发一道上谕，令内外诸臣保举人才，着重在天文、地舆、算法、格致、制造等方面，并且催他回去就拿这道谕旨拟定。甲午惨败，创痛深巨，士大夫经此教训，对时事认识大有进步，风气由是渐开，朝野议论颇多主张新政，这一切都深深感染了皇帝，成为推行新政的动力。从当时的情形看，是没有变化的，那么如有变化，则必是在此之后，或是昨夜，或是今晨，也就是说，关于自己，皇帝和慈禧太后母子之间，一定有过一场非同寻常的交易。
那么，会是一种什么交易呢？
最大的可能是，慈禧太后要挟皇上，如果仍旧任用翁同龢，就立即恢复“训政”，换句话说，取消“归政”的诺言。而恢复训政就不能继续变法，这一招很厉害，逼迫皇帝不得不让步。翁同龢被黜，朝野震动，皇帝在颁发《定国是诏》的第四日就痛失股肱，变法还能不能进行下去？慈禧太后会不会再度垂帘？一时间众说纷纭，谣诼四起，朝局随即变得扑朔迷离。
慈禧太后为何在这个时候，这样迫不及待地要除去翁同龢？坊间有很多传说，其中流传最广的一种说法是，恭亲王奕訢临终前，慈禧太后曾询以朝中人物，谁堪大用？恭王伏枕奏称：除合肥相国积心毁骨，可任艰危外，京中惟荣禄忠心耿耿。太后又问：户部尚书翁同龢如何？恭王泣曰：聚九州之铁，不能铸此错者！翁心叵测，屡陷皇上于不义不孝，此人万不可再用了！
这话并不十分可信，况且就是恭王真的说了这个话，慈禧太后是什么人？会把他的话当真？因此有人断言，翁同龢被逐，一定是一笔政治交易，皇帝是以“翁师傅”为代价，向慈禧太后换取变法维新的权力。
自皇帝亲政以来，“翁师傅”的权力实在是太大了，俨然张居正第二！尤其是甲午海战之后，皇帝对“翁师傅”，基本上是言听计从。甲午至戊戌的三年多时间，在光绪朝别成一个段落，论两宫母子之争，则“帝党”占上风；论地域派系之争，则“南派”占上风；论学术观念之争，则“新派”占上风，而这一切，都与翁同和有关！现在又纠集了康有为、梁启超、谭嗣同、黄遵宪等人在自己身边，培植“帝党”，鼓噪新政，权倾一时。最让人不能容忍的是，最近居然撺掇皇帝，在四月二十八日召见时，与康有为“独对”！这就不能不动手了，再不动手，还有“后党”的日子过吗？这就是为什么荣禄、刚毅一伙，一定要赶在皇帝召见康有为的前一天，罢黜翁同和的原因。
而慈禧太后对他的不满，是早在慈安太后去世时就已埋下，原因是在内阁会议慈安太后尊谥时，他力主开头用“孝贞”二字。原来大清仪制，皇太后尊谥一共是十二个字，头一个字用“孝”字，第十个字用“天”字，最后一个字用“圣”字，这是一成不变的；其余九个字，在原有的徽号中保留四个字，这样一来，需要新拟的，就只剩下五个字，而这五个字中，又以第二个字最为关键。内阁拟了“钦肃”二字供选择，翁同龢坚决反对，理由是“贞”是始封嘉名，“安”是二十年徽号，“而贞者正也！当初就含有正位中宫之意！”
就是这句话，戳到了慈禧太后的心窝上！所谓“贞”是始封嘉名，是说慈安太后最初被封为贞嫔。她是潜邸旧人，当时文宗还是四阿哥的身份，因为生得面目团团，为人宽厚，得到文宗的特别宠爱。后来文宗继位，她就被封为贞嫔，而最终正位中宫，则是因为她温柔的性格和仁慈的心怀。慈禧太后一生所憾，就是在文宗生前没能正位中宫。论家世，钮祜禄氏和叶赫那拉氏，一般都是“上三旗”的高贵大族；论身份，选秀女的时候，一般都是三品道员之女，只不过她早服侍了文宗几年，凭什么她就是皇后？因此对翁同和的持论侃侃，就特别不能容忍。
但也有学者认为，翁同和的开缺回籍，是光绪自己的决定。原因有很多，首先是筹措对日赔款不力，且有受贿的嫌疑；其二是在办理胶州湾事件中软弱逃避，在接见外使的礼节上却斤斤计较，拘守旧制；其三是在治国方略、变法指导思想与人事安排上，与光绪皇帝存在着重大分歧。尤其是在皇帝面前，指康有为“居心叵测”，向他索要康有为的书，他居然以“与康不往来”回答。而君臣召对中，皇帝也处处事事要顺着“翁师傅”的意思事，顶撞的情形更是时有发生。颁布《明定国事诏》后，光绪急于任用新人，推行新政，却一再受到翁同龢的阻挠和反对，被皇帝视为变法维新的障碍。光绪朝的御史赵炳麟曾说：“恭王卒，大事决同，刚毅腹诽觖看，时京中为之语曰：自言自语刚枢密，独断独行翁相公。”“刚枢密”是指刚毅，恭王死后，他成为领班军机大臣，与翁同和形同水火，令光绪不胜其烦。解决的办法，是让翁同和走人，这样，既免于被翁“掣肘”，也免去了很多人事上的麻烦。
翁同龢的大臣之风，显于被黜之后，至少从表面看来，雍容自在，面无怨色；料理杂务，一如平日。五月十三日离京，为生平第一次乘火车，是在马家堡车站。一下了轿，翁同龢就愣住了，马家堡站台上，黑压压站满了人，都是他的门生。翁同龢两典会试，朝考殿考，门生、小门生不计其数。半夜里从天津赶来的于式枚，从人群中闪身而出，“扑通”一声跪下，哭着喊了一声：“老师！”
他这一跪，招来一片饮泣之声。忽然，一个人跳到高处，大声喊道：“湖南衡州夏曰笙代国子监全体在监生员，来为翁师傅送行！吾为天下，不独为公——为天下计，请翁师傅保重！”说罢，不等众人反应过来，便跳上车，绝尘而去。
赵炳麟《光绪朝大事记》：
恭王卒，大事决同龢，刚毅腹诽觖望。时京中为之语曰：“自言自语刚枢密，独断独行翁相公。”
同龢久授上读，频劝上振君权。太后虽归政，大事上必关白。同龢教上独断，太后恶之。自文廷式、汪呜銮、长麟、志锐被谴，帝党势益孤。同龢且主张新政，太后逼上逐回籍。
《翁同龢日记》光绪二十四年四月二十八日：
午正二驾出，余急趋赴宫门，在道右叩头。上回顾无言，臣亦黯然如梦。
《翁同龢日记》光绪二十四年五月十三日：
寅初起，盥洗告辞祠堂，并北向叩头。寅正一刻乘轿出前门、永定门，回首觚棱，能无依恋。六刻抵马家堡，门人送者庚辰黄绍曾、于式枚、庞劬庵、丁象震、何乃莹、杨福臻；壬辰谭启瑞、刘燕翼、刘福姚；乙酉张謇、朝殿刘树屏等约四五十人，此不过就所记者言之耳。最奇者湖南衡州夏生，年廿余，投一纸自称“曰笙”，向余挥涕曰：“吾为天下，非为公也！”卯正十分揖别登车，长驱飚发，平生所奇遇矣。