刘秀完成了统一大业，恢复了汉室的统治。由于连年征战，使光武帝对战争产生了厌恶之心，而且他也深知天下百姓久遭战祸，财物耗尽，天下太平是众心所向。因此，在陇中蜀地（今甘肃东西及四川部分地区）平定之后，光武帝决定致力于发展社会经济，安抚周边少数民族。为了巩固新建的东汉封建政权，光武汲取历史的经验教训，先后采取了一系列加强皇权和缓和阶级矛盾的政策措施。
光武以优待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅、高官厚禄，而摘除其军政大权。光武鉴于西汉前期三公权重、权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。尚书台设尚书令一人，秩千石；尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。从此，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三（公）府”；“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。
刘秀认为“天地之性为人贵”，新莽末年，群雄并起，刘秀能使天下归心，他的人为贵思想起了不小作用。他不妄杀生灵。更始元年十月(公元23年)，他奉刘玄之命，持节巡行河北。进至邯郸时，已故赵缪王的儿子刘林劝刘秀说：“赤眉军现在河东地区，只要决开黄河大堤放水淹灌，百万之众的赤眉军就可成为水中之鱼。”刘秀没有同意，保全了百万生灵。他善待降卒。更始二年秋，刘秀军大破铜马军之后，刘秀非但没有杀投降的铜马军的一兵一卒，反倒封他们的首领为列侯。投降的人还是不放心，刘秀就命令他们各自回本营统领军队，而自己轻装简从巡行各部阵地。投降的人互相交谈：“萧王待人以诚、推心置腹，我们哪能不以死效力呢！”从此都心悦诚服了。刘秀把投降的士兵全部配给各个将领，于是部众多达几十万，所以关西一带称刘秀为“铜马帝”。他不计私怨，崇尚“人道”。更始帝刘玄曾亲自下令杀死了刘秀的大哥刘，其仇可谓大矣。可当更始帝兵败逃亡之时，他却颁布了一道令常人无法理解的诏书，诏告天下说：“更始兵败弃城逃走，妻子儿女衣不遮体，游离失所在路途。朕很怜悯他们。现封更始为淮阳王。吏民如有敢伤害他的，罪过如同大逆。”后来，刘玄被赤眉军将领谢禄绞杀。刘秀听了很悲伤，诏大司徒邓禹葬之于霸陵，同时将刘玄的三个儿子均封为侯。
建武六年（公元30年），刘秀下诏令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是“条奏并有四百余县，吏职省减，十置其一”。同时，废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方兵力又逐渐兴起。
光武继承了西汉时期独尊儒术的传统，东汉建立后，即兴建太学，设置博士，各以家法传授诸经。光武巡幸鲁地时，曾遣大司空祭祀孔子，后来又封孔子后裔孔志为褒成侯，用以表示尊孔崇儒。特别是对儒家今文学派制造的谶纬迷信更是崇拜备至。早在东汉建立之初，光武就仿照王莽、公孙述等人利用谶书作为其承受天命的依据，指使他过去的同学强华伪造了一个叫做“赤伏符”的谶语“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙在野，四七之际火为主”，表示他继承了西汉的火德，是“上当天地之心，下为元元所归”的真命天子。东汉统一全国后，更“宣布图谶于天下”，把谶纬迷信尊为“内学”，作为其维护封建统治的思想工具。在提倡儒学神学的同时，光武鉴于西汉末年一些官僚、名士醉心利禄，依附王莽，乃表彰气节，对于王莽代汉时期隐居不仕的官僚、名士加以表彰、礼聘，表扬他们忠于汉室、不仕二姓的“高风亮节”，企图养成重名节的社会风气，为巩固东汉封建统治服务。
另外，光武帝还注意民生，与民休息。自西汉后期以来，农民之沦为奴婢、刑徒者日益增多，成为西汉末年阶级矛盾日益尖锐化中的一个重要问题。王莽末年，不少的奴婢、刑徒参加起义；同时在一些割据势力的军队中也有不少的奴婢、刑徒。光武在重建刘汉封建政权中，为了瓦解敌军，壮大自己的力量，也为了安定社会秩序，缓和阶级矛盾，曾多次下诏释放奴婢，并规定凡虐待杀伤奴婢者皆处罪。诏令免奴婢为庶人的范围，主要是王莽代汉期间吏民被非法没收为奴的，或因贫困嫁妻卖子被卖为奴婢的；在王莽末年因饥荒或战乱被卖为奴婢的；在战乱中被掠为人下妻的。另外，还规定不许任意杀伤奴婢以及废除“奴婢射伤人弃市律”，说明奴婢的身份地位较之过去有所提高。同时，在省减刑罚的诏令中，还多次宣布释放刑徒，即“见徒免为庶民”。
光武鉴于西汉后期吏治败坏、官僚奢侈腐化的积弊，即位以后，注意整顿吏治，躬行节俭，奖励廉洁，选拔贤能以为地方官吏；并对地方官吏严格要求，赏罚从严。因而经过整顿之后，官场风气为之一变。故《后汉书·循吏传》有“内外匪懈，百姓宽息”之誉。
东汉初年，针对战乱之后，生产凋敝、人口锐减的情况，光武注意实行与民休养生息政策，而首先是薄赋敛。建武六年（公元30年），下诏恢复西汉前期三十税一的赋制。其次是省刑法。再次是偃武修文，不尚边功。光武“知天下疲耗，思乐息肩，自陇蜀平后，未尝复言军旅”。建武二十一年（公元45年），西域鄯善、东师等十六国“皆遣子入侍奉献，愿请都护……帝以中国初定，未遑外事，乃还其侍子，厚加赏赐”。建武二十七年（公元51年），功臣朗陵侯臧宫、扬虚侯马武上书，请乘匈奴分裂、北匈奴衰弱之际发兵击灭之，立“万世刻石之功”。光武下诏说：“今国无善政，灾变不息，人不自保，而复欲远事边外乎……不如息民。”
光武帝统治期间，东汉的农业、手工业都得到了大大发展。铁制农具的改进、牛耕的普及、水利工程的广泛修建，使生产技术大大提高；冶铁技术的改进，使铁的产量大为增加；精美的铜器、漆器、丝织品反映出高超的手工业工艺；通都大邑商业繁荣，商人的足迹远至西域和国外。经过几十年的经营，东汉出现了经济繁荣的景象，历史上称之为“光武中兴”。