7月31日 周恩来审改《中共中央关于西藏民主改革工作和团结争取班禅集团的指示》稿。
10月17日 周恩来在中直机关、中央国家机关、北京市机关十七级以上的党员干部和军队少校以上的党员干部会议上作精简机构、下放干部的动员报告。
11月15日、16日 周恩来召集各副总理开会，研究1961年国民经济计划，并指出目前新中国应该主要抓紧解决调整十大关系、调整体制等八个方面的问题。
1961年
1月14日-18日 周恩来出席中国共产党八届九中全会，会议正式通过对国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”八字方针。
3月14日 周恩来出席中共中央政治局常委扩大会议，讨论修改《农村人民公社工作条例（草案）》。
4月4日 周恩来出席中共中央书记处会议。会议讨论1961年基本建设计划安排和西藏工作方针等问题。
4月7日 周恩来在与中央精简干部和安排劳动力五人小组讨论后，改写《关于调整农村劳动力和精减下放职工问题的报告》。
8月12日 周恩来出席国防工委会议，对如何发展我国原子能工业做出了具体说明。
8月23日-9月16日 周恩来出席中共中央在庐山召开的工作会议。会议讨论和通过了《中共中央关于轮训干部的决定》等一系列决定。
10月5日 周恩来起草给中共中央、毛泽东的报告，为加强对国防工业的统一领导，提议设立国防工业办公室，建议由罗瑞卿任办公室主任。
1962年
1月11日-2月7日 周恩来出席扩大的中共中央工作会议（即“七千人大会”）。
2月21日 周恩来修改《中央精简小组关于各级国家机关、党派，人民团体精简的建议》稿。
3月21日 周恩来出席第18次最高国务会议，商讨即将举行的第二届全国人大第三次会议的主要问题以及国当前应该采取的方针、政策。
4月17日 周恩来召集国务院扩大会议。他指出：政府工作中当前首要任务是抓精兵简政工作。
5月17日 周恩来出席中共中央书记处会议。听取了中共中央统战部和中央民委汇报第12次全国统战工作会议和全国民族工作会议的情况，强调统一战线工作的长期性和重要性。
10月17日 周恩来出席由刘少奇主持召开的民主人士座谈会，并在会议上介绍中共八届十中全会情况。
10月20日 周恩来主持国务院第117次全体会议，就中印边界战争形势讲话。
11月17日 周恩来主持召开中央专门委员会第一次会议。会上根据中央关于加强原子能事业领导的决定，正式成立在中共中央直接领导下的中央专委会。
11月29日 周恩来主持召开中央专门委员会第二次会议，讨论专门委员会办公室的工作条例和第二机械工业部请示解决的几个问题。
12月5日 周恩来出席中共中央书记处会议。会议讨论有关国防工业的问题，会议决定成立第四机械工业部。
1963年
3月15日 周恩来在中南海怀仁堂作《关于中央精简工作的报告》，总结两年来的精简工作。
3月30日 周恩来主持国务院第129次全体会议，对中央直属机关的精简工作作总动员。
5月29日 周恩来在中共中央和国务院直属机关负责干部会议上作报告。提出了反对官僚主义问题和领导干部过思想关、政治关、社会关、亲属关、生活关的问题。
7月8日 周恩来在第二届全国人大常委会第101次会议上作报告，讨论阶级斗争和人民内部矛盾问题。
11月14日 周恩来出席中共中央政治局扩大会议。会议通过《关于农村社会主义教育运动中一些具体政策的规定（草案）》。
12月5日 周恩来主持国务院第139次全体会议。他在会上宣布，在他出访期间由邓小平副总理代理总理。
1964年
11月16日 周恩来批发《中共中央、国务院关于今后修建纪念建筑物等有关问题的通知》。
《通知》规定：今后非经中央批准，一律不准新建和扩建纪念个人的建筑物，包括纪念碑、纪念馆、纪念亭、纪念塑像等等，更不准拨地建设烈士陵园。
12月15日 周恩来出席中共中央政治局会议。会议讨论周恩来将向第三届全国人大一次会议作的《政府工作报告》稿。会上宣布撤销“国务院总理办公室”，减少秘书。
12月17日 周恩来主持国务院第151次全体会议。会议基本通过《政府工作报告》稿，还通过关于撤销达赖喇嘛·丹增嘉措的西藏自治区筹备委员会主任委员和委员职务等决定。
