9月24日汉阳沦陷，9月26日英俄尔岱从一群奴婢口中找到了朝鲜王的行踪，他们有人在前日凌晨下田干活时，看着一队骑兵保卫着数位贵人逃向了南汉山山城的方向，队伍中有穿着大红蟒袍的贵人。
英俄尔岱听着这些奴婢描述的服饰便知道了，那位穿着大红蟒袍的正是朝鲜王。在朝鲜除了朝鲜王以外，还没人敢穿这个服色出行的。
9月27日多尔衮亲自率领军队堵住了通往南汉山城的道路，经过了一番试探，便确认了朝鲜王李倧的确就在山城之内。
位于南汉山山顶的山城，原是一座高句丽时期的土城，经过历代的翻修加固，在光海君手中最终建成。山城将最高峰日长山包围在内，若是登上最高峰，远至仁川的夕阳，近到汉城及京畿道一带的景色就全都进入了视野。
整个城郭周边高而险，城中间则低平易守。城分为内外城，外城墙周长9.05公里，高3-7.5米，东西长，南北短。内城则建有王室避难时所用的行宫及各种设施。李倧逃亡到此处，可谓是安心了不少。
但是这座山城虽然是为了朝鲜王室避难而修建的，可是李倧却很厌恶此地，因为这是光海君所修建的，所以山城内储备的物资和驻守兵力都一直没有按照标准补充到位过。李倧也没想过自己真的有用上这里的一天，因此当多尔衮带着大军将上山道路堵上之后，李倧又担心起能不能守住这座山城来了。
同样逃入了山城的金尚宪、沈器远还是一力主战，但是李倧的心里已经开始倾向于崔鸣吉的议和主张了。只是山城内部还是金尚宪、沈器远这些主战派的实力更强，因此李倧还是在犹豫中听从了金尚宪、沈器远的主张，坚守山城等待各道援军。并再次挑选健士翻山越岭前往各道传令，要求各道援军前往救援南汉山城。
10月1日黄台吉率后军主力赶到了汉阳城，他抵达汉阳之后便制定了围点打援的方略，令多尔衮以竹木将前往南汉山城的道路堵死，接着便围绕南汉山城四处出击，一一击溃来援的朝鲜义兵，以防止这些义兵聚集在一起。
此外，他还安抚了汉阳城破时被俘的那些朝鲜官员，虽然领议政兼都体察使金鎏拒绝向黄台吉投降，但是身为后金囚徒的他，也无法阻止其他官员以他的名义发出安民告示，自汉江以北的诸州县，除了咸镜道和江原道一些地区外，都开始服从于后金颁下的指令，为后金军队征发劳役，提供米粮等物资。
10月15日，多尔衮击破了从庆尚道和全罗道而来的最后两只义军，之后再无成建制的义兵前来援救南汉山城。坐拥咸镜道和江原道两道大军的金自点，身为朝鲜都元帅，却不肯发一兵一卒南下救援，只是一味躲在江原道的坚城内自保。
但后金虽然几乎征服了朝鲜八道中的四道，可是除了汉阳昌德宫内搜出了五、六十万两白银和二十余万两的物资外，其他州县府库的所得却几乎没有。南方全罗道、庆尚道的税粮，不仅没有运到汉阳，连忠清道和江原道的粮食都被收购后运到南方的巨济岛上去了，说是用来给养新建的朝鲜海军去了。
这样的局面让黄台吉感到了棘手，后金军队打过汉江差不多已经是他心里的极限了。如果再往南去，部队就拉的太长了，一旦让明国水军截断了汉江，黄台吉就要担心自己这支军队的安危了。
事实上他并不认为这个时间是出征朝鲜的好时段，如果有的选的话，他更愿意把出征时间推迟到12月份，整个朝鲜的水路都上冻的时节，那样的话江河就不会成为后金军队的阻碍了。
比如那些逃入江华岛的朝鲜王室、两班贵族的家眷，就难以利用和大陆分隔的海峡阻止后金军队的进攻。就因为现在海上没有封冻，所以后金军队只能隔着海峡眺望对面的江华岛，坐观明军水师和朝鲜水师的船只护卫着江华岛。
但是为了获得今年朝鲜秋收的收获，黄台吉不得不提前南下，指望着从朝鲜人那里补贴军粮支出。但是州县府库的空虚，使得黄台吉和后金军队越来越难以保持与民不犯的作风了。
在远离黄台吉视线的地方，后金军队开始对两班贵族的庄园和朝鲜商人进行劫掠。虽然各州县府库空空如也，但是在这些两班贵族的庄园内，粮食却堆积如山。这些庄园也是林庆业无法搬走的粮库。
10月20日，乌真超哈部队带着8门红夷大炮抵达了汉阳。黄台吉于是再次命令一位朝鲜官员进入南汉山城，要求朝鲜王立即下山投降，否则他就要动用武力强攻了。
李倧听这位官员描述了红夷大炮的威力后，终于色变。他悄悄召对崔鸣吉，令其下山同黄台吉言和。
