这些超自然的成就大多是无法证实的，因此，我们只能认为瑜伽行者将禅定中产生的幻觉视为真实。但《瑜伽经》中论列的其他有些成就，并不完全是超自然的。例如，通过禅定获得有关宇宙、星系和人体的知识，抑止饥渴，寂然不动，获得超常的听觉、触觉、视觉、味觉和嗅觉。禅定作为一种古老的实践，确实具有开发人的智能和体能的作用。
就佛教神通而言，神变通是超自然的神通。觉音在《清净道论》中，将神变通分成十种：决意神变、变化神变、意所成神变、智遍满神变、定遍满神变、圣神变、业报生神变、具福神变、咒术所成神变和彼彼处正加行缘成神变。[3]这些神变基本上是出于对意念力量的夸张。上引《长尼迦耶》第2《沙门果经》描述的神变通即属于决意神变。龙树《大智度论》(鸠摩罗什译)将如意通(即神变通)分为三种——能到、转变和圣如意。能到(即决意神变)有四种：“一者身能飞行，如鸟无碍；二者移远令近，不往而到；三者此没彼出；四者一念能至。”转变(即变化神通)“大能作小，小能作大；一能作多，多能作一；种种诸物皆能转变”。圣如意(即圣神通)“外六尘中，不可爱不净物能观令净，可爱净物能观令不净”。这三种如意通中，前两种是超自然神通，而第三种圣如意应该说凭主观意念可以办到，因为这主要是主观感受问题。
按照《清净道论》的说法，天耳通是以禅定为基础，由粗至细，由近及远，修炼听力。但听力远及梵天界，则是超自然的。即使如《中尼迦耶》第75《摩犍提经》描绘的那样，佛陀在远处林中听到婆罗门跋罗德婆阇和苦行者摩犍提在屋内的谈话，也是超自然的。同样，天眼通是通过修习禅定，尤其是十遍处中的火遍、白遍和光明遍，以至能看见体内、心内、地下和墙外的一切事物。或如《大智度论》所说：“天眼所见，自地及下地六道中众生诸物，若近若远若粗若细诸色，无不能照。”而他心通是以天眼通为前提的，即凭天眼看见他人心脏的血色，由血色得知他人的心境。一旦他心智的能力获得强化，则无须观察他人心脏的血色，就能得知他人的心思。宿命通也是以禅定为基础，回忆过去的事情，依次由一日、二日、三日、一月、一年、十年、二十年、数十年、一生、二生、三生、无数生。但由于前生本身无法证实，这种宿命通更具有幻想的性质。
从巴利语三藏看，佛陀本人是肯定神通的。佛经中也有许多关于佛陀具有神通的描述。《中尼迦耶》第26《圣求经》[4]记载佛陀在菩提树下得道后，凭天眼通得知以前与他共同修炼苦行的憍陈如等五人在波罗奈鹿野苑，便前往那里“初******”。佛陀经常讲述自己和别人的前生故事，这便是宿命通。《上座尼伽他》中描写一个名叫苏芭的比丘尼，路遇男子求欢。为断绝男子****，她抠出自己的眼睛。后来，佛陀施展神变通，让她双眼复明。
但是，佛经中也有一些记载表明佛陀反对滥用神通。据律藏《小品》记载，在王舍城，有位富翁将一只檀香木钵搁在竹竿顶端，说谁能取下就给谁。外道师富兰那迦叶和末伽梨拘舍罗都无法取下。随后，比丘宾陀罗跋罗德婆阇来到。他施展神通，升空取下檀香木钵。佛陀得知此事后，责备宾陀罗跋罗德婆阇不该滥用神通。他说，为了一只木钵施展神通，就如妓女为了一点儿小钱展露肉体。
《长尼迦耶》第11《坚固经》[5]讲述佛陀住在那烂陀的波婆利迦林中的时候，一个名叫坚固的青年家主，再三请求佛陀让众比丘显示神通，以增进那烂陀居民对佛陀的信仰。于是，佛陀向他解释说，如果让比丘显示神变通，信徒目睹后会告诉非信徒，而非信徒听后，会说那不过是“犍陀罗咒术”(gandhārī、vijjā)；如果让比丘显示他心通，信徒目睹后会告诉非信徒，而非信徒听后会说那不过是“摩尼珠咒术”(maikavijjā)。因此，佛陀说：“坚固啊！正因为我看到施展神变通(或他心通)的缺陷，我对此感到忧虑、厌烦和羞耻。”[6]显然，佛陀不愿意将自己的学说混同于咒术或幻术。
