虽然努尔哈赤先后统一苏克素浒河部、董鄂部和哲陈部，但起兵已经三年，仇人尼堪外兰尚未擒获，埋藏在心底的隐恨并未消除。一股复仇的烈火在他胸中燃烧着。擒斩尼堪外兰，洗雪父祖之仇，成为努尔哈赤下一个奋斗目标。
万历十四年（1586）七月，努尔哈赤率兵征讨尼堪外兰驻地鹅尔浑城。先是，万历十一年（1583）五月，努尔哈赤攻克图伦城时，尼堪外兰逃往甲版城。同年秋，尼堪外兰又携妻子、近属及部众等，从甲版徙至鹅尔浑，并筑城驻居。鹅尔浑城在浑河北岸，属浑河部，距明边较图伦为近，易受明军庇护。努尔哈赤心急如焚，星夜兼驰，率兵往攻鹅尔浑城。努尔哈赤兵到径攻，城攻陷后，因尼堪外兰外出而没有索获。努尔哈赤登城遥望，见城外逃遁的四十余人中，为首一人头戴毡帽，身穿青绵甲，疑为尼堪外兰。他下城纵骥，眼冒仇火，单骑直入，身陷重围。他被乱矢中胸贯肩，受创三十余处，仍奋死力战，射死八人，斩杀一人。他在余敌溃散后，返回鹅尔浑城。
回到鹅尔浑城以后，当努尔哈赤得知尼堪外兰被明军保护起来的消息时，愤怒的乌云遮住了理智之光。努尔哈赤因仇恨而失去理智，杀死城内十九名汉人，对捉住的六名中箭汉人，把箭镞重新插入伤口，让他们带箭去向明朝边吏传信，索要尼堪外兰。明朝见努尔哈赤势力日渐强大，留着尼堪外兰这个傀儡已成赘疣，就决定抛弃他。于是努尔哈赤派斋萨率四十人去索要尼堪外兰。斋萨斩杀尼堪外兰，向努尔哈赤跪献其首级。
努尔哈赤从攻尼堪外兰、克图伦城，开始了统一建州女真的战争。尼堪外兰被斩首标志着他统一建州女真的战争，已经取得决定性的胜利。
万历十五年（1587）六月，他征哲陈，克山寨，获寨主阿尔泰并斩之。翌年九月，他又克完颜（王甲）城，斩城主戴度墨主尔根，灭完颜部。这样，努尔哈赤历时五年，先后并取苏克素浒河部、董鄂部、浑河部、哲陈部和完颜部，重新整合建州女真本部，到万历二十一年（1593），又先后夺取长白山三部——鸭绿江部、朱舍里部和讷殷部。至此，明建州左卫都督佥事努尔哈赤，在十年之间，将蜂起称雄的“各部环满洲而居者，皆为削平”（《清太祖武皇帝实录》第1卷），使整个建州女真重新整合归一。