正在嘉乐殿旁听海商代表会议的朱由检，听了王承恩传来的消息之后，只是若无其事的在他耳边说了几句，就坐回去继续认真听着会议的讨论了。
王承恩看着朱由检的侧脸，稍稍犹豫了一会，还是退了出去。在殿外的五龙亭，王承恩亲自召来了田尔耕，对他传达了皇帝的命令。
田尔耕带着大队锦衣卫直接冲进了兵部大院，王在晋听到消息后顿时匆匆走了出来，拦在了田尔耕面前。
“田尔耕你想干什么？这兵部正堂你也想乱来不成？”王在晋有些被激怒的说道。
“下官正想要去向大人请示呢。”田尔耕说着便回头对着属下喊道：“还愣着干嘛？还不把东西拿上来。”
随着田尔耕的喊声，几名锦衣卫拿着几把刀枪和甲衣走了上来。
看着锦衣卫拿着一些军器站在自己面前，王在晋和他身后的属官们有些愕然。
田尔耕并没有给他们思索的时间，继续说道：“这是平息闻香教叛乱时，官军从奸民手中收缴的兵器，尚书大人和各位官员可以看看。”
王在晋还没有反应过来，侍郎李精白已经上前细细观察了一遍，“这些都是官造武器，奸民手中如何会有这等武器。”
田尔耕立刻接着话说道：“是啊，陛下也觉得奇怪，所以刚刚让五军都督府经历司过来接管武库，想要好好查查武库里的军械数目。
没想到兵部有人居然跳出来阻止武库交接，陛下就让下官来问问，这兵部武库到底是大明的兵部武库，还是闻香教的兵部武库？”
王在晋一口气被憋了回去，他干脆一甩袖子就这么返回自己的房间去了。
随着王在晋的离开，兵部各处的官员也默默散去了。看到没人再阻拦自己之后，田尔耕笑了笑，指挥着锦衣卫直接向武库清吏司冲了进去。
当朱由检拿到了田尔耕对武库清吏司上下官吏审讯后的口供之后，只是稍稍翻了翻就放下了，他对着田尔耕问道：“他们愿意退赔多少？”
田尔耕迟疑了下说道：“陛下，武库的账册在我们手中，武库也已经被下臣查封了，现在可以说是证据确凿，只要明正典型，这些官吏的家产都将为陛下所有，何必要和他们谈退赔呢？”
朱由检没好气的问道：“把武库上下的人都抓起来，你去替朕管理武库吗？兵部武库管理着天下各卫的武器装备情况，你以为随便派个人看看账册，就能明白这些卫所的武器装备情况，和哪些军队要优先补充军械吗？”
田尔耕顿时不说话了，兵部武库那些堆了几间房子的账册，想要清理出天下各卫的武器补充状况，没有3-5个月估计是明白不了的。
“就从皇兄登基那天开始计算，到今日为止武库亏空的数目，让他们各自平摊个数目出来。完全退赔的人员，在档案中只做记录不做处罚；
退赔九成以上的，降官一级；退赔八成以上的，除降官之外，三年内不许提拔；退赔七成的，降官两级，三年内不得提拔；退赔七成以下的，交付有司问罪。”朱由检想了想，对着田尔耕就此说道。
田尔耕全神贯注的听着崇祯的决定时，王承恩悄悄的走到崇祯身边说道：“陛下，首辅黄立极及兵部尚书王在晋求见。”
朱由检点了点头，口中继续说道：“好了，你尽快回去了结此案，让五军都督府经历司尽快接手武库的工作。”
当黄立极、王在晋在吕琦带领下走到上书房门口时，正好看到田尔耕从房间内退出来。
黄立极心中暗叫不妙，难道陈国器这些官员这么快就向锦衣卫招供了，他心中顿时有些不安了起来。
黄立极、王在晋进了房间后，向崇祯大礼参拜。朱由检虚抬左手说道：“两位起来说话吧，赐座。”
黄立极不待坐稳，就急急向崇祯拱手说道：“陛下，臣此来有个不情之请，请陛下千万应允。”
“奥，黄先生有什么要求就直说好了，朕洗耳恭听。给两卿赐茶。”朱由检漫不经心的说道。
“陛下，武库弊案一事牵连太多，如今不仅是兵部，就是工部、户部相关人员都是惶惶不安，无心部务。臣希望陛下能够应允，此案到此为止，不要再继续扩大了。”黄立极急急的说道。
“就这些，没有其他要求了吗？”朱由检喝着茶口气温和的说道。
崇祯变得如此好说话，让黄立极不由大着胆子说道：“如果可以，还请陛下放过武库清吏司的官员。这些官员任职最长的也就三年，可是武库亏空都能追溯到万历十几年，臣以为让他们来负责，未免有些不太公平。”
