1958年2月5日，周恩来主持中共中央政治局会议。会议批准了《关于提请调整国务院所属组织机构的议案》和《关于提请决定任免国务院若干组成人员的议案》，内定由陈毅兼任外交部长。当年3月6日，国务院设立外事办公室，作为协助总理办理外事工作的办事机构，同时又是党中央外事小组的办事机构，协助国务院管理外交部、外贸部、对外文化联络委员会和华侨事务委员会的工作。
1958年4月15日，周恩来审改了中共中央组织部关于在中央一级机关中减少副职、取消部长助理职称的意见稿，并指出，现在中央机关中副职过多，不便于进行工作，增加官僚主义，同时也引起群众不满。周恩来规定：“党中央各部及中央国家机关各部，根据工作需要，设副部长二至五人。”他还指出：“精简的目的是要达到人数少、办事多。”
在周恩来的领导下，国务院成立了以安子文为首的安排下放人员的十人小组。
采用调整安排、下放到企事业单位、支援边疆、考入学校等办法妥善安排分流人员。
周恩来专门接见了中央国家机关的下放干部，向他们提出要求：这次下放是为了使中央了解下边的困难，为了改进工作，如果搞得好，就成为制度。
为了做好这项工作，周恩来带头精简身边工作人员，到1958年3月为止，总理办公室从原来的25人减少到12人。经上述调整，截至1958年12月底，国务院设置工作部门68个，其中部委40个，直属机构18个，办公机构9个和1个秘书厅。
在压缩精简机构和工作人员的同时，国务院的人事任免也出现了一些变动。由于1957年开展了党内整风运动和反右运动扩大化，民主人士在政府中被更加边缘化。1958年1月29日国务院第69次全体会议上，参会人员同意撤销章乃器、章伯钧和罗隆基分别担任的粮食部、交通部和森林工业部部长职务，决定提请全国人大代表委员会常委会议决定。会议根据周恩来的提名决定任命郭沫若为中国科学院院长，陈伯达、李四光、张劲夫、陶孟和、竺可桢、吴有训为中国科学院副院长。1958年担任国务院各部委部长职务的党外人士相比于1954年国务院成立初期，减少至9人，只占部长总数的13%。
第三节 二届人大的召开与第二届国务院的组成
一、二届人大召开前中央的简政放权与重新收权
新中国成立后主要学习的是苏联的高度集中的管理体制。随着中国政治经济形势的迅速发展，很快出现了所有制结构单一、管理体制上过于集中而影响了地方和企业的积极性等一系列问题。1956年周恩来等人开始探索了国家行政管理体制调整和经济体制改革。鉴于1956年中央行政机构第一次膨胀，1957年中共中央和中央政府进行酝酿，1958年开始了大幅度简政放权；放权的问题产生后，1959年初中央又开始收回部分权力。50年代中后期，中国行政体制的调整中出现了一个集权——放权——收权的循环。
1956年3月，根据周恩来的指示，国务院成立了体制研究十人小组。4月20日，周恩来主持了国务院常务会议，讨论了国务院体制研究十人小组提交的《关于研究和解决财政、事业、企业和计划体制问题的工作安排》的报告。4月28日，周恩来在中共中央政治局扩大会议就体制问题发言指出：“在制度上的中心问题就是民主集中制。集权集的多也有好处，就是社会主义改造、社会主义建设搞起来了。但是也有毛病，也带来了阴暗的一面，就是容易缺乏民主，忽视民主，脱离群众，脱离实际，很容易生长出严重的官僚主义，把旧社会残留下来的东西保留下来，甚至更浓厚起来。我们的制度要求我们不仅不能扩大和怂恿这种事情，而且要防止这类事情。”
1957年初，中共中央为了加强对经济工作和改进体制工作的统一领导，决定成立一个小组在中央政治局领导下具体负责这项工作。1月10日，陈云受任为中央经济工作五人小组的组长。陈云在11月亲自代国务院起草了《关于改进工业管理体制的规定》、《关于改进商业管理体制的规定》、《关于改进财政体制的规定》，经国务院全体会议通过，并提交1957年11月14日召开的一届人大84次常委会通过，并于1958年起实施。
除了权力下放外，当时行政管理体制的改革还包括了精简机构的内容。1957年9月20日到10月9日，中国共产党八届三中全会在北京举行，陈云作了关于改进国家行政管理体制问题和关于农业增产问题的报告，周恩来作了关于劳动工资和劳保福利问题的报告。周恩来指出：“今后要有计划地安排劳动就业，精简机构和精简人员。”
1957年11月8日周恩来又主持了国务院第61次全体会议，会议讨论通过了《国务院关于改进财政管理体制的规定（草案）》和《国务院关于改进工业、商业管理体制的规定（草案）》等。在11月15日国务院的第62次全体会议上，又批准了《监察部关于监察机关体制改进方案》。监察部的报告说，原设置在中央和地方各财经部门及所属企业、事业单位的国家监察机关，改为各该部门和单位的监察机关；地方各级国家监察机关受各该级人民委员会的领导，上级国家监察机关在监察工作的方针、政策、基本任务等方面予以指导。
从1958年起，中央权力开始非正常地、大幅度地下放到地方。1958年4月1日，中共中央和国务院发出《关于工业企业下放的几项规定》，提出权力下放的总原则：为了加快我国社会主义建设的速度，提早实现工业化，在工业管理体制方面决定作如下改变，国务院各主管工业部不论轻工业或者重工业部门，以及部分非工业部门所管理的企业，除了一些特殊的以及试验田性质的企业仍归中央继续管理以外，其余企业，原则上一律下放，归地方管理。