10月22日，崔鸣吉在汉阳昌德宫面见黄台吉，黄台吉向他提出了：出城投降﹑奉清为正朔﹑并将明朝所赐的印信等缴给清朝等十余项和议条件。
崔鸣吉带回的这些议和条件自然激怒了城内的主战派，甚至连李倧也担忧起自己出城后，后金若是反悔该怎么办的问题。
于是在金尚宪、沈器远等主战派的激烈抗争下，李倧又反悔暂停了议和。10月25日，因为李倧的反复无常，黄台吉终于下令军队开始进攻南汉山城。山路虽然艰险，但是后金军依然在10天内打到了南汉山城之下，将城外山道上的壁垒一一击破。
城内虽然还有一万余人马，但是火药、粮食皆已经所剩无几，而后金军却又将红夷大炮运上了山头，瞄准了南汉山城城中。黄台吉这次将领议政金鎏派上了山，做最后一次劝说。
过去十日内女真人的饶勇，给城内的主战派官员们留下了极为震骇的印象。特别是当后金将红夷大炮架到了山头，直接瞄准城内的举动，终于让不少官员转变了立场，认为要先向后金屈膝以保全宗社为大。
金鎏向李倧哭诉道：“…事已急矣，不可不请和。”
大司谏尹煌也劝谏道：“殿下身系宗社，若是死于此地，则国家百姓又该怎么办…”
这些主战派官员的纷纷转向，终于压倒了还在期待明国援军的金尚宪、沈器远等人。李倧虽然对着群臣哭泣着：“三百年血诚事大，受恩深重，而一朝将为臣妾于讐虏，岂不痛哉?”但他很快就命令崔鸣吉前去和后金交涉投降的一干事宜。
在崔鸣吉将要出山城前，沈器远跑来拉住他的马缰绳说道：“崔判书，你这么一去，今后大明问责下来，我朝鲜又该如何应对？皇帝陛下英明勇健，岂能容忍我们朝鲜背叛大明？崔判书你不要忘记了，此刻江华岛还在大明军队的护卫之下，殿下若是投降，岛上的大妃、世子、大君他们又该如何自处？”
崔鸣吉脸色未变，只是叹了口气说道：“南汉山上的松树凌霜傲雪，不为狂风所折，令吾辈心生向往。但是朝鲜却不是松树啊，我们只是一株柔弱的小草，面对狂风需要及时弯腰才能生存下去。
后金也好、大明也好，都是朝鲜不能抵抗的大国。我们根本没有选择站在那一边的权力，顺应天命，向强者低头，才是保全国君和百姓的道路。沈参判你到现在还不明白吗？如果真有所谓的大明援军的话，我们又怎么会被后金军包围在这里？”
沈器远的手从马缰上滑落了下来，崔鸣吉催动了坐骑从打开的城门走了出去。十一月一日，后金军在汉城东南面的汉江三田渡设坛接受朝鲜王的投降，黄台吉在高台上接受了朝鲜王李倧的三叩九拜。
十一月二日，李倧下令各州县将府库内的存粮和财物一并运到汉阳，并要求各州县官员协助后金军队征缴额外的税收。另外，李倧还要求江华岛的妃嫔、世子、大君及两班亲眷返回汉阳。
不过，这道命令很快被祖大寿给拒绝了，他很快以大妃韩氏、昭显世子的名义发布文告，声明朝鲜王李倧现在正被后金军队挟持之下，一切以李倧名义下达的文告和命令，都为无效。在后金军队没有离开朝鲜国土之前，任何人签订的和约都为无效。
此外文告中还号召各道百姓起来反抗后金军队，凡是杀了一名后金兵者，奴婢可以免籍；良民可以获得20元的奖励，官吏可以获得升级的奖励。
大妃韩氏、昭显世子名义的文告和李倧发布的文告互相冲突，有些州县畏惧于后金军队的威势，接受了李倧的命令。而另一些州县则不甘心向蛮夷屈服，认同了大妃韩氏、昭显世子发布的公告。
一时之间，朝鲜各州县内的官民同后金游骑之间爆发了无数小型的战斗，大明向朝鲜义兵低价供应的火绳枪，在这样的战斗中发挥了极为有效的威力。就连后金大将舒穆禄·扬古利，也被朝鲜人以火枪击中而亡。
朝鲜义兵的反抗，导致后金诸军终于露出了残暴的一面，开始在朝鲜八道内大肆劫掠杀戮，不再顾忌区分两班贵族和平民。这种自发性的报复，连黄台吉也阻止不了。不过后金人的杀戮，也终于坚定了朝鲜百姓的抵抗意志，后金军队的伤亡开始日渐增加。
也就在这个时候，黄台吉接到了义州大败，正蓝旗被困义州城内的消息。这个消息让黄台吉无法在汉阳同祖大寿等明军再继续耗下去了，他不得不考虑撤军的事宜。因为明军掌握了大妃韩氏、昭显世子等人，使得黄台吉意识到，朝鲜是无法变成后金的真正属国了。于是他干脆默许了诸军放手劫掠朝鲜，以此来补充后金的元气，至于之后朝鲜会不会再度撕毁盟约，他已经顾不上了。