在这部经中，佛陀还对坚固说，有个比丘想要寻求“地、水、火、风四大由何而灭”的答案。他沉思入定，到达天国，逐一询问四大天王、帝释天、焰摩天、兜率天直至大梵天，谁都回答不出。最后，这个比丘回到佛陀那里，佛陀为他说法，给了他答案：“识灭四大灭。”这说明具有神通并不等于获得佛法智慧。
在《长尼迦耶》第6《摩诃梨经》中，佛陀向摩诃梨解释，见到天神形体和听到天神声音是修禅入定的结果。摩诃梨问道：“那么，众比丘跟随世尊修习梵行是为了修禅入定吗？”佛陀回答说：“众比丘跟随我修习梵行不是为了修禅入定，而是为了获得更高更妙之法。”也就是获得预流果、一来果、不还果和阿罗汉果，达到涅槃。[7]
《杂尼迦耶》第12《因缘集》中还说明神通并非解脱的必备条件。游方僧苏希摩加入比丘僧团后，发现那些获得阿罗汉果位的比丘并不具有神通。那些比丘回答他说：“我们是依靠智慧(paā，般若)获得解脱的。”于是，苏希摩询问佛陀，佛陀向他证实那些比丘说的是实话。[8]
在《中尼迦耶》第70《积吒山邑经》[9]中，佛陀将比丘分成七种：俱解脱、慧解脱、身证、见到、信解脱、法行和信行。前两种达到阿罗汉果位(“不行无放逸”)，后五种尚未达到阿罗汉果位，还要继续修行(“行无放逸”)。而同样获得阿罗汉果位，俱解脱和慧解脱的区别在于有无神通。俱解脱者“亲身接触超越‘色’而‘无色’的寂静解脱(僧伽提婆译为‘八解脱身触成就游’)，以智慧看见诸漏已尽”。慧解脱者则“没有亲身接触超越‘色’而‘无色’的寂静解脱(僧伽提婆译为‘八解脱身不触成就游’)，以智慧看见诸漏已尽”。[10]
在《杂尼迦耶》第8《婆耆沙集》中，佛陀还提到他的五百阿罗汉弟子中，“六十位具有三明，六十位具有六神通，六十位是俱解脱者，其余都是慧解脱者”。所谓“三明”(tevijja)，即宿命通、天眼通和漏尽通。也就是说，五百弟子中，一百八十位具有神通，三百二十位不具有神通。而佛陀说这五百弟子在身和言两方面，都是无可指责的。[11]
显然，神通含有超自然的体能，佛陀并不要求弟子个个具备。这正如现代发现的人体特异功能是稀有现象而非普遍现象。然而，在印度佛教中，对于神通还是十分推崇的。这在印度古代宗教文化背景下，也是不可避免的。面对强大的婆罗门教神话传统，佛教适当宣扬神通，也是顺应当时民众的思维和信仰习惯。借用《大智度论》中的说法：“为众生取神通，现诸希有奇特之事，令众生心清净。何以故，若无希有事，不能令多众生得度。”这样，佛教将禅定开发的超常智能和体能，或获得的幻觉，加以夸大和神化，总结为五神通或六神通。
正像印度古人善于将历史事实神话化，后人无法将神话视为历史，佛教将超常智能和体能神话化，后人也无法将神话化的神通简单地视为人体特异功能。现存佛经中记载的神通，大多只能作为佛教神话传说看待。这里略举几则著名的神通故事。
《杂尼迦耶》第41《质多集》中讲述一位名叫质多的家主，招待众比丘吃饭。饭后，他送众比丘回住地。这时，天气闷热。其中一位名叫摩诃迦的比丘，征得为首比丘同意，施展神通，令天空起风降雨。质多惊奇不已，跟随摩诃迦到达住地，请求他演示神通。于是，摩诃迦请质多将外衣铺在走廊上，在外衣上撒一些草。然后，摩诃迦进入自己房间，关上房门。他施展神通，火焰蹿出房门锁眼，焚草成灰而不损毁外衣。质多为之折服，表示要尽力供养摩诃迦。而摩诃迦显然认为不能以神通求利养，随即收拾衣钵，前往别处。[12]
《本生经》第4则《小商主本生》的今生故事讲述比丘大路获得阿罗汉果位后，吸收弟弟小路加入僧团。而小路生性愚钝，不会记诵偈颂。大路将他逐出僧团。佛陀凭天眼得知此事，将小路带回，交给小路一块白布，说道：“你面朝东方，手捏白布，反复念诵‘去污，去污’。”然后，佛陀和众比丘前往居士耆婆家应供。而小路不断捏布念诵，白布变黑，由此领悟“诸行无常”。此时，佛陀在耆婆家运用分身术，前去为小路说法。小路获得四无碍智，成为阿罗汉。当耆婆请佛陀用餐时，佛陀以手遮钵，问道：“寺院里还有比丘吗？”大路回答说：“没有。”佛陀说：“还有。”于是，耆婆派侍从去寺院察看。小路借此机会展示神通，一身变成千身。侍从回去报告说寺院满是比丘。佛陀说请小路来。侍从又去寺院，但分辨不出谁是小路。最后，小路由千身变回一身。
