第一部社会主义宪法的颁布实施。以及《全国人民代表大会组织法》、《国务院组织法》、《人民法院组织法》、《人民检察院组织法》等法律的制定，对中央和地方的国家机构做了调整和更新。改变了自1949年起中央人民政府委员会领导和组织国家政权的形式，使中国的国家机构和权力结构发生了变化：中央一级的国家机构由国家权力机关、国家元首机关、国家行政机关、国家审判机关、国家法律监督机关构成。“五四宪法”明确规定了这些机关的产生、组织、职权、工作程序、相互关系，从而使整个国家机器能够按照既定的轨道正常运行。
“五四宪法”对全国人民代表大会、中华人民共和国主席、国务院各自的职权都做出了明确规定。按照“五四宪法”规定，全国人民代表大会作为国家最高权力机关，是行使国家立法权的唯一机构。全国人大常委会负有监督国务院、国防委员会、最高人民法院、最高检察署的责任。各级人民政府、人民法院、人民检察院分别向本级人民代表大会及其常务委员会负责并报告工作，从而实现了立法、行政、司法机关的适当分工。全国人大和常委会拥有国家的主要权力，它们的决策属于集体决策。这样，新中国的政权体系和政府机构的基本格局正式形成。
根据“五四宪法”规定，中华人民共和国的一切权力属于人民；人民行使权力的机关是全国人民代表大会和地方各级人民代表大会；全国人民代表大会常务委员会是全国人民代表大会的常设机关，对全国人民代表大会负责并报告工作。全国人民代表大会、地方各级人民代表大会和其他国家机关，一律实行民主集中制。人民代表大会制度作为中国的根本政治制度，具体表现为：一切重大问题都应当经过人民代表大会讨论并做出决定。全国性的重大问题，经过全国人民代表大会讨论和决定，在它闭会期间，经过它的常务委员会讨论和决定；地方性的重大问题经过地方人民代表大会讨论和决定。
关于全国人民代表大会职权，“五四宪法”规定有以下三个方面：其一，国家立法权。全国人民代表大会是行使国家立法权的唯一机关，包括修改宪法、制定法律以及监督宪法的实施。其二，最高选举权和罢免权。由全国人民代表大会选举中华人民共和国主席、副主席；根据国家主席的提名，决定国务院总理的人选、决定国防委员会副主席和委员的人选；选举最高人民法院院长和最高人民检察院检察长。
全国人民代表大会有权罢免下列人员：中华人民共和国主席、副主席；国务院总理、副总理、各部部长、各委员会主任、秘书长；国防委员会副主席和委员；最高人民法院院长；最高人民检察院检察长。其三，最高决定权。全国人民代表大会有权决定国家生活中的一切重大事务，包括决定国民经济计划；审查和批准国家的预算和决算；批准省、自治区和直辖市的划分；决定大赦；决定战争和和平的问题等。
“五四宪法”的一个创制性特征，是将中华人民共和国主席确定为国家机构的一个重要组成部分。刘少奇在宪法草案报告中曾说明：我们的国家元首职权由全国人民代表大会所选出的全国人民代表大会常务委员会和中华人民共和国主席结合起来行使。我们的国家元首是集体国家元首。同时，不论常务委员会或中华人民共和国主席，都没有超越全国人民代表大会的权力。
然而，无论是“五四宪法”的规定还是在后来我国政治的实际运行中，关于国家主席的性质并不很明确。“五四宪法”规定中华人民共和国主席享有下列职权：根据全国人民代表大会的决定和全国人民代表大会常务委员会的决定，公布法律和法令，任免国务院总理、副总理、各部部长、各委员会主任、秘书长，任免国防委员会副主席、委员，授予国家的勋章和荣誉称号，发布大赦令和特赦令，发布戒严令，宣布战争状态，发布动员令；中华人民共和国主席对外代表中华人民共和国、统率全国武装力量、担任国防委员会主席。这是在当时的体制安排下赋予中华人民共和国主席以某些个体元首的职权，但其不直接领导国家立法和行政工作。对此，毛泽东在其修改审定的《宪法草案初稿说明》中明确指出：中华人民共和国主席制度与资本主义国家和我国历史上的总统制度完全不同，他既不是立法的也不是行政的首脑，并不具有特殊的权力。
