礼妃离开之后，朱由检在房内独坐了一会，才把吕琦等人召唤了进来，他向着吕琦问道：“接下来还有什么人要见？”
吕琦略略想了一会，便回道：“孙传庭已经在外面等了一小会，另外还有礼部的…”
“除了孙传庭外，其他人都让他们回去吧，让他们把奏章留下也就是了。”朱由检想了想，就对吕琦直接吩咐了下去。
在吕琦前去传召孙传庭的时间里，朱由检还在思考着钱谦益通过柳如是传到他面前的讯息。也许在这个时代的人眼中，这是妇人干政，是政治混乱的一种表现。
但是对于朱由检来说，只要能够巩固自己的权力，他并不介意采用一些非常规的手段。既然他限制住了内廷向外朝干涉的权力，自然需要用另一种方式去干涉外朝的政治，他可没打算把自己的手脚自己绑起来，当一个庙堂之上的泥塑神像。
此外，外朝的官员们也需要内廷主动放出来的风声，从而让他们选择一条正确的道路，而不是走到宫中的对立面去，这也是基于政治现实的各取需要。
不过很显然，今日从柳如是口中传回他耳中的消息，让他颇为不快。眼下看来，钱谦益大约是猜中了他的用意，可是对方的胆子实在是不大，到了这一刻还想要进一步的确认，这无疑有些画蛇添足了。毕竟他沉默了这么久，不正是希望让自己站在一个超然的地方，以应对这件事么。
当朱由检在心中暗暗骂着钱谦益的时候，孙传庭终于跟着吕琦走进了皇帝的书房。原本他并不需要这么早入宫求见的，只不过在年前崇祯对他有所吩咐，他觉得这个任务不宜延迟下去，这才赶着今日来汇报了。
收拾好心情的朱由检，听完了孙传庭的汇报，脸色也变得严肃了起来，“这么说来，年前交给你的那些卷宗，你已经全部查证落实了？这些将领、军队的确有杀良冒功和劫掠平民的行径了？”
孙传庭的脸色也有些不太自然，不过他还是点着头回道：“的确是如此，但是这些案子不仅仅牵连到守备部队和民团，野战部队同样也有人牵涉进了案子。若是大张旗鼓的进行处理，臣担心会引发兵变。”
“哈，哈哈。”朱由检冷笑了几声后说道：“国家一年岁入的七成用以给养军队，而卿作为陆军参谋总长却告诉朕，要是朝廷下令处置这些残害民众的**，就有可能会引发兵变？
孙总长，朕要求你大声的回答朕，总参谋部究竟有没有能力控制住军队？你作为参谋总长，究竟有没有控制局势的能力？”
这还是皇帝第一次在他面前发怒，孙传庭额头上微微沁出了汗珠，他不再犹豫的向皇帝回复道：“臣对于控制地方上的局势是有信心的，臣对总参谋部对于各只军队的控制能力也是有着信心的。臣只是担心，涉案人数不但多且分散于各地，一旦我们开始抓人彻查，这些心怀不轨的**得到消息后会立即逃亡，甚至于裹挟同僚作乱，这样有可能进一步破坏地方上的秩序，也给我们处理问题带来不。因此臣才建议，是不是分时间，分地域，分部队，将这些案子一一进行处理。”
对于孙传庭的谨慎，崇祯却不以为然的说道：“卿以为，什么的敌人最令人头痛不已？”
孙传庭还在思考皇帝提出的问题时，崇祯却已经自问自答的说道：“朕以为，看不见的敌人最令人头痛。
眼下这些**看似只是杀良冒功，没有背叛朝廷。但是他们既然敢于无视朝廷和总参谋部定下的军规，今天可以杀良冒功，明日自然可以割据地方对抗朝廷了。对于那些违反了规则的人来说，只要这一次没有受到惩罚，那么下一次破坏规则就更加毫无顾忌了。
今日不过是让他们在国内维持秩序，他们已经把朝廷的命令视若无物，那么明日若是有敌军大兵压境，这些军队难道还会听从朝廷的命令前往前线去抗击敌军吗？
若是不能够给他们一个狠狠的教训，这些人就不会畏惧国法军规，那么他们很可能因为一次小小的矛盾就走向朝廷的对立面。想要培养出良马，就必须不定期的淘汰病弱之驹；想要种植出能够作为宫殿支柱的巨木，就应该从小修剪旁枝。
总参谋部如果想要让军队令行禁止，就不要害怕对军队中的**蛀虫进行清理。现在都已经是崇祯十四年了，我们整顿军队编制实施条例都已经超过了十年，朕还真就不相信了，处理几个**，还能四处动荡了。朕相信，我们的军队，绝大多数还是可靠的，忠于朝廷的。
