卡尔德龙就职总统的仪式是墨西哥历史上最短也是最混乱的一次。
那是2006年12月1日，就职典礼现场一直不平静，左翼议员提前3天就已占领宣誓地———国会众议院的会议大厅，憋足了劲要让卡尔德龙难堪，并扬言要尽一切努力阻止卡尔德龙宣誓就职。
卡尔德龙在30多名保镖的护卫下从议会后门进入议会，突然出现在众人面前。反对派在台下吹口哨，发出嘘声，高喊“滚出去”。在议会主席台前，卡尔德龙只花了30秒钟便宣誓完毕，随后从他的前任福克斯那里接过了总统绶带。宣誓完毕，卡尔德龙在保镖的簇拥下迅速离开了议会。整个就职仪式非常短暂，只持续了5分钟。
由于担心在议会的就职仪式可能无法进行，卡尔德龙1日凌晨零时在总统府举行了非正式宣誓仪式，前总统福克斯提前向卡尔德龙移交了权力。墨西哥电视台对这场史无前例的权力交接仪式进行了直播。
上台后，卡尔德龙立即作出了一个惊人的决定：向国内猖獗的毒品犯罪宣战。
墨西哥是世界上主要的毒品产地之一。据统计，墨西哥境内早在1984年就出产大麻5850吨，仅次于哥伦比亚，居世界第二位。
大量的毒品由贩毒集团通过漫长的墨美边境线带入美国销售，在那里牟取暴利。哥伦比亚出产的大部分毒品首先被走私至墨西哥，然后转道进入美国、欧洲和世界其他地区。
滚雪球般扩大的毒品贸易，在墨西哥催生了大大小小的贩毒组织，其中，“海湾”、“华雷斯”、“锡那罗亚”、“米却肯”、“蒂华纳”等贩毒集团居于统治地位。各自有着众多的人手和精良的武器装备，全墨西哥30%的可耕地被他们控制，一些地方政府的官员与贩毒组织同流合污，给贩毒组织提供庇护，并在其资金周转上予以帮助。贩毒组织还在一些政府核心部门安插了“卧底”，暗杀“碍事”的官员和警察。
毒品犯罪几乎成了墨西哥的顽疾，近几届总统都无力根治。不仅如此，政府及军队似乎和贩毒集团达成了某种默契，只要不是太过分，毒贩子大可以在当权者的眼皮子底下行事。
前总统塞迪略曾提出服用毒品合法化的建议，卡尔德龙坚决反对，他认为对毒贩的妥协再也不能容忍了，暴力行为已经失控，腐败和共谋已经侵蚀了墨西哥的警方和政治精英。他说，那样会使墨西哥失去几代人，毒品是21世纪的奴役。
卡尔德龙作出这个决定，其实很不容易，自2006年7月他在大选中获胜以来，墨西哥政坛一直处于动荡中。卡尔德龙仅以0.58个百分点的极微弱优势战胜左翼候选人奥夫拉多尔，当选为墨西哥总统。
时值拉美左翼政党纷纷胜选成为执政党的高峰期，墨西哥国内左翼政党对于0.58个百分点的失败显然十分不甘心。左翼政党不仅拒绝承认卡尔德龙为当选总统，还封锁了首都墨西哥城的主干道改革大道，抗议计票中存在的舞弊行为。从2006年7月30日起的45天时间里，改革大道完全瘫痪，败选的奥夫拉多尔的支持者在道路中心搭建了无数顶大帐篷，将改革大道变成了临时客栈，吃喝拉撒全在马路上。
当时的国际舆论这样评价卡尔德龙：“不管这场冲突最后如何收场，可以肯定的是，等待卡尔德龙的将是一个悲惨而痛苦的6年。”
卡尔德龙是仅以微弱优势当选的“弱势总统”，但就是这么一个没有多少政治资本的总统，以其铁腕、坚定和自主在墨西哥掀起了一场声势浩大的“禁毒战争”。这是前几位总统一直想做，却未做成甚至没敢做的事情。
卡尔德龙上任不久便开始大规模打击行动。由于贩毒集团拥有强大的武装，卡尔德龙动用了军队，墨西哥媒体也不再以“扫毒行动”称之，而是直接冠以“毒品战争”。卡尔德龙称，当警察能独立应对这场禁毒战争时，军队才算完成使命。
根据卡尔德龙政府的扫毒计划，墨西哥海军将切断贩毒集团海上走私毒品走廊，士兵和联邦警察将重新控制一度被贩毒集团把持的地区，并且摧毁鸦片和大麻种植园。
2006年12月11日，当上总统仅10天的卡尔德龙下令派遣6500名士兵和警察，前往墨西哥贩毒集团的大本营之一米却肯州展开扫毒行动。
第二天晚上，卡尔德龙妻子的一个表亲萨瓦拉遭到身份不明的枪手袭击死亡。警察在萨瓦拉的小型面包车中发现了他的尸体，当时的情况是，萨瓦拉打开车门后，枪手闯进车内，强迫萨瓦拉坐到后排座位上，然后开枪将他打死。由于萨瓦拉随身携带的钱包、支票等财物都没有丢失，警方排除了抢劫杀人的可能性。亲戚们说，萨瓦拉待人热情友好，除了担任马术教练外，还从事赛马买卖交易，从未与人结仇。墨西哥媒体认为，此次枪击案很可能是贩毒集团对卡尔德龙的报复，目的是警告卡尔德龙不要再继续和贩毒集团为敌，否则将面临严重后果。
卡尔德龙表示不会向毒贩让步，随后他向更多的地方派出了军队进行扫毒。在新政府成立后的4个多月里，缉毒部队就查获4万余吨大麻、262吨可卡因，抓获127名贩毒分子，缴获各类枪支249支，收缴贩毒资金两亿多美元。
但缉毒部队并没有取得压倒性的胜利，事实证明，在墨西哥政府武装力量和贩毒组织实力相当，贩毒组织依靠先进的武器装备，公开与政府军警对抗，仅2007年5月16日一天，就有34人在军警与贩毒分子的交火中丧生。
毒品战争让墨西哥陷入血雨腥风中，2007年国内因暴力事件被杀的人为2700人，2008年这个数字翻了一倍，达到6300人，其中许多死者遭到残酷折磨，甚至被截断四肢。贩毒团伙制造了伤亡和恐吓事件后仍然逍遥法外，说明他们有时候还占据上风。