但是，在毛泽东担任中华人民共和国主席任内，却对国家政治生活产生决定性作用。因为毛泽东在担任国家主席的同时，还担任着中共中央主席和中央军委主席。而毛泽东以后的历任国家主席对国家的政治影响力明显缩小。
三、对一届人大后中央政府体制变化的评析
第一届全国人大召开和“五四宪法”颁布后，中央行政体制发生的一个重要变化，就是以国务院取代了政务院，中国的中央行政体制发生了由二级政府体制向一级政府体制的重要转变。
“五四宪法”专门对国务院的性质、权限、职能、机构和人员组成等重大问题做出了明确规定。关于国务院的性质，宪法正式规定：中华人民共和国国务院，即中央人民政府，是最高国家权力机关的执行机关，是最高国家行政机关。国务院对全国人民代表大会负责并报告工作；在全国人大闭会期间，对全国人大常委会负责并报告工作。这样，就结束了原来中央人民政府委员会为行使国家政权的最高机关，政务院对中央人民政府委员会负责并报告工作的过渡状态，改变了原来中央人民政府下辖政务院的两级政府的过渡体制，明确了最高国家权力机关与最高国家行政机关的关系。
关于国务院的人员机构构成与各自权限，“五四宪法”规定，国务院由总理、副总理若干人、各部部长、各委员会主任及秘书长组成，国务院的组织由法律规定。
由总理领导国务院的工作，主持国务院会议；副总理协助总理工作；各部部长和各委员会主任负责管理本部门的工作，在本部门的权限内，根据法律、法令和国务院的决议、命令，可以发布命令和指示。“五四宪法”第49条还详细规定了国务院可行使17项职权。
在一届人大一次会议上通过的《中华人民共和国国务院组织法》，作为最高国家行政机关组建的法律依据，根据“五四宪法”相关条款的规定，对国务院组织机构的设置和产生办法、人事任用、会议制度、任免权限等重大问题做出了进一步明确规定。
首先，规定国务院各部和各委员会的增加、减少或者合并，需经总理提出，由全国人民代表大会决定，在全国人民代表大会闭会期间由全国人民代表大会常务委员会决定；直属机构的设立、合并或者撤销，由总理提请全国人民代表大会常务委员会批准。
其次，建立国务院的会议制度。国务院会议又分为国务院全体会议和国务院常务会议。国务院全体会议由总理、副总理、各部部长、各委员会主任、秘书长组成，每月举行一次，在必要的时候由总理临时召集。国务院常务会议由总理、副总理、秘书长组成。国务院发布的决议和命令，必须经国务院全体会议或者国务院常务会议通过。
最后，关于国务院的任免权限，明确规定国务院可以任免下列行政人员：（1）国务院副秘书长，各部副部长和部长助理，各委员会副主任和委员，各部门的司长、副司长、局长、副局长；（２）各省、各直辖市人民委员会的厅长、副厅长、局长、副局长；（3）各专员公署专员；（4）各自治区相当于上列第二、第三两项职位的人员；（5）驻外使馆参赞和驻外总领事；（6）高等学校校长、副校长、院长、副院长；（7）其他相当于上列各项职位的人员。
1954年颁布的《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国国务院组织法》共同为国务院的组建奠定了法律基础和政治基础。1954年国务院的建立与此前的政务院比较起来，不只是名称的变动，在性质和地位上也有所不同。其重要的区别在于：
第一，政治地位不同。1949年诞生的中华人民共和国中央人民政府是由中央人民政府委员会及其所属的政务院、人民革命军事委员会、最高人民法院、最高人民检察署共同组成，政务院的性质是“国家政务的最高执行机关”，属于二级行政机关；而1954年成立的中华人民共和国国务院，《宪法》已经明文规定其行使中央人民政府的职权，是“最高国家行政机关”，属于一级行政机关。
