太极的哲学意向是阴阳图，阴阳变化的起源是日夜交替，也就是说太极源自于“道法自然”的最高理念。马云近年来专注于企业的生态系统建设，这也是“道法自然”理念的运用。
阿里巴巴不是商业帝国，是生态系统
2007年9月28日，阿里巴巴召开集团战略会，明确提出未来十年集团的战略是“推动建设一个开放、协同、繁荣的电子商务生态系统”。
为什么要建设生态系统？国家可以活几百年，宗教可以活上千年，生态系统可以存在上万年。“取法乎上，得其中”，像生态系统那样来建设企业，最有利于基业长青，这也符合“人法地，地法天，天法道，道法自然”的哲理。
马云认为公司本来就是生态系统：“假如今天外面的物流没有这么发达的话，淘宝有那么牛？假如没有后端工程师不断去写程序，你前端客服能那么牛？假如没有前端客服人员不断化解那些埋怨和抱怨，你工程师写得再好，你能够卖出去？这就体现了公司本身就是一个生态系统。”
马云2012年强调公司各业务部门要打通，形成一个生态系统才有生命力：“公司各个业务要做通了，支付宝、淘宝、一淘、阿里，整个下面的数据要通，信息要通、资源要通、人要通。我们现在是一块一块孤岛，这是要出问题的。”“我现在最头痛的问题是我们想做的事情很多，一做就马上自己拉一支团队，什么东西都自己干，也不看集团内部谁在做。自己想做了，脑袋一拍就上了，反正有人，反正不行可以加预算。然后为了保持自己的团队独立，每个人建立一套编制。所以我问很多同学，你这个部门成立到今天为止，你利用集团其他部门了没有，利用其他的资源、其他的人没有？”
生态系统的一个核心特征是“物种多元化”，因此阿里巴巴对业务进行了多次拆分。马云认为拆分将增强阿里巴巴的竞争力：“假如十年以前微软主动拆分的话，可能今天也没有Google什么事儿，至少没有这么easy（简单）。”
2011年，原淘宝公司被拆分成三个子公司：淘宝网、淘宝商城（现在的天猫）和一淘。两三年下来，发现拆分后每个子公司确实都发展得很好。于是，阿里巴巴集团继续进行拆分重组。
2013年1月10日，阿里巴巴集团在杭州宣布，为了面对未来复杂的商业系统生态化趋势，以及无线互联网带来的机会和挑战，集团现有业务架构和组织将进行相应调整，成立25个事业部，具体事业部的业务发展将由各事业部总裁（总经理）负责。
基于上述构筑商业生态系统的需要，阿里巴巴集团的原有业务决策和执行体系亦将发生变革，新体系由战略决策委员会（由董事局负责）和战略管理执行委员会（由CEO负责）构成。
25个事业部及负责人如下。姜鹏：共享业务事业部、商家业务事业部、阿里妈妈事业部（展示广告、P4P、淘客联盟）、一淘及搜索事业部。张勇：天猫事业部、物流事业部（天网）、良无限事业部、航旅事业部。张宇：类目运营事业部、数字业务事业部、综合业务事业部、消费者门户事业部、互动业务事业部。吴泳铭：无线事业部、旺旺与客户端事业部、音乐事业部。张建锋：聚划算事业部、本地生活事业部。陆兆禧：数据平台事业部、信息平台事业部、云OS事业部。王坚：阿里云事业部。叶朋：B2B中国事业部（CBU）吴敏芝：B2B国际事业部、B2C国际事业部。
仅仅半年前，阿里巴巴刚刚经历了一轮架构调整。调整后的组织体系被戏称为“七剑下天山”。它包括淘宝、一淘、天猫、聚划算、阿里国际业务、阿里小企业业务和阿里云七大事业群。那为什么马云又急于进行进一步的拆分呢？
从管理学角度看，阿里巴巴的进一步拆分有助于各事业部的专业化，释放其活力，从而有利于各自发展目标的实现。管理学大师彼得·德鲁克对此有深入论述。
“组织是一种‘工具’，就跟任何工具一样，分得越专门，就越有效果，越能完成工作。
“因为组织是由各类专门人员所组成的（他们每个人都有各自本身专精的知识领域），所以组织的目标必须相当明确。每个组织必须专注于一个目标，否则它的成员会乱得像多头马车一样。结果，他们会循着自己的专业各行其是，而不是把精力用在组织目标的完成上。组织成员会各凭自己的专业想法，自行决定组织的目标应该是什么，同时也会把自己的价值观强加到组织上。只有集中在一个明确的共同目标下，组织成员的力量才能结合起来，发挥相乘的功效。如果没有，那么这个组织很快就会没落。
