又据，河北省威县《地名志》一书《黄街》篇载：“元末，命官王伯大奉诏任威州知州，携带黄姓阿訇来威居住，王伯大将向堂街改名黄家街……曾建一座清真寺。”清康熙四十年(1701年)，由威州黄氏家族黄胜德撰修的《重修黄氏族谱引略》中谓：“余祖本西域人也，祖意不拉兮……占籍山东济南，又移临清，因威州知事王公讳伯大，不识经典，聘请我祖再三为阿訇，不得已，二祖凤与鸾，奉祖母来威布教……”这两个资料相互印证，亦可知元时东来的穆斯林就有阿訇这种教职人员。
王静斋阿訇所撰《中国回教掌故》一文中，追述清末民初平津一带大阿訇刘二阿訇等人说：“刘二阿衡，别号‘棒子二爷’，盖此老的性格，特别直率，故有此称。他是沧州李大爷的高足，世代名阿衡，轮到‘棒子二爷’名下，已经十七代了……”文中所说十七代，如以每代平均二十年计，共三百四十多年，以此上推，至明中叶已有称之为阿訇的教职人员。
乾隆四十六年，苏四十三起义被镇压后，清政府饬令各省查寻“回民有无总掌教、阿浑之名”。陕西巡抚毕沅奏称：“……臣传问西安府礼拜寺旧教阿浑安乾等，据称，西安回教每寺各有掌教，有阿浑。掌教系主持一寺之事，其专司教经之人，则称为阿浑，亦犹汉人乡塾中称讲学之人为师父、先生等类。其或书阿洪、阿衡，则系音同字异，随便通用，并非别有意义，且相沿已久，亦非马明心创立新教之后始有此名目。至乡村小寺无力延师，有掌教并称阿浑者。臣复饬陕省，凡有回民居住处所密加察访，俱属无异，是阿浑等称，实系回民所向有。”
所谓“相沿已久”，“所向有”都说明不止清时才有阿訇之称。
总之，元时穆斯林中就有阿訇这类宗教人员，只是在官方文献中很少有记载，他们一般不担任清真寺的教职，多散布民间，独自进行宗教学说的研习，也可能有少数人作为教师，教育儿童识字诵经，或担任官吏或富商的家庭教师。他们有知识有学问，受到穆斯林的尊敬。
阿訇掌教制的最终形成，是经过了一个漫长时期才完成的。它不是在较短的时期内，直接取代了伊玛目掌教制。前面我们已经讲到，阿旬掌教制的产生，有两个基本历史原因：即伊玛目掌教制经学水平日趋下降和经堂教育兴起的需要。
回族伊斯兰教到明中叶时期，在教职人员中作为掌教的伊玛目，只知背诵《古兰经》，率众礼拜，至于能够宣讲《古兰经》，讲习教义教律者，则寥寥无几，就多数伊玛目来说，已不能胜任传教行教的职责。作为宣教人员的海推布，也大多按照一套公式化的仪式，背诵一段套语“虎图白”词，清真寺的宣教工作，变成了一种刻板的仪式，完全失掉应有的宣教作用。正如清初穆斯林经学家舍起灵所说：“初，吾教自唐迄明，虽有经籍传于兹土，而其理艺艰传，旨义难悉，故世代无一二精通教礼之掌教，以致多人沦落迷途，漫漫长夜而甘醉梦之不觉也。”所以，经堂教育兴起后，各地教坊清真寺纷纷聘请本地或外地散布民间的阿訇，担任清真寺经堂教师，设帐开学讲经布道，传授徒弟，培养大批真正有学识的宗教接班人一一阿訇，以促进伊斯兰教的传衍和发展。这样，寺坊的教权组织形式也随之发生了变化，寺坊实行了掌教和掌学的双套组织形式，也就是教务和教学两个系统。掌教系统就是伊玛目、海推布、穆安津三道人员，继续存在着，仍然掌理教务，被视为“主位系统”，因为他们都是当地寺坊的穆斯林；掌学系统则是经堂学校的开学阿訇，掌管教学，他们被视为“客位系统”，因为他们是由外寺坊或外地聘请来的阿訇，专门讲经教学。这种双轨组织，主、客位系统，也就是阿訇掌教制的过渡形式。这种双轨组织，在明代经堂教育兴起兴盛之后，就早已产生，有清一代各地穆斯林寺坊普遍流行。前面我们讲到乾隆四十六年陕西巡抚华沅的奏折称，“西安回教每寺各有掌教，有阿浑”。其它回民地区，俱属无疑。这里说的掌教就是主位系统，阿訇便是客位系统。又如嘉庆十四年(1809年)《浩授直奉大夫美翁米公遗绩碑记》，碑文落款署名便为“统教”、“掌教”、“督教”、“副教”、“鸣教”等。“统教”即开学阿訇，讲经授徒，他是由外地聘请来的讲席、教师，是为客位系统；掌教即伊玛目，督教即海推布，副教即穆夫提，鸣教即穆安津，这四种教职人员都由当地寺坊穆斯林担任，是为主位系统。统教虽为客位系统，但为表示尊师重道，被列于首位。其他各省穆斯林寺坊也大致如此。