在佛陀的弟子中，目犍连最擅长神通，享有“神通第一”的美称。《杂尼迦耶》第51《神足集》中讲述佛陀住在舍卫城东苑鹿母殿时，众比丘精神涣散，疏于修行。佛陀吩咐目犍连激励众比丘。于是，目犍连施展神通，用大脚拇指摇动鹿母殿。众比丘发现如此坚固的鹿母殿竟然剧烈摇晃，惊恐不安。然后，佛陀向众比丘说明鹿母殿摇晃的原因，勉励众比丘像目犍连那样修习四神足，灭除诸漏，获得神通和解脱。[13]同样，《中尼迦耶》第37《爱尽小经》描述目犍连施展神通，升入三十三天，用大脚拇指摇动帝释天的最胜殿，以制服帝释天的傲气。[14]
在巴利语三藏的注疏作品中，目犍连的神通愈益神话化。据《清净道论》描述，一次，佛陀率领众比丘到天上旅行。途经龙王难陀优波难陀的宫殿。龙王故意阻拦，盘绕须弥山七圈。目犍连便施展神通，隐去本形，化作大龙王，盘绕须弥山十四圈。龙王吐烟放火，目犍连也吐烟放火。但龙王的烟火不能引起目犍连热恼，目犍连的烟火能引起龙王热恼。然后，目犍连化形极小，从龙王耳、鼻、口中钻进钻出；又化作金翅鸟，追逐龙王。龙王惊骇不已，甘拜下风，皈依佛陀。[15]另据《法句经注》描述，目犍连神通广大，甚至能吞下须弥山，卷起大地，旋转大地，或将大地搁在须弥山顶。
这种神话化的神通，在现代社会自然无法令人置信。但在古代社会，神话传说并不等于迷信，因为其中含有神话思维的因素——混同想象(或幻觉)和真实，或混同本体和喻体。例如，佛陀在菩提树下修禅，降伏摩罗，达到正等觉。按照《大智度论》的描述，佛陀在降伏摩罗的那一夜之间获得六神通：“初夜时，摩王来欲与佛战。菩萨以神通种种变化，令魔兵器皆为璎珞。降魔已，续念神通，欲令具足。生心即入，便得具足神通。降魔已，自念一身云何得大力，便求宿命明，自知世世积福德力故。中夜时，魔即远去，寂寞无声。慈愍一切故，念魔众声，生天耳神通及天眼明。用是天耳闻十方五道众生苦乐声。闻声已，欲见其形而以障蔽不见故，求天眼。后夜时，既见众生形，欲知其心故，求他心智。知众生心皆欲离苦求乐，是故菩萨求漏尽神通，于诸乐中漏尽最胜，令众生得之。”佛陀以神变通降伏摩罗，自然是神话。我们可以视为佛陀在禅定中产生的幻觉，也可以视为佛陀的比喻说法。摩罗在佛教中代表恶魔。在佛经中，进攻佛陀的十支魔军名为：贪、厌、饿、渴、欲、懒、惧、疑、怒和骄；诱惑佛陀的三个魔女名为渴望、憎恨和爱欲。因此，所谓佛陀降伏摩罗，实际上是佛陀制服自身的贪、瞋和痴，达到心灵的宁静。降伏摩罗后，佛陀以宿命通回忆前生，自然也是幻觉或想象的作用。现存大量佛本生故事，实际上是采用各种民间故事作譬喻，说明业报轮回原理。天耳通、天眼通和他心通也都可以视为比喻，象征佛陀对宇宙和人生的深刻洞察力。尽管佛陀的思考方式含有神话思维，但佛陀得益于禅定，具有超常的智能，这是肯定无疑的。
佛教传入中国时，中国本土已有神仙方术，所以，也不难接受佛教的神通观念。中国历代《高僧传》的习禅篇和感通篇中，多有关于神通事迹的记载。梁释慧皎的《高僧传》论述禅定和神通，即以道家和仙术为参照系。他引用《老子》和《大智度论》，说明“四等六通，由禅而起；八除十入，藉定方成。故知禅定为用大矣哉”。而“禅用为显，属在神通。故使三千宅乎毛孔，四海结为凝酥，过石壁而无壅，擎大众而弗遗。及夫悠悠世道，碌碌仙术，尚能停波止雨，咒火烧国，正复玄高逝而更起，道法坐而从化，焉足异哉”。这里提到的玄高和道法是两位具有神通的高僧。赞宁的《宋高僧传》也沿袭了这种看法：“原夫室静生虚白，心静则神通。儒玄所能，我道奚若？引发静虑，自在现前，法不喧嚣，万缘都泯。智门开处，六通由是生焉。”赞宁还将佛法归结为信解修证：“译经传法，生信也。****习禅，悟解也。明律护法，修行也。神异感通，果证也。”