1949年9月21日，中国人民政治协商会议第一届全体会议在北平中南海怀仁堂隆重开幕。政治协商会议的召开，是中国政党史上头等重大事件，它是旧党派关系的休止符，新党派关系的奠基石，标志着中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的初步形成。在筹备召开新政协的过程中，有相当一段时间，把即将召开的这次会议称为“新政治协商会议”，主要是为了同1946年1月召开的旧政协会议（中国政治协商会议）相区别。在1946年1月重庆政治协商会议召开的时候，没有任何人想到仅在三年之后，在中国共产党的领导下召开了没有任何反动分子参加的新政治协商会议。前一个会议是蒋介石致开幕词，后一个会议是毛泽东致开幕词。这个变化深刻地表明，两个政治协商会议代表了两个时代。那么新政协与旧政协在本质上有什么不同呢？
（1）召开政协的背景不同
旧政协是在抗日战争胜利后召开的，当时全国仍然存在着两个政权的对峙，在国内外种种因素压力下，国民党被迫履行国共谈判达成的协议，在重庆举行了各党派的政治协商会议。而新政协是在人民解放战争打倒帝国主义、封建主义和官僚资本主义，取得决定性胜利，国民政府已覆亡，人民当家做主的时候举行的。毛泽东致开幕词时说，“我们的会议之所以称为政治协商会议，是因为三年以前我们曾和蒋介石国民党一道开过一次政治协商会议，那次会议的结果是被蒋介石国民党及其帮凶破坏了，但是已在人民中留下了不可磨灭的印象……那次会议唯一收获是给了人民以深刻的教育，使人民懂得：和帝国主义的走狗蒋介石国民党及其帮凶们决无妥协的余地，或者是推翻这些敌人，或者是被这些敌人所屠杀和压迫，二者必居其一，其他的道路是没有的”，“现在的中国人民政治协商会议是在完全新的基础之上召开的，它具有代表全国人民的性质，它获得全国人民的信任和拥护”。后来，为充分体现新政协的人民性，就将其改称为中国人民政治协商会议。
（2）各党派在政协中所处的地位不同
在旧政协中，国民党作为“在朝”颐指气使，中共及民主党派作为在野党，只能当“陪客”。当时，针对国民党提出的在40名国民政府委员中除国民党占一半之外，给共产党8名，给民盟4名的主张，周恩来对民盟主席张澜说，“共产党和民盟联合要14名，即超过总名额的三分之一强，这样我们就对蒋介石任意修改施政纲领的行为，有了否决权的保证。”至于“这14名委员名额，怎样分配，那是我们共产党同民盟双方自己内部问题。你们要6席，共产党就8席，你们要7席，我们双方就各半”。这样，从反对国民党一党独裁的大局出发，双方采取了各要7席的一致的立场。但是，这一合理要求被国民党拒绝了。而在新政协中，中共作为执政党，民主党派作为参政党，同为国家的主人，平等协商，共谋国是，共同确定了参加会议的单位与代表组成，有11个民主党派与中国共产党一起参加了会议，构成当代中国政党制度的基本架构。
（3）政协构筑的国家性质不同
旧政协期间，经过中共和民主党派的共同努利，达成了和平建国纲领，允诺给予人民一定的权利，迅速召开国民大会，结束训政，实施宪政，但仍奉三民主义为建国的最高指导原则，充其量建立的还只是临时民主联合政府，更何况事实上化为乌有。而新政协则是建立无产阶级通过他的先锋队共产党领导的、以工农联盟为基础的、人民民主专政的中华人民共和国，并逐步向社会主义过渡。今天所建立的具有中国特色的社会主义，就是在此基础上发展而来的。
（4）政协会议取得的效果不同
旧政协会议主要围绕着政权和军队问题进行，尤其是政治民主化和军队国家化两个问题的争论最为激烈，当朝的国民党出于一党私见，极力扼杀在野党中共和民主党派的正确主张。旧政协协议签订仅仅一个多月，就被1946年3月1日在重庆召开的国民党六届二中全会所推翻，最后成为泡影。而1949年新政协则是由中共、各民主党派、各人民团体、各地区、各基层的人民用自己的意志建立崭新的、名符其实的中华人民共和国，会议主要围绕建立新中国的有关问题展开，与会代表有一个共同的奋斗目标，并制定了具有临时宪法性质的《共同纲领》。执政的中国共产党与参政的民主党派共同履行人民政协达成的各项协议，从而实现国家进步和长治久安。
1949年9月7日，周恩来在《关于人民政协的几个问题》的讲话中指出：“政协是沿用了旧的政治协商会议的名称，但以它的组织和性质来说，所以能够发展成为今天这样的会，决不是发源于旧的政协。”对于政协的名称，周恩来有过几次说明。一次是在新政协筹备会常务委员会第四次会议上，周恩来说：“毛主席说过全体会议闭幕后要有一个经常的组织。既然是统一战线，名称要固定一下，用中华人民共和国人民政治协商会议的名称太长了。把人民政治协商会议作了组织名称，好像有点特殊。但印度有印度国民大会，也是个统一战线的名称，今天中国人民政治协商会议，也变为统一战线的名称。”他说：“这一组织便是中国共产党过去所主张的民族民主统一战线的形式。它绝对不同于旧的政治协商会议，旧的政治协商会议已经让国民党反动派破坏了。可是大家都熟悉这一组织形式，所以今天我们沿用了这个名称，而增加了新的内容。”