在英日联军的围城战失败后，军队主力便收缩了，回到城外重新驻扎。同时，英日联军也正在等待大部队的到达——无论是发动围城战还是对沈阳进行猛攻，英日联军的军队都只有他们主兵力的四分之一，所以英日联军才要等待后方的援军，准备对全球解放军发动一次声势浩大的猛攻，试图一举攻下沈阳，剿灭恐怖分子。
全球解放军这一边，在王俊杰派出的援军到达后，全球解放军的守城力量就变得更加强大了。毕竟全球解放军东北总部的这支援军不可能是跑腿的，既然你都支援那里了，为什么不留在那里，继续造福于人民呢？于是，全球解放军的援军便进入城市，准备部署兵力，防御沈阳，抵抗侵略者。人民群众早就被全球解放军疏散到一个绝对安全的地方并安顿下来，全球解放军在短期内就可以不顾城内的人民，安心大胆的守城了。
全球解放军的守城现在很依赖红警武器，没有了红警武器，全球解放军要想守城会变得更加困难——毕竟敌我力量悬殊摆在这儿，全球解放军如果不用红警武器，仅仅使用落后的全球解放军武器，沈阳是不可能守住的。全球解放军在守城中，不仅依赖着红警武器，还依赖着红警基地，没有了红警基地，红警部队还算什么呢？
假如是这样，就给了英日联军一个绝佳的战机——英日联军可以使用渗透战。在红警三代中，盟军和升阳帝国是可以对敌人的基地进行渗透的，虽然用来渗透的部队大有不同——盟军是间谍，而升阳帝国用的是忍者，但他们渗透敌军基地后带来的效果是相同的。渗透不同的建筑物，会带来不同的效果，比如渗透发电厂会导致敌人基地电力瘫痪，渗透敌人的建筑基地或敌人的前哨基地车可以导致敌人雷达瘫痪三分钟，然后在一段时间内获得该建筑物的视野等效果。是一个非常好用的战术。
在武士道精神的怂恿下，日本一定会有许多忍者，再加上日军的科技已经达到了二本科技，这就意味着日军一定训练了大量的忍者。虽然日军现在一定不知道忍者还可以进行渗透作战，但难保日军会派出忍者对全球解放军的基地进行斩首行动——现实社会的忍者可就没有游戏中那么脆弱了，飞檐走壁样样精通，弄得就像武侠小说里的大侠一样，全球解放军很难抵挡日军的忍者部队。
日军这个时候，也已经意识到了在全球解放军的把守下，沈阳很难通过常规方法攻下来——所以日军就可以通过某些特殊的手段，对全球解放军进行斩首行动，瘫痪全球解放军的一切指挥，全球解放军对沈阳的控制就会被瓦解，英日联军的攻城就会变得更加顺利。
但是，沈阳城内的全球解放军防御之森严，别说是忍者了，就算是大侠估计也歇菜。所以，对恐怖分子头头的直接进攻很有可能受阻，那么可不可以破坏全球解放军恐怖分子的防御设施呢？这样做虽然不够直接消灭全球解放军，至少可以削弱全球解放军的守城力量吧，这样，全球解放军对沈阳的控制程度额会大大下降，英日联军的攻城也会变得非常顺利。
也不知道是哪一天，反正有一天，日本的科学家在研究红警部队时，突然发现忍者精通一些破坏敌人建筑物的技术，在征得英军将领的同意后，科学家拿盟军建筑物做了一个实验，实验结果不出所料，忍者在进入了盟军发电厂后，过了数秒，发电厂的锅炉就传来一声爆炸，这座发电厂也就瘫痪了。这座发电厂一瘫痪，剩下的发电厂因为承载电力分配受到破坏，也跟着瘫痪了，于是整个盟军基地的电力系统瘫痪了。
在日军前线将领的提议下，日军大本营开始讨论要不要把忍者派上战场，消灭全球解放军。忍者这种攻击，可以视为特殊攻击，而忍者的渗透作战能否达到目的效果，日军的将领们还不知道。更何况，忍者是红警基地的二本步兵，比一本步兵金贵的多，要是送上战场白白送死，天皇陛下怪罪下来就不知道谁来扛了。高级将领们谁也不希望自己来背黑锅，但也有一些将领知道忍者的作战能力，呼吁把忍者派上战场。高级将领们争论不休。
最终在日本科学家的证明下，高级将领们终于明白了忍者的确可以做到渗透敌人的建筑物，瘫痪敌人的基地。而且忍者的单兵作战能力极为强大，应付全球解放军恐怖分子那样的散兵游勇应该是绰绰有余的，但要是碰见未来科技公司就不怎么好说了，他们的武器和自己的这些秘密武器也是有的一拼的。
但不管怎么说，日军大本营还是决定把忍者派出去，对全球解放军的守城力量进行致命打击。于是，五名忍者领命，从日本乘船出发，前往沈阳前线，准备进行打击。虽说忍者作为升阳帝国步兵里少有的会游泳的部队，但让一个人游过渤海，以克隆人的情况来说，虽然不是不行，但耗时太久了。所以，日军将领还是决定让他们乘船，前往全球解放军的前线，对全球解放军进行致命的打击。
