同年7月3日，周恩来签署了《国务院关于一九五五年下半年在基本建设中如何贯彻节约方针的指示》。《指示》指出：“凡已经完成设计，但尚未做好施工准备的非生产性建设，应坚决贯彻中央指示的精神。按照已定的消减指标迅速修改设计后再行施工。”但同时要认识到“厉行节约的方针是为了节约一切不必要的开支用来增加国家的建设资金，加速国家工业化，是积极的不是消极的。因此，一切借口节约而放松生产性建设的进度、忽视工程质量的倾向都是错误的，必须予以纠正。”
当时中央机构开展增产节约运动的途径之一就是对工作人员的工作待遇和劳动报酬进行调控。1955年8月26日，周恩来致函毛泽东并中共中央，报告国务院会同有关部门反复讨论研究关于国家机关工作人员全部实行工资制和改行货币工资制问题的情况。8月31日，周恩来签署了《国务院关于国家机关工作人员全部实行工资制和改行币工资制的命令》。《命令》指出：国务院决定自1957年7月份起，将现有的一部分工作人员所实行的包干制待遇一律改为工资制待遇，以统一国家机关工作人员的待遇制度。改行工资制待遇后，工作人员个人及其家属的一切生活费用，均由个人负担；工作人员住用的公家房屋和使用公家家具、水电者，一律缴租、纳费。
1955年11月20日，周恩来签署了《国务院关于编造一九五六年国家预算草案的指示》。《指示》规定，国家预算的编造，必须认真执行增产节约的方针，特别是国民经济各部门，更要努力发掘增产和节约的潜力，以增加国家的积累。编造预算支出，必须认真履行节约制度，消除一切不必要的支出，核减次要的支出，以保证主要的支出。12月21日在国务院第21次全体会议上，周恩来批准了贺龙作的《关于中央一级机关精简工作的报告》和《国务院关于进一步做好国家精简工作的指示》。《指示》指出：国家机关的精简，是国家的一项重要政策，是厉行节约、积累建设资金的必要手段，也是改进国家机关工作、保证社会主义建设胜利前进的有力措施。精简工作应当首先结合检查工作，总结经验，划清业务范围，明确工作职责和工作关系，然后按照业务需要，合理确定机构，编定人员。在精简机构中，要坚决裁并重叠的、性质相近的，可有可无的机构和建立急需加强和建立的机构。要尽量减少组织层次。
周恩来认为：“精简编制的办法，主要是这样两条，即减少层次和分工负责。”
在实践中，他既注意减少部门层次，也注意减少内设机构层次。在周恩来等人的努力下，到1955年底，中央行政机构编制管理和人员压缩工作取得了初步成效。国务院对不同层级和不同部门之间的行政编制进行优化，将国务院建立后职能取消、职能下放的部门或合并、转移部门的人员编制进行合理科学的核减，不但国务院系统减至36270人，占当年原在编人数的40.1%，而且还优化了编制结构、提高了政府工作人员的综合素质。
第二节 50年代中后期国务院机构的调整
一、国务院机构变动的政治背景与主导因素
第一届国务院组成后，内部机构不断调整和变动，先有1956年的机构膨胀，后有1958年的压缩和权力下放和1959年的适当收权，其频繁变动的主要社会背景是当时全国各条战线正轰轰烈烈地贯彻落实“一化三改”的总路线，“三大改造”和第一个五年计划完成后，紧接着又开始第二个五年计划的大规模建设和随后掀起了“大跃进”高潮，为编制和实施第二个五年计划，加强对现代化经济建设的领导，必须不断增减或合并国务院机构设置。1955至1959年间国务院机构频频变动的主要政治原因有二，一是50年代后期政治运动接连不断地进行，执政党对政府职责范围的控制和干涉越来越多，部分民主人士和一大批知识分子遭受打压，越来越边缘化；二是中共八大上制定了新的政治路线，对中国社会主要矛盾做了正确的分析，周恩来等人已经意识到高度集中的管理体制带来的不良影响。中共中央从1958年后开始进行简政放权的改革，中央政府的一些职权下放地方必然影响到政府机构的调整。
