努尔哈赤的二世祖是董山。在猛哥帖木儿及权豆被杀，董山被掳，栅舍被焚的翌年，凡察到北京“朝贡”。明朝对猛哥帖木儿、凡察兄弟，在斡木河事件中忠于朝廷的壮举，给予肯定，并予升奖。猛哥帖木儿既已罹难，就封升凡察为都督佥事。
在斡木河之变中，建州左卫的卫印“失落”，朝廷重颁发建州左卫新印。于是，凡察继猛哥帖木儿之后，成为建州左卫的掌印首领。然而，董山被掳后不久，得到毛怜卫指挥哈儿秃赎回。董山等被赎回后，家寨破败，难以生存，便投靠凡察。董山和凡察因在斡木河不得安稳，十分艰难，奏请迁往辽东，与“李满住（阿哈出之孙）一处住坐”。
先是，永乐二十一年（1423），李满住因避兵乱，奏请移到婆猪江（即佟家江，今辽宁省桓仁满族自治县浑江地面）一带居住，得到明廷准许。翌年，建州卫都督李满住率领四百余户移往婆猪江瓮村等处居住。宣德八年（1433）六月，李满住因遭朝鲜侵袭，由瓮村迁到兀敕山北的吾弥府（今辽宁省桓仁县古城子）。正统三年（1438）初，李满住又率部迁徙到浑河上游，“浑河水草便利，不近边城，可令居住”（《明英宗实录》第43卷）。六月再移住灶突山（今辽宁省新宾县永陵镇烟筒山），随之而来的还有他的叔父猛哥不花领有的毛怜卫。
正统五年（1440）六月，董山和凡察经明廷允准，率所部三百余户，历尽曲折，冲破阻挠，迁到浑河支流苏克素浒（苏子河）一带，与李满住合住在一起。董山和凡察迁居辽东婆猪江、苏克素浒河地域表明，建州女真经过半个世纪的离合辗转，又重新聚集在一处。这片群山环绕的苏克素浒河谷地域，后来成为努尔哈赤崛起的基地。
凡察、董山迁到辽东苏克素浒河地域后，凡察手中有建州左卫的新印，而董山手中有明廷给其父猛哥帖木儿的旧印，叔侄之间，一卫二印，便发生了“卫印之争”。
董山是猛哥帖木儿的次子。他迁往苏克素浒河时二十二岁，体格魁伟，仪表威严，所属部众，心多倾附。一卫新旧两印，叔侄纷争不已。《明英宗实录》记载：
往闻猛哥帖木儿为七姓野人戕害，掠去原降印信。宣德年间又复颁降，令凡察掌之。前董山来朝云，“旧印已获”。近凡察来朝又奏，“欲留新印”。一卫二印，于法非宜。
凡察的新印既不愿交，董山的旧印也不想交。正统七年（1442）二月，凡察和董山到京朝贡，朝廷作出解决“叔侄争印”的新决策。《明英宗实录》记载：
分建州左卫，设建州右卫，升都督佥事董山为都督同知，掌左卫事，都督佥事凡察为都督同知，掌右卫事。董山收掌旧印，凡察给新印收掌，并升建州左卫指挥使。
正统七年（1442），明政府分建州左卫为二，增设建州右卫，董山领建州左卫事，凡察掌建州右卫事。从此，建州女真分为建州卫、建州左卫和建州右卫，史称“建州三卫”。时掌建州卫印的李满住，娶权豆（董山之兄）的孀妇为妻；掌建州左卫印的董山，又求娶李满住之女为妻。而建州右卫印信，则归董山之叔凡察收掌。因此，虽有建州三卫之名，实际上他们却居住一处，同族联姻，都是明政府辖治下的建州女真部。建州三卫后来成为满洲形成的核心，也是努尔哈赤崛起的大本营。
董山迁往苏克素浒河三卫合住后，官至右都督，势力复大振。他乘建州卫指挥使李满住年迈之机，起而兼管三卫，颇有统一建州女真之势。但是，明朝中期，国力强盛，明廷在加强对女真等族管辖的同时，又实行民族分裂和民族歧视的政策。就是使其“各有雄长，不使归一”（《杨宗伯奏疏》第1卷，《明经世文编》），彼此掣肘，尔争我杀。这种“分其枝，离其势，互令争长仇杀，以贻中国之安”（董其昌辑：《神庙留中奏疏汇要》明钞本，第1卷）的政策，是明朝统治者对女真族的传统政策。同时，明辽东镇守太监、总兵官等，常对女真抚安无方，横加勒索，滥杀贡使，“启衅冒功”（王世贞：《弇山堂别集》第99卷），这就激起女真首领的不满，以“寇掠”相报复。明廷则派兵攻杀，朝鲜也相呼应。仅建州女真迁居辽东的半个世纪间，先后受到朝鲜三次（其中一次与明朝合军）、明军三次袭创。其中最为惨重的是继宣德八年（1433）猛哥帖木儿蒙难后，成化三年（1467）董山再度蒙难。
