元代重视屯垦，在征服金夏宋的进军中，每遇坚城劲敌，一时难以攻克，便就地屯田，以做长久围困之计，终于取胜。后来被遣驻防各地的军队也都实行屯垦，以解决军饷和减轻财政支出。被签发东来的回回军士、军匠、炮手组成的西域亲军，编入探马赤军，随着元蒙的军事活动南征北战，或调驻各地驻防，在元蒙“寓兵于农”的政策下，也多施行屯垦，“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”。征服战争结束后，全国平定，这些回回军士，就被解除军籍，随地入社，莸得了土地，变为农民，进行农耕。这些被签调东来的中亚、西亚穆斯林便逐渐定居南北各地，形成了以农业为主的经济生活。生活已趋稳定，于是在他们入社定居的地方，以社为基础，联合共建清真寺，并在回回哈的司属取消后，仿效城市回回人的寺坊，设立掌教人员，成立管理组织。这样，在广大农村便形成了回回人的寺坊。
寺坊，大体是在社或坊的基础上形成。“社”是元代社会的基层组织，世祖至元七年(1270年)起在全国城乡普遍建社。农村的社以自然村为基础，原则上五十户立为一社。推举社长一人劝导农事，统计户口，征调赋役，维持治安。每社设有学校和义仓，城市的社设于坊下，户数无定制。社长职责主要是维护治安。坊是城市中的一级行政区划单位。大的城市在录事司下，分设隅、坊两级，隅设隅正，坊设坊正，管理辖区居民。唐宋时代，都会城廓的街市也通常称为坊，如唐代长安就有义宁坊、锦什坊之类，广州、泉州等港埠地方的蕃坊。后来，坊也就成为城乡的街市、村里的通称。回族穆斯林聚居的街巷、村镇随之以坊称之。至今在甘宁青一带，仍有不少回族穆斯林聚居的地方称之为坊。如着名的甘肃临夏市城关穆斯林聚居区称为“八坊”，宁夏吴忠市东风乡有“牛家坊”回族穆斯林居住的地方，等等。有些地方还以“寺”称回族穆斯林居住的地方。如宁夏贺兰县西湖乡有大礼拜寺，银川市郊区有小礼拜寺，吴忠市东风乡有华寺等地，这些回民聚居的地方(或村落)，就是几个寺坊。在这里寺不仅表示“麦斯至德”，同时，也表示一个地方，即表示一个坊，与坊成为同意语。
寺坊的结构
寺坊，大体来说产生和形成于元代，进入明代，它才建立健全了各种组织机构、规章制度，完备了组织设施，终于成为伊斯兰教普遍的和稳固的永久性社团组织，也就是回族穆斯林的社会组织。
寺坊，一般没有明确的坊界。农村多由一个清真寺为核心，结合周围穆斯林村落构成。范围有大有小。大的寺坊由数十个村落结成，小的寺坊由一个或数个村落结成。有些村镇、堡寨也自为一寺；城市则以穆斯林聚居的街巷为主，集合散居附近的穆斯林居民构成。寺坊穆斯林居民户数多寡不一。大寺坊穆斯林多达千百户，如河南省焦作县回族聚居的造店村，穆斯林人口近六干人，共为一坊，有清真大寺一座，附设女寺一座。小寺坊甚至只有三五十户。每一户穆斯林都隶属于固定的寺坊。寺坊对穆斯林居民都具有一定的制约作用和约束力。
每个寺坊自成一个独立行教单位，各自为政，教坊与教坊之间互不隶属。同时，它不是地方政府的一级行政区划单位，故与地方各级政府也没有隶属关系。
寺坊有两种结构形成：一种是复合式的，一种单一式的。复合式的寺坊一般都是区域范围较广、所辖穆斯林较多的寺坊，也称为大坊。寺坊内以建筑最早、规模较大的清真寺为寺坊中心寺，称为“海依”清真寺(Hayy al-Masjid)，意为大寺或总寺。距海依寺边远之处分设“稍麻”寺。“稍麻”也是阿拉伯语，原意是道路旁的礼拜所，供行人礼拜的地方。回族穆斯林把它作为寺坊的属寺或分寺，通常也称为小寺，是一种简易清真寺。它是为方便当地穆斯林平时就近赴寺礼拜和儿童受初级教育而设。稍麻寺和其周围穆斯林不构成一个寺坊，仍受海依寺的领导和管辖，海依寺的掌教(教长)兼任稍麻寺的掌教。稍麻寺通常只设一名副掌教(或二阿訇)，领导当地穆斯林平时礼拜，兼任本寺经文小学教师。每逢聚礼、会礼和其他重大宗教活动，稍麻寺的教职人员和穆斯林都去海依寺参加活动。稍麻寺的管理有两种形式：一种是由海依寺的乡老学董会统一管理，寺费开支由海依寺统一解决；一种是稍麻寺单行设立管理组织，自行管理。