中共中央领导制定和实施的“一化三改”总路线对中央政府机构设置的影响是很直接的。中国是一个农业大国，长期以来，农业一直是国民经济的基础，大规模的农业合作化运动后，为加强粮食统购统销，1955年新增农产品采购部。1956年农业合作化运动完成之后，又撤销了农产品采购部。国家决定通过实现集体化和农业机械化，加强水利建设以增加农业产量，由此增设了农垦部，希望依靠社会主义组织形式和政治控制，动员大量农业劳动力来促进农业大发展。
由于第一个五年计划的重点是集中力量发展重工业和能源工业，现代化大规模工业建设的开展对于国务院机构的变动的影响就更加直接。在实施“一五”计划和“大跃进”期间，中国急于优先发展钢铁、石油、煤炭、电力、化工、机械制造等基础工业。1954-1959年第一届国务院中数量最多、增设最多的部门均是与重工业发展有关的部门，国务院在1955年新增了第三机械工业部、煤炭工业部、电力工业部；1956年新增了冶金工业部、建筑材料工业部、电机制造部，以上均属于重工业管理部门。
“三大改造”的加速完成和高度计划经济体制的建立，也影响了中央行政体制的变化以及中央与地方关系的格局。1954年全国各大行政区被撤销后，省级政府成为地方最高一级政府，中央政府直接领导近30个省级政府，中央政府机构的数量与职能随之增加和扩大。仅从政府职能上看，国务院牢牢控制着有关经济发展和行政管理的人事、财务、生产、供应、销售等各项权力。50年代中期国家统一分配的物资由227种增加到532种，国家计委管理的工业产品总产值约占全国的60%，中央政府支配的财力达到75%，中央直属企业从1953年的2800个增加到1957年的9300个。在这种中央高度集权的管理模式下，国务院机构设置数量也在1956年达到了第一次高峰。
第二个五年计划是从1955年8月开始编制的，最初提出了一个比较接近实际的建设目标。其中要求从1957年到1962年的五年时间内，工农业总产值、粮食产量、棉花产量分别达到2007亿元、4600亿斤和4300万担，即以1957年预计数为准，每年分别以9.9%、3.6%、5.6%的速度稳步递增。这个数字，同后来实现数字大体吻合。可到了1955年底，随着各行各业冒进之风和毛泽东对反冒进的批评，各部委“二五”计划指标被大大提高。其中要求到1962年的工农业总产值、粮食产量、棉花产量分别增长15.5%、7.8%、11.4%。这就使国务院各部委编制中的财政收支、物资供应、人员配备等在现有条件下难以取得平衡，急需增加财政预算和人员编制。
1956年夏天，周恩来在北京和北戴河多次主持国务院会议，讨论和审查“二五”计划草案。在修改“二五”计划建议的报告稿中，周恩来提出一个重要主张，就是“均衡发展，综合平衡”问题，他尖锐地指出急躁冒进所带来的种种矛盾和不平衡问题，提出继续削减财政开支、压缩基本建设投资的意见。并提出了既反保守又反冒进，即在综合平衡中稳步前进的经济建设方针。
为了编制和实施五年计划，国务院不得不增设机构。第一届全国人大常委会第40次会议决定增设国家经济委员会，主要负责掌管在五年计划和长远计划基础上的年度计划的制定，督促和检查年度计划的执行，并且负责提出改善国民经济的薄弱环节的措施；在贯彻执行年度计划的范围内，组织各工业部门之间的协作，调整中央各部门之间、中央与地方之间的计划和平衡，现有的国家计划委员会专管五年计划和长远计划的制定和检查。同时，国家经济委员会还负责掌管新技术的鉴定、采用和推广，制定五年和长远的技术发展计划，组织新产品的试制；统一管理技术标准和审批工厂的工艺流程；开展国际间的技术交流和技术合作，将我国的工业技术水平较快地提高起来。但是，组织国际间技术交流和技术合作的对外谈判工作，仍由对外贸易部负责。
中国共产党在中国政治架构中的绝对领导地位，决定了国务院实施的任何重要改革均与中共中央召开的重要会议和做出的重大政治决策直接相关。新中国成立以来历届中央政府始终是根据中共中央的精神和意图进行机构的设置和调整的。20世纪50年代尤以中共八大的召开对国务院机构调整影响重大。
