海达尔虽然撤退了，但是马守应却没有出营追击，他趁着安集延人撤退的机会，开始了对于叶尔羌军的整顿。
虽然叶尔羌汗向大明表示了臣服，也邀请了大明朝廷派人前来整顿叶尔羌的行政机构和军队组成。但表面上叶尔羌汗国却还是一个独立的国家，因此此种行政和军事的变革并没有全面的深入下去，埃米尔们在行政和军队中依然保持着强大的话语权。
但是随着沙赫.巴兹伯克和一大批和他一起出战的埃米尔的死亡，使得这只出征布哈拉汗国的军队出现了微妙的变化。
这些远征军中的叶尔羌士兵们，从来没打过这么残酷的战争。叶尔羌汗国内部虽然有着东、西部领主之间的冲突，但是这种内部战争中，士兵的伤亡其实并不大，只要战场上局势不利他们就可以投降，对面军队的将领也很乐意接受投降，或是把他们变成自己的农奴，或是将他们补充进仆从军去。
归根结底，大家都是来自于同一个国家、同一个民族，且大多数人的宗教信仰也相同，因此很容易就能消化变成自己的力量。
但是对于安集延人来说，叶尔羌人是不折不扣的外人，哪怕大家信仰的是同一个宗教，也不能改变叶尔羌人是来强占他们土地的事实。在这样的情绪下，安集延兵对于叶尔羌人也就毫不手软，很少会去俘虏活人了。
在安集延人的屠杀下，叶尔羌军很快就两级分化了，以埃米尔为首的军事首领们被安集延人的残暴吓跑了胆，纷纷打起了退堂鼓。而底层的叶尔羌兵们，因为同乡或家人被杀，开始变得坚强起来，想要为死难者复仇。
马守应便是利用了底层士兵们的复仇意愿，加上沙赫.巴兹伯克死后他身为这只军队统帅的优势，把这只军队的指挥权彻底的从埃米尔们手中夺了过来。
叶尔羌大营的守军加上刚刚抵达的后军和陆续归来的残兵，营中的人马很快便恢复到了五千六、七百的数量。这样规模的军队攻打安集延城大约还不足，但是防守大营却已经绰绰有余。
马守应夺取了军队的指挥权后，又借口天气炎热战死者的尸体不易保存，加上克雷奇汗需要知道沙赫.巴兹伯克等人的死亡，好给他们继续派遣援军和指示，因此便命令营中的埃米尔们带着沙赫.巴兹伯克等人的尸体返回喀什噶尔报信，并求援。
马守应的强势，士兵们的倾向，加上安集延人的凶残，使得这些埃米尔们虽然口上激烈反对，但是在马守应下达命令之后，他们还是毫无延迟的踏上了归程。
待到营中的埃米尔们大多被打发走之后，马守应便按照明军的营军制，将这只叶尔羌军分成了七营，每营人数在700-900之间。每营又分为五队，每队又分为五哨，每哨又分为五棚。一棚为6-10人，棚内兄弟必须同吃同住，以加深彼此之间的关系和了解，避免再出现战场上逃亡的状况。
这新编的七营，人数有多有少，战力也有高有低，因此马守应又将之分为左右两翼。战斗力强的四营人马编为左翼，他自己亲自带领。战斗力较弱的三营人马则编为右翼，由跟随沙赫.巴兹伯克出战却能全身而退的埃米尔亚拉格带领。
马守应侦查到海达尔退到距离大营西北约六十里的村子休息了十天，也没能等到自己出击而再次向安集延撤退后，便和亚拉格商议，由他带领右翼三营出兵，扫荡大营百里以内的村子，将他们迁移到大营后方看管起来。
如此一来，既能够从这些村子里获得足够的物资，也能断绝安集延从本地区继续获得情报和人手，从而让安集延变成聋子和瞎子。
在亚拉格三营人马出发扫荡的时候，马守应也加紧了对于手中四营人马的训练，将这只业余的军队变成在战场上能够听从指挥的军队。
应该来说，这对于马守应并不是什么艰难的任务，毕竟在他手下有着大量明军边军出身的亲卫，还有二十多名隐藏了身份的明军低阶军官。
而摒弃了埃米尔们在军中的职务之后，这些空缺出来的军官职务除了被马守应用来安插自己人之外，还提拔了一大批战场上表现出色的士兵，这一举动使得他对于远征军的整编行动得到了底层士兵们的支持。毕竟在过去，这些低级军官的职位可轮不到平民来担任。
马守应的策略很快就对战局造成了影响，乌兹根地区的村子里虽然也有一些能够作战的牧民，但是面对有组织的军队依然是不够看的。