经过了两天的船程，登陆舰成功靠岸，忍者从登陆舰下来后，便坐上多功能步兵车，奔赴沈阳前线——这是英军将领的提议。英军将领知道自己的多功能步兵车的武器能够随着步兵的进驻而发生改变，于是英军将领们便想起了忍者。万一在奔赴前线的过程中，忍者受到了全球解放军的伏击，虽说忍者能够和大侠有的一拼，但毕竟还是血肉之躯。而多功能步兵车再脆皮，它好歹还是装甲车，而且多功能步兵车的武器也能随着忍者的进驻而发生改变，说不定会变得更强。于是，忍者们坐上了多功能步兵车，奔赴沈阳前线。
王俊杰仍然不知道英日联军会派出忍者对自己进行渗透作战，他仍然在关注着城外的防御。王俊杰命令，继续建造大量的红警防御建筑物，布置在城头上——红警基地的建筑物进入现实社会，地域性就会被削弱，现在只要在建筑范围内，即使是要建在不怎么坚固的城墙上，照样可以做到。在布置好红警建筑物后，王俊杰又命令大量的全球解放局士兵躲在房屋里，来一出伏击战。只有这样，才能让全球解放军的能力发挥到最大化。
王俊杰这么费尽心思，对城内进行防御，但还是无法在短期内完成——红警建筑物的建筑时间摆在这儿，王俊杰根本无法逾越系统设下的障碍，大干一场。而正因为红警建筑物的建造时间过长，一些没有建筑的城墙就自然而然的成为了忍者们突破城外防御，进入沈阳城内的地方。忍者在经过了多功能步兵车风驰电掣后，快速奔赴前线指挥部，听从前线将领的指挥。
于是第二天，正当全球解放军准备在那些仍然没有红警建筑物的城墙上垒上建筑物时，忍者早已先行一步，在天还没亮的时候就已经利用自己带上的绳索，爬上了城墙。在确定这段城墙没有任何恐怖分子后，又纵身一跃，从城墙上跳了下去，神不知鬼不觉就进入了沈阳城内。此时，全球解放军的部队仍然没有发现有一批敌人的部队已经悄悄进入了沈阳，还在其他地区巡逻，并没有进入忍者呆着的区域。
忍者在进入城内后，简单清点了一下人数，便踏着轻微的步伐，悄悄地朝着全球解放军的基地前去——在经过了多次的确认后，英日联军的将领们也基本确定了全球解放军的基地究竟在哪儿，于是忍者这一次是在知己知彼的情况下攻入了沈阳。沿途都是静悄悄的，全球解放军的巡逻力量可能还未触及至此，忍者一路风顺，很快就进入了防御较为松散全球解放军沈阳分部。
王俊杰想不到敌人会弄出渗透战，所以沈阳分部本身防御是比较松散的。过程中虽然有一些全球解放军的巡逻部队来到沈阳分部巡逻，但也很快被训练有素的忍者干掉了。忍者们极为有远见的选择了渗透红警基地——目前王俊杰的整体防御主要都是靠红警基地，只要渗透了红警基地，沈阳的防御至少得垮掉一半。于是，忍者分批进行破坏。一批忍者进入发电厂并炸毁它，而另外一批则进入建筑基地，关闭那里的雷达，并且植入雷达发信器，令这里的一举一动能够被监视到。做完这些破坏后，忍者便大摇大摆的离开了红警基地。此时，天刚刚泛起鱼肚白。
王俊杰起来后，便发现了红警基地的异样——一切防御设施均无法启动，而且建筑基地里面的雷达也不知道被谁关闭了，他还发现了一个雷达发信器。这时，王俊杰才知道自己的基地被敌人渗透了。然而已经晚了，部分发电厂的发电机已经被炸毁，剩下的发电厂也因为电力分配不均匀而停机，整个红警基地现在处于停电状态，雷达也被关闭了。王俊杰只得先让一批工兵平衡电力分配，先让那些没有被破坏的发电机开始运作；同时分配另一批工兵全力拯救被破坏的发电机，剩下一批让雷达重新开机，让基地重新运作。
这时，王俊杰才想起要对红警基地本身进行严密的看守，绝对不能容许第二次基地被渗透。虽然王俊杰不知道这一次究竟是盟军的间谍还是升阳帝国的忍者对自己的基地进行渗透，但他知道的是，无论是间谍还是忍者，斥候部队都能克制他们。特别是间谍，斥候部队敏锐的眼神能够识破间谍的伪装，同时斥候因为不是人，对自己忠心耿耿，自然不会被间谍收买。但现在，由于电力供应中断，雷达也被关闭了，王俊杰不得不利用剩余的红警部队和全球解放军的部队守卫城墙，同时他也只能用雷达车的雷达进行侦测了，直到电力恢复。这一段日子一定是很难熬的日子。