因此，朕希望这一次总参谋部能够大张旗鼓的处理这些人员，也好看一看，到底军队里还隐藏着多少看不见的敌人。
另外，总参谋部也没有这么多时间去慢慢处理这些问题。我们虽然同后金达成了和平协议，但是不要认为双方之间就能永远和平下去。大明和后金之间只存在暂时的停战休息时间，我们和后金是不可能共存于一个世界的，朕是这么想的，黄台吉也同样是这样想的。
去年我们遭遇了前所未有的自然灾害，原本是后金入侵的最好时机，只不过后金国内也存在着极大的问题，所以双方保持了和平。但是总参谋部应该已经收到消息，黄台吉已经理顺了内部的问题，正准备重新恢复满洲八旗的编制，那么总参谋部就应该小心，防备黄台吉撕毁和平协议，进攻我国或是臣服于我国的藩国部族。
正因为如此，朕才希望总参谋部尽快处理掉这些问题，加强对于军队的控制力度，以防备任何突发性的意外。”
到了这一刻，孙传庭终于放弃了平衡军队内部势力的努力，向崇祯保证他会切切实实的把皇帝的命令贯彻落实下去。
虽然在皇帝的支持下，孙传庭坐上了参谋总长的为止，成为了替皇帝掌握军队的第一人。可他毕竟不是将门出身，也同任何一个边镇无关，他唯一有所加成的身份，是进士出身的文官身份。
而在这个时空中，因为崇祯处理得当，陕西的流民没有变成大规模的农民起义，加上一批意志不够坚定的农民军领袖被杨鹤招安，而坚定的想要推翻朝廷的高迎祥等农民军又被洪承畴设计围歼，于是孙传庭也就不需要自告奋勇的出任陕西巡抚镇压当地的农民军了。
这样一来，孙传庭的军事能力也就不能如另外一个时空那样为人所知了。在现在的总参谋部和大明的军中将领来看，孙传庭不过是一个得到了皇帝欢心的文官，所以才让他越过了茅元仪和袁崇焕，成为了总参谋部的第一人。
由是，孙传庭在军中的声望远不及袁崇焕和茅元仪，越是远离京城的军队，背后越是不怎么敬畏孙传庭。在这样的局面下，刚接任参谋总长不久的孙传庭自然希望能够较为平和的处理此事，以避免地方军队中出现某些不可测度的变化。
但是崇祯既然在他面前已经下了这样坚定的决心，他自然也就把那点怀柔的心思丢在了一边。不过虽然已经和皇帝进行了彻底的沟通，孙传庭却也没有就此告退，而是站在原地犹豫了一会。
发觉了孙传庭的小动作之后，朱由检不由抬头问道：“卿可还有什么事想要同朕说吗？”
孙传庭马上顺着皇帝的询问说道：“臣的确还有一件事要想陛下汇报，在臣派人前往各灾区进行调查时，还发现了这样一些问题。
各地的守备部队受命封锁灾区各交通要道，前期灾情较轻时灾区的秩序还算稳定。但是后期随着灾情的不断加重，许多灾民被封锁在家乡，实在是饿的受不了，因此就出现了整村整乡冲击路卡的行动。
在这样的冲击路卡过程中，有些军官和士兵选择了放弃自己的责任，任由这些灾民通过了自己把守的路卡。现在这些军官和士兵被认为是违背了军令，擅自放弃了自己的职责，因此军事法庭准备对他们进行审判。
而另外一些军官和士兵则选择了向冲击路卡的灾民开枪，虽然他们阻止了灾民冲过自己守备的路卡，但是现在则被地方上视为屠杀良民的凶手，地方百姓要求军队处置这些杀人凶手，有一些下令开枪的军官因为难以承受这样的压力，甚至选择了自杀。
现在这些案子也送到了总参谋部，也有许多人为他们说清，或是向总参谋部进行控诉，臣希望，陛下能够给出一个指导意见。”
听完了孙传庭的汇报，朱由检把送到嘴边的茶盏又慢慢放回了桌面上，他默默的沉思了许久，方才叹息了一声说道：“不管是放人还是开枪，皆是事出有因。说到底，造成如今这种局面的，难道不是治理这个国家的人出了问题吗？如果要追究他们的责任，那么谁来追究我们的责任呢？我无法给你出什么指导意见，你回去后和众人商议后出一个方案给我吧…”
孙传庭一时也是无以应对，过了好一会才反应了过来，向崇祯请示告退，颇为沮丧的转身离去了。