“最能显现现代组织的特质的要数交响乐团。一个有250个成员的交响乐团，每个成员都是专才，都是某项乐器的一流演奏者。可是，每个成员，光凭自己是无法奏出交响乐来的，只有整个乐团合奏才能做到。这个乐团之所以能合奏出交响乐来，是因为这250个成员都有同一份总谱，他们都在一个共同目标下，贡献出一己之长。在任何给定时间，他们都可以合奏出同一首交响乐来。”
资深互联网业内人士、雅虎中国公司前总经理谢文认为阿里巴巴的这一轮事业部调整“现在看起来有不少的矛盾，现在变成25个，其实就九个人管，很多都是一个人管六个事业部，其实还是过去的那个公司的路子。可见这个变化还是连续变化当中的启动，这个局面不可维持，我觉得一年之内还会有变化。你听说哪个公司有25个事业部？而且分得很乱，你说它是按什么分成25个事业部的？有六七个标准在里面。以音乐事业部为例，音乐事业部和数据产品事业部这怎么分啊？音乐难道不是数据产品吗？所以还是将就现在的状态勉勉强强先分了，以后还有的是调整”。这个观点可以从马云的内部邮件中得到印证。
马云在内部邮件中鼓励大家要以积极心态面对持续的变革和调整，说明了拆分有利于各部门业务和团队的发展，还强调了各事业部要加强协同，拆了之后还得连接起来，形成“同一个生态，千万家公司”的良好社会商业生态系统：各位阿里人，这是阿里13年来最艰难的一次组织、文化变革！
因为这不是一次我们看见了问题的变革，也不是一次水到渠成的变革，而是我们对未来理想的实施。因为我们在做没人做过的尝试。
阿里提出建设商业生态系统而不是商业帝国的思想已经几年了。几年来的努力让我们更加认识到了这个方向的正确性。但是光有思想是远远不够的，我们需要用人、组织和文化来保障它的成功。
但究竟啥是生态系统应该有的人才、组织和文化？我们无法从任何前人的经验里获得，但我们必须尝试，而这个尝试的代价是我们需要付出10年、20年甚至更长的时间去试错、完善、改变的。
变革是痛苦的，但要是我们不变革，我们未来会连痛苦的机会都没有！十年前的我们，因为坚持使命、价值观和阿里独特的组织人才，才有了我们今天的独特阿里。
变革不是一时的，而是时时的。我们总在追求一种稳定，但在信息时代，变化才是最好的稳定。改变自己要比改变别人容易得多，也重要得多！
今天我们宣布的组织变革只是我们这几年来变革完善的一部分，也是未来我们完善变革的开始……我们希望未来的变革不是从上而下，不再仅仅是集团的通知决定，而是从你开始。因为你的点滴变化，是我们大家变革的开始和终点。
本次组织变革的一个方向是把公司拆成更多小事业部运营，我们希望给更多年轻阿里领导者创新发展的机会。我们不仅仅需要看见相关业务的发展和他们团队、个人的成长，更希望看到他们通过各自的小事业部的努力，可以把我们的商业生态系统变得更加透明、开放、协同、分享，更加美好。
我们希望各事业部不局限于自己本身的利益和KPI，而以整个生态系统中“各种群”的健康发展为重，能够对产业或其所在行业产生变革影响；希望真正使我们的生态系统更加市场化、平台化、数据化和物种多样化（“四化”建设），最终实现“同一个生态，千万家公司”的良好社会商业生态系统。
本次组织变革也是为了面对未来无线互联网的机会和挑战，同时能够让我们的组织更加灵活地进行协同和创新。
各位阿里人，把大公司拆成小公司运营，我们给市场、给我们的竞争者更多挑战我们的机会，同样是给我们自己机会。这次的拆分和以往既一样又不一样，我们希望组织结构松而不散，汇报给谁以及权力有多大显得很不重要，但人和事、热爱和责任、信任和协同显得越来越重要。我们希望阿里人一起努力把每一个事业部变成小而美、对生态发展有重大作用和价值的群体。
阿里巴巴围绕电子商务生态圈进行布局