在亚拉格率队屠灭了两个不肯搬迁的村子之后，这一地区剩下的村子便不敢再试图抵抗这些叶尔羌人，遵照着军队的命令带着家人和粮食财物迁移到了叶尔羌大营的东面，生生在安集延和叶尔羌大营之间造成了一片近百里的无人区。
再无法获得安集延的庇护下，乌兹根地区终于向自己的新主人表示了臣服。这一地区129个村子中，有89个村子向叶尔羌大营派出了使者和粮车，表示愿意归降叶尔羌汗国，只求对方不要摧毁自己的家园。
而剩下的村子不是遵照叶尔羌军的命令搬迁了，就是干脆整村人一起逃往了安集延，想要等待战争结束后再返回。
至于安集延伯克，对于叶尔羌军的无耻行径也没有什么好的应对之策。失去了当地村民提供的情报之后，安集延对于乌兹根地区的叶尔羌军行动就难以掌握了。
叶尔羌军分散成百余人的规模在这一地区进行扫荡，安集延兵聚集在一起时难以追上对方，如果分散兵力追击又失去了重骑兵的威力，只有轻骑兵才能追上轻骑兵。
但是叶尔羌人显然很狡猾，他们在这一地区设置了不少集结点，当安集延兵分散追赶他们时，总是会落入到叶尔羌军的陷阱中去，被优势兵力所围剿。
连续三日损失了百余名骑兵之后，安集延人终于放弃了保护这些村子的想法。他们也只能选择让村民迁移到安集延城附近，以避开叶尔羌军的骚扰。
当崇祯十一年八月，伊卜喇伊木王子、伊斯玛依勒王子两兄弟带着六千精骑和三千仆兵抵达乌兹根大营和马守应军汇合时，叶尔羌军已经控制住了安集延东南地区，叶尔羌的游骑已经抵近到安集延城东南50里的地方了。
伊卜喇伊木王子了解了马守应这一个月来的应对之后，也是认可了他这个月来的成绩，于是便放下了身段，请马守应同自己兄弟商议进攻安集延的计划。
马守应了解了两位王子带来的军队和武器装备后，也是有些犯愁的说道：“根据我们这些日子来的打探，安集延城是布哈拉汗国东部的重镇，其城市规模和防御设施仅次于浩罕城。
由于此城就修筑在河边，因此城壕内的水源也是引自活水，我们很难切断水源，然后进行填壕作战。
最麻烦的还是，安集延城和喀什噶尔一样，都是丝绸之路上的贸易城市，城内储备了相当多的物资，哪怕我们进行围困作战，恐怕也难以在布哈拉大军抵达前让城内绝粮…”
伊卜喇伊木王子和兄弟互望了一眼，方才对着马守应说道：“那么按照你的说法，这安集延城岂不是难以攻下了？”
马守应用手摸着自己的额头，好一会才出声道：“那倒也不尽然，我这些日子一直在思索如何攻打安集延城。想了许久之后，倒是有了一点想法，其实我们并不需要去攻打这座城池，我们需要对付的是守城的军队，只要消灭了军队，这座城池也就不攻而破了。”
年纪较轻的伊斯玛依勒王子顿时有些迷糊了，他急切的追问道：“不攻城怎么消灭守城的军队？难道你还能飞进城里去？还是让他们自己跑出来？”
马守应注视着两位王子说道：“飞进城去，我可没有这个本事。但是让他们自己跑出来，我觉得还是有几分机会的。”
伊卜喇伊木王子阻止了还想张嘴的弟弟，冷静的看着马守应说道：“你说说看，要怎么让他们自己跑出来。”
马守应将地毯上的一碟核桃倒在了地毯上，然后简易的摆出了一个地图后说道：“我军大营在这里，安集延城在这里，现在两地之间距离大约200里。
安集延距离我们最近的一个据点，是距离安集延城8、90的奥什村。说是村子，其实却和一座小城没什么区别。这里以前以丝绸生产和加工而闻名，现在则是这一地区最重要的棉纺织中心，村子里约有一千户人家，六、七千居民。
这是东南部除安集延城以外最重要的一个乡村，安集延城在这里至少放了500骑兵。此前我们一直没有去动它，因为一旦碰了这里，安集延城的军队必然会大举出援，我们的兵力显然还不足以同时应对两个战场。
但是现在有你们的加入就不同了，在安集延城还没有受到你们到来的消息前，我派兵进攻奥什村吸引安集延城出兵，然后在安集延兵同我军作战时，你们从侧翼进攻，只要把安集延的援军留下来，安集延城自然也就难以自保了。”
伊卜喇伊木王子看着马守应摆出的核桃许久，方才点了点头说道：“我的军队需要修整三天，这三天里让我的部下和你的游骑一起勘察奥什周边的地形，寻找合适的战场和隐藏军队的山谷。如果你的计策能够成功，打下安集延城的首功就是你的…”