①易孔昭等编：《平定关陇纪略》卷十一，《回民起义》册四，页138。
②左宗棠：“东南路官军剿回连胜折”，同治八年十一月三十日，左宗棠全集·奏稿四》，页233。
③左宗棠：“马步官兵分击西路获胜情形折”，同治十一年九月二十八日，载《左宗棠全集·奏稿五》页346。
④左宗棠、穆图善：“凉州镇属主客兵勇分击情形折”，同治十一年七月初二日，载《左宗棠全集·奏稿五》页294。
⑤左宗棠、穆图善：“常明所部马队官兵进击获胜折”，同治十一年七月十二日，载《左宗棠全集·奏稿五》页296。
⑥左宗棠：“西宁解围后办理情形片”，同治十一年十二月十四日，载《左宗棠全集·奏稿五》，页387。
⑦杨毓秀：《平回志》卷六，《回民起义》册三，页187。
①一般认为马占鳌是花寺门宦素有声望的阿訇。参见白寿彝主编：《回族人物志》（近代），页41－42。
②马培清：《马占鳌的起事与降清》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页15。
③沈兆霖奏，《方略》，册二，卷十二，页二十六。
①吴景敖：《清代河湟诸役纪要》，原载：《新中华》1943年复刊1卷5期，收于《西北民族宗教史料文摘（甘肃分册）》，页219。按：马悟桢，又作马悟真。
②左宗棠的奏折，杨毓秀：《平回志》卷三，《回民起义》册三，页107。
③恩麟奏，《方略》，册三，卷三十五，页十一。
④马寿千：《清朝同治年间的宁夏回民起义——兼论对马化龙的评价》，《中央民族学院学报》，1980年4期。
①马化龙在给宁夏将军穆图善的原禀中谓“嗣有回目王大桂来金，与职员会商，将马兆元赚缚杀毙，首级解省示众。”文见白寿彝主编：《回族人物志》（近代），页319。
②马重雍：《清同治穆生花起事始末》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页11。
③马重雍：《清同治间甘肃回变中的马化龙》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页4。
④马重雍：《清同治穆生花起事始末》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页12。
⑤官书谓穆氏于同治九年七月二十七日“染时疫伏冥诛”，不知孰是。见左宗棠：“合围金积堡老巢首逆被创折”，同治九年十月二十日，《左宗棠全集·奏稿四》，页445。
⑥马重雍：《清同治穆生花起事始末》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页12。
⑦联捷奏，《方略》册九，卷一百十一，页十七。
①王生吉：《关陇思危录》卷一，《陕西回民起义资料》，页5。
②酉山书痴：《咸京被难述略》，载《陕西回民起义资料》，页112、117。
③《方略》册一，“序”，页二。
④酉山书痴：《咸京被难述略》，载《陕西回民起义资料》，页112、117。
⑤吴炳南、刘域修纂：《三绪华州志》，卷四“增纪事”，页十九。
⑥严树森：“劾钦差大臣胜保疏”，收于焦连甲修：《新续渭南县志》，卷十中“艺文志”，页三十四。
①寻鑾炜奏，《方略》册二，卷十六，页十五。
②马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页58。
③《重修咸阳县志》，卷八“纪事”，页九、十。
④参见马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》页58、122、269、282。
⑤周铭旂纂：《大荔县续志》，“足征录”卷一“事征”，页四。
⑥胜保奏，《方略》册二，卷十九，页十五。
⑦王树槐：《咸同云南回民事变》，270页。
⑧马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页75。
①马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页189。
②邵宏谟、韩敏：《陕西回民起义史》，页20。
③瑛棨奏，《方略》，册二，卷十九，页十一。
④瑛棨奏，《方略》，册三，卷三十四，页十四。
⑤胜保奏，《方略》，册二，卷十九，页十五。
⑥东阿居士：《秦难见闻记》，《陕西回民起义资料》，页131。
⑦马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页104－105。
⑧成明奏，《方略》，册二，卷十五，页六。
①东阿居士：《秦难见闻记》，《陕西回民起义资料》，页131。
②贺瑞麟：《清麓文集》，《陕西回民起义资料》，页48。
③马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页164、199－200。
④袁世凯亲父为袁保中，但二叔保庆无子，过嗣之。同治十二年，袁保庆病死于南京，袁世凯便由堂叔袁保恒、保龄培养。贾熟村：《对袁甲三家族的考察》，载《平顶山学院学报》，2008年1期，页35－36。
⑤王生吉：《关陇思危录》卷一，《陕西回民起义资料》，页7。
①Mulisms in China：A Study in Culture Confrontation，p187.