4月11日，周恩来主持了国务院第75次全体会议，会议决定国务院各主管工业部门所管理的企业，除一些主要的和特殊的以外，原则上一律下放，归地方管理。
会议还通过《中共中央、国务院关于物价管理权限和有关商业管理体制的几项规定》和《国务院关于地方财政的收支范围、收入项目和分成比例改为基本上固定五年不变的通知》等。
从具体措施和政策来看，中央主要下放了企业管理权。把中央各部所属单位下放给地方管理。当时中央各部所属的企事业单位，1957年底为9300多个，到1958年减少到1200个，下放比例达到88%。其次，中央下放了部分计划管理权、基本建设项目审批权、劳动管理权和一部分财税权。
但是，1958年的权力下放实际上只是中央政府经济上的分权，政治上的权力不但没有下放，而且中共中央对国家权力机构的控制和领导反而加强了，这就形成了经济上的简政放权和政治上的中央集权并存的矛盾现象。
1958年6月10日，中共中央发出《关于成立财经、政法、外事、科学、文教各小组的通知》，通过五个小组，直接领导财经、政法、外事、科学、文教等五个大口的工作。这些小组是党中央直接领导的，直接隶属于中央政治局和书记处，向它们直接作报告。对大政方针和具体部署，政府机构（指国务院）以及（部委）党组有建议权，但决定权在党中央。中共中央工交部管工业、交通运输、基本建设；中共中央财贸部管财政、金融、税务；中共中央农村工作部管农业、林业、水利、气象；中共中央宣传部管文化、科学、教育、卫生、新闻、出版。中共中央财经小组与国务院财贸办公室和工交办公室相对应；中共中央政法小组与国务院政法办公室相对应；中共中央外事小组与国务院外事办公室相对应；中共中央文教小组与国务院文教办公室相对应。中共中央通过党的系统（中共中央各小组，中共中央各职能部门、国务院所属各部委党组）直接指挥国务院各职能部门的工作。
关于党政关系的处理，该《通知》还明确规定：“大政方针在政治局，具体部署在书记处。只有一个政治设计院，没有两个政治设计院”。大政方针和具体部署，都是一元化，党政不分，具体执行和细节决策属政府机构及其党组。这样，就把本是国家最高行政机关的国务院作为了中共中央的执行机关，中共中央形成了一套几乎与国务院完全对应的行政管理机构，中共中央各部门也与国务院所属各职能部门形成了对应关系。在政府行政管理体制上又增加了一个党的管理层次，管理环节增加，人员增多，党政部门工作交叉，机构重叠，职能不清，形成了以党代政，党政不分的现象。
1958年的“大跃进”和中央政府的简政放权很快出现了许多问题，首先，几乎是国务院所有的部门同时铺开了权力下放的体制改革，工业、商业、财政等部门尚未积累起充足的经验，就经历了一次企业下放、机构下放、人员下放的大变动；其次，在短时间内，权力下放地过多、过快和过散，地方的权限陡然大增，造成了中央政府对地方权力的失控局面，使原本已经过高的国家计划更进一步被打乱。权力下放过多过急，助长了经济上的极大混乱和浪费。为解决新出现的问题，清除混乱，从1959年以后，中共中央和中央政府决定收回下放的一些权力，重新强调中央的集中领导。
1959年1月5日，中共中央发出《关于立即停止招收新职工和固定临时工的通知》，规定各省、市、区的1959年劳动力计划必须报中共中央批准，部分收回了劳动管理权。2月24日，《人民日报》发表题为《全国一盘棋》的社论，强调要调动各方面的积极性，需要权力的集中。
同年2月27日至3月5日，中共在郑州召开政治局扩大会议，这次会议重新强调权力的集中。3月11日，国务院发出《关于调整若干个企业隶属关系的通知》，决定将部分地方企业划归中央部门领导或由中央部门与地方双重领导。3月底4月初，中共中央在上海召开政治局扩大会议和八届七中全会上，再次强调集中。
4月28日，国务院又发出通知，批准21个企业由地方交归国务院有关部门领导，24个企业原由地方管理改由国务院有关部与地方双重领导。从此，中央逐步开始上收地方政府对企业的管理权。
总之，针对1958年权力盲目下放造成的混乱，1959年初中共中央和中央政府采取了一系列收权和集中管理的措施，中央政府的机构设置也随之开始了新的调整。
二、第二届全国人大的召开与两会机制的肇始
1959年初的国内外形势的概况是：“大跃进”、世界范围内的冷战仍在继续，但情况发生了一些变化，中苏两党之间的矛盾正在酝酿，中国国内过“左”的政治思想路线的发展和苏联对外大国沙文主义的态度使这种矛盾正走向表面化，中苏关系开始恶化的萌芽已经出现。在国内，1957年的反右斗争扩大化的不良政治影响仍然存在，民主党派在中国的政治生活中继续被边缘化。由于毛泽东等人对形势的估计过于严重，改变了中共八大关于国内主要矛盾的正确认识。党内极左的错误思想和阶级斗争理论日益发展，中共高层领导人在如何发展社会主义经济的道路选择上产生分歧。周恩来、陈云从实际出发提出的反对急躁冒进、尊重经济建设规律的正确意见受到错误批评，1958年兴起的“大跃进”运动给国民经济发展造成了严重损失，其严重后果刚刚显露出来，周恩来等人虽有察觉，但大批党政领导人头脑仍然发热。1959年初人民公社化运动正方兴未艾，中国社会结构和农村经济管理体制正处于激烈变化中。第二届全国人民代表大会就是在这样的社会背景下召开了。