1956年9月15日，中国共产党第八次全国代表大会在北京举行。这次大会对国内形势和国内主要矛盾的变化做出重要判断，认为我国国内的主要矛盾，已经是人民对于建立先进的工业国的要求同落后的农业国的现实之间的矛盾，已经是人民对于经济文化迅速发展的需要同当前经济文化不能满足人民需要的状况之间的矛盾。
9月16日，周恩来在大会上作《关于发展国民经济的第二个五年计划的报告》，报告共分三个部分：第一个五年计划的执行情况；第二个五年计划的基本任务；关于第二个五年计划建议的若干主要问题。周恩来在报告中提出了第二个五年计划的基本任务，“我国社会主义工业化的主要要求，就是要在大约三个五年计划的时期内，基本上建成一个完整的工业体系。这样的工业体系，能够生产各种主要的机器设备和原材料，同时也能够生产各种消费品，适当地满足人民生活水平不断提高的要求。”同时他还谈到了经济管理体制和行政管理体制改革的问题。他指出：“发挥地方的积极性，是我们完成社会主义建设事业的重要条件。现在，我们的社会主义改造已经取得了决定性的胜利，人民民主专政已经更加巩固，这就使我们有必要也有可能，按照统一领导、分级管理、因地制宜、因事置宜的方针，进一步划分中央和地方的行政管理职权，改进国家的行政体制，以利于地方积极性的充分发挥。”
在高度集中的计划经济管理体制条件下，各级地方政府及企业的主动性和积极性难免受到影响。1956年后周恩来已经看到了中央行政管理体制方面存在的问题，开始进行了机构设置调整和简政放权的探索，这一年6月23日在国务院体制会议上，周恩来针对集权过多给生产力发展带来的种种消极影响明确指出：“毛主席论十大关系的中心，就是动员一切力量来建设社会主义国家。在这个前提下提出了分权给地方的问题，以便发挥地方的积极性，也便于动员全国广大劳动人民参加社会主义建设。社会生产力大发展不能光靠集权。实行中央和地方分权，是为了发展生产，不是为了缩小和妨碍生产。中央要分一部分权力给地方，主要的是为了增产，而不是分产，这是大原则；主要的是使地方有权，有权才能动员，有权就能增加生产。
不要怕分权，适当分权给地方就会更好地集权于中央。中央有权，地方也有权，真正有利于社会主义建设。建国初期体制那样集中是有必要的，搞五年计划，大家都没有经验。现在来研究体制不是太晚，这个改进不是一下子实现，而是逐步实现，就是说今年准备，明年试行，到第二个五年计划期间会有更好的改进。总之，不要急躁冒进，也不要右倾保守，要逐步实现，不要求一步登天。”
国务院简政放权的改革首先从中央政府与地方权力的划分和管理体制的改进开始。早在1956年10月中共中央、国务院就发出了《关于国家行政体制的决议（草案）》，要求各地讨论并征集意见。1957年11月，国务院又连续颁发了《关于改进工业体制的决定》、《关于改进商业管理体制的规定》和《关于改进财政管理体制的规定》等文件，1958年9月，正式出台了《关于改进计划管理体制的规定》等。中央政府的这一系列改革探索旨在将一部分行业管理、企业经营的权限下放给地方政府和工矿企业，以发挥地方及企业的主动性、积极性。当国务院下放了许多管理权限给地方和企业后，1958-1960年间，国务院机关进行了较大幅度的精简，撤销、合并了一批职能部门和办事机构。
二、1955年至1956年国务院机构的调整和增加
1955年和1956年，在我国农业合作化和城市工商业的社会主义改造高潮兴起的同时，国务院集中全国科技力量和巨大的人力物力，努力完成苏联援建的156项大型现代工业项目。全国掀起了社会主义建设高潮，工农业生产迅速发展，社会商品流通规模进一步扩大，发展国民经济的第一个五年计划正在党中央国务院的领导下顺利进行。中央为了加强对整个经济建设工作的领导，推动国民经济各部门有计划按比例地均衡发展，对国务院所属的机构进行了调整。
1955年2月19日，周恩来主持了国务院汇报会议，主要研究燃料工业部分部和成立第三机械工业部的问题。同年4月9日，第一届全国人民代表大会常务委员会第11次会议决定，设立第三机械工业部、城市建设总局和国务院出国工人管理局。