在冬瓜枯萎病发生严重的地区或在日光温室中进行冬季高效栽培时，为提高冬瓜的防病和耐寒能力，有必要对其进行嫁接。嫁接冬瓜常用的砧木有玉林小葫芦、日本南瓜、黑子南瓜等。常用的嫁接方法有以下两种：
（1）靠接法。靠接法嫁接育苗过程该法最为常用，是初学者易于掌握的一种方法。具体做法：①砧木的准备：砧木应比冬瓜晚7～10天播种。第一片真叶半展开，下胚轴长6～7厘米时为嫁接适期。嫁接时，先用刀片或竹签彻底剔掉砧木的生长点，用刀片在与子叶展开方向平行的任意一侧，距子叶0.5～1厘米处按30°~45°角向下斜切一刀，切口长度为0.5厘米，深度为茎粗的2/3左右，切口要平滑。②接穗准备：当冬瓜子叶充分展开，真叶显露时为嫁接适期。接穗的削法与砧木相反，在距生长点1～1.5厘米处向上斜切，角度为35°左右，深度为茎粗的2/3，切口为0.5～0.6厘米。③嫁接：将接穗切口插入砧木上胚轴的切口，使二者紧密结合，用塑料条包住切口，用曲别针固定，或用嫁接夹固定，然后将苗栽入装好营养土的营养钵中。栽苗时，接穗和砧木的下胚轴要留有一定的空隙，以便于日后断根。靠接后10～15天，伤口基本愈合时即可断根，在接口以下1厘米处下刀断根，以后视接口愈合程度去掉嫁接夹。嫁接时多由2～3人组成一组，进行流水作业，但要避免交叉作业而引起伤口污染。
（2）顶插接法。具体做法：①竹签的制备：选竹织针或竹片削成单面半圆锥形竹签或双面楔形竹签。楔形面长度为0.5～0.6厘米，竹签的直径为0.1～0.2厘米。②砧木以及接穗的准备：砧木比冬瓜早播种3～5天，当砧木苗高为6～7厘米，第一片真叶半展开，其宽度超过1厘米时为嫁接适期。③嫁接：用竹签剔去砧木生长点，然后用竹签从一侧子叶基部中脉处向另一侧子叶下方胚轴内穿刺，扎孔深0.4～0.5厘米，把接穗削成楔形，在距子叶0.5～1厘米处以30°角斜切，切口长度0.4～0.5厘米。拔出竹签，立即将接穗插入孔中，使接穗平面与竹签平面吻合。