马云强调企业的领导者务必目光长远，早做部署：“我们做企业，常常想明天要干吗，明年要干吗，很少考虑十年后要干吗……今天的阿里巴巴是十年前做的，十年后的阿里巴巴是今天做的。做企业一定要去想十年后的市场会变成什么样，从现在开始坚定不移地努力。假如你现在还忙着今天、明天的事，那企业会越来越难做。”
战略部署肯定不是漫无目的的遐想，马云2010年曾对投资者阐述他拓展阿里巴巴新版图的基本思路——以完善生态系统为导向，增强抗风险能力。
“我自认为阿里巴巴做云计算，不是因为概念，而是不做是要死人的。我们做是因为我们必须要它，我们不做这个，五年以后阿里巴巴会出问题。”“为什么淘宝会赢，大家可能讲什么免费政策，这些都是术，真正的道是我们不做淘宝，阿里巴巴就不会有今天。”“做支付宝也不是我们想进入金融，不是想赚更多的钱，而是说不做支付宝，淘宝就活不下去了。我们每次做这个叫‘没办法’，你一定得做。”“我们不是因为要进入金融才进入，而是我们在发展电子商务的交易过程当中，一定要用到金融。原先的金融体系没办法支持我们，现有的金融体系很难支持创新行业的发展，所以，我们就自己创新一套金融。”“CEO第一难就是难在这里……你要判断三年以后的灾难是什么。在所有人都兴高采烈的时候，你要判断未来的灾难。”
近期阿里巴巴的海外购物和物流业布局也体现了马云着眼于未来的工作思路。
对于欧美发达国家制造的商品，中国消费者是比较青睐的。阿里巴巴为此在2013年10月投资了美国电子商务配送集团ShopRunner。此前ShopRunner宣布与美国运通合作，向许多美国持卡人提供免费会员服务，这给该公司带来了数千万潜在用户。ShopRunner最终将有助于阿里巴巴对美国消费者的销售，而目前阿里巴巴收购该公司主要是通过其美国物流网络，让中国消费者能够从美国商家的网站上在线购买商品。
中国海外代购市场2013年的交易规模超过700亿元。2012年国内消费者支付宝海外代购消费规模同比增长117%，远高于国内网购64.7%的增长速度。因此阿里巴巴在海外购物领域的布局不仅仅是收购几家国外公司，而是持续进行。2014年2月，央行宣布，在中国（上海）自由贸易试验区启动支付机构跨境人民币支付业务，支付机构跨境人民币支付试点启动，银联支付、快钱、通联等五家机构获批。这意味着，以后通过第三方支付机构，消费者就能直接用人民币“海淘”，国内企业也能直接用人民币开展跨境业务。
上海自贸区启动人民币跨境支付“红利”，被阿里巴巴集团旗下的天猫迅速捕捉——天猫国际平台于2月19日正式上线。短短几天就有超过140家商铺入驻，5000多个海外大牌，其中囊括消费者最常使用的海外3C、服装、食品等领域的商家。天猫国际购物合作的商家均为海外的实体公司且具有零售资质，天猫国际承诺“百分之百海外商家”“百分之百海外正品”和“百分之百海外直邮”。面对目前海外购物鱼龙混杂、假货横行的现象，天猫国际打出如此招牌，其成为海淘销售市场权威的野心已非常明确。对于消费者而言，唯一正品保障渠道是有强大吸引力的。
2013年5月28日，阿里巴巴集团、银泰集团联合复星集团、富春集团、顺丰集团、三通一达（申通、圆通、中通、韵达）、宅急送、汇通，以及相关金融机构共同宣布，“中国智能物流骨干网”项目正式启动，合作各方共同组建的“菜鸟网络科技有限公司”正式成立。马云任董事长，沈国军任首席执行官。
菜鸟网络计划首期投资人民币1000亿元，希望在5～8年的时间里，努力打造遍布全国的开放式、社会化物流基础设施，建立一张能支撑日均300亿元（年度约10万亿元）网络零售额的智能骨干网络。
云运作物流跟之前的生态系统商业逻辑也是一脉相承的。
马云认为，在电子商务领域里有三个最重要的基础设施，一是数据流，就是电子商务，淘宝、阿里巴巴的网络数据；二是资金流，就是阿里巴巴小微金融服务、支付宝这条线；第三就是物流体系。
就这三方面来说，当年做电子商务阿里巴巴开了一个先河；电子商务上的支付体系，阿里巴巴也通过自己的努力，在各个银行之间打通运用起来。