冬瓜炭疽病可危害子叶、真叶、叶柄、果实等部位。果实染病多在顶部，病斑初呈水浸状小点，后逐渐扩大，呈圆形褐色凹陷斑，湿度大时病部长出粉红色粒状物，病斑连片时致果肉变褐，严重时腐烂。叶片染病，病斑圆形，褐色或粉红色，周围有黄色晕圈，中央色淡，病斑多时，叶片干枯。
病菌附着在种子表面或随病残体在土壤中越冬。雨水、灌溉、气流以及某些昆虫都可以传播病害。高温、高湿是炭疽病发生流行的主要条件。田间通风差、氮肥过多、灌水过量、连作重茬，发病重。成熟瓜条抗病性差。
防治炭疽病可采取以下措施：
（1）选籽粒饱满、抗病力强的种子。种子用50％双氧水浸泡3小时，然后用清水冲洗干净后播种。
（2）用多菌灵消毒床土，并用百菌清烟剂熏育苗用的温室及其农具和架材等。
（3）及时清除病叶和病株，换茬时要清除干净残茬；发病重的地块要进行3年轮作。
（4）药剂防治。发现病情后可喷施20％代森锌200～300倍液、70％代森锰锌1000倍液、80％炭疽福镁800倍液、50％甲基托布津可湿性粉剂600倍液、75％百菌清700倍液、50％多菌灵粉剂500倍液等，7～10天1次，连喷3～4次，各种药剂可轮替使用。保护设施内可用5％百菌清粉尘、5％克霉灵粉尘、12％克炭灵粉尘进行喷粉防治，还可用45％的百菌清烟剂熏。