事难发生在明成化三年（1467），即丁亥年，故又称成化丁亥之难。先是，董山等女真贵族借口反对明朝政府的压迫，不时出兵辽东地区“犯抢”，掠夺耕牛、马匹、衣物和人口，给辽东人民带来灾难。明廷的一份咨文中称：“建州三卫女直，结构诸夷，悖逆天道，累犯辽东边境，致廑圣虑，特命当职等统调大军，捣其巢穴，绝其种类。”（朝鲜《李朝世祖大王实录》第43卷）成化三年（1467），建州左卫都督同知董山，入京朝贡，返程被执，羁之广宁（今辽宁北宁）。同年九月，明军会同朝鲜军，合攻建州，董山被杀于广宁羁所。
是役，据明军左哨和右哨的奏报，两哨共斩首六百八十一，擒获九十四，俘获一百五十一，夺回被掳男妇一千一百六十五人，总计两千零九十一人。明武靖侯赵辅在《平夷赋并序》中，详述了对建州女真之凶狠残暴、餮饕酷烈：
神枪发而火雷迅击，信炮举而山岳震摇。尽虏酋之所有，罔一夷而见逃。剖其心而碎其脑，粉其骨而涂其膏。强壮尽戮，老稚尽俘。若土崩而烬灭，犹瓦解而冰消。空其藏而潴（zhū）其宅，杜其穴而火其巢。（赵辅：《平夷赋并序》，《全辽志》第6卷）
朝鲜军得胜之后，关于大将康纯与国王李瑈（róu）有一段记载。康纯令砍斫大树，剥去树皮，露出白木，大字书曰：
朝鲜大将康纯领精兵一万，攻建州！
朝鲜国王李瑈的态度，《李朝实录》载：
世祖对康纯曰：“攻”字未快，“灭”字最好！（朝鲜《李朝世祖大王实录》第44卷）
建州女真受到明军和朝鲜军的双重攻剿，遭受巨大灾难，栅舍被焚烧，部民被杀俘，粮食遭烧掠，首领遭斩杀，焚荡殆尽，部落残破，罹难空前，无法统一。
努尔哈赤的三世祖为锡宝齐篇古。董山有三子：长妥罗（脱罗），次妥义谟，次锡宝齐篇古。董山于成化三年丁亥之难死后，妥罗继父为建州左卫都指挥同知。此事，《明宪宗实录》记载：
脱罗等乃叛逆遗孽，法当诛夷，然既听其悔过来朝，待以不死矣，予夺之宜，惟圣明裁处。上曰：虏酋背负恩义，罪当族灭，今首恶已诛，余皆悔过向化，朕体上天好生之德，悉加宽宥。脱罗等既众人奏保，其授（脱）罗都指挥同知，完者秃都指挥佥事，令统束本卫人民，依前朝贡，再犯不贷。（《明宪宗实录》第69卷）
妥罗任职于建州左卫，主要在成化和弘治两朝。弘治中，妥罗晋为一品都督。在成化朝，查《明宪宗实录》，有九处记载妥罗之事，其中记载妥罗七次到北京朝贡。在弘治朝，查《明孝宗实录》，妥罗曾五次入京朝贡。妥罗执掌建州左卫印时，建州女真又一次遭逢大难，是为成化己亥之难。事变经过，简述如下：
对建州三卫是剿是抚，庙堂之上，意见不一。大太监汪直、辽东巡抚陈钺等主剿。陈钺奏：“宜复调军，捣其巢穴，以除边患。”事下廷议，兵部尚书余子俊等主抚。主战派的意见，最终得到成化帝的谕准。明成化十五年（1479）十月丁亥（初五日），明廷命太监汪直监督军务，抚宁侯朱永佩靖虏将军印、为总兵官，后命陈钺以巡抚辽东、右副都御史参赞军务，统帅大军，征剿建州，攻其不备，捣其巢穴。同月丙申（十四日），命朝鲜国王李娎（xiē）出兵，配合明军，夹击建州。
这场征讨建州女真之役，自十月丁亥（初五日）命将出征，中经闰十月，到十一月丁未（二十六日），其结局，《明宪宗实录》载抚宁侯朱永等奏报：
建州贼巢，在万山中，山林高峻，道路险狭，臣等分为五路，出抚顺关，半月抵其境。贼据险迎敌，官军四面夹攻，且发轻骑，焚其巢穴，贼大败，擒斩六百九十五级，俘获四百八十六人，破四百五十余寨，获牛马千余，盔甲、军器无算。（《明宪宗实录》第197卷）
成化己亥之难在建州女真史上，是继宣德癸丑之难（斡木河之难）、成化丁亥之难后，建州女真受到的再一次极沉重的打击。因其部受明军“获其部属头畜，焚其庐舍积聚”（《明宪宗实录》第50卷），遭到惨烈重创，元气一时难复。妥罗又软弱柔顺，建州女真仍处于分裂状态。正德元年（1506），妥罗死去。明廷以妥罗之子脱原保袭其父职。建州左卫指挥使脱原保，在正德朝，查《明武宗实录》记载，曾先后六次入京“朝贡”。他曾于嘉靖二年（1523），最后一次进京“朝贡”，仍同明朝保持密切的关系。妥罗的三弟锡宝齐篇古，其事迹不详于文献记载。锡宝齐篇古只有一子，名叫福满。