第二，领导体制不同。根据1949年通过的《中央人民政府组织法》规定：政务院由总理主持全院工作，副总理和秘书长协助总理执行政务，政务院的重要决策须经政务会议集体讨论决定。政务会议由总理、副总理、秘书长和政务委员组成，每星期由总理负责召开一次。政务会议须有政务委员过半数出席才能开会，且须有出席会议的政务委员过半数的同意才能通过决议。而“五四宪法”中明确规定国务院统一领导各部和各委员会的工作，管理国家经济、贸易、文化、教育、卫生、民族、华侨及外交事务等。这一规定表明，国务院与各部委之间是上级与下级、领导与被领导的关系，突出地体现了国务院最高国家行政机关的地位。这时的国务院会议组成人员也有了扩大，除了总理、副总理和秘书长外，还包括了各部部长、各委员会主任。国务院工作中的重大问题，经由国务院会议充分讨论后，总理具有最后决策权。
第三，职权范围不同。政务院时期，工作范围不包括军事，所属机构中也没有设国防部。全国的武装力量由与政务院平级的中央军事委员会领导。1954年国务院成立后，职权范围有所扩大，增加了领导武装力量建设的权力，在国务院中设立了国防部。而且原与政务院平行的国家计划委员会，在新成立的国务院中被改为其下属机构，成为国务院的一个组成部门。调整后的国家计划委员会与国务院各办公室的责任权属在《中华人民共和国国家计划委员会暂行工作条例》中规定为：凡计划工作以国家计划委员会为主，由国务院各办公室协助办理；凡行政工作，以国务院各办公室为主，以国家计划委员会协助办理；在国家计划批准之后，凡关系到全国平衡的重大措施，以国家计划委员会为主，由国务院各办公室协助办理；凡是在已定计划范围之内并为保证计划实现的重大措施，以国务院各办公室为主，以国家计划委员会协助办理；在国家计划委员会编制国民经济计划草案过程中，国务院各办公室应大力参与，并对各部门的计划及时提出意见；国务院各部委、各办公室对计划草案指标与国家计划委员会有不同意见时，国家计划委员会应提出意见上报国务院决定。
第四，隶属关系不同。政务院向中央人民政府委员会负责并报告工作；在中央人民政府委员会休会期间，向中央人民政府主席负责并报告工作。而国务院总理作为国家最高行政机关的最高行政领导人，虽然接受中华人民共和国主席的提名和任命，但在法律上并无义务向主席负责并报告工作，而必须向国家最高权力机关负责和报告工作，并接受国家最高权力机关的监督。按照宪法规定，国务院对全国人民代表大会负责并报告工作；在全国人民代表大会闭会期间，对全国人民代表大会常务委员会负责并报告工作。
总体看来，周恩来1954年亲自组建的国务院，作为国家最高行政机关，统一领导全国地方各级国家行政机关的工作，有利于减少行政层次，提高行政效率，加强国家行政工作的统一领导。在完成了中央行政体制转变后，作为政府首脑——国务院总理的职权扩大和提高了。按照宪法和《国务院组织法》规定，总理全面领导国务院工作，副总理协助总理工作，各部部长、各委员会主任、秘书长负责本部门的工作，同时对总理负责。总理有权向全国人大及其常委会提名国务院组成人员人选，包括副总理、各部部长、各委员会主任、秘书长的任免人选。国务院发布的决定、命令和行政法规，向全国人大及其常委会提出的议案，任免行政人员，均由国务院总理签署和负责。
《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国国务院组织法》的颁布实行宣告了1949至1954年中央人民政府下辖政务院二级政府体制的结束，正式确立了国务院即中央人民政府的一级政府体制，对中国中央行政体制的整体架构进行了重新规定。第一届国务院的成立虽然是在原政务院基础上组建完成的，但与政务院在性质、地位、组织结构、机构设置、人员构成、职权范围以及与国家最高权力机关的关系等方面均存在较大差别。此后的历届中央政府，基本都是在周恩来当年设计和确定的中央行政体制框架下运行的。