②杨毓秀：《平回志》卷四，《回民起义》册三，页148。
①左宗棠：“灵州死事文武各员请恤片”，同治八年十月二十六日，《左宗棠全集·奏稿四》，页208。按：“吾唡目”，或为阿拉伯语ghulām的音译，意为“小孩”，也有“奴仆”的意思。是典型的中阿结合的经堂用语，有明显的自我指称意义。（与中穆网络bbs回族网友的交流。另参见维基百科：http：//en.wikipedia.org/wiki/Ghulam）
②杨毓秀：《平回志》卷四，《回民起义》册三，页148。
③吴万善：《清代西北回民起义研究》，页90。
④马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页427。
⑤马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页389。
⑥马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页429。
⑦及湘军攻克金积堡，改为昭忠祠。民二十年后，县长王敏悟拆而毁之。慕寿祺纂：《甘宁青史略正编》，卷二十，页二四。
①柏景伟：《柏沣西先生遗集》，载《陕西回民起义资料》，页43。
②易孔昭等编：《平定关陇纪略》卷八，《回民起义》册三，页58。
③柏景伟：《柏沣西先生遗集》，载《陕西回民起义资料》，页43。按：苗沛霖（？~1863），字雨三，安徽凤台武家集人，曾参加科举考试，中过秀才，是太平天国时期安徽淮河流域的地方势力，他是皖北练总，曾经被清廷任命为四川省川北道员；又曾被太平天国加封为“殿前北方电察天军顶天扶朝纲奏王”。他曾经大动干戈，武力攻陷清政府安徽巡抚驻节之寿州，使清政府的封疆大臣翁同书作了事实上的俘虏；又曾以阴谋诡计，诱擒了太平军的统帅陈玉成。参见贾熟村：《对苗沛霖及其集团的考察》，《安徽史学》1987年1期，页52-56。
①左宗棠：“平毁马家滩王洪各堡陕回就抚马化漋就擒折”，同治九年十二月十一日，《左宗棠全集·奏稿四》，页497。
②左宗棠：“敬陈进兵事宜折”，十年六月十四日，《左宗棠全集·奏稿五》，页99。
③左宗棠：“请禁绝回民新教折”，同治十年四月初八日，《左宗棠全集·奏稿五》，页50。
④左宗棠：“荡平金积堡及剿办回土各匪出力员弁兵勇汇案请奖折”，十年九月初九日，《左宗棠全集·奏稿五》，页123。
⑤左宗棠：“请禁绝回民新教折”，同治十年四月初八日，《左宗棠全集·奏稿五》，页50。
⑥马重雍：《清同治穆生花起事始末》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页11。
①马重雍：《清同治穆生花起事始末》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页11。
②穆启圣：《回忆曾祖父——穆生花》，《张家川文史资料》，第1辑，页153。
③参见丁焕章、刘钦斌：《中国西北回民起义斗争史》，页308-309。
④马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页389。
⑤余澍畴：《秦陇回务纪略》卷七，《回民起义》册四，页255。孙毓宝结局如何，待查。
⑥韩敏：《董志原十八营元帅事迹考》确定了马正和、陈林、崔伟、禹得彦、白彦虎、余彦禄、冯君福、杨文治、马长顺、蓝明泰、马生彦、王明章、阎兴泰、邹保和、赫明堂、毕大才等人为十八元帅，《回族研究》，1993年2期，页22－30。
⑦东阿居士：《秦难见闻记》，载《陕西回民起义资料》，页136。
①马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页453。
②杨毓秀：《平回志》卷三，《回民起义》册三，页119。另见《方略》册七，卷九十三，页二十二。
③雷正绾奏，《方略》册七，卷九十三，页二十一。
④都兴阿、穆图善奏，《方略》册八，卷九十九，页二十三。口述史说“后来在甘肃被宁夏雷提督使了反间计，为白彦虎所杀”，恐非事实。参见马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页180。
⑤左宗棠谓：“红庙首逆名妥得璘，乃西宁一巧诈匪徒，所住地方名妥家沟，弟已将其嗣子捕获，据供妥逆久无信回家，年已七十余，无能为也。”见：“答金和甫将军”；“与刘克庵”，《左宗棠全集·书牍》，上海书店影印本，册十二，卷十四，页十一及卷十七，页六六。
①参见《中国伊斯兰百科全书》，“妥明”条，四川辞书出版社，2007，页571。
②魏光焘：《戡定新疆记》，卷一“武功记”，页一。
③曾毓瑜：《征西纪略》卷四，《四民起义》三册，页44。
④杨毓秀：《平回志》卷七，《回民起义》册三，页196。马朵三者，应为马尕三。
⑤文麟景廉奏，《方略》，册十七，卷二百二十一，页二十四。