海依和稍麻复合式的寺坊，是回族穆斯林早期的寺坊结构形式。历史上各地都曾存在过这种复合寺坊形式。在内地，我们至今还可以从一些回族穆斯林聚居的村镇中看出他们的遗迹来。如朱仙镇回族人口约占总人口的三分之一，有七座清真寺，称为东寺、西寺、南寺、北寺和中心寺，另有两女寺。原来这里就是一个复合的寺坊。其中的中心寺，就是这个寺坊的海依寺，即总寺。其它寺便是它的分寺或属寺。又如泊头市刘庄回族乡，亦称五“八里”。它是由称为“八里”的五个村庄构成。这五个村庄的名称是：红星八里庄、贾家八里庄、杨家八里庄及谢家八里、哈王八里。“八里”系突厥语，意为居落、城镇，五“八里”，即五庄之意。元代有别什八里(Beg-balq)之地(在今新疆吉木萨尔境内)，突厥语为五城之意，为元代西北重镇。至明时仍称别什八里。泊镇五“八里”的回族，其先可能是元时被签调到中原的别什八里一带的色目人，或系明时别什八里一带内附的所谓“土达”。原来他们驻居地恐怕亦称为别什八里，后来“别什”译写为五，“八里”未译，便称为五“八里”。早期这五“八里”就是一个大复合寺坊。至于在甘宁青穆斯林聚居地区，直到清末，还有不少地方存在这种复合式寺坊。如宁夏同心韦州，以韦州为中心，周围数十里范围千户左右回族穆斯林合为一个寺坊，着名的韦州清真大寺是它的海依寺，它的分寺最多时有十余处。宁夏平罗县的宝丰也是如此。这两个地方的复合寺坊，在进入民国时期才逐渐解体，分坊各自独立行教。在甘肃和青海的一些穆斯林聚居地区中，这种复合寺坊存在的时间更长。撒拉族穆斯林聚居的循化地区，分为八工，俗称撒拉八工，“工”系村镇之意，一个工相当于一个区的行政区划。每个工也是一个行教宣教的寺坊，有一座中心大寺也称为海依寺，下辖若干小寺，分布于工内各村镇，称为支寺。各工支寺数目不等，多则十余座，少则数座。海依寺的掌教，称为海依或大学阿訇，兼各支寺的掌教，支寺只设二学阿訇一人。海依寺掌教轮番住持各支寺，讲学传教。有的支寺距离中心大寺甚远，也可以设立“海依”掌教，自为一坊。但不改变与中心大寺的隶属关系。八工中，街子工向为千户和嘎最的驻地。故街子工大寺，不仅是街子工寺坊的中心寺，也是全八工的总寺。循化撒拉族穆斯林的教坊组织，与它的行政区划相一致，分为三级制的寺坊组织形式。即总寺——海依寺——支寺。历史上总寺的权威和影响很大，直到民国初年“改土归流”，取消原干户和嘎最制，总寺也就名存而实亡，但海依和稍麻这种复合教坊仍旧存在。
复合寺坊的解体，逐渐过渡到单一寺坊，主要是由两方面的原因促成的。一是穆斯林人口繁衍增加，经济不断发展。作为稍麻分寺周围的穆斯林，有建造和供养一座正式的完整的清真寺的能力，脱离海依寺的管辖，自立一坊，形成单一的寺坊。二是清初以来苏非派在甘宁青得到广泛传播。进入民国时期，伊赫瓦尼教派相继兴起，随着教派的激烈分化，导致寺坊的分化。原来的一个寺坊内，出现了几个不同教派的穆斯林，各自以稍麻为基础，分坊立寺，形成几个单一的寺坊，独立传教，各行其事。到本世纪40年代，单一寺坊就成为回族穆斯林普遍的寺坊制度结构形式。
清真寺：是穆斯林寺坊组织的核心构成部分。在寺坊中，清真寺不仅是宗教中心，也是穆斯林政治、经济和文化中心，是寺坊穆斯林行教、宣教的治所。它的职能和作用包括以下各项：
1.叩拜安拉之处，聚众举行聚礼、会礼之所。
2.宣教机关。
3.教育中心。明中叶以后经堂教育兴起，寺坊清真寺遍设经堂学校，对穆斯林进行宗教教育，成为穆斯林教育中心。
