在同样秘密的情况下，大约是五年之后，第一枚原子弹终于在后来加入的奥本·海默（原子弹之父）的带领下在新墨西哥州的阿拉摩哥都保留区试爆成功。现在的问题是：这种可怕的武器是否应该用在敌国身上？1945春天，参与这项机密研究的每一位美国科学家，在想到要使用这种可怕的新武器时，总会忍不住发抖。
阿尔伯特·爱因斯坦曾宣称：“我们这一代已为这个世界带来自从史前人类发现火以来的一项最具使命性的力量。”他和另外一些科学家们要求美国向敌方提出警告。让他们知道我们已发明了一种新的秘密武器。这种武器可在无人的荒地示范爆炸，允许敌国代表参观这项试爆，使他们有所戒惧，赶快投降，以结束这场血腥的战争。
但另外许多科学家，以及杜鲁门总统和他的军事顾问，觉得这种试爆表演不足以赢得战争。对他们来说，把广岛和长崎的人口消灭或使他们受伤，然后再迫使惊慌失措的日本人投降，要比强行登陆日本，从而给双方都造成极大的伤亡，更为合乎人道。
爱因斯坦接获一份褒奖令，称他是“原子能之父”，他立即提出抗议。他声明道：“我在这方面的努力是间接的。事实上，我当初未曾想到在我这个时代将会出现原子能。我认为，原子能只会在理论上出现。结果由于在无意间发现了连锁反应，终于促使原子能的实现，这是我当初所料想不到的。这是由哈恩在柏林发现的，但他本人也未曾真正明白这项发现所具有的真正意义。结果，莱丝·梅特纳提供了正确的解释，然后逃出德国，把这项资料交到波尔手中。”
当被问到如果当初他能预测到原子弹的后果，是否还会写信给罗斯福总统时，爱因斯坦说：“如果不是德国人先行从事有关这方面的研究，我就不会采取任何行动。”
他经常谈到原子弹的威胁。如果制造原子弹的秘密公开的话，那么，在第三次世界大战中将要毁灭掉地球上三分之二的人口。爱因斯坦接着又说，这项威胁也许立即促使人类使国际事务恢复秩序，要不是为了某些恐惧感，人类是不会这样做的。
尽管爱因斯坦博士不喜欢参与公共活动，而且年纪也大了，但他仍被选为原子科学紧急委员会的主席，并继续积极参与这个活动。这个委员会募集了一百万美元的基金，推动一项教育计划，以保证“原子能将用于有益于人类的事业，而不是用于毁灭人类”。他在替杂志撰写文章、接受访问以及在电台发表演说时，总是一再要求世界和平及恢复正义。他说：“到那时候，就不会再有战争发生了。”
有人把原子弹比作潘多拉的盒子，认为会从盒子中逃出许多祸害来危害人类。然而，在未来的几年中，有关原子方面的研究也许将为人类带来幸福。
即使是在当时，医药人员已经开始赞扬原子能是治疗以前各种绝症的良方。他们认为，利用中子光束摧毁癌组织是可以办得到的；放射性碘用以治疗甲状腺肿瘤也被证明是极有效果的。科学家们已进行实验，来研究利用放射性钙来治疗骨骼的毛病。
进一步的实验证明，由于使用以前予以废弃的原子能，在营养学上可以制造出新的奇迹。热衷于原子能事业的人说，原子能的开发，不仅将使地球上的饥饿消失，也将使贫穷消失。城市里不再出现贫民区，对于能源也不须再节约。冷暖气的电量，每天只需一两分钱，煤矿将成为废墟。由于铀即将取代煤及水力，我们也许可期望出现这类奇迹：在白人至今仍无法居住的热带地区装设冷气、建立大型灌溉系统、将美国沙漠变成肥沃的花园、工业将获得重大改革，起码，工人也将获得充分的休闲时间，得以从事娱乐及自修。
爱因斯坦虽然无法看到这个“美丽新世界”的实现，但这将是他对人类热情、无私的爱心的最终目标。当俯视哈得森河的“河边教堂”落成时，这座大教堂装置了许多雕像，其中不仅有《圣经》中的人物和各个时代的圣徒，还包括了世界上最伟大的领袖及思想家。最初大家以为最好这些雕像中不要包括目前健在的人物，但当教堂落成之后，却陈列了一座爱因斯坦的雕像，与一些对人类极有贡献的人物并列在一起，像哲学家柏拉图和苏格拉底、科学家达尔文和牛顿等。教堂牧师哈里·爱默森·福斯狄克博士有一次在讲道时提到爱因斯坦，称赞这位伟大的科学家将其一生都奉献给全人类，表现了真正的宗教精神。
这种颂词令爱因斯坦相当高兴，因为他一向具有真正的宗教精神。在他的《宇宙宗教》及其他文章中，试图使读者了解他并不像许多人所想象的那么反对宗教，而是不断地追求及寻找他自己的宗教观念。
班尼斯·霍夫曼在回忆起他在普林斯顿的爱因斯坦研究室进行长时间的会议时说：“当他讨论一项理论时，他好像是要把一项仔细策划的假设抛弃掉，因为他认为太过人工化了。”“我无法接受，”爱因斯坦这么说，“上帝的工作不会那么死板。如果我是上帝，我将怎么办？”