朱由检笑了笑说道：“黄先生，我们先不谈如何处理武库的事，这事先放放。我们先说说这个武库账目的问题，根据锦衣卫调来的几位账房查证的结果，武库的账目就是一笔糊涂账。
朕想了想，既然兵部武库账目有问题。六部之中和财务、仓库相关的账目难道会没有问题吗？”
朱由检的问话顿时让黄立极有些难以回答，他张了张嘴，最后才含糊的说道：“或许有吧。”
“朕虽然知道民间有谚语曰：不聋不哑，不做家翁。但是朕作为大明的天子，总得知道这大明的家底还剩下多少吧？朕总不能这边从小民口中夺食，然后转身就填进那些贪官污吏的无底洞里去吧？”朱由检微微嘲讽的说道。
黄立极顿时有些坐卧不安，他扭捏了一阵才说道：“那么陛下的意思，是要查账吗？”
朱由检脸色不变得说道：“先让各部自查，十天后，内阁选一名大学士领头，户部、都察院、刑部组织人手对各部进行查账，只查三年内的账目。”
听了崇祯的话后，黄立极和王在晋都松了口气。没有锦衣卫参与，那么这次查账倒不会弄的不可收拾的地步了。
朱由检继续补充了一句，“查完账目之后，六部所有账册文件都交给翰林院派人掌管整理。王承恩，让人把重华宫收拾几间房子出来，用来堆放整理这些账册文件，名字就叫中央档案馆。
今后六部除了未完成的工程项目账册，上一年度的账册都必须缴入档案馆进行收藏。想要调阅账册资料的，各自向各部主官进行申请。”
黄立极对此毫无异议，立刻满口答应了崇祯。王在晋倒是想到了什么，但是当着皇帝面也不能出声阻止。
见到黄立极对收缴六部档案没有意见，朱由检不由放下了心来，于是随口说道：“兵部武库一案，朕不准备大张旗鼓。朕已经吩咐过田尔耕放宽处置了，黄先生不必担忧了。”
三人接下去又稍稍交流了一会，朱由检便示意两人可以退去了。王在晋起身时，才想起一件事，赶紧对着崇祯说道：“天津巡抚黄运泰派人送来几位番人，说是和此前上京的荷兰番人是一起的，臣想请问陛下，这些人应该如何处置？”
“他们现在在那里呢？”朱由检有些好奇了起来，这些自称比尔同伴的是什么人了。
“臣把他们安置在了澄清坊大街东的北会同馆，并安排了一队兵丁进行保卫。”王在晋简单的说道。
“做的很好，朕会安排锦衣卫接手的。”朱由检对王在晋点了点头说道。
看着两名大臣离开之后，朱由检顿时叫来了卢九德吩咐道：“你让连善祥安排一队人手，去会同馆接手黄运泰送来的番人的护卫工作。另外让许心素去看看，这些是什么人，来北京想要做什么…”
走出宫门之后，随着引路小太监的离去，王在晋才对着黄立极埋怨道：“黄阁老，你怎么可以答应陛下，把六部账册资料都交出去的？”
黄立极有些摸不着头脑的说道：“陛下说的不是很在理吗？这是防止官员更替之后，胥吏篡改旧册资料啊？”
王在晋有些无语的看着，这位没有经历过地方官的首辅，不得不小声说道：“每年各部经手的项目，都有些亏空或是结余，都要进行冲销抵账。现在往年账目收缴了上去，若是有心人拿往年账目进行对比，今后各部账目岂不难做了？”
黄立极有些不耐烦了，不过他嘴上还是说道：“不至于吧？我当年在礼部任职的时候，似乎从来没遇到过这个问题。”
“这个兵部、工部、户部原本就和其他三部不同，关于钱粮的事项繁多，因此…”
黄立极顿时摆手说道：“明初啊，你不要老想着自己的兵部的事，你也得替内阁想想。陛下刚刚说的话，有一句话老夫是很赞成的，作为一家的主事者，怎么能连自己的家底都不清楚呢？”
黄立极教训了王在晋几句就离去了，丢下了有些不知所措的兵部尚书。
王在晋细细想了想，才发觉作为内阁首辅的黄立极，改制后不在是协助皇帝管理六部的身份，而是直接作为吏、户、工、礼四部的领导者了。
所以任何增强对于六部管理的举措，实质上也等于是在加强内阁对于四部的领导权力，难怪黄立极不愿意接受自己的理由了。