4.寺坊穆斯林进行洁身沐浴的公共浴室。这是清真寺中一项重要卫生福利设施。伊斯兰教国家和地区的清真寺，一般在寺院中只有供小净的水池和汤瓶等，没有供大净的设施，没有专设的浴室。回族等族穆斯林清真寺，都要专设浴室，俗称水房子，不仅有供小净的设施，也有供大净的设施，有些清真寺还建有专供妇女沐浴的浴室。所以，回族穆斯林清真寺向有“三堂合一”之称，每个清真寺不仅要有叩拜安拉的大殿——礼拜堂及讲经授教的学堂，还必须要有洁身沐浴的澡堂，再加上邦克楼，才能算作一座正式的完善的清真寺。
以上所列四项，是清真寺本身的基本职能。此外，在中国封建王朝统治的长期历史中，回族穆斯林为维护伊斯兰教的传衍和发展，保护清真寺的需要，常常也把清真寺表示为“为国祈福”、“祝延圣寿”之所。在封建社会，这也成为清真寺的一项特殊职能。
前面我们讲到，伊斯兰教在我国初传时期，即唐宋时期，居于我国东南沿海港埠地区的蕃坊穆斯林，他们多是来华经商贸易的波斯、阿拉伯“住唐”的侨民，他们的祖国仍为波斯、阿拉伯，故在每星期五的“主麻”聚礼中，要为他们本国的哈里发和苏丹祈祷祝福。到了元代，随着蒙古人的军事活动，被遣调东来进入中国各地的中亚、西亚的大批穆斯林，远离家乡，岁久途远，无望返归故里，遂“乐江湖而忘乡国”，认为自己已是中国人了。所以，从元代开始，中国的穆斯林要为中国的皇帝祈祷祝福。这点已见诸不少历史文献的记载。
元蒙时期，波斯史家志费尼《世界征服者史》记载：“六五〇年，回教斋节日，蒙哥所之诸回教徒集于皇帝之斡耳朵前，盛礼庆贺此节。先是忽毡城人大法官札马鲁丁(Jamal-al-MillaVad-Din Mahmud)主持祈祷，为皇帝祝寿。”元代，设置回回哈的司属和哈的大师，其职责之一就是“为国祈福”。至大四年“罢回回哈的司属”，过了不到一年，皇庆元年又予复置，“敕回回哈的如旧祈福”，它的主要职责就是为国祈福了，直至元亡。至正八年(1348年)定州《重建礼拜寺记》碑载：“……有古刹寺一座，堂宇止三间，名为"礼拜寺"，乃教众朝夕拜天，祝延圣寿之所。”
明代，我国东来的各族穆斯林已形成一个稳定的回回民族共同体，成为我国民族大家庭的一个新的民族成员。朝廷敕建清真寺，对掌教授以劄副，冠戴荣身，准免差徭。所以，回族沿袭元代回回人为国祈福之举，也为当今皇帝祝延圣寿，清真寺也就是“祝延圣寿”之所了。甘肃省徽县礼拜寺(徽县东关外)有万历丙戌年(1586年)所立《重修礼拜碑记》，碑云：“夫教门之设，其来远矣，盛于胜国，明兴因之。虽不事法象天，只以敬天祝君拜主修心养性为事也。我皇朝有金陵三山街寺，长安有花靴巷寺，皆奉命以为敦礼地也。寺遍寰宇，惟徽未之建耳。成化年间，有何楚英、舍容、马伦、马聪辈，关陕人也，商贩于徽。为山水之美，遂家焉。以为礼拜无所，或失在亵陋，如敬天何，如祝君何，如修心养性何哉？遂卜吉于东郊三元宫之左，佥施金赀，置而创立焉。然岁久易湮，至嘉靖中纪，寺宇复圮。乡耆马文礼、金岁、高延美、何清、丁文章、王臣、马万江、马霄，相顾叹曰，清净斋肃之地，使之至是，乃我侪吝也。即书金工庸材，因废拓新，宫墙严严，斋室翼翼，不数月而功用告成。乃请记于余。予日，寺之修复如此，而诸子之心可已至矣。故以之敬天，则万资始之功可报焉。极地则地可知矣。以之祝君，则万年天子之寿可赞也。赞君则亲可知矣。以之修心养性，则万境俱融之贞可宁焉。宁贞则践行可知矣。且敦仁尚义，周急轸，生痉，厚德殷殷，此其兴起；而科第缙绅，声名文物、礼乐衣冠，悉由此出，其教岂偏小哉？遂识其始未以为记。时万历岁次丙戌，孟夏朔日，郡进士义台马负图撰。”这通碑文，明白讲出明代回族穆斯林，奉命要为万年天子祝延圣寿，各地穆斯林寺坊的清真寺也是祝延圣寿的场所。清真寺的职能，不仅以敬天(礼拜安拉)为事，也以祝君(祝延圣寿)为事，这在明代已是清真寺普遍的职能之一。