12月19日 周恩来主持政协第三届全国委员会常委会第46次会议，对第四届全国政协主席团、秘书长名单和会议议程、开会方法等问题作了说明。
12月20日 周恩来出席中共中央政治局常委扩大会议。会议主要讨论农村社会主义教育运动、当前农村的主要矛盾等问题。
12月20日-1965年1月5日 周恩来出席政协第四届全国委员会第一次会议，会上当选为政协第四届全国委员会主席。
12月21日-1965年1月4日 周恩来出席第三届全国人民代表大会第一次会议。会上作《政府工作报告》，会议决定周恩来继续担任国务院总理。
1965年
1月5日 周恩来在政协第四届全国委员会第一次会议主席团第四次会议（扩大）上讲话，讲话提出政协在政府工作中的作用和机关要革命化。
2月15日 周恩来主持国务院第153次全体会议。在讲话中指出：每搞一项工作，都要统一领导，各方协作。会议通过设立第二轻工业部，提请全国人大常委会审议决定。
2月22日 周恩来提出关于改进国务院外事办公室工作的建议，对适当精简机构，提高干部质量做了具体指示。
3月18日 周恩来主持政协第四届全国委员会常务委员会第一次会议。他指出：要做到实事求是，主张政协领导人不宜兼职过多。
8月23日 周恩来主持国务院第158次全体会议。他指出：备战、备荒，落实到为人民，要依靠人民，为人民是最基本观念。会议同意召开西藏自治区第一届人民代表大会第一次会议，正式成立西藏自治区，并提请全国人大常委会审议。
9月18日-10月12日 周恩来出席中共中央工作会议。会议讨论通过了“以国防建设第一，加速三线建设，逐步改变工业布局”的第三个五年计划方针。
10月24日 周恩来出席政协第四届全国委员会常务委员会第三次会议。和宋庆龄等被推选为孙中山诞辰一百周年纪念筹备委员会副主任。
1966年
1月6日 周恩来就公安警卫和机要保密工作指出：保卫工作要讲党委领导、群众路线，反对垂直领导、神秘化；机要保密工作要讲原则，要有制度，保密也不要神秘化。
1月16日 周恩来在全军政治工作会议上作报告，阐述当前国际形势和国内备战、备荒、为人民的问题。
5月4日-26日 周恩来出席由刘少奇主持的中央政治局扩大会议。会议通过了《中国共产党中央委员会通知》（即《五一六通知》）。
5月26日 周恩来参加由叶剑英主持的首都工作组第一次全体会议，研究和决定首都工作组的任务、组织、当前工作安排、工作方法以及增强首都警卫力量等问题。
6月3日 周恩来参加刘少奇主持的中央政治局常委扩大会议，会议制定了内外有别，注意保密等八条规定。会议还决定派工作组到大中学校协助领导“文化大革命”。
7月7日、8日 周恩来听取国务院各口“文化大革命”情况的汇报，他在会上指出：“三线”建设与一线，二线不同，不能受“文化大革命”的影响。
7月24日 周恩来参加毛泽东召集的中共中央政治局常委和中央文革小组成员会议。
7月29日 周恩来出席北京大中专院校师生文化革命积极分子大会（又称万人大会）。会上，周恩来谈了工作组撤出后学校中的“文化大革命”的机构问题。
8月1日 周恩来在八届十一中全会上发言，谈了四年来的经验和自己对这次“文化大革命”的认识。
8月3日 周恩来主持中共八届十一中全会全体会议，全会通过根据毛泽东的意见制定的《关于无产阶级文化大革命的决定》（简称《十六条》）。
8月12日 周恩来出席林彪主持的中共八届十一中全会闭幕会。会议改组了中央领导机构，决定增补政治局委员、候补委员；改组了中共中央书记处。
8月26日 周恩来出席北京市大中学校红卫兵联络总站成立大会。在会上他讲话指出：应该成立总的联络站，各区成立分站。联络站的主要任务是帮助和保护红卫兵，宣传、解释党的政策。
9月2日 周恩来起草《有关红卫兵的几点意见》（未定稿），对红卫兵运动提出十条要求。
同日 中共中央批转公安部党组根据周恩来的意见制定的《关于在无产阶级文化大革命中公安机关和群众关系的四个问题》。
9月4日 周恩来主持中央碰头会，研究拟给新疆维吾尔自治区党委并告西北局的两个特急电。
9月5日 周恩来修改中央碰头会讨论过的《关于党政干部任免审批手续的暂行规定》，并报送毛泽东审阅。