努尔哈赤的曾祖是福满，后来清朝尊他为兴祖直皇帝。福满有六子：长德世库，居觉尔察地；次刘阐，居阿哈河洛地；三索长阿，居河洛噶善地；四觉昌安（叫场），居赫图阿拉地；五包朗阿，居尼麻喇地；六宝实，居章甲地。六人各筑城分居。而赫图阿拉城，与五城相距，近者五里，远者二十里。福满六子，环卫而居，彼此护卫，声息相通。福满的六子，后称为宁古塔贝勒。“宁古塔”是满语ningguta的对音，意为六；“贝勒”是满语beile的对音，初意为“大人”、“首长”，为女真贵族之称号。崇德元年（1636）定封爵，贝勒在亲王、郡王之下。福满诸子孙聚族分居，耕田采猎，牧放孳息，在苏克素浒河地域是一个稍有势力的大宗族。
努尔哈赤的祖父是觉昌安，后来清朝尊他为景祖翼皇帝。觉昌安继承先业，居住在赫图阿拉。“赫图”是满语hetu的对音，意为横；“阿拉”是满语ala的对音，意为岗。赫图阿拉意为横岗，在今辽宁省抚顺市新宾满族自治县永陵镇赫图阿拉村。天聪八年（1634），皇太极谕定：“赫图阿喇城，曰天眷兴京。”（《清太宗文皇帝实录》第18卷）从此，赫图阿拉城称为兴京。觉昌安家族在苏克素浒河谷地带，耕田种粮，纺织麻布，并到抚顺马市贸易。
觉昌安“有才智”（《清太祖武皇帝实录》第1卷），在族中享有威望，与明辽东总兵官李成梁关系密切。他利用家族的优势，逐步扩大势力范围。其时，近地部落有硕色纳和加虎两个强族：
是时，近地部落中，有名硕色纳者，生子九，俱强悍；又有名加虎者，生子七，俱轻捷多力，尝身披铠甲，连跃九牛。二族恃其强，侵凌诸路。（《清太祖努尔哈赤实录》第1卷）
觉昌安不畏强族，凭借智勇，率领宁古塔兄弟及子侄，前往征战硕色纳和加虎：
破硕色纳子九人，灭加虎子七人，尽收五岭迤东，苏克苏浒河迤西，二百里内诸部，六贝勒由此强盛。（《清太祖高皇帝实录》第1卷）
觉昌安族盛势众，颇孚众望。他有五子：长礼敦，次额尔衮，三界堪，四塔克世（他失），五塔察篇古。觉昌安的第四子塔克世，是努尔哈赤之父，后被清朝尊为显祖宣皇帝。
努尔哈赤的先世，从猛哥帖木儿，中经董山、锡宝齐篇古、福满、觉昌安，至塔克世，凡六代，历时二百年，由斡朵里，经斡木河，到凤州，再到斡木河，又迁婆猪江，复迁于苏克素浒河谷，屡经周折，历尽艰难，几分几合，数盛数衰，最后定居在赫图阿拉。这里的自然条件和地理位置，比海西女真和黑龙江女真居住的地区更为优越。兹举四点，以偏概全。
第一，位置适中。建州女真就地理区位而言，既不像海西女真同明朝辽东那么近，也不像黑龙江女真同明朝辽东那么远；因为太近不易发展，稍有异常，就遭攻剿；因为太远，集结力量，难以形成。
第二，资源丰富。有山有水，有丘陵有平原，可耕可猎，可捕鱼可采集，这就为努尔哈赤兴起提供了一个难得的独立发展的基地。
第三，可攻可守。这里既开阔，又封闭，进可攻，退可守。努尔哈赤之所以坐大而不被明朝发觉，一个重要原因是得益于封闭；萨尔浒大战后金胜利的一个重要原因，则是得益于地利。
第四，处于夹缝。赫图阿拉位于山区与平原、农耕与森林、汉族与满族、明朝与朝鲜之间，努尔哈赤在夹缝中曲折发展，逐步前进，成了气候。
总之，建州女真在女真三大部中，“居中雄长，地最要害”（黄道周《博物典汇·四夷附奴酋》第20卷）。它比邻抚顺，接近汉族聚居地区，便于和汉族互市通商，输进铁制农具、耕牛和先进生产技术，加快了本部经济发展的步伐。女真社会经济的发展，“贡市”和“马市”贸易的扩大，各部经济联系的加强，到十六世纪末和十七世纪上半叶，出现各部统一与社会变革的趋势。建州女真由于历史与地理、经济与文化、军事与政治、社会与民族、首领与部民的条件，并巧借明朝衰落、蒙古分裂、朝鲜势弱，以及海西女真诸部争雄而未能形成合力，就成为女真各部统一与社会改革的核心。建州左卫指挥使世家出身的努尔哈赤，凭借时代机遇，得益地理优势，组织部民力量，使用巧妙策略，施展个人魅力，跨入女真各部统一与社会改革的历史之门，而成为大清帝国的奠基人和开创者。