这种主客位的关系一般来说，掌学的客位系统，受掌教的主位系统的制约和领导，但在长期延续过程中，主位系统的“三道”掌教，作用越来越小，权威日渐下落。与此相反，客位系统的开学阿訇，在教坊中日益显示重大的影响和作用，威望越来越高，受到穆斯林更大的崇敬。由于不断地培养着宗教事业的接班人，向穆斯林青少年传播灌输伊斯兰思想和宗教知识，进而在穆斯林中讲经布道，宣讲教义教律，穆斯林更多地请开学阿訇主持日常宗教生活和礼仪。开学阿訇的职能发生了变化，不仅教学，还要兼理教务。渐渐取代了伊玛目的职能和作用，最终开学阿訇成为寺坊掌教和穆斯林的首领。但直到清末至民国时期多数地区穆斯林教坊大体上才先后完成了这一过渡，确立了阿訇掌教制。民国初年，在西北穆斯林地区，由西军统帅马安良，依仗其政治军事势力，在河州首倡教制改革，废除寺坊三道教职人员，实行聘任的阿訇掌教制，继之推广于兰州各地。到20年代，在伊赫瓦尼革新运动的冲击下，甘宁青穆斯林地区普遍实行了阿訇掌教制。至民国末年，全国各地多数穆斯林地区也相继改行阿訇掌教制。阿訇掌教制，成为回族伊斯兰教新的历史发展时期的主流倾向了。
从清末到民国以来，多数穆斯林地区的寺坊，阿訇掌教制的结构形式大致为：
开学阿訇已是教坊穆斯林的最高宗教领袖，教坊穆斯林的首领。虽然仍被称为开学阿訇，其职能已经不仅仅是经堂学校的教师。更重要的是他已拥有行教权，全面主持教务，掌理各项重大宗教事务，集教学、教务之权于一身，兼有多项职权和职能，在教坊中拥有极高的权威。穆斯林通常尊称之为“阿訇老人家”，这就相当于“伊斯兰·谢赫”之称号。后来，官方又称之为教长。故谓：“阿衡，回教徒领袖之称，大抵学识渊博，道德高尚，掌理一礼拜寺或一地方之教务政务也。”可见开学阿訇在穆斯林中权威之大，德望之隆了。他所行使的职权范围是：
1.负责经堂教学的课程安排，制定校规校纪，招收生徒，讲授经典，培养海里法。
2.担任集体礼拜的伊玛目。特别是聚礼和会礼，必须由开学阿訇主持，领导穆斯林礼拜，并进行讲“瓦尔兹”的演说，宣讲教义教法，劝人行善止恶，遵纪守法，服从国家法令。
3.为穆斯林证婚，为亡者举行殡葬(者那孜)仪式，主持其他重大宗教仪式。
4.负责解释教律，根据经训，结合我国实际，对某些重大问题作出自己的决定。
开学阿訇下设治坊阿訇，是开学阿訇的教务助理，也称二阿訇，可以代行开学阿訇的职责；掌学阿訇则是开学阿訇的教学助理，辅导海里法的学习，兼任经堂小学的教师。也有些教坊另设二阿訇，专任经堂小学的教师。治坊、掌学以及二阿訇多是本坊穆斯林，但必须学完经堂大学课程，“穿衣”毕业，取得阿訇资格。有些清真寺仍然专设穆安津，召唤穆斯林上寺礼拜；有些清真寺不设专职穆安津，多由掌学或寺侍夫或经堂大学的满拉兼事这项宣礼仪式；寺侍夫则是管理清真寺沐浴的水房子，负责烧水和寺院的清洁工作。
由此可以看出，阿訇掌教制的教权高度集中，集掌教、掌学和宣教于一身，这是阿訇掌教制的重要特点。
阿訇掌教制另一个重要特点是掌教阿訇(教长)实行聘任制，由学董乡老和穆斯林公议，决定选聘阿訇。“搬阿訇”就任，历来被视为寺坊大事，照例隆重欢迎，备极热烈，表示“尊师重道”。阿訇按协议规定任期，原则上为二三年，届期任满则在开斋节会礼仪式后，阿訇当众宣布辞学，穆斯林如果执意挽留，阿訇则连任；如穆斯林没有挽留的表示，则辞学离任，应聘其他寺坊。阿訇离任时，“送阿訇”也照例举行欢送宴会，并派人陪送他往，表示对阿訇的谢忱和尊敬。
学识渊博、威望卓着的阿訇，各地教坊纷纷争相聘任，便有不少阿訇身兼数坊的经堂教学任务。甚至有兼任外县外省教坊的开学阿訇，轮流赴寺讲学，穆斯林莫不引以为荣，优礼有加，备极尊重。
回族伊斯兰教的掌教制度，是在中国特定的历史环境中产生的，与我国社会历史的发展基本是相适应的。而伊斯兰教教职制度每次变革，都标志着回族穆斯林社会的进步和发展，也显示回族伊斯兰教宗教制度的成熟和不断完善。回族伊斯兰教宗教组织，从不受伊斯兰教世界的左右和支配，在中国自力更生，自传、自养，历经干百年，使伊斯兰教在中国得以生存和延续，直至今天。