9月8日 周恩来召集中央碰头会，讨论通过中共中央《关于县以下农村文化大革命的规定》。
9月22日 周恩来召集国务院各口、各部委党组成员会议。在会上他提出：干部要经得起考验，要清醒，不要怕“炮轰”，要敢于承担责任，接受委屈。
10月28日 周恩来在中央工作会议全体大会上讲话，对红卫兵等问题的一些具体政策规定作了解释。
11月15日 周恩来到毛泽东处开会，谈“文化大革命”中的档案材料处理问题。
11月19日 周恩来工交座谈会并讲话。会议根据周恩来多次讲话和意见，由谷牧起草出《工交企业进行文化大革命的若干规定》（又称《十五条》）。
12月1日 周恩来审阅中共中央、国务院《关于大中学校革命师生进行革命串连问题的补充通知》，并送毛泽东阅批。
12月15日 周恩来参加林彪主持的中央政治局扩大会议。会议通过中央文革小组起草的《关于农村无产阶级文化大革命的指示（草案）》。
1967年
1月11日 周恩来参加中共中央政治局会议，会议通过《中共中央关于反对经济主义的通知》等五个文件；决定徐向前任全军文革小组组长。
1月13日 周恩来出席中共中央政治局会议。会议通过《关于在无产阶级文化大革命中加强公安工作的若干规定》（即《公安六条》）。
1月28日 周恩来主持中央政治局常委、中央文革小组成员碰头会，讨论中央军委“八条命令”稿。同日 中央军委颁发八条命令。
2月2日 周恩来召集副总理开办公会，商议为中共中央、国务院起草的《关于革命师生和红卫兵进行步行串连问题的通知》。会后，将通知送中央文革小组和毛泽东审批。
2月10日 周恩来召集有中央党、政、军负责人及中央文革小组成员参加的碰头会，讨论并通过了中央军委《关于军以上领导机关文化大革命的几项规定》。
2月18日 周恩来接见财贸口司局长以上干部，他提出：夺权发生了偏差，我们要纠正。夺权只能夺“文化大革命”的领导权，中央的权、党的领导权不能夺，政府的财经、公安、外交、国防大权不能夺。
2月22日 周恩来审改中共中央关于中央军委“八条命令”补充说明的《通知》。
3月28日 周恩来在怀仁堂召集会议，主要讨论了关于军队支左、支农、支工、军管、军训等问题。
6月5日 周恩来召集扩大的中央常委碰头会，讨论中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组通令（草稿），《中共中央关于“抓叛徒”问题的通知（二稿）》等文件。
7月10日 周恩来在听取广东问题汇报时指出：要搞大联合。谈到香港问题时说：香港不同于澳门，在香港动武不符合我们现在的方针。
9月3日 周恩来召开中央文革碰头会，讨论通过《关于不准抢夺人民解放军武器、装备和各种军用物资的命令》。
12月9日 周恩来召开中央文革小组碰头会，讨论《关于公安机关实行军管的决定》等文件。
1968年
1月11日 周恩来审改中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组对全国各铁路局达成革命大联合协议的通知。
3月6日 周恩来审阅河北省革命委员会关于设置工作机构的报告。报告经毛泽东批准后，周恩来为中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组草拟了转发批语。
7月17日 周恩来到毛泽东处开会。毛泽东指示中央文革碰头会讨论国际形势、国内形势、九大和八届十二中全会等四个问题。
10月13日 周恩来在中共八届扩大的十二中全会开幕式上宣布全会议程：（一）九大准备工作。（二）修改党章。（三）国内外形势。（四）刘少奇专案审查报告。
12月26日 周恩来签发中共中央、中央文革小组《关于对敌斗争中应该注意掌握政策的通知》。
1969年
2月1日 周恩来参加中央文革碰头会，讨论九大的准备工作。会后，起草《中央文革碰头会为九大进行准备工作的议程》（草案）。
3月9日 周恩来主持召开有各省、市、自治区，各大军区负责人参加的九大准备工作会议第一次全体会议，宣布准备工作会议的分组名单和任务。
4月1日 周恩来就九大开幕式上主席台的人选致信毛泽东、林彪。同日 中国共产党第九次全国代表大会在北京开幕，